Hyunseung Kang
2008-Jul-10 00:50 UTC
[R] Help on Installing Matrix Package in Linux (Fedora)
Hi,
I have been trying to install the Matrix package on R running in Linux (Fedora).
But, I get the following error message (at the bottom). I am logged in as the
root user. Any help would be appreciated! Thanks!
-Hyunseung Kang
* Installing *source* package 'Matrix' ...
Using GNU make for building the package
** libs
** arch -
gcc -m32 -std=gnu99 -I/usr/include/R -I/usr/local/include -I./UFconfig -fpic
-O2 -g -pipe -Wall -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fexceptions -fstack-protector
--param=ssp-buffer-size=4 -m32 -march=i386 -mtune=generic
-fasynchronous-unwind-tables -c CHMfactor.c -o CHMfactor.o
In file included from CHMfactor.h:4,
from CHMfactor.c:2:
Mutils.h:9:41: error: R.h: No such file or directory
Mutils.h:10:22: error: Rversion.h: No such file or directory
Mutils.h:11:56: error: Rdefines.h: No such file or directory
In file included from CHMfactor.h:4,
from CHMfactor.c:2:
Mutils.h:32: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before
¡triangularMatrix_validate¢
Mutils.h:33: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before
¡symmetricMatrix_validate¢
Mutils.h:34: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before
¡dense_nonpacked_validate¢
Mutils.h:54:49: error: missing binary operator before token "("
Mutils.h:59: error: expected ¡)¢ before ¡obj¢
Mutils.h:60: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before
¡set_double_by_name¢
Mutils.h:61: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before
¡as_det_obj¢
Mutils.h:62: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before
¡get_factors¢
Mutils.h:63: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before
¡set_factors¢
Mutils.h:72: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before
¡Matrix_make_named¢
Mutils.h:73: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before
¡check_scalar_string¢
Mutils.h:74: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before
¡equal_string_vectors¢
Mutils.h:76: error: expected declaration specifiers or ¡...¢ before ¡SEXP¢
Mutils.h:77: error: expected declaration specifiers or ¡...¢ before ¡SEXP¢
Mutils.h:78: error: expected declaration specifiers or ¡...¢ before ¡SEXP¢
Mutils.h:79: error: expected declaration specifiers or ¡...¢ before ¡SEXP¢
Mutils.h:81: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before
¡Matrix_getElement¢
In file included from Mutils.h:99,
from CHMfactor.h:4,
from CHMfactor.c:2:
Syms.h:2: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before
¡Matrix_DimNamesSym¢
In file included from CHMfactor.h:4,
from CHMfactor.c:2:
Mutils.h:149: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before
¡int¢
Mutils.h:178: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before
¡SEXP¢
Mutils.h:197: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before
¡int¢
Mutils.h:215: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before
¡Rboolean¢
Mutils.h:226: error: expected declaration specifiers or ¡...¢ before ¡SEXP¢
Mutils.h:227: error: expected declaration specifiers or ¡...¢ before ¡SEXP¢
Mutils.h:229: error: expected declaration specifiers or ¡...¢ before ¡SEXP¢
Mutils.h:230: error: expected declaration specifiers or ¡...¢ before ¡SEXP¢
Mutils.h:232: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before
¡Matrix_expand_pointers¢
Mutils.h:234: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before
¡dup_mMatrix_as_dgeMatrix¢
Mutils.h:235: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before
¡dup_mMatrix_as_geMatrix¢
Mutils.h:237: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before
¡new_dgeMatrix¢
Mutils.h:238: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before
¡m_encodeInd¢
Mutils.h:239: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before
¡m_encodeInd2¢
Mutils.h:242: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before
¡SEXP¢
Mutils.h:248: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before
¡SEXP¢
Mutils.h:263: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before
¡int¢
In file included from CHMfactor.h:5,
from CHMfactor.c:2:
chm_common.h:19: error: expected declaration specifiers or ¡...¢ before ¡SEXP¢
chm_common.h:20: error: expected declaration specifiers or ¡...¢ before ¡SEXP¢
chm_common.h:21: error: expected declaration specifiers or ¡...¢ before ¡SEXP¢
