Manuel Spínola
2016-Aug-11 12:49 UTC
[R-es] Comparación de probabilidades de supervivencia en R
Estimados miembros de la lista, Estoy haciendo una análisis de supervivencia con R. Adjunto mis datos. Quiero analizar la supervivencia de 5 grupos diferentes y compararla. Para ello estoy utilizando el paquete survival.> s = Surv(c$tiempo, c$estado) > f = survfit(s ~ tratamiento, data = c) > d = survdiff(s ~ tratamiento, data = c) > dCall: survdiff(formula = s ~ tratamiento, data = c) N Observed Expected (O-E)^2/E (O-E)^2/V tratamiento=h+s 18 15 12.0 0.7499 1.1362 tratamiento=hojas 17 10 14.4 1.3365 2.1327 tratamiento=lombri 15 11 11.3 0.0104 0.0156 tratamiento=saran 18 15 13.9 0.0801 0.1254 tratamiento=sin 30 23 22.3 0.0202 0.0369 Chisq= 2.8 on 4 degrees of freedom, p= 0.59 Mi pregunta es hay alguna forma de comparar la probabilidad de supervivencias (en este caso anual) entre grupos sin utilizar un chi-cuadrado y un valor de P. Entiendo que lo que hace survdiff es comparar las curvas de supervivencia, pero yo quiero comparar la probabilidad de supervivencia entre grupos al final del estudio. Por ejemplo, estas son las probabilidades de supervivencia de cada grupo al final de 379 dás. Grupo 1: 0.167 95% CI: 0.0593 - 0.468 Grupo 2: 0 Grupo 3: 0.267 95% CI: 0.115 - 0.617 Grupo 4: 0.167 95% CI: 0.0593 - 0.468 Grupo 5: 0.233 95%CI: 0.122 - 0.446 Como comparar esas probabilidades de supervivencia? Muchas gracias, Manuel -- *Manuel Spínola, Ph.D.* Instituto Internacional en Conservación y Manejo de Vida Silvestre Universidad Nacional Apartado 1350-3000 Heredia COSTA RICA mspinola en una.cr <mspinola en una.ac.cr> mspinola10 en gmail.com Teléfono: (506) 8706 - 4662 Personal website: Lobito de río <https://sites.google.com/site/lobitoderio/> Institutional website: ICOMVIS <http://www.icomvis.una.ac.cr/> [[alternative HTML version deleted]]
javier.ruben.marcuzzi en gmail.com
2016-Aug-11 13:38 UTC
[R-es] Comparación de probabilidades de supervivencia en R
Estimado Manuel Spíndola De un grupo sobrevive el 23 % del otro el 16 %. ¿Usted desea algo como si fuese una regla de tres, donde los individuos del grupo X tienen un 160 % mayor sobrevida que, o los del grupo Y una sobrevida 65% menos que los del grupo?? Puse números al azar. ¿O algo tipo una tabla de correlaciones de sobrevida entre grupos? Javier Rubén Marcuzzi De: Manuel Spínola [[alternative HTML version deleted]]
Carlos Ortega
2016-Aug-11 13:50 UTC
[R-es] Comparación de probabilidades de supervivencia en R
Hola, Puedes mirar esto: https://cloud.r-project.org/web/packages/multcomp/index.html Saludos, Carlos Ortega www.qualityexcellence.es El 11 de agosto de 2016, 14:49, Manuel Spínola <mspinola10 en gmail.com> escribió:> Estimados miembros de la lista, > > Estoy haciendo una análisis de supervivencia con R. Adjunto mis datos. > Quiero analizar la supervivencia de 5 grupos diferentes y compararla. Para > ello estoy utilizando el paquete survival. > > > > s = Surv(c$tiempo, c$estado) > > f = survfit(s ~ tratamiento, data = c) > > d = survdiff(s ~ tratamiento, data = c) > > d > Call: > survdiff(formula = s ~ tratamiento, data = c) > > N Observed Expected (O-E)^2/E (O-E)^2/V > tratamiento=h+s 18 15 12.0 0.7499 1.1362 > tratamiento=hojas 17 10 14.4 1.3365 2.1327 > tratamiento=lombri 15 11 11.3 0.0104 0.0156 > tratamiento=saran 18 15 13.9 0.0801 0.1254 > tratamiento=sin 30 23 22.3 0.0202 0.0369 > > Chisq= 2.8 on 4 degrees of freedom, p= 0.59 > > > Mi pregunta es hay alguna forma de comparar la probabilidad de > supervivencias (en este caso anual) entre grupos sin utilizar un > chi-cuadrado y un valor de P. Entiendo que lo que hace survdiff es comparar > las curvas de supervivencia, pero yo quiero comparar la probabilidad de > supervivencia entre grupos al final del estudio. > > Por ejemplo, estas son las probabilidades de supervivencia de cada grupo al > final de 379 dás. > > Grupo 1: 0.167 95% CI: 0.0593 - 0.468 > Grupo 2: 0 > Grupo 3: 0.267 95% CI: 0.115 - 0.617 > Grupo 4: 0.167 95% CI: 0.0593 - 0.468 > Grupo 5: 0.233 95%CI: 0.122 - 0.446 > > Como comparar esas probabilidades de supervivencia? > > Muchas gracias, > > Manuel > > > > -- > *Manuel Spínola, Ph.D.