Pedro Concejero Cerezo
2016-Aug-11 15:45 UTC
[R-es] Comparación de probabilidades de supervivencia en R
Hola, Manuel, No entiendo tu pregunta (la repito aqui para que sea mas explicito): hay alguna forma de comparar la probabilidad de supervivencias (en este caso anual) entre grupos sin utilizar un chi-cuadrado y un valor de P. Entiendo que lo que hace survdiff es comparar las curvas de supervivencia, pero yo quiero comparar la probabilidad de supervivencia entre grupos al final del estudio. Con survdiff (log-rank test) *ya* estas haciendo la comparacion de supervivencias entre los grupos, y el resultado es que no hay diferencias significativas. Esto se ve tambien en el solapamiento entre los intervalos de confianza para los diferentes grupos. Cuando dices que quieres comparar la probabilidad de supervivencia estas diciendo lo mismo que si quieres comparar las curvas de supervivencia. Estas curvas son una representacion de la probabilidad de supervivencia a lo largo del tiempo. Es lo mismo. Hay alternativas al log-rank test https://www.google.es/search?q=compare+survival+curves Pero quizas tienes que pensar cual es la pregunta a la que quieres responder antes de entrar en detalles mucho mas tecnicos. El 11/08/2016 a las 15:53, r-help-es-request en r-project.org<mailto:r-help-es-request en r-project.org> escribió: [R-es] Comparación de probabilidades de supervivencia en R -- Pedro Concejero E-mail: pedro.concejerocerezo en telefonica.com<mailto:pedro.concejerocerezo en telefonica.com> skype: pedro.concejero twitter @ConcejeroPedro<https://twitter.com/ConcejeroPedro> linkedin pedroconcejero<http://www.linkedin.com/in/pedroconcejero/es> Entusiasta R, me encontraréis aquí gRupo R madRid <http://madrid.r-es.org/?s=concejero&searchsubmit.x=21&searchsubmit.y=13> ________________________________ Este mensaje y sus adjuntos se dirigen exclusivamente a su destinatario, puede contener información privilegiada o confidencial y es para uso exclusivo de la persona o entidad de destino. Si no es usted. el destinatario indicado, queda notificado de que la lectura, utilización, divulgación y/o copia sin autorización puede estar prohibida en virtud de la legislación vigente. Si ha recibido este mensaje por error, le rogamos que nos lo comunique inmediatamente por esta misma vía y proceda a su destrucción. The information contained in this transmission is privileged and confidential information intended only for the use of the individual or entity named above. If the reader of this message is not the intended recipient, you are hereby notified that any dissemination, distribution or copying of this communication is strictly prohibited. If you have received this transmission in error, do not read it. Please immediately reply to the sender that you have received this communication in error and then delete it. Esta mensagem e seus anexos se dirigem exclusivamente ao seu destinatário, pode conter informação privilegiada ou confidencial e é para uso exclusivo da pessoa ou entidade de destino. Se não é vossa senhoria o destinatário indicado, fica notificado de que a leitura, utilização, divulgação e/ou cópia sem autorização pode estar proibida em virtude da legislação vigente. Se recebeu esta mensagem por erro, rogamos-lhe que nos o comunique imediatamente por esta mesma via e proceda a sua destruição [[alternative HTML version deleted]]
Manuel Spínola
2016-Aug-11 16:12 UTC
[R-es] Comparación de probabilidades de supervivencia en R
Muchas gracias Pedro.
Entiendo. Pero tengo otro caso en el que la diferencia es estadísticamente
significativa, pero como son 5 grupos como podría ver cuales grupos son los
diferentes con survdiff. Por otro lado, no quiero ver significancia
estadística sino que prefiero evaluar tamaño del efecto no estandarizado.
Además, survdiff da muchos intervalos de confianza. Cuáles son los que se
está comparando?
Por ejemplo: para un grupo hay 6 intervalos de confianza:
tratamiento=saran
time n.risk n.event survival std.err lower 95% CI upper 95% CI
60 18 2 0.889 0.0741 0.7549 1.000
131 16 1 0.833 0.0878 0.6778 1.000
192 15 2 0.722 0.1056 0.5423 0.962
252 13 4 0.500 0.1179 0.3150 0.794
303 9 3 0.333 0.1111 0.1734 0.641
379 6 3 0.167 0.0878 0.0593 0.468
Manuel
El 11 de agosto de 2016, 9:45, Pedro Concejero Cerezo <
pedro.concejerocerezo en telefonica.com> escribió:
> Hola, Manuel,
> No entiendo tu pregunta (la repito aqui para que sea mas explicito):
>
> hay alguna forma de comparar la probabilidad de
> supervivencias (en este caso anual) entre grupos sin utilizar un
> chi-cuadrado y un valor de P. Entiendo que lo que hace survdiff es comparar
> las curvas de supervivencia, pero yo quiero comparar la probabilidad de
> supervivencia entre grupos al final del estudio.
