Bonjour, je travaille actuellement sur le logiciel R et mets en place des procédures d'analyse de données : sur des procédures de classification employant la commande dist(), je rencontre des problèmes de memoire : avec des data.frame d'environ 100 000 lignes j'obtiens le message d'erreur suivant : Error : cannot allocate vector of size 668 481 330 Ou une autre erreur souvent affichée : Reached total allocation of 510 Mb : see help(memory.size) J'ai donc lu les aides sur R, visité les sites concernés : et notamment certaines options configurées pouvant être augmentées : max-mem-size = N .... aucun changement ! Y a t il quelqun qui peut me dire clairement et concrètement ce qu on peut faire pour remédier à ce problème ??!!! et non pas m'envoyer vers un lien que j'ai déjà du visiter et qui ne pas apporté de réponse !!!! Merci d'avance !!! [[alternative HTML version deleted]]
Le 28.04.2006 09:51, anthony BOND a ?crit :> Bonjour, > je travaille actuellement sur le logiciel R et mets en place des proc?dures d'analyse de donn?es : > sur des proc?dures de classification employant la commande dist(), je rencontre des probl?mes de memoire : avec des data.frame d'environ 100 000 lignes j'obtiens le message d'erreur suivant : > > Error : cannot allocate vector of size 668 481 330 > > Ou une autre erreur souvent affich?e : > > Reached total allocation of 510 Mb : see help(memory.size) > > J'ai donc lu les aides sur R, visit? les sites concern?s : et notamment certaines options configur?es pouvant ?tre augment?es : max-mem-size = N .... aucun changement ! > > Y a t il quelqun qui peut me dire clairement et concr?tement ce qu on peut faire pour rem?dier ? ce probl?me ??!!! et non pas m'envoyer vers un lien que j'ai d?j? du visiter et qui ne pas apport? de r?ponse !!!! > > Merci d'avance !!! >Hi, Clearly you didn't check that page : http://www.R-project.org/posting-guide.html which asks you to post in english[1] in that list. You haven't told us you OS neither. That can make a difference in memory management. Your data is pretty big to be handled by dist, your distance matrix would be of dimension 100 000 times 100 000. You might want to use ?clara "Clustering Large Applications". BTW, I think you should check your keyboard. It is stuck to extensive ponctuation !!?!!,..!!,??? Romain [1] If you really cannot write in english, consider that (young) forum: http://forums.cirad.fr/logiciel-R/index.php -- visit the R Graph Gallery : http://addictedtor.free.fr/graphiques mixmod 1.7 is released : http://www-math.univ-fcomte.fr/mixmod/index.php +---------------------------------------------------------------+ | Romain FRANCOIS - http://francoisromain.free.fr | | Doctorant INRIA Futurs / EDF | +---------------------------------------------------------------+
Salut
pour y remedier tu peux employer les mécanismes de base de données
si tu bosses avec Linux essaye RMySQL ou RODBC sous windows. Tu pourras ainsi
faire ce que tu veux si ça ne marche pas lits les archives on y a longuement
discuté de ce sujet
----- Message d'origine ----
De : anthony BOND <anthonymielle@yahoo.fr>
À : r-help@stat.math.ethz.ch
Envoyé le : Vendredi, 28 Avril 2006, 9h51mn 57s
Objet : [R] Memoire defaillante
Bonjour,
je travaille actuellement sur le logiciel R et mets en place des procédures
d'analyse de données :
sur des procédures de classification employant la commande dist(), je rencontre
des problèmes de memoire : avec des data.frame d'environ 100 000 lignes
j'obtiens le message d'erreur suivant :
Error : cannot allocate vector of size 668 481 330
Ou une autre erreur souvent affichée :
Reached total allocation of 510 Mb : see help(memory.size)
J'ai donc lu les aides sur R, visité les sites concernés : et notamment
certaines options configurées pouvant être augmentées : max-mem-size = N ....
aucun changement !
Y a t il quelqun qui peut me dire clairement et concrètement ce qu on peut faire
pour remédier à ce problème ??!!! et non pas m'envoyer vers un lien que
j'ai déjà du visiter et qui ne pas apporté de réponse !!!!
Merci d'avance !!!
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