chm_common.h:22: error: expected declaration specifiers or ¡...¢ before ¡SEXP¢
chm_common.h:24: error: expected declaration specifiers or ¡...¢ before ¡SEXP¢
chm_common.h:35: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before
¡chm_factor_to_SEXP¢
chm_common.h:36: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before
¡chm_sparse_to_SEXP¢
chm_common.h:38: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before
¡chm_triplet_to_SEXP¢
chm_common.h:40: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before
¡chm_dense_to_SEXP¢
chm_common.h:42: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before
¡chm_dense_to_matrix¢
chm_common.h:44: error: expected declaration specifiers or ¡...¢ before
¡Rboolean¢
chm_common.h:46: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before
¡CHMfactor_validate¢
chm_common.h:47: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before
¡CHMsimpl_validate¢
chm_common.h:48: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before
¡CHMsuper_validate¢
In file included from CHMfactor.c:2:
CHMfactor.h:7: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before
¡CHMfactor_ldetL2¢
CHMfactor.h:8: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before
¡CHMfactor_to_sparse¢
CHMfactor.h:9: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before
¡CHMfactor_solve¢
CHMfactor.h:10: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before
¡CHMfactor_spsolve¢
CHMfactor.h:11: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before
¡CHMfactor_update¢
CHMfactor.h:12: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before
¡CHMfactor_ldetL2up¢
CHMfactor.c:4: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before
¡CHMfactor_to_sparse¢
CHMfactor.c:20: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before
¡CHMfactor_solve¢
CHMfactor.c:37: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before
¡CHMfactor_spsolve¢
CHMfactor.c: In function ¡chm_factor_ldetL2¢:
CHMfactor.c:72: warning: implicit declaration of function ¡log¢
CHMfactor.c:72: warning: incompatible implicit declaration of built-in function
¡log¢
CHMfactor.c:72: warning: implicit declaration of function ¡fabs¢
CHMfactor.c:72: warning: incompatible implicit declaration of built-in function
¡fabs¢
CHMfactor.c:82: warning: implicit declaration of function ¡error¢
CHMfactor.c:85: warning: incompatible implicit declaration of built-in function
¡log¢
CHMfactor.c: At top level:
CHMfactor.c:91: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before
¡CHMfactor_ldetL2¢
CHMfactor.c:122: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before
¡CHMfactor_update¢
CHMfactor.c:132: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before
¡CHMfactor_ldetL2up¢
make: *** [CHMfactor.o] Error 1
ERROR: compilation failed for package 'Matrix'
** Removing '/usr/lib/R/library/Matrix'
[[alternative HTML version deleted]]
Krzysztof Sakrejda-Leavitt
2008-Jul-10 01:11 UTC
[R] Help on Installing Matrix Package in Linux (Fedora)
Maybe I am wrong about this, but I think your problem is actually: Mutils.h:9:41: error: R.h: No such file or directory Mutils.h:10:22: error: Rversion.h: No such file or directory Mutils.h:11:56: error: Rdefines.h: No such file or directory I think these are important files for compiling additional packages, especially since the rest of your errors look like they are from missing definitions. I would do one of the locate/find flavor of commands and see where the R.h/etc... files are, then make sure your include path is set correctly... maybe check in Mutils.h for the lines which are supposed to include the R.h/etc files... to see if they will work for your system. hth, Krzysztof Hyunseung Kang wrote:> Hi, > > I have been trying to install the Matrix package on R running in Linux (Fedora). But, I get the following error message (at the bottom). I am logged in as the root user. Any help would be appreciated! Thanks! > -Hyunseung Kang > > * Installing *source* package 'Matrix' ... > Using GNU make for building the package > ** libs > ** arch - > gcc -m32 -std=gnu99 -I/usr/include/R -I/usr/local/include -I./UFconfig -fpic -O2 -g -pipe -Wall -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fexceptions -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -m32 -march=i386 -mtune=generic -fasynchronous-unwind-tables -c CHMfactor.c -o CHMfactor.o > In file included from CHMfactor.h:4, > from CHMfactor.c:2: > Mutils.h:9:41: error: R.h: No such file or directory > Mutils.h:10:22: error: Rversion.h: No such file or directory > Mutils.h:11:56: error: Rdefines.h: No such file or directory > In file included from CHMfactor.h:4, > from CHMfactor.c:2: > Mutils.h:32: error: expected ?