>
>
> Con survdiff (log-rank test) *ya* estas haciendo la comparacion de
> supervivencias entre los grupos, y el resultado es que no hay diferencias
> significativas.
> Esto se ve tambien en el solapamiento entre los intervalos de confianza
> para los diferentes grupos. Cuando dices que quieres comparar la
> probabilidad de supervivencia estas diciendo lo mismo que si quieres
> comparar las curvas de supervivencia. Estas curvas son una representacion
> de la probabilidad de supervivencia a lo largo del tiempo. Es lo mismo.
>
> Hay alternativas al log-rank test
> https://www.google.es/search?q=compare+survival+curves
>
> Pero quizas tienes que pensar cual es la pregunta a la que quieres
> responder antes de entrar en detalles mucho mas tecnicos.
>
> El 11/08/2016 a las 15:53, r-help-es-request en r-project.org escribió:
>
> [R-es] Comparación de probabilidades de supervivencia en R
>
>
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> --
>
>
>
>
>
> *Pedro Concejero E-mail: pedro.concejerocerezo en telefonica.com
> <pedro.concejerocerezo en telefonica.com> skype: pedro.concejero
twitter
> @ConcejeroPedro <https://twitter.com/ConcejeroPedro> linkedin
> pedroconcejero <http://www.linkedin.com/in/pedroconcejero/es>
Entusiasta R,
> me encontraréis aquí gRupo R madRid
>
<http://madrid.r-es.org/?s=concejero&searchsubmit.x=21&searchsubmit.y=13>*
>
> ------------------------------
>
> Este mensaje y sus adjuntos se dirigen exclusivamente a su destinatario,
> puede contener información privilegiada o confidencial y es para uso
> exclusivo de la persona o entidad de destino. Si no es usted. el
> destinatario indicado, queda notificado de que la lectura, utilización,
> divulgación y/o copia sin autorización puede estar prohibida en virtud de
> la legislación vigente. Si ha recibido este mensaje por error, le rogamos
> que nos lo comunique inmediatamente por esta misma vía y proceda a su
> destrucción.
>
> The information contained in this transmission is privileged and
> confidential information intended only for the use of the individual or
> entity named above. If the reader of this message is not the intended
> recipient, you are hereby notified that any dissemination, distribution or
> copying of this communication is strictly prohibited. If you have received
> this transmission in error, do not read it. Please immediately reply to the
> sender that you have received this communication in error and then delete
> it.
>
> Esta mensagem e seus anexos se dirigem exclusivamente ao seu destinatário,
> pode conter informação privilegiada ou confidencial e é para uso exclusivo
> da pessoa ou entidade de destino. Se não é vossa senhoria o destinatário
> indicado, fica notificado de que a leitura, utilização, divulgação e/ou
> cópia sem autorização pode estar proibida em virtude da legislação vigente.
> Se recebeu esta mensagem por erro, rogamos-lhe que nos o comunique
> imediatamente por esta mesma via e proceda a sua destruição
>
--
*Manuel Spínola, Ph.D.*
Instituto Internacional en Conservación y Manejo de Vida Silvestre
Universidad Nacional
Apartado 1350-3000
Heredia
COSTA RICA
mspinola en una.cr <mspinola en una.ac.cr>
mspinola10 en gmail.com
Teléfono: (506) 8706 - 4662
Personal website: Lobito de río
<https://sites.google.com/site/lobitoderio/>
Institutional website: ICOMVIS <http://www.icomvis.una.ac.cr/>
[[alternative HTML version deleted]]
Pedro Concejero Cerezo
2016-Aug-12 08:56 UTC
[R-es] Comparación de probabilidades de supervivencia en R
Hola, Manuel
No es precisamente mi especialidad, pero no es dificil encontrar informacion,
por ejemplo
https://www.google.es/search?q=r+logrank+survival+multiple+comparisons
Encuentro ademas de la muy recomendable aunque muy teorica pregunta en
stackexchange (primer resultado) lo siguiente:
http://artax.karlin.mff.cuni.cz/r-help/library/RVAideMemoire/html/surv.multcomp.html
Sobre la salida que muestras, mira si lo que pones es la salida de survdiff o de
survfit. Lo que tienes en esa salida es la descripcion de la curva de
supervivencia usando Kaplan-Meier, con su intervalo de confianza. Los puntos en
time son aquellos para los que hay eventos en tus datos. Aqui no hay comparacion
estadistica, es un metodo descriptivo y no parametrico de la supervivencia.
Haz un print de survdiff, ese es el que te da el contraste estadistico de
comparacion de supervivencia entre grupos.
El 11/08/2016 a las 18:12, Manuel Spínola escribió:
Muchas gracias Pedro.
