This is not an igraph issue, I believe. You need to go over your
indices and update the matrix, i.e.
for (i in seq_along(t.list)) { temp[t.list[i], c.list[i]] <-
temp[t.list[i], c.list[i]] + 1 }
Best,
Gabor
On Tue, Aug 2, 2011 at 4:50 PM, Robinson, David G <drobin at sandia.gov>
wrote:> I realize that matrix indexing has been addressed in various flavors, but
I'm stumped and didn't find anything in the archives. ?It's not
clear if it is an igraph issue or a more general problem. Thanks in advance for
your patience.
>
> I am using igraph to read a gml file
(http://www-personal.umich.edu/~mejn/netdata/football.zip
> ). The gml file contains vertex attributes (conference and team) that are
provided as character/integer values.
>
> I would like to build a matrix of dimension (length.team,
length.conference) where the elements are zero except for 1's at the
location of index [team, conference].
>
> Here is a snippet of code that hopefully captures what I am trying to do:
>
> original<-read.graph("./Data/football/football.gml",
format="gml")
> conf.list<- get.vertex.attribute(original, 'value',
index=V(original))+1
> team.list<- get.vertex.attribute(original, 'id',
index=V(original))+1
> temp<- matrix(0,115,12)
> temp[team.list, conf.list]<-1
>
> Unfortunately, temp[] is filled with 1's.
>
> However, if I try:
> c.list=c(1,3,5)
> t.list=c(2,4,6)
> temp[t.list,c.list]<-1
>
> then things work as I would expect. ?FWIW - I have tried
as.integer(get.vertex.attribute(...)) with no luck.
>
> Thanks for any suggestions.
>
>
>
>
> *****************************************************
>> original<-read.graph("./Data/football/football.gml",
format="gml")
>> conf.list<- get.vertex.attribute(original, 'value',
index=V(original))+1
>> team.list<- get.vertex.attribute(original, 'id',
index=V(original))+1
>> conf.list
> ?[1] ?8 ?1 ?3 ?4 ?8 ?4 ?3 ?9 ?9 ?8 ?4 11 ?7 ?3 ?7 ?3 ?8 10 ?7 ?2 10 ?9 ?9
?8 11 ?1 ?7 10 12 ?2 ?2 ?7 ?3 ?1 ?7 ?2 ?6
> ?[38] ?1 ?7 ?3 ?4 ?8 ?6 ?7 ?5 ?1 12 ?3 ?5 12 11 ?9 ?4 12 ?7 ?2 10 ?5 12 11
?3 ?7 10 11 ?3 10 ?5 12 ?9 11 10 ?7 ?4 12
> ?[75] ?4 ?5 10 ?9 ?9 ?2 ?6 ?4 ?6 12 ?4 ?7 ?5 10 12 ?1 ?6 ?5 ?5 ?8 ?2 10 10
11 ?4 ?7 ?3 ?2 ?4 ?1 ?8 ?1 ?3 ?4 ?9 ?1 ?5
> [112] ?9 ?5 10 12
>> team.list
> ?[1] ? 1 ? 2 ? 3 ? 4 ? 5 ? 6 ? 7 ? 8 ? 9 ?10 ?11 ?12 ?13 ?14 ?15 ?16 ?17