=?, ?,?, ?;?, ?asm? or ?__attribute__? before ?triangularMatrix_validate? > Mutils.h:33: error: expected ?=?, ?,?, ?;?, ?asm? or ?__attribute__? before ?symmetricMatrix_validate? > Mutils.h:34: error: expected ?=?, ?,?, ?;?, ?asm? or ?__attribute__? before ?dense_nonpacked_validate? > Mutils.h:54:49: error: missing binary operator before token "(" > Mutils.h:59: error: expected ?)? before ?obj? > Mutils.h:60: error: expected ?=?, ?,?, ?;?, ?asm? or ?__attribute__? before ?set_double_by_name? > Mutils.h:61: error: expected ?=?, ?,?, ?;?, ?asm? or ?__attribute__? before ?as_det_obj? > Mutils.h:62: error: expected ?=?, ?,?, ?;?, ?asm? or ?__attribute__? before ?get_factors? > Mutils.h:63: error: expected ?=?, ?,?, ?;?, ?asm? or ?__attribute__? before ?set_factors? > Mutils.h:72: error: expected ?=?, ?,?, ?;?, ?asm? or ?__attribute__? before ?Matrix_make_named? > Mutils.h:73: error: expected ?=?, ?,?, ?;?, ?asm? or ?__attribute__? before ?check_scalar_string? > Mutils.h:74: error: expected ?=?, ?,?, ?;?, ?asm? or ?__attribute__? before ?equal_string_vectors? > Mutils.h:76: error: expected declaration specifiers or ?...? before ?SEXP? > Mutils.h:77: error: expected declaration specifiers or ?...? before ?SEXP? > Mutils.h:78: error: expected declaration specifiers or ?...? before ?SEXP? > Mutils.h:79: error: expected declaration specifiers or ?...? before ?SEXP? > Mutils.h:81: error: expected ?=?, ?,?, ?;?, ?asm? or ?__attribute__? before ?Matrix_getElement? > In file included from Mutils.h:99, > from CHMfactor.h:4, > from CHMfactor.c:2: > Syms.h:2: error: expected ?=?, ?,?, ?;?, ?asm? or ?__attribute__? before ?Matrix_DimNamesSym? > In file included from CHMfactor.h:4, > from CHMfactor.c:2: > Mutils.h:149: error: expected ?=?, ?,?, ?;?, ?asm? or ?__attribute__? before ?int? > Mutils.h:178: error: expected ?=?, ?,?, ?;?, ?asm? or ?__attribute__? before ?SEXP? > Mutils.h:197: error: expected ?=?, ?,?, ?;?, ?asm? or ?__attribute__? before ?int? > Mutils.h:215: error: expected ?=?, ?,?, ?;?, ?asm? or ?__attribute__? before ?Rboolean? > Mutils.h:226: error: expected declaration specifiers or ?...? before ?SEXP? > Mutils.h:227: error: expected declaration specifiers or ?...? before ?SEXP? > Mutils.h:229: error: expected declaration specifiers or ?...? before ?SEXP? > Mutils.h:230: error: expected declaration specifiers or ?...? before ?SEXP? > Mutils.h:232: error: expected ?=?, ?,?, ?;?, ?asm? or ?__attribute__? before ?Matrix_expand_pointers? > Mutils.h:234: error: expected ?=?, ?,?, ?;?, ?asm? or ?__attribute__? before ?dup_mMatrix_as_dgeMatrix? > Mutils.h:235: error: expected ?=?, ?,?, ?;?, ?asm? or ?__attribute__? before ?dup_mMatrix_as_geMatrix? > Mutils.h:237: error: expected ?=?, ?,?, ?;?, ?asm? or ?__attribute__? before ?new_dgeMatrix? > Mutils.h:238: error: expected ?=?, ?,?, ?;?, ?asm? or ?__attribute__? before ?m_encodeInd? > Mutils.h:239: error: expected ?=?, ?,?, ?;?, ?asm? or ?__attribute__? before ?m_encodeInd2? > Mutils.h:242: error: expected ?=?, ?,?, ?;?, ?asm? or ?__attribute__? before ?SEXP? > Mutils.h:248: error: expected ?=?, ?,?, ?;?, ?asm? or ?__attribute__? before ?SEXP? > Mutils.h:263: error: expected ?=?, ?,?, ?;?, ?asm? or ?__attribute__? before ?int? > In file included from CHMfactor.h:5, > from CHMfactor.c:2: > chm_common.h:19: error: expected declaration specifiers or ?...? before ?SEXP? > chm_common.h:20: error: expected declaration specifiers or ?...? before ?SEXP? > chm_common.h:21: error: expected declaration specifiers or ?...? before ?SEXP? > chm_common.h:22: error: expected declaration specifiers or ?...? before ?SEXP? > chm_common.h:24: error: expected declaration specifiers or ?...? before ?SEXP? > chm_common.h:35: error: expected ?=?, ?,?, ?;?, ?asm? or ?__attribute__? before ?chm_factor_to_SEXP? > chm_common.h:36: error: expected ?=?, ?,?, ?;?, ?asm? or ?__attribute__? before ?chm_sparse_to_SEXP? > chm_common.h:38: error: expected ?=?, ?,?, ?;?, ?asm? or ?