Hi,
I have a set of data and I need to find out how many points are below a
certain value but R will not calculate this properly for me. Negative
numbers seem to be causing the issue.
This is my data:
structure(list(Analyte = c("584501W", "584502W",
"584504W", "584506W",
"584507W", "584508W", "584509W",
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"0.002100282", "0.00127116", "0.00087507",
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"0.003116056", "0.00269477",
"0.001127392", "0.001387888", "0.001568912",
"0.00199253", "0.000374667",
"0.002648756", "0.001985879", "0.001983733",
"0.000659444", "0.003735928",
"0.000649978", "0.000531627", "0.004032346",
"0.00084578", "0.000707181",
"0.00176177", "0.000724044", "0.000664402",
"0.011373309", "0.002388706",
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"0.002795226", "0.000567306",
"0.001694292", "0.00166641", "0.001945432",
"0.002895236", "0.001046278",
"0.002323907", "0.001420304", "0.001982192",
"0.000677479", "0.000491854",
"0.001486234", "0.001277554", "0.003431615",
"0.001142057", "0.002065289",
"0.000825491", "0.000925508", "0.000913616",
"0.001868473", "0.001826053",
"0.001221936", "0.002615253", "0.00198233",
"0.000654061", "0.001676624",
"0.001221201", "0.000456194", "0.000841204",
"0.005091102", "0.001521278",
"0.00140408", "0.00356072", "0.001374545",
"0.000975109", "0.001850532",
"0.000490473", "0.001053579", "0.000547076",
"0.001429506", "0.000989919",
"0.00029281", "0.000864564", "0.002571375",
"0.001410263", "0.002523124",
"0.000843319", "0.000788548", "0.000942674",
"0.000862536", "0.001145244",
"0.000731401", "0.000922755", "0.00080113",
"0.001147544", "0.000999559",
"0.001002895", "0.001534572", "0.001124767",
"0.00055331", "0.001453456",
"0.001563662", "0.002073296", "0.001865843",
"0.001249885", "0.002239018",
"0.000909996", "0.002121782", "0.002524288",
"0.001410567", "0.00208956",
"0.000853813", "0.003419427", "0.002006391",
"0.000549302", "0.000902927",
"0.001930719", "0.00167763", "0.002530737",
"0.003240916", "0.001839864",
"0.001413561", "0.001725875", "0.001846509",
"0.003881131", "0.000861918",
"0.000663578", "0.002255887", "0.000871992",
"0.001004718", "0.001688389",
"0.003073294", "0.000949486", "0.001302246",
"0.000464419", "0.001215565",
"0.003880833", "0.001844661", "0.003083818",
"0.002076196", "0.003507372",
"0.002746735", "0.001611621", "0.001053223",
"0.001772452", "0.001441064",
"0.002639818", "0.003257066", "0.002662365",
"0.004859482", "0.00349962",
"0.001242116", "0.002071981", "0.001188572",
"0.002338708", "0.002206605",
"0.001728737", "0.001522004", "0.001383648",
"0.00098972", "0.004487214",
"0.000812133", "0.001113718", "0.002843833",
"0.001116469", "0.001460217",
"0.001338645", "0.001437048", "0.003548891",
"0.001054238", "0.001435734",
"0.008424636", "0.003766785", "0.003005459",
"0.002083674", "0.003384797",
"0.001496615", "0.002147265")), .Names =
c("Analyte", "Tm_ugL"
), na.action = structure(3495L, .Names = "3498", class =
"omit"), row.names
= 4:2603, class = "data.frame")
This is my matrix for storing the data:
A_Censored<-matrix(A[,two],nrow(A),two)
This is my for loop for assessing whether it is above or below a certain
value (A_LLD<-0.0002):
for (i in one:nrow(A))
if (A[i,two]<=A_LLD)
{
(A_Censored[i,two]<-"TRUE")
}else
A_Censored[i,two]<-"FALSE"
And this is my count function
LLD_Count<- function(Element_List)
{Element_List<-na.omit(Element_List)
Count<-0
for (i in one:nrow(Element_List))
if (Element_List[i,two]=="TRUE")
Count<-Count+one
Count_perc<-(Count/length(Element_List[,two])*hundred)
LLD_Output<-data.frame(Count,Count_perc)
colnames(LLD_Output)<-c("N below LLD","Pecent below
LLD")
return(LLD_Output)
}
Im really stuck and your help be greatly appreciated.