Entiendo. Pero tengo otro caso en el que la diferencia es estadísticamente
significativa, pero como son 5 grupos como podría ver cuales grupos son los
diferentes con survdiff. Por otro lado, no quiero ver significancia estadística
sino que prefiero evaluar tamaño del efecto no estandarizado.
Además, survdiff da muchos intervalos de confianza. Cuáles son los que se está
comparando?
Por ejemplo: para un grupo hay 6 intervalos de confianza:
tratamiento=saran
time n.risk n.event survival std.err lower 95% CI upper 95% CI
60 18 2 0.889 0.0741 0.7549 1.000
131 16 1 0.833 0.0878 0.6778 1.000
192 15 2 0.722 0.1056 0.5423 0.962
252 13 4 0.500 0.1179 0.3150 0.794
303 9 3 0.333 0.1111 0.1734 0.641
379 6 3 0.167 0.0878 0.0593 0.468
Manuel
El 11 de agosto de 2016, 9:45, Pedro Concejero Cerezo <pedro.concejerocerezo
en telefonica.com<mailto:pedro.concejerocerezo en telefonica.com>>
escribió:
Hola, Manuel,
No entiendo tu pregunta (la repito aqui para que sea mas explicito):
hay alguna forma de comparar la probabilidad de
supervivencias (en este caso anual) entre grupos sin utilizar un
chi-cuadrado y un valor de P. Entiendo que lo que hace survdiff es comparar
las curvas de supervivencia, pero yo quiero comparar la probabilidad de
supervivencia entre grupos al final del estudio.
Con survdiff (log-rank test) *ya* estas haciendo la comparacion de
supervivencias entre los grupos, y el resultado es que no hay diferencias
significativas.
Esto se ve tambien en el solapamiento entre los intervalos de confianza para los
diferentes grupos. Cuando dices que quieres comparar la probabilidad de
supervivencia estas diciendo lo mismo que si quieres comparar las curvas de
supervivencia. Estas curvas son una representacion de la probabilidad de
supervivencia a lo largo del tiempo. Es lo mismo.
Hay alternativas al log-rank test
https://www.google.es/search?q=compare+survival+curves
Pero quizas tienes que pensar cual es la pregunta a la que quieres responder
antes de entrar en detalles mucho mas tecnicos.
El 11/08/2016 a las 15:53, r-help-es-request en
r-project.org<mailto:r-help-es-request en r-project.org> escribió:
[R-es] Comparación de probabilidades de supervivencia en R
--
Pedro Concejero
E-mail: pedro.concejerocerezo en telefonica.com<mailto:pedro.concejerocerezo
en telefonica.com>
skype: pedro.concejero
twitter @ConcejeroPedro<https://twitter.com/ConcejeroPedro>
linkedin pedroconcejero<http://www.linkedin.com/in/pedroconcejero/es>
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autorización puede estar prohibida en virtud de la legislación vigente. Si ha
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por erro, rogamos-lhe que nos o comunique imediatamente por esta mesma via e
proceda a sua destruição
--
Manuel Spínola, Ph.D.
Instituto Internacional en Conservación y Manejo de Vida Silvestre
Universidad Nacional
Apartado 1350-3000
Heredia
COSTA RICA
mspinola en una.cr<mailto:mspinola en una.ac.cr>
mspinola10 en gmail.com<mailto:mspinola10 en gmail.com>
Teléfono: (506) 8706 - 4662
Personal website: Lobito de
río<https://sites.google.com/site/lobitoderio/>
Institutional website: ICOMVIS<http://www.icomvis.una.ac.cr/>
--
Pedro Concejero
E-mail: pedro.concejerocerezo en telefonica.com<mailto:pedro.concejerocerezo
en telefonica.com>
skype: pedro.concejero
twitter @ConcejeroPedro<https://twitter.com/ConcejeroPedro>
linkedin pedroconcejero<http://www.linkedin.com/in/pedroconcejero/es>
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Francisco Viciana
2016-Aug-12 11:07 UTC
[R-es] Comparación de probabilidades de supervivencia en R
Si lo que quieres obtener es una valoración global del efecto de cada tratamiento, quízas lo mas adecuado es que use regresión de Cox (si puedes asumir proporcionalidad de los efectos. La resolución de modelo creo que seria algo similar a esto> s = Surv(c$tiempo, c$estado) > summary(coxph(s ~ tratamiento , data = c) )Exponenciando los coeficientes del modelo tiene una media de efecto "Hazard Ratio", habitualmente usada en los estudios epidemiológicos y sobre los que puedes plantear un test de "no efecto", para cada uno de los tratamientos con respecto al grupo control. On 11/08/16 18:12, Manuel Spínola wrote:> Muchas gracias Pedro. > > Entiendo. Pero tengo otro caso en el que la diferencia es estadísticamente > significativa, pero como son 5 grupos como podría ver cuales grupos son los > diferentes con survdiff. Por otro lado, no quiero ver significancia > estadística sino que prefiero evaluar