R help es - Jul 2011 - Efectos aleatorios, interaccions y SNK, LSD o Tukey

Queridos R-users:

Tengo una duda que hace mucho tiempo que estoy intentando resolver, os  
explico a modo de ejemplo:

Tengo estos efectos: Año(5 niveles),Localidad (10 niveles) y genotipo  
(3 niveles), año y localidad son aleatorios y genotipo es fijo (los he  
escogido yo).

Me gustaría hacer obtener una tabla parecida a la Tabla Anova donde  
aparezca  cada factor y sus interacciones y finalmente hacer un  
comparación de medias del efecto fijo y del efecto Localidad. NO ser  
si es posible hacer tal cosa con los efectos aleatorios. He probado de  
todos, con lme y lmer pero no he podido introducir las interacciones  
deseada ni al final he podido hacer un LSD o SNK.

Como puedo implementarlo en R (teniendo en cuenta los efectos e  
interacciones anteriores (A,L,G)) y al final hacer una comparación de  
medias del Genotipo (G) (LSD o SNK)?

Muchas gracias

Atentamente

Marçal Plans

-- 
UPC-ESAB.
Campus del Baix Llobregat . Edifici D4. C. Esteve Terradas, 8. 08860  
Castelldefels
http://www.esab.upc.edu/
Despatx: 27
Telèfon:  93 552 1226

Fundació Miquel Agustí - Carrer de Sant Pau 34 08201 Sabadell, Barcelona
http://www.fundaciomiquelagusti.com/

Varias preguntas:
¿cuantas observaciones tienes? ¿Qué es lo que observas? ¿Como están  
estructurado tus datos (¿observaciones de individuos durante varios  
años en cada localidad?)?
?qué es lo que no funcionaba en el uso de lme?
Si las interacciones con el genotipo (G) son significativas, me temo  
que poco podrás concluir de las comparaciones de medias de G.
Procura ser más preciso si quieres que te echemos una mano.
Un saludo. Olivier

--  
____________________________________

Olivier G. Nuñez
Email: onunez en iberstat.es
Tel : +34 663 03 69 09
Web: http://www.iberstat.es

____________________________________




El 08/07/2011, a las 16:21, Marçal Plans escribió:
>
> Queridos R-users:
>
> Tengo una duda que hace mucho tiempo que estoy intentando resolver,  
> os explico a modo de ejemplo:
>
> Tengo estos efectos: Año(5 niveles),Localidad (10 niveles) y  
> genotipo (3 niveles), año y localidad son aleatorios y genotipo es  
> fijo (los he escogido yo).
>
> Me gustaría hacer obtener una tabla parecida a la Tabla Anova donde  
> aparezca  cada factor y sus interacciones y finalmente hacer un  
> comparación de medias del efecto fijo y del efecto Localidad. NO  
> ser si es posible hacer tal cosa con los efectos aleatorios. He  
> probado de todos, con lme y lmer pero no he podido introducir las  
> interacciones deseada ni al final he podido hacer un LSD o SNK.
>
> Como puedo implementarlo en R (teniendo en cuenta los efectos e  
> interacciones anteriores (A,L,G)) y al final hacer una comparación  
> de medias del Genotipo (G) (LSD o SNK)?
>
> Muchas gracias
>
> Atentamente
>
> Marçal Plans
>
> -- 
> UPC-ESAB.
> Campus del Baix Llobregat . Edifici D4. C. Esteve Terradas, 8.  
> 08860 Castelldefels
> http://www.esab.upc.edu/
> Despatx: 27
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> Fundació Miquel Agustí - Carrer de Sant Pau 34 08201 Sabadell,  
> Barcelona
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>
> _______________________________________________
> R-help-es mailing list
> R-help-es en r-project.org
> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es

Marcal
Tu pregunta tiene una larga respuesta.
Si tu efecto fijo es genotipo. Sólo tiene sentido que compares las medias de
genotipos ya que los valores esperados para los efectos aleatorios son
siempre cero asi que comparar medias NO.

Por otra parte, se puede especificar una interacción entre efectos
aleatorios y efectos fijos y el efecto resultantes es aleatorio con lo cual
tu proposito de compara medias para la interacción tampoco vale.

¿Que podes hacer?, mirar los BLUP del efecto de cada localidad sobre los
genotipos. Para especificar una interacción genotipo-localidad podrias
escribir algo asi. Es decir un efecto de localidad sobre Genotipo

modelo000_Rendim<-lme(Rendim~1+Genotipo,random=list(Localidad=pdIdent(~1),Localidad=pdIdent(~Genotipo-1))
,method="REML"
,na.action=na.omit
,data=misDatos
,keep.data=FALSE)

Si no tenes dudas de existencia de interacción entonces podrias pedir
*ranef(modelo000_Rendim)
*y obtendras los BLUP''s de cada sitio sobre los genotipos. Como los
BLUPs
son predicciones de variables aleatorias normales, podrias usar el criterio
heurístico de considerar que todos aquellos BLUPs que en valor absoluto
superen 2 o 2.5 si quieres ser mas estricto, como efectos
"significativos".