Thanks
--
Shane
[[alternative HTML version deleted]]
Hmmm.... Perhaps I did not understand anything but it seems to me that there are no numbers in your data. These are character strings that you must convert to numbers before you can identify your categories. And also I clearly do not see any reason why you should use these loops... If I put your data into a data.frame called x:> summary(x)Analyte Tm_ugL Length:2600 Length:2600 Class :character Class :character Mode :character Mode :character So you can't find what you're looking for anyway as there are no numbers in it... You need to convert the Tm_ugL column to numeric. And also (most of all I should say) I'm sure you don't need all these loops... Is this homework for a course ? This should not take more than 3/4 lines of code ! Olivier. On Thu, 3 Oct 2013 17:27:28 +0100 Shane Carey <careyshan at gmail.com> wrote:> Hi, > > I have a set of data and I need to find out how many points are below > a certain value but R will not calculate this properly for me. > Negative numbers seem to be causing the issue. > > This is my data: > structure(list(Analyte = c("584501W", "584502W", "584504W", "584506W", > "584507W", "584508W", "584509W", "584510W", "584511W", "584513W", > "584514W", "584516W", "584517W", "584518W", "584519W", "584520W", > "584521W", "584522W", "584523W", "584525W", "584526W", "584527W", > "584528W", "584529W", "584530W", "584531W", "584532W", "584533W", > "584534W", "584535W", "584536W", "584537W", "584539W", "584540W", > "584543W", "584545W", "584546W", "584547W", "584548W", "584549W", > "584550W", "584551W", "584552W", "584553W", "584554W", "584555W", > "584556W", "584558W", "584561W", "584562W", "584563W", "584565W", > "584566W", "584569W", "584570W", "584571W", "584572W", "584573W", > "584574W", "584575W", "584577W", "584578W", "584579W", "584580W", > "584581W", "584582W", "584584W", "584585W", "584586W", "584587W", > "584588W", "584589W", "584590W", "584591W", "584592W", "584594W", > "584595W", "584597W", "584599W", "584600W", "584601W", "584602W", > "584603W", "584604W", "584606W", "584607W", "584610W", "584611W", > "584612W", "584613W", "584614W", "584615W", "584616W", "584617W", > "584618W", "584619W", "584620W", "584621W", "584622W", "584624W", > "584625W", "584626W", "584627W", "584628W", "584629W", "584631W", > "584632W", "584635W", "584636W", "584637W", "584638W", "584639W", > "584642W", "584643W", "584644W", "584645W", "584647W", "584649W", > "584650W", "584651W", "584652W", "584653W", "584655W", "584657W", > "584658W", "584659W", "584660W", "584661W", "584662W", "584663W", > "584665W", "584666W", "584667W", "584669W", "584670W", "584671W", > "584672W", "584673W", "584674W", "584675W", "584676W", "584678W", > "584681W", "584682W", "584683W", "584684W", "584685W", "584687W", > 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"0.003766785", "0.003005459", "0.002083674", > "0.003384797", "0.001496615", "0.002147265")), .Names = c("Analyte", > "Tm_ugL" ), na.action = structure(3495L, .Names = "3498", class > "omit"), row.names = 4:2603, class = "data.frame") > > This is my matrix for storing the data: > > A_Censored<-matrix(A[,two],nrow(A),two) > > This is my for loop for assessing whether it is above or below a > certain value (A_LLD<-0.0002): > > for (i in one:nrow(A)) > if (A[i,two]<=A_LLD) > { > (A_Censored[i,two]<-"TRUE") > }else > A_Censored[i,two]<-"FALSE" > > > > And this is my count function > > LLD_Count<- function(Element_List) > {Element_List<-na.omit(Element_List) > Count<-0 > for (i in one:nrow(Element_List)) > if (Element_List[i,two]=="TRUE") > Count<-Count+one > Count_perc<-(Count/length(Element_List[,two])*hundred) > LLD_Output<-data.frame(Count,Count_perc) > colnames(LLD_Output)<-c("N below LLD","Pecent below LLD") > return(LLD_Output) > } > > Im really stuck and your help be greatly appreciated. > Thanks > > -- > Shane > > [[alternative HTML version deleted]] > > ______________________________________________ > R-help at r-project.org mailing list > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help > PLEASE do read the posting guide > http://www.R-project.org/posting-guide.html and provide commented, > minimal, self-contained, reproducible code.-- Olivier Crouzet, PhD Laboratoire de Linguistique -- EA3827 Universit? de Nantes Chemin de la Censive du Tertre - BP 81227 44312 Nantes cedex 3 France phone: (+33) 02 40 14 14 05 (lab.) (+33) 02 40 14 14 36 (office) fax: (+33) 02 40 14 13 27 e-mail: olivier.crouzet at univ-nantes.fr http://www.lling.univ-nantes.fr/
You are storing the column Tm_ugL as character data instead of numeric:
> str(A)
'data.frame': 2600 obs. of 2 variables:
$ Analyte: chr "584501W" "584502W" "584504W"
"584506W" ...