__attribute__? before ?chm_triplet_to_SEXP? > chm_common.h:40: error: expected ?=?, ?,?, ?;?, ?asm? or ?__attribute__? before ?chm_dense_to_SEXP? > chm_common.h:42: error: expected ?=?, ?,?, ?;?, ?asm? or ?__attribute__? before ?chm_dense_to_matrix? > chm_common.h:44: error: expected declaration specifiers or ?...? before ?Rboolean? > chm_common.h:46: error: expected ?=?, ?,?, ?;?, ?asm? or ?__attribute__? before ?CHMfactor_validate? > chm_common.h:47: error: expected ?=?, ?,?, ?;?, ?asm? or ?__attribute__? before ?CHMsimpl_validate? > chm_common.h:48: error: expected ?=?, ?,?, ?;?, ?asm? or ?__attribute__? before ?CHMsuper_validate? > In file included from CHMfactor.c:2: > CHMfactor.h:7: error: expected ?=?, ?,?, ?;?, ?asm? or ?__attribute__? before ?CHMfactor_ldetL2? > CHMfactor.h:8: error: expected ?=?, ?,?, ?;?, ?asm? or ?__attribute__? before ?CHMfactor_to_sparse? > CHMfactor.h:9: error: expected ?=?, ?,?, ?;?, ?asm? or ?__attribute__? before ?CHMfactor_solve? > CHMfactor.h:10: error: expected ?=?, ?,?, ?;?, ?asm? or ?__attribute__? before ?CHMfactor_spsolve? > CHMfactor.h:11: error: expected ?=?, ?,?, ?;?, ?asm? or ?__attribute__? before ?CHMfactor_update? > CHMfactor.h:12: error: expected ?=?, ?,?, ?;?, ?asm? or ?__attribute__? before ?CHMfactor_ldetL2up? > CHMfactor.c:4: error: expected ?=?, ?,?, ?;?, ?asm? or ?__attribute__? before ?CHMfactor_to_sparse? > CHMfactor.c:20: error: expected ?=?, ?,?, ?;?, ?asm? or ?__attribute__? before ?CHMfactor_solve? > CHMfactor.c:37: error: expected ?=?, ?,?, ?;?, ?asm? or ?__attribute__? before ?CHMfactor_spsolve? > CHMfactor.c: In function ?chm_factor_ldetL2?: > CHMfactor.c:72: warning: implicit declaration of function ?log? > CHMfactor.c:72: warning: incompatible implicit declaration of built-in function ?log? > CHMfactor.c:72: warning: implicit declaration of function ?fabs? > CHMfactor.c:72: warning: incompatible implicit declaration of built-in function ?fabs? > CHMfactor.c:82: warning: implicit declaration of function ?error? > CHMfactor.c:85: warning: incompatible implicit declaration of built-in function ?log? > CHMfactor.c: At top level: > CHMfactor.c:91: error: expected ?=?, ?,?, ?;?, ?asm? or ?__attribute__? before ?CHMfactor_ldetL2? > CHMfactor.c:122: error: expected ?=?, ?,?, ?;?, ?asm? or ?__attribute__? before ?CHMfactor_update? > CHMfactor.c:132: error: expected ?=?, ?,?, ?;?, ?asm? or ?__attribute__? before ?CHMfactor_ldetL2up? > make: *** [CHMfactor.o] Error 1 > ERROR: compilation failed for package 'Matrix' > ** Removing '/usr/lib/R/library/Matrix' > > > > [[alternative HTML version deleted]] > > > ------------------------------------------------------------------------ > > ______________________________________________ > R-help at r-project.org mailing list > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help > PLEASE do read the posting guide http://www.R-project.org/posting-guide.html > and provide commented, minimal, self-contained, reproducible code. >
Hyunseung Kang
2008-Jul-10 18:17 UTC
[R] Help on Installing Matrix Package in Linux (Fedora)
I did a search on my system and it seems like R.h and the other files are not on the system. Also, CRAN or a google search does not seem to have any relevant info about these files. Here's the most relevant one in regards to Rversion.h: [Rd] Rversion.h ripley@stats.ox.ac.uk ripley@stats.ox.ac.uk Thu, 2 May 2002 11:33:47 +0100 (BST) * Previous message: [Rd] pictex (PR#1505) * Next message: [Rd] Rversion.h * Messages sorted by: [ date ] [ thread ] [ subject ] [ author ] ________________________________ Our current intention is to no longer include Rversion.h from R.h as from R 1.6.0 (which is months away). Package maintainers when revising code might like to check if they actually use Rversion.h, and if so include it explicitly. I did a quick grep through the CRAN packages, and in all but one case (mda) the test is for R < 1.2.0, so it may be simplest just to tidy up and add `Depends: R (>= 1.2.0)' to the DESCRIPTION file. -- Brian D. Ripley, ripley@stats.ox.ac.uk Professor of Applied Statistics, http://www.stats.ox.ac.uk/~ripley/ University of Oxford, Tel: +44 1865 272861 (self) 1 South Parks Road, +44 1865 272860 (secr) Oxford OX1 3TG, UK Fax: +44 1865 272595 -.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.