Para obtener las medias ajustadas de genotipos podes usar el paquete lsmeans
que esta en Rforge
(https://r-forge.r-project.org/R/?group_id=530)

Prof. Julio Di Rienzo
Estadística y Biometría
FCA- U.N. Córdoba
IBS-RARG President
http://sites.google.com/site/juliodirienzo
"Biometry, the active pursuit of biological
knowledge by quantitative methods."
(R.A. Fisher, 1948)



2011/7/8 Marçal Plans <marcal.plans@upc.edu>
>
> Queridos R-users:
>
> Tengo una duda que hace mucho tiempo que estoy intentando resolver, os
> explico a modo de ejemplo:
>
> Tengo estos efectos: Año(5 niveles),Localidad (10 niveles) y genotipo (3
> niveles), año y localidad son aleatorios y genotipo es fijo (los he
escogido
> yo).
>
> Me gustaría hacer obtener una tabla parecida a la Tabla Anova donde
> aparezca  cada factor y sus interacciones y finalmente hacer un comparación
> de medias del efecto fijo y del efecto Localidad. NO ser si es posible
hacer
> tal cosa con los efectos aleatorios. He probado de todos, con lme y lmer
> pero no he podido introducir las interacciones deseada ni al final he
podido
> hacer un LSD o SNK.
>
> Como puedo implementarlo en R (teniendo en cuenta los efectos e
> interacciones anteriores (A,L,G)) y al final hacer una comparación de
medias
> del Genotipo (G) (LSD o SNK)?
>
> Muchas gracias
>
> Atentamente
>
> Marçal Plans
>
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Corrección
Antes de mirar los BLUPs los tenes que estandarizar de alguna manera. Lo más
simple es dividirlos por la desviación estandar del efecto aleatoria
correspondiente.



Prof. Julio Di Rienzo
Estadística y Biometría
FCA- U.N. Córdoba
IBS-RARG President
http://sites.google.com/site/juliodirienzo
"Biometry, the active pursuit of biological
knowledge by quantitative methods."
(R.A. Fisher, 1948)



2011/7/8 Julio Alejandro Di Rienzo <dirienzo.julio@gmail.com>
> Marcal
> Tu pregunta tiene una larga respuesta.
> Si tu efecto fijo es genotipo. Sólo tiene sentido que compares las medias
> de genotipos ya que los valores esperados para los efectos aleatorios son
> siempre cero asi que comparar medias NO.
>
> Por otra parte, se puede especificar una interacción entre efectos
> aleatorios y efectos fijos y el efecto resultantes es aleatorio con lo cual
> tu proposito de compara medias para la interacción tampoco vale.
>
> ¿Que podes hacer?, mirar los BLUP del efecto de cada localidad sobre los
> genotipos. Para especificar una interacción genotipo-localidad podrias
> escribir algo asi. Es decir un efecto de localidad sobre Genotipo
>
>
>
modelo000_Rendim<-lme(Rendim~1+Genotipo,random=list(Localidad=pdIdent(~1),Localidad=pdIdent(~Genotipo-1))
> ,method="REML"
> ,na.action=na.omit
> ,data=misDatos
> ,keep.data=FALSE)
>
> Si no tenes dudas de existencia de interacción entonces podrias pedir
*ranef(modelo000_Rendim)
> *y obtendras los BLUP''s de cada sitio sobre los genotipos. Como
los BLUPs
> son predicciones de variables aleatorias normales, podrias usar el criterio
> heurístico de considerar que todos aquellos BLUPs que en valor absoluto
> superen 2 o 2.5 si quieres ser mas estricto, como efectos
"significativos".
>
> Para obtener las medias ajustadas de genotipos podes usar el paquete
> lsmeans que esta en Rforge
> (https://r-forge.r-project.org/R/?group_id=530)
>
> Prof. Julio Di Rienzo
> Estadística y Biometría
> FCA- U.N. Córdoba
> IBS-RARG President
> http://sites.google.com/site/juliodirienzo
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> knowledge by quantitative methods."
> (R.A. Fisher, 1948)
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> 2011/7/8 Marçal Plans <marcal.plans@upc.edu>
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(3
>> niveles), año y localidad son aleatorios y genotipo es fijo (los he
escogido
>> yo).
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>> Me gustaría hacer obtener una tabla parecida a la Tabla Anova donde
>> aparezca  cada factor y sus interacciones y finalmente hacer un
comparación
>> de medias del efecto fijo y del efecto Localidad. NO ser si es posible
hacer
>> tal cosa con los efectos aleatorios. He probado de todos, con lme y
lmer
>> pero no he podido introducir las interacciones deseada ni al final he
podido
>> hacer un LSD o SNK.
>>
>> Como puedo implementarlo en R (teniendo en cuenta los efectos e
>> interacciones anteriores (A,L,G)) y al final hacer una comparación de
medias
>> del Genotipo (G) (LSD o SNK)?
>>
>> Muchas gracias
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>> Atentamente
>>
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>> Campus del Baix Llobregat . Edifici D4. C. Esteve Terradas, 8. 08860
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>> Despatx: 27
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