$ Tm_ugL : chr "0.012526909" "0.00524721"
"0.008974472" "0.014173771" ...
- attr(*, "na.action")=Class 'omit' Named int 3495
.. ..- attr(*, "names")= chr "3498"
and comparisons work differently for character and numeric data. You should
probably read in the data again, reading the second column as numeric (e.g.,
with the colClasses argument to read.table), and start the analysis anew.
Bill Dunlap
Spotfire, TIBCO Software
wdunlap tibco.com
> -----Original Message-----
> From: r-help-bounces at r-project.org [mailto:r-help-bounces at
r-project.org] On Behalf
> Of Shane Carey
> Sent: Thursday, October 03, 2013 9:27 AM
> To: r-help at r-project.org
> Subject: [R] Counting numbers in R
>
> Hi,
>
> I have a set of data and I need to find out how many points are below a
> certain value but R will not calculate this properly for me. Negative
> numbers seem to be causing the issue.
>
> This is my data:
> structure(list(Analyte = c("584501W", "584502W",
"584504W", "584506W",
> "584507W", "584508W", "584509W",
"584510W", "584511W", "584513W",
> "584514W", "584516W", "584517W",
"584518W", "584519W", "584520W",
> "584521W", "584522W", "584523W",
"584525W", "584526W", "584527W",
> "584528W", "584529W", "584530W",
"584531W", "584532W", "584533W",
> "584534W", "584535W", "584536W",
"584537W", "584539W", "584540W",
> "584543W", "584545W", "584546W",
"584547W", "584548W", "584549W",
> "584550W", "584551W", "584552W",
"584553W", "584554W", "584555W",
> "584556W", "584558W", "584561W",
"584562W", "584563W", "584565W",
> "584566W", "584569W", "584570W",
"584571W", "584572W", "584573W",
> "584574W", "584575W", "584577W",
"584578W", "584579W", "584580W",
> "584581W", "584582W", "584584W",
"584585W", "584586W", "584587W",
> "584588W", "584589W", "584590W",
"584591W", "584592W", "584594W",
> "584595W", "584597W", "584599W",
"584600W", "584601W", "584602W",
> "584603W", "584604W", "584606W",
"584607W", "584610W", "584611W",
> "584612W", "584613W", "584614W",
"584615W", "584616W", "584617W",
> "584618W", "584619W", "584620W",
"584621W", "584622W", "584624W",
> "584625W", "584626W", "584627W",
"584628W", "584629W", "584631W",
> "584632W", "584635W", "584636W",
"584637W", "584638W", "584639W",
> "584642W", "584643W", "584644W",
"584645W", "584647W", "584649W",
> "584650W", "584651W", "584652W",
"584653W", "584655W", "584657W",
> "584658W", "584659W", "584660W",
"584661W", "584662W", "584663W",
> "584665W", "584666W", "584667W",
"584669W", "584670W", "584671W",
> "584672W", "584673W", "584674W",
"584675W", "584676W", "584678W",
> "584681W", "584682W", "584683W",
"584684W", "584685W", "584687W",
> "584688W", "584689W", "584691W",
"584692W", "584693W", "584694W",
> "584695W", "584696W", "584697W",
"584699W", "584700W", "584702W",
> "584703W", "584705W", "584706W",
"584707W", "584708W", "584709W",
> "584710W", "584711W", "584713W",
"584714W", "584715W", "584716W",
> "584717W", "584718W", "584720W",
"584721W", "584722W", "584723W",
> "584726W", "584727W", "584728W",
"584729W", "584730W", "584731W",
> "584732W", "584733W", "584734W",
"584736W", "584737W", "584740W",
> "584741W", "584742W", "584743W",
"584744W", "584745W", "584746W",
> "584747W", "584749W", "584751W",
"584752W", "584753W", "584754W",
> "584755W", "584756W", "584757W",
"584758W", "584759W", "584760W",
> "584762W", "584763W", "584764W",
"584765W", "584766W", "584767W",
> "584768W", "584769W", "584772W",
"584773W", "584775W", "584777W",
> "584779W", "584780W", "584781W",
"584783W", "584784W", "584785W",