tamaño del efecto no estandarizado. > > Además, survdiff da muchos intervalos de confianza. Cuáles son los que se > está comparando? > > Por ejemplo: para un grupo hay 6 intervalos de confianza: > > tratamiento=saran > time n.risk n.event survival std.err lower 95% CI upper 95% CI > 60 18 2 0.889 0.0741 0.7549 1.000 > 131 16 1 0.833 0.0878 0.6778 1.000 > 192 15 2 0.722 0.1056 0.5423 0.962 > 252 13 4 0.500 0.1179 0.3150 0.794 > 303 9 3 0.333 0.1111 0.1734 0.641 > 379 6 3 0.167 0.0878 0.0593 0.468 > > > Manuel > > El 11 de agosto de 2016, 9:45, Pedro Concejero Cerezo < > pedro.concejerocerezo en telefonica.com> escribió: > >> Hola, Manuel, >> No entiendo tu pregunta (la repito aqui para que sea mas explicito): >> >> hay alguna forma de comparar la probabilidad de >> supervivencias (en este caso anual) entre grupos sin utilizar un >> chi-cuadrado y un valor de P. Entiendo que lo que hace survdiff es comparar >> las curvas de supervivencia, pero yo quiero comparar la probabilidad de >> supervivencia entre grupos al final del estudio. >> >> >> Con survdiff (log-rank test) *ya* estas haciendo la comparacion de >> supervivencias entre los grupos, y el resultado es que no hay diferencias >> significativas. >> Esto se ve tambien en el solapamiento entre los intervalos de confianza >> para los diferentes grupos. Cuando dices que quieres comparar la >> probabilidad de supervivencia estas diciendo lo mismo que si quieres >> comparar las curvas de supervivencia. Estas curvas son una representacion >> de la probabilidad de supervivencia a lo largo del tiempo. Es lo mismo. >> >> Hay alternativas al log-rank test >> https://www.google.es/search?q=compare+survival+curves >> >> Pero quizas tienes que pensar cual es la pregunta a la que quieres >> responder antes de entrar en detalles mucho mas tecnicos. >> >> El 11/08/2016 a las 15:53, r-help-es-request en r-project.org escribió: >> >> [R-es] Comparación de probabilidades de supervivencia en R >> >> >> >> -- >> >> >> >> >> >> *Pedro Concejero E-mail: pedro.concejerocerezo en telefonica.com >> <pedro.concejerocerezo en telefonica.com> skype: pedro.concejero twitter >> @ConcejeroPedro <https://twitter.com/ConcejeroPedro> linkedin >> pedroconcejero <http://www.linkedin.com/in/pedroconcejero/es> Entusiasta R, >> me encontraréis aquí gRupo R madRid >> <http://madrid.r-es.org/?s=concejero&searchsubmit.x=21&searchsubmit.y=13>* >> >> ------------------------------ >> >> Este mensaje y sus adjuntos se dirigen exclusivamente a su destinatario, >> puede contener información privilegiada o confidencial y es para uso >> exclusivo de la persona o entidad de destino. Si no es usted. el >> destinatario indicado, queda notificado de que la lectura, utilización, >> divulgación y/o copia sin autorización puede estar prohibida en virtud de >> la legislación vigente. Si ha recibido este mensaje por error, le rogamos >> que nos lo comunique inmediatamente por esta misma vía y proceda a su >> destrucción. >> >> The information contained in this transmission is privileged and >> confidential information intended only for the use of the individual or >> entity named above. If the reader of this message is not the intended >> recipient, you are hereby notified that any dissemination, distribution or >> copying of this communication is strictly prohibited. If you have received >> this transmission in error, do not read it. Please immediately reply to the >> sender that you have received this communication in error and then delete >> it. >> >> Esta mensagem e seus anexos se dirigem exclusivamente ao seu destinatário, >> pode conter informação privilegiada ou confidencial e é para uso exclusivo >> da pessoa ou entidade de destino. Se não é vossa senhoria o destinatário >> indicado, fica notificado de que a leitura, utilização, divulgação e/ou >> cópia sem autorização pode estar proibida em virtude da legislação vigente. >> Se recebeu esta mensagem por erro, rogamos-lhe que nos o comunique >> imediatamente por esta mesma via e proceda a sua destruição >> > >-- +-------------------------------------------------------------- | Francisco J. Viciana Fernández | Coordinador del Registro de Población | Servicio de Estadísticas Demográficas y Sociales | Instituto de Estadística y Cartografía de Andalucía | Leonardo Da Vinci, nº 21. Isla de La Cartuja. | 41071 SEVILLA. | franciscoj.viciana en juntadeandalucia.es +-------------------------------------------------------------- [[alternative HTML version deleted]]