?18 ?19 ?20 ?21 ?22 ?23 ?24 ?25 ?26 ?27
> ?[28] ?28 ?29 ?30 ?31 ?32 ?33 ?34 ?35 ?36 ?37 ?38 ?39 ?40 ?41 ?42 ?43 ?44
?45 ?46 ?47 ?48 ?49 ?50 ?51 ?52 ?53 ?54
> ?[55] ?55 ?56 ?57 ?58 ?59 ?60 ?61 ?62 ?63 ?64 ?65 ?66 ?67 ?68 ?69 ?70 ?71
?72 ?73 ?74 ?75 ?76 ?77 ?78 ?79 ?80 ?81
> ?[82] ?82 ?83 ?84 ?85 ?86 ?87 ?88 ?89 ?90 ?91 ?92 ?93 ?94 ?95 ?96 ?97 ?98
?99 100 101 102 103 104 105 106 107 108
> [109] 109 110 111 112 113 114 115
>> length(conf.list)
> [1] 115
>> length(team.list)
> [1] 115
>> temp<- matrix(0,115,12)
>> r<-c(1,3,5)
>> col<- c(2,4,6)
>> temp[r,col]<-1
>> temp[1:10,]
> ? ? ?[,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [,8] [,9] [,10] [,11] [,12]
> ?[1,] ? ?0 ? ?1 ? ?0 ? ?1 ? ?0 ? ?1 ? ?0 ? ?0 ? ?0 ? ? 0 ? ? 0 ? ? 0
> ?[2,] ? ?0 ? ?0 ? ?0 ? ?0 ? ?0 ? ?0 ? ?0 ? ?0 ? ?0 ? ? 0 ? ? 0 ? ? 0
> ?[3,] ? ?0 ? ?1 ? ?0 ? ?1 ? ?0 ? ?1 ? ?0 ? ?0 ? ?0 ? ? 0 ? ? 0 ? ? 0
> ?[4,] ? ?0 ? ?0 ? ?0 ? ?0 ? ?0 ? ?0 ? ?0 ? ?0 ? ?0 ? ? 0 ? ? 0 ? ? 0
> ?[5,] ? ?0 ? ?1 ? ?0 ? ?1 ? ?0 ? ?1 ? ?0 ? ?0 ? ?0 ? ? 0 ? ? 0 ? ? 0
> ?[6,] ? ?0 ? ?0 ? ?0 ? ?0 ? ?0 ? ?0 ? ?0 ? ?0 ? ?0 ? ? 0 ? ? 0 ? ? 0
> ?[7,] ? ?0 ? ?0 ? ?0 ? ?0 ? ?0 ? ?0 ? ?0 ? ?0 ? ?0 ? ? 0 ? ? 0 ? ? 0
> ?[8,] ? ?0 ? ?0 ? ?0 ? ?0 ? ?0 ? ?0 ? ?0 ? ?0 ? ?0 ? ? 0 ? ? 0 ? ? 0
> ?[9,] ? ?0 ? ?0 ? ?0 ? ?0 ? ?0 ? ?0 ? ?0 ? ?0 ? ?0 ? ? 0 ? ? 0 ? ? 0
> [10,] ? ?0 ? ?0 ? ?0 ? ?0 ? ?0 ? ?0 ? ?0 ? ?0 ? ?0 ? ? 0 ? ? 0 ? ? 0
>> temp[team.list,conf.list]<- 1
>> temp[1:10,]
> ? ? ?[,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [,8] [,9] [,10] [,11] [,12]
> ?[1,] ? ?1 ? ?1 ? ?1 ? ?1 ? ?1 ? ?1 ? ?1 ? ?1 ? ?1 ? ? 1 ? ? 1 ? ? 1
> ?[2,] ? ?1 ? ?1 ? ?1 ? ?1 ? ?1 ? ?1 ? ?1 ? ?1 ? ?1 ? ? 1 ? ? 1 ? ? 1
> ?[3,] ? ?1 ? ?1 ? ?1 ? ?1 ? ?1 ? ?1 ? ?1 ? ?1 ? ?1 ? ? 1 ? ? 1 ? ? 1
> ?[4,] ? ?1 ? ?1 ? ?1 ? ?1 ? ?1 ? ?1 ? ?1 ? ?1 ? ?1 ? ? 1 ? ? 1 ? ? 1
> ?[5,] ? ?1 ? ?1 ? ?1 ? ?1 ? ?1 ? ?1 ? ?1 ? ?1 ? ?1 ? ? 1 ? ? 1 ? ? 1
> ?[6,] ? ?1 ? ?1 ? ?1 ? ?1 ? ?1 ? ?1 ? ?1 ? ?1 ? ?1 ? ? 1 ? ? 1 ? ? 1
> ?[7,] ? ?1 ? ?1 ? ?1 ? ?1 ? ?1 ? ?1 ? ?1 ? ?1 ? ?1 ? ? 1 ? ? 1 ? ? 1
> ?[8,] ? ?1 ? ?1 ? ?1 ? ?1 ? ?1 ? ?1 ? ?1 ? ?1 ? ?1 ? ? 1 ? ? 1 ? ? 1
> ?[9,] ? ?1 ? ?1 ? ?1 ? ?1 ? ?1 ? ?1 ? ?1 ? ?1 ? ?1 ? ? 1 ? ? 1 ? ? 1
> [10,] ? ?1 ? ?1 ? ?1 ? ?1 ? ?1 ? ?1 ? ?1 ? ?1 ? ?1 ? ? 1 ? ? 1 ? ? 1
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