> "584786W", "584787W", "584788W",
"584789W", "584790W", "584791W",
> "584792W", "584793W", "584795W",
"584797W", "584798W", "584800W",
> "584802W", "584803W", "584804W",
"584805W", "584806W", "584807W",
> "584808W", "584809W", "584810W",
"584811W", "584812W", "584813W",
> "584814W", "584815W", "584816W",
"584817W", "584818W", "584820W",
> "584821W", "584822W", "584823W",
"584825W", "584826W", "584827W",
> "584828W", "584829W", "584830W",
"584832W", "584833W", "584835W",
> "584836W", "584838W", "584839W",
"584840W", "584841W", "584842W",
> "584843W", "584844W", "584845W",
"584846W", "584847W", "584849W",
> "584850W", "584851W", "584853W",
"584854W", "584855W", "584856W",
> "584857W", "584858W", "584859W",
"584860W", "584861W", "584862W",
> "584863W", "584864W", "584865W",
"584867W", "584868W", "584869W",
> "584871W", "584872W", "584873W",
"584874W", "584875W", "584876W",
> "584877W", "584878W", "584880W",
"584881W", "584882W", "584883W",
> "584885W", "584886W", "584887W",
"584889W", "584891W", "584892W",
> "584893W", "584894W", "584895W",
"584896W", "584897W", "584898W",
> "584900W", "584901W", "584903W",
"584904W", "584906W", "584907W",
> "584909W", "584911W", "584913W",
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> "584918W", "584919W", "584920W",
"584921W", "584922W", "584923W",
> "584924W", "584926W", "584928W",
"584929W", "584930W", "584931W",
> "584932W", "584933W", "584934W",
"584936W", "584937W", "584938W",
> "584939W", "584941W", "584943W",
"584944W", "584946W", "584947W",
> "584948W", "584949W", "584950W",
"584951W", "584952W", "584953W",
> "584954W", "584955W", "584957W",
"584958W", "584960W", "584961W",
> "584963W", "584964W", "584965W",
"584967W", "584968W", "584970W",
> "584971W", "584972W", "584973W",
"584976W", "584977W", "584978W",
> "584979W", "584980W", "584981W",
"584982W", "584983W", "584984W",
> "584985W", "584986W", "584987W",
"584988W", "584989W", "584990W",
> "584991W", "584993W", "584994W",
"584995W", "584996W", "584997W",
> "584999W", "585000W", "585001W",
"585002W", "585003W", "585005W",
> "585006W", "585007W", "585008W",
"585011W", "585012W", "585014W",
> "585015W", "585016W", "585017W",
"585019W", "585020W", "585021W",
> "585022W", "585023W", "585024W",
"585025W", "585026W", "585027W",
> "585028W", "585029W", "585031W",
"585033W", "585035W", "585036W",
> "585037W", "585038W", "585039W",
"585040W", "585041W", "585043W",
> "585044W", "585045W", "585046W",
"585047W", "585049W", "585050W",
> "585051W", "585052W", "585055W",
"585056W", "585057W", "585058W",
> "585059W", "585060W", "585061W",
"585062W", "585063W", "585064W",
> "585065W", "585067W", "585068W",
"585069W", "585070W", "585072W",
> "585073W", "585074W", "585075W",
"585076W", "585077W", "585078W",
> "585079W", "585080W", "585082W",
"585083W", "585085W", "585086W",
> "585087W", "585088W", "585089W",
"585090W", "585092W", "585093W",
> "585094W", "585096W", "585097W",
"585098W", "585099W", "585100W",
> "585101W", "585102W", "585104W",
"585106W", "585107W", "585108W",
> "585109W", "585111W", "585113W",
"585114W", "585116W", "585117W",
> "585118W", "585119W", "585120W",
"585121W", "585122W", "585123W",
> "585125W", "585126W", "585127W",
"585128W", "585129W", "585131W",
> "585132W", "585133W", "585134W",
"585135W", "585136W", "585137W",
> "585139W", "585140W", "585141W",
"585142W", "585143W", "585145W",
> "585146W", "585148W", "585149W",
"585150W", "585151W", "585152W",
> "585153W", "585154W", "585155W",
"585156W", "585158W", "585160W",
> "585161W", "585162W", "585163W",