- r-devel mailing list -- Read http://www.ci.tuwien.ac.at/~hornik/R/R-FAQ.html Send "info", "help", or "[un]subscribe" (in the "body", not the subject !) To: r-devel-request@stat.math.ethz.ch For Rdefines.h and R.h, they're aren't any good documentation. Any help on this would be greatly appreciated. -Hyunseung Kang ----- Original Message ---- From: Krzysztof Sakrejda-Leavitt <krzysztof.sakrejda@gmail.com> Cc: r-help@r-project.org Sent: Wednesday, July 9, 2008 6:11:04 PM Subject: Re: [R] Help on Installing Matrix Package in Linux (Fedora) Maybe I am wrong about this, but I think your problem is actually: Mutils.h:9:41: error: R.h: No such file or directory Mutils.h:10:22: error: Rversion.h: No such file or directory Mutils.h:11:56: error: Rdefines.h: No such file or directory I think these are important files for compiling additional packages, especially since the rest of your errors look like they are from missing definitions. I would do one of the locate/find flavor of commands and see where the R.h/etc... files are, then make sure your include path is set correctly... maybe check in Mutils.h for the lines which are supposed to include the R.h/etc files... to see if they will work for your system. hth, Krzysztof Hyunseung Kang wrote:> Hi, > > I have been trying to install the Matrix package on R running in Linux (Fedora). But, I get the following error message (at the bottom). I am logged[[elided Yahoo spam]] > -Hyunseung Kang > > * Installing *source* package 'Matrix' ... > Using GNU make for building the package > ** libs > ** arch - > gcc -m32 -std=gnu99 -I/usr/include/R -I/usr/local/include -I./UFconfig -fpic -O2 -g -pipe -Wall -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fexceptions -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -m32 -march=i386 -mtune=generic -fasynchronous-unwind-tables -c CHMfactor.c -o CHMfactor.o > In file included from CHMfactor.h:4, > from CHMfactor.c:2: > Mutils.h:9:41: error: R.h: No such file or directory > Mutils.h:10:22: error: Rversion.h: No such file or directory > Mutils.h:11:56: error: Rdefines.h: No such file or directory > In file included from CHMfactor.h:4, > from CHMfactor.c:2: > Mutils.h:32: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before ¡triangularMatrix_validate¢ > Mutils.h:33: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before ¡symmetricMatrix_validate¢ > Mutils.h:34: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before ¡dense_nonpacked_validate¢ > Mutils.h:54:49: error: missing binary operator before token "(" > Mutils.h:59: error: expected ¡)¢ before ¡obj¢ > Mutils.h:60: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before ¡set_double_by_name¢ > Mutils.h:61: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before ¡as_det_obj¢ > Mutils.h:62: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before ¡get_factors¢ > Mutils.h:63: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before ¡set_factors¢ > Mutils.h:72: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before ¡Matrix_make_named¢ > Mutils.h:73: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before ¡check_scalar_string¢ > Mutils.h:74: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before ¡equal_string_vectors¢ > Mutils.h:76: error: expected declaration specifiers or ¡...¢ before ¡SEXP¢ > Mutils.h:77: error: expected declaration specifiers or ¡...¢ before ¡SEXP¢ > Mutils.h:78: error: expected declaration specifiers or ¡...¢ before ¡SEXP¢ > Mutils.h:79: error: expected declaration specifiers or ¡...¢ before ¡SEXP¢ > Mutils.h:81: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before ¡Matrix_getElement¢ > In file included from Mutils.h:99, > from CHMfactor.h:4, > from CHMfactor.c:2: > Syms.h:2: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before ¡Matrix_DimNamesSym¢ > In file included from CHMfactor.h:4, > from CHMfactor.c:2: > Mutils.h:149: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before ¡int¢ > Mutils.h:178: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before ¡SEXP¢ > Mutils.h:197: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before ¡int¢ > Mutils.h:215: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before ¡Rboolean¢ > Mutils.h:226: error: expected declaration specifiers or ¡...¢ before ¡SEXP¢ > Mutils.h:227: error: expected declaration specifiers or ¡...¢ before ¡SEXP¢ > 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