* > Instituto Internacional en Conservación y Manejo de Vida Silvestre > Universidad Nacional > Apartado 1350-3000 > Heredia > COSTA RICA > mspinola en una.cr <mspinola en una.ac.cr> > mspinola10 en gmail.com > Teléfono: (506) 8706 - 4662 > Personal website: Lobito de río <https://sites.google.com/ > site/lobitoderio/> > Institutional website: ICOMVIS <http://www.icomvis.una.ac.cr/> > > [[alternative HTML version deleted]] > > _______________________________________________ > R-help-es mailing list > R-help-es en r-project.org > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es >-- Saludos, Carlos Ortega www.qualityexcellence.es [[alternative HTML version deleted]]
Manuel Spínola
2016-Aug-11 13:53 UTC
[R-es] Comparación de probabilidades de supervivencia en R
Muchas gracias Javier y Carlos. multcomp es lo que estaba buscando. Manuel El 11 de agosto de 2016, 7:50, Carlos Ortega <cof en qualityexcellence.es> escribió:> Hola, > > Puedes mirar esto: > > https://cloud.r-project.org/web/packages/multcomp/index.html > > Saludos, > Carlos Ortega > www.qualityexcellence.es > > El 11 de agosto de 2016, 14:49, Manuel Spínola <mspinola10 en gmail.com> > escribió: > >> Estimados miembros de la lista, >> >> Estoy haciendo una análisis de supervivencia con R. Adjunto mis datos. >> Quiero analizar la supervivencia de 5 grupos diferentes y compararla. Para >> ello estoy utilizando el paquete survival. >> >> >> > s = Surv(c$tiempo, c$estado) >> > f = survfit(s ~ tratamiento, data = c) >> > d = survdiff(s ~ tratamiento, data = c) >> > d >> Call: >> survdiff(formula = s ~ tratamiento, data = c) >> >> N Observed Expected (O-E)^2/E (O-E)^2/V >> tratamiento=h+s 18 15 12.0 0.7499 1.1362 >> tratamiento=hojas 17 10 14.4 1.3365 2.1327 >> tratamiento=lombri 15 11 11.3 0.0104 0.0156 >> tratamiento=saran 18 15 13.9 0.0801 0.1254 >> tratamiento=sin 30 23 22.3 0.0202 0.0369 >> >> Chisq= 2.8 on 4 degrees of freedom, p= 0.59 >> >> >> Mi pregunta es hay alguna forma de comparar la probabilidad de >> supervivencias (en este caso anual) entre grupos sin utilizar un >> chi-cuadrado y un valor de P. Entiendo que lo que hace survdiff es >> comparar >> las curvas de supervivencia, pero yo quiero comparar la probabilidad de >> supervivencia entre grupos al final del estudio. >> >> Por ejemplo, estas son las probabilidades de supervivencia de cada grupo >> al >> final de 379 dás. >> >> Grupo 1: 0.167 95% CI: 0.0593 - 0.468 >> Grupo 2: 0 >> Grupo 3: 0.267 95% CI: 0.115 - 0.617 >> Grupo 4: 0.167 95% CI: 0.0593 - 0.468 >> Grupo 5: 0.233 95%CI: 0.122 - 0.446 >> >> Como comparar esas probabilidades de supervivencia? >> >> Muchas gracias, >> >> Manuel >> >> >> >> -- >> *Manuel Spínola, Ph.D.* >> Instituto Internacional en Conservación y Manejo de Vida Silvestre >> Universidad Nacional >> Apartado 1350-3000 >> Heredia >> COSTA RICA >> mspinola en una.cr <mspinola en una.ac.cr> >> mspinola10 en gmail.com >> Teléfono: (506) 8706 - 4662 >> Personal website: Lobito de río <https://sites.google.com/site >> /lobitoderio/> >> Institutional website: ICOMVIS <http://www.icomvis.una.ac.cr/> >> >> [[alternative HTML version deleted]] >> >> _______________________________________________ >> R-help-es mailing list >> R-help-es en r-project.org >> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es >> > > > > -- > Saludos, > Carlos Ortega > www.qualityexcellence.es >-- *Manuel Spínola, Ph.D.* Instituto Internacional en Conservación y Manejo de Vida Silvestre Universidad Nacional Apartado 1350-3000 Heredia COSTA RICA mspinola en una.cr <mspinola en una.ac.cr> mspinola10 en gmail.com Teléfono: (506) 8706 - 4662 Personal website: Lobito de río <https://sites.google.com/site/lobitoderio/> Institutional website: ICOMVIS <http://www.icomvis.una.ac.cr/> [[alternative HTML version deleted]]