"585165W", "585166W", "585168W",
> "585169W", "585170W", "585171W",
"585172W", "585173W", "585174W",
> "585175W", "585177W", "585178W",
"585179W", "585180W", "585181W",
> "585182W", "585184W", "585185W",
"585186W", "585187W", "585189W",
> "585190W", "585192W", "585193W",
"585194W", "585195W", "585197W",
> "585198W", "585199W", "585200W",
"585201W", "585202W", "585203W",
> "585204W", "585206W", "585207W",
"585208W", "585210W", "585211W",
> "585212W", "585213W", "585214W",
"585215W", "585216W", "585217W",
> "585218W", "585219W", "585220W",
"585221W", "585222W", "585224W",
> "585226W", "585227W", "585228W",
"585229W", "585231W", "585234W",
> "585235W", "585236W", "585237W",
"585238W", "585239W", "585241W",
> "585242W", "585243W", "585244W",
"585245W", "585247W", "585248W",
> "585249W", "585250W", "585251W",
"585252W", "585253W", "585255W",
> "585257W", "585258W", "585259W",
"585260W", "585261W", "585262W",
> "585263W", "585265W", "585266W",
"585267W", "585269W", "585270W",
> "585271W", "585272W", "585273W",
"585274W", "585275W", "585276W",
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> "0.001700629", "0.002406003", "0.003000786",
"0.000350833", "0.00237079",
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"0.002682396", "0.002608846",
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"0.001868473", "0.001826053",
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> "0.001221201", "0.000456194", "0.000841204",
"0.005091102", "0.001521278",
> "0.00140408", "0.00356072", "0.001374545",
"0.000975109", "0.001850532",
> "0.000490473", "0.001053579", "0.000547076",
"0.001429506", "0.000989919",
> "0.00029281", "0.000864564", "0.002571375",
"0.001410263", "0.002523124",
> "0.000843319", "0.000788548", "0.000942674",
"0.000862536", "0.001145244",
> "0.000731401", "0.000922755", "0.00080113",
"0.001147544", "0.000999559",
> "0.001002895", "0.001534572", "0.001124767",
"0.00055331", "0.001453456",
> "0.001563662", "0.002073296", "0.001865843",
"0.001249885", "0.002239018",
> "0.000909996", "0.002121782", "0.002524288",
"0.001410567", "0.00208956",
> "0.000853813", "0.003419427", "0.002006391",
"0.000549302", "0.000902927",
> "0.001930719", "0.00167763", "0.002530737",
"0.003240916", "0.001839864",
> "0.001413561", "0.001725875", "0.001846509",
"0.003881131", "0.000861918",
> "0.000663578", "0.002255887", "0.000871992",
"0.001004718", "0.001688389",
> "0.003073294", "0.000949486", "0.001302246",
"0.000464419", "0.001215565",
> "0.003880833", "0.001844661", "0.003083818",
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> "0.002746735", "0.001611621", "0.001053223",
"0.001772452", "0.001441064",
> "0.002639818", "0.003257066", "0.002662365",
"0.004859482", "0.00349962",
> "0.001242116", "0.002071981", "0.001188572",
"0.002338708", "0.002206605",
> "0.001728737", "0.001522004", "0.001383648",
"0.00098972", "0.004487214",
> "0.000812133", "0.001113718", "0.002843833",
"0.001116469", "0.001460217",
> "0.001338645", "0.001437048", "0.003548891",
"0.001054238", "0.001435734",
> "0.008424636", "0.003766785", "0.003005459",
"0.002083674", "0.003384797",
> "0.001496615", "0.002147265")), .Names =
c("Analyte", "Tm_ugL"
> ), na.action = structure(3495L, .Names = "3498", class =
"omit"), row.names
> = 4:2603, class = "data.frame")
>
> This is my matrix for storing the data:
>
> A_Censored<-matrix(A[,two],nrow(A),two)
>
> This is my for loop for assessing whether it is above or below a certain
> value (A_LLD<-0.0002):
>
> for (i in one:nrow(A))
