Peng Yu
2009-Nov-22 15:19 UTC
[R] Why F value and Pr are not show in summary() of an aov() result?
I have the following code. I'm wondering why summary() doesn't show F value and Pr? Rscript multi_factor.R> a=3 > b=4 > c=5 > d=6 > e=7 > > A=1:a > B=1:b > C=1:c > D=1:d > E=1:e > > X=matrix(nr=a*b*c*d*e,nc=5) > colnames(X)=LETTERS[1:5] > > for(i_a in 1:a-1) {+ for(i_b in 1:b-1) { + for(i_c in 1:c-1) { + for(i_d in 1:d-1) { + for(i_e in 1:e-1) { + X[(((i_a * b + i_b) * c + i_c) * d + i_d) * e + i_e + 1, ] = c(i_a+1, i_b+1, i_c+1, i_d+1, i_e+1) + } + } + } + } + }> > Y=matrix(nr=a*b*c*d*e,nc=1) > for(i in 1:(a*b*c*d*e)) {+ fa=X[i,'A'] + fb=X[i,'B'] + fc=X[i,'C'] + fd=X[i,'D'] + fe=X[i,'E'] + + Y[i,1]= fa +fb +fc +fe +fa*fb +fa*fc +fb*fc +fa*fe +fc*fe +fa*fb*fc +fa*fc*fe + rnorm(1) + }> > aframe = data.frame(+ A=as.factor(X[,'A']) + , B=as.factor(X[,'B']) + , C=as.factor(X[,'C']) + , D=as.factor(X[,'D']) + , E=as.factor(X[,'E']) + ,Y)> > afit=aov(Y ~ A * B * C * D * E, aframe) > > summary(afit)Df Sum Sq Mean Sq A 2 1512240 756120 B 3 453324 151108 C 4 2549895 637474 D 5 2 0.3693 E 6 1451057 241843 A:B 6 33875 5646 A:C 8 189839 23730 B:C 12 56024 4669 A:D 10 7 1 B:D 15 25 2 C:D 20 18 1 A:E 12 107574 8964 B:E 18 21 1 C:E 24 180413 7517 D:E 30 16 1 A:B:C 24 4167 174 A:B:D 30 37 1 A:C:D 40 42 1 B:C:D 60 63 1 A:B:E 36 30 1 A:C:E 48 13298 277 B:C:E 72 62 1 A:D:E 60 79 1 B:D:E 90 87 1 C:D:E 120 122 1 A:B:C:D 120 140 1 A:B:C:E 144 131 1 A:B:D:E 180 145 1 A:C:D:E 240 225 1 B:C:D:E 360 398 1 A:B:C:D:E 720 713 1
Sundar Dorai-Raj
2009-Nov-22 15:48 UTC
[R] Why F value and Pr are not show in summary() of an aov() result?
It's hard to read your code, so I won't comment on your specific
example. So when all else fails read the documentation for
?summary.aov:
They have columns ?"Df"?, ?"Sum Sq"?, ?"Mean
Sq"?, as well as ?"F value"? and ?"Pr(>F)"? if
there are non-zero
residual degrees of freedom.
So if you do df.residual(afit), is it >0?
--sundar
On Sun, Nov 22, 2009 at 7:19 AM, Peng Yu <pengyu.ut at gmail.com>
wrote:> I have the following code. I'm wondering why summary() doesn't show
F
> value and Pr?
>
> Rscript multi_factor.R
>> a=3
>> b=4
>> c=5
>> d=6
>> e=7
>>
>> A=1:a
>> B=1:b
>> C=1:c
>> D=1:d
>> E=1:e
>>
>> X=matrix(nr=a*b*c*d*e,nc=5)
>> colnames(X)=LETTERS[1:5]
>>
>> for(i_a in 1:a-1) {
> + ? for(i_b in 1:b-1) {
> + ? ? for(i_c in 1:c-1) {
> + ? ? ? for(i_d in 1:d-1) {
> + ? ? ? ? for(i_e in 1:e-1) {
> + ? ? ? ? ? X[(((i_a * b + i_b) * c + i_c) * d + i_d) * e + i_e + 1, ]
> = c(i_a+1, i_b+1, i_c+1, i_d+1, i_e+1)
> + ? ? ? ? }
> + ? ? ? }
> + ? ? }
> + ? }
> + }
>>
>> Y=matrix(nr=a*b*c*d*e,nc=1)
>> for(i in 1:(a*b*c*d*e)) {
> + ? fa=X[i,'A']
> + ? fb=X[i,'B']
> + ? fc=X[i,'C']
> + ? fd=X[i,'D']
> + ? fe=X[i,'E']
> +
> + ? Y[i,1]= fa +fb +fc +fe +fa*fb +fa*fc +fb*fc +fa*fe +fc*fe
> +fa*fb*fc +fa*fc*fe + rnorm(1)
> + }
>>
>> aframe = data.frame(
> + ? ? A=as.factor(X[,'A'])
> + ? ? , B=as.factor(X[,'B'])
> + ? ? , C=as.factor(X[,'C'])
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> + ? ? , E=as.factor(X[,'E'])
> + ? ? ,Y)
>>
>> afit=aov(Y ~ A * B * C * D * E, aframe)
>>
>> summary(afit)
> ? ? ? ? ? ? Df ?Sum Sq Mean Sq
> A ? ? ? ? ? ? 2 1512240 ?756120
> B ? ? ? ? ? ? 3 ?453324 ?151108
> C ? ? ? ? ? ? 4 2549895 ?637474
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> A:D ? ? ? ? ?10 ? ? ? 7 ? ? ? 1
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> C:E ? ? ? ? ?24 ?180413 ? ?7517
> D:E ? ? ? ? ?30 ? ? ?16 ? ? ? 1
> A:B:C ? ? ? ?24 ? ?4167 ? ? 174
> A:B:D ? ? ? ?30 ? ? ?37 ? ? ? 1
> A:C:D ? ? ? ?40 ? ? ?42 ? ? ? 1
> B:C:D ? ? ? ?60 ? ? ?63 ? ? ? 1
> A:B:E ? ? ? ?36 ? ? ?30 ? ? ? 1
> A:C:E ? ? ? ?48 ? 13298 ? ? 277
> B:C:E ? ? ? ?72 ? ? ?62 ? ? ? 1
> A:D:E ? ? ? ?60 ? ? ?79 ? ? ? 1
> B:D:E ? ? ? ?90 ? ? ?87 ? ? ? 1
> C:D:E ? ? ? 120 ? ? 122 ? ? ? 1
> A:B:C:D ? ? 120 ? ? 140 ? ? ? 1
> A:B:C:E ? ? 144 ? ? 131 ? ? ? 1
> A:B:D:E ? ? 180 ? ? 145 ? ? ? 1
> A:C:D:E ? ? 240 ? ? 225 ? ? ? 1
> B:C:D:E ? ? 360 ? ? 398 ? ? ? 1
> A:B:C:D:E ? 720 ? ? 713 ? ? ? 1
>
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