> if (A[i,two]<=A_LLD)
> {
> (A_Censored[i,two]<-"TRUE")
> }else
> A_Censored[i,two]<-"FALSE"
>
>
>
> And this is my count function
>
> LLD_Count<- function(Element_List)
> {Element_List<-na.omit(Element_List)
> Count<-0
> for (i in one:nrow(Element_List))
> if (Element_List[i,two]=="TRUE")
> Count<-Count+one
> Count_perc<-(Count/length(Element_List[,two])*hundred)
> LLD_Output<-data.frame(Count,Count_perc)
> colnames(LLD_Output)<-c("N below LLD","Pecent below
LLD")
> return(LLD_Output)
> }
>
> Im really stuck and your help be greatly appreciated.
> Thanks
>
> --
> Shane
>
> [[alternative HTML version deleted]]
>
> ______________________________________________
> R-help at r-project.org mailing list
> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help
> PLEASE do read the posting guide
http://www.R-project.org/posting-guide.html
> and provide commented, minimal, self-contained, reproducible code.
You really need to read to read a tutorial on R. But here's what I think
you're trying to do:
d$censored <- d$Tm_ugL < 0.0002
table(d$censored)
Jason Law
-----Original Message-----
From: r-help-bounces at r-project.org [mailto:r-help-bounces at r-project.org]
On Behalf Of Shane Carey
Sent: Thursday, October 03, 2013 9:27 AM
To: r-help at r-project.org
Subject: [R] Counting numbers in R
Hi,
I have a set of data and I need to find out how many points are below a
certain value but R will not calculate this properly for me. Negative
numbers seem to be causing the issue.
This is my data:
structure(list(Analyte = c("584501W", "584502W",
"584504W", "584506W",
"584507W", "584508W", "584509W",
"584510W", "584511W", "584513W",
"584514W", "584516W", "584517W",
"584518W", "584519W", "584520W",
"584521W", "584522W", "584523W",
"584525W", "584526W", "584527W",
"584528W", "584529W", "584530W",
"584531W", "584532W", "584533W",
"584534W", "584535W", "584536W",
"584537W", "584539W", "584540W",
"584543W", "584545W", "584546W",
"584547W", "584548W", "584549W",
"584550W", "584551W", "584552W",
"584553W", "584554W", "584555W",
"584556W", "584558W", "584561W",
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"0.002811318", "0.001017781", "0.001553503",
"0.00431465", "0.012072091",
"0.002428644", "0.0005115", "0.001977798",
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"0.001694292", "0.00166641", "0.001945432",
"0.002895236", "0.001046278",
"0.002323907", "0.001420304", "0.001982192",
"0.000677479", "0.000491854",
"0.001486234", "0.001277554", "0.003431615",
"0.001142057", "0.002065289",
"0.000825491", "0.000925508", "0.000913616",
"0.001868473", "0.001826053",
"0.001221936", "0.002615253", "0.00198233",
"0.000654061", "0.001676624",
"0.001221201", "0.000456194", "0.000841204",
"0.005091102", "0.001521278",
"0.00140408", "0.00356072", "0.001374545",
"0.000975109", "0.001850532",
"0.000490473", "0.001053579", "0.000547076",
"0.001429506", "0.000989919",
"0.00029281", "0.000864564", "0.002571375",
"0.001410263", "0.002523124",
"0.000843319", "0.000788548", "0.000942674",
"0.000862536", "0.001145244",
"0.000731401", "0.000922755", "0.00080113",
"0.001147544", "0.000999559",
"0.001002895", "0.001534572", "0.001124767",
"0.00055331", "0.001453456",
"0.001563662", "0.002073296", "0.001865843",
"0.001249885", "0.002239018",
"0.000909996", "0.002121782", "0.002524288",
"0.001410567", "0.00208956",
"0.000853813", "0.003419427", "0.002006391",
"0.000549302", "0.000902927",
"0.001930719", "0.00167763", "0.002530737",
"0.003240916", "0.001839864",
"0.001413561", "0.001725875", "0.001846509",
"0.003881131", "0.000861918",
"0.000663578", "0.002255887", "0.000871992",
"0.001004718", "0.001688389",
"0.003073294", "0.000949486", "0.001302246",
"0.000464419", "0.001215565",
"0.003880833", "0.001844661", "0.003083818",
"0.002076196", "0.003507372",
"0.002746735", "0.001611621", "0.001053223",
"0.001772452", "0.001441064",
"0.002639818", "0.003257066", "0.002662365",
"0.004859482", "0.00349962",
"0.001242116", "0.002071981", "0.001188572",
"0.002338708", "0.002206605",
"0.001728737", "0.001522004", "0.001383648",
"0.00098972", "0.004487214",
"0.000812133", "0.001113718", "0.002843833",
"0.001116469", "0.001460217",
"0.001338645", "0.001437048", "0.003548891",
"0.001054238", "0.001435734",
"0.008424636", "0.003766785", "0.003005459",
"0.002083674", "0.003384797",
"0.001496615", "0.002147265")), .Names =
c("Analyte", "Tm_ugL"
), na.action = structure(3495L, .Names = "3498", class =
"omit"), row.names
= 4:2603, class = "data.frame")
This is my matrix for storing the data:
A_Censored<-matrix(A[,two],nrow(A),two)
This is my for loop for assessing whether it is above or below a certain
value (A_LLD<-0.0002):
for (i in one:nrow(A))
if (A[i,two]<=A_LLD)
{
(A_Censored[i,two]<-"TRUE")
}else
A_Censored[i,two]<-"FALSE"
And this is my count function
LLD_Count<- function(Element_List)
{Element_List<-na.omit(Element_List)
Count<-0
for (i in one:nrow(Element_List))
if (Element_List[i,two]=="TRUE")
Count<-Count+one
Count_perc<-(Count/length(Element_List[,two])*hundred)
LLD_Output<-data.frame(Count,Count_perc)
colnames(LLD_Output)<-c("N below LLD","Pecent below
LLD")
return(LLD_Output)
}
Im really stuck and your help be greatly appreciated.
Thanks
--
Shane
[[alternative HTML version deleted]]
______________________________________________
R-help at r-project.org mailing list
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help
PLEASE do read the posting guide http://www.R-project.org/posting-guide.html
and provide commented, minimal, self-contained, reproducible code.
> I have a set of data and I need to find out how many points are below a > certain value but R will not calculate this properly for me.R will. But you aren't.> Negative numbers seem to be causing the issue.You haven't got any negative numbers in your data set. In fact, you haven't got any numbers. It's all character strings. Is there a reason for that? Assuming there is, if you have your data in a data frame 'A' and just want the count: table(as.numeric(A$Tm_ugL) <= 0.0002) If you just want a complete vector of TRUE or FALSE as.numeric(d$Tm_ugL) <= 0.0002) does that. If you want to add that to your data frame (is it called A?) that looks like A$Censored <- as.numeric(d$Tm_ugL) <= 0.0002) But you really shouldn't have numbers in character format; read it as numeric. Then it's just table(d$Tm_ugL <= 0.0002) and so on. If it's refusing to read as numeric, find out why and fix the data. And some comments on code, while I'm here:> for (i in one:nrow(A))...> if (A[i,two]<=A_LLD)Variables called 'one' and 'two' look like a really bad idea. If they are equal to 1 and 2, use 1 and 2 (or 1L and 2L if you want to be _sure_ they are integer). If not, the names are going to be pretty confusing, no?> (A_Censored[i,two]<-"TRUE")Why use a character string like "TRUE" that R can't interpret as logical instead of the logical values TRUE and FALSE? S Ellison ******************************************************************* This email and any attachments are confidential. Any use...{{dropped:8}}