Cat Cowie
2013-Apr-26 09:08 UTC
[R] Remove reciprocal data from a grouped animal social contact dataset
Hi r-help forum, I have been collecting contact data (with proximity logger collars) between a few different species of animal. All animals wear the collars, and any contact between the animals should be detected and recorded by both collars. However, this isn't always the case and more contacts may be recorded on one collar of the two. This is fine, it depends on battery life and other things that I will have to discuss! I now have each contact recorded as a 'group in 4 columns':> head(data)record start duration pair 1 1 27/05/2012 04:40 4948 CO1 CO12 2 2 31/05/2012 04:48 278 CO1 CO12 3 3 31/05/2012 05:30 3 CO1 CO12 4 4 31/05/2012 05:51 159 CO1 CO12 5 5 31/05/2012 05:56 47 CO1 CO12 6 6 31/05/2012 06:02 107 CO1 CO12 The first column shows the record number, the second shows the start date and time of the contact, the third shows the contact duration and the fourth shows the pair of animals involved in the contact. In this case the top 6 contacts are all between animals CO1 and CO12. There are nearly 100,000 records. There were many animals that could have contacted each other:> animalsanimals 1 CO1 2 CO2 3 CO3 4 CO4 5 CO5 6 CO6 7 CO7 8 CO8 9 CO9 10 CO10 11 CO11 12 CO12 13 CO13 14 CO14 15 CO15 16 CO16 17 CO17 18 PO1 19 PO2 20 PO3 21 PO4 22 PO5 23 PO6 24 PO7 25 PO8 26 PO9 27 PO10 28 PO11 29 PO12 30 PO13 31 PI1 32 PI2 33 PI3 34 PI4 35 PI5 36 PI6 37 PI7 38 PI8 39 RD1 40 RD2 41 WB1 42 WB2 Because both collars may have recorded the single contact, I need to remove the reciprocal contacts from this dataset. For example, you may have records for "CO1 CO2" that are mirrored by records for "CO2 CO1". If there are the same number of records it doesn't matter which of these you select, as long as only one set is used for further analysis. Where there is an unequal number of contacts recorded on the two collars between a pair, I would like to select the records which have the most contacts. So, if there were 10 records recorded for "CO1 CO2" and 15 for "CO2 CO1" I would like to reject the first 10 contacts and retain the 15. There are some cases where only one version of the group is recorded, e.g. just "CO1 CO3", with no reciprocal "CO3 CO1". In this case I would like to retain the data that I have. I would normally like to present you with my attempts so far but as a relatively new (but enthusiastic!) R user I am struggling to know where to start. I present more data here... sadly dput(head(data, 200) is printing all the dates (all nearly 100,000 of them, regardless of using head()!) so I hope this is ok for now:> head(data,300)record start duration pair 1 1 27/05/2012 04:40 4948 CO1 CO12 2 2 31/05/2012 04:48 278 CO1 CO12 3 3 31/05/2012 05:30 3 CO1 CO12 4 4 31/05/2012 05:51 159 CO1 CO12 5 5 31/05/2012 05:56 47 CO1 CO12 6 6 31/05/2012 06:02 107 CO1 CO12 7 7 31/05/2012 06:08 86 CO1 CO12 8 8 31/05/2012 06:11 194 CO1 CO12 9 9 31/05/2012 06:20 87 CO1 CO12 10 10 31/05/2012 06:24 12 CO1 CO12 11 11 31/05/2012 06:32 11 CO1 CO12 12 12 31/05/2012 06:40 227 CO1 CO12 13 13 31/05/2012 06:47 115 CO1 CO12 14 14 12/04/2011 13:39 109 CO1 CO15 15 15 12/04/2011 22:29 3 CO1 CO15 16 16 12/04/2011 22:45 44 CO1 CO15 17 17 12/04/2011 23:20 55 CO1 CO15 18 18 13/04/2011 02:50 58 CO1 CO15 19 19 13/04/2011 03:15 11 CO1 CO15 20 20 13/04/2011 05:38 65 CO1 CO15 21 21 13/04/2011 08:55 122 CO1 CO15 22 22 13/04/2011 11:06 4 CO1 CO15 23 23 13/04/2011 13:47 53 CO1 CO15 24 24 13/04/2011 13:57 32 CO1 CO15 25 25 13/04/2011 14:32 16 CO1 CO15 26 26 13/04/2011 14:41 4 CO1 CO15 27 27 13/04/2011 21:53 33 CO1 CO15 28 28 14/04/2011 01:00 41 CO1 CO15 29 29 14/04/2011 01:07 5 CO1 CO15 30 30 14/04/2011 01:46 2 CO1 CO15 31 31 14/04/2011 06:43 3 CO1 CO15 32 32 14/04/2011 08:44 3 CO1 CO15 33 33 14/04/2011 08:51 64 CO1 CO15 34 34 14/04/2011 13:59 6 CO1 CO15 35 35 14/04/2011 14:11 11 CO1 CO15 36 36 14/04/2011 14:36 169 CO1 CO15 37 37 14/04/2011 14:42 19 CO1 CO15 38 38 14/04/2011 15:04 48 CO1 CO15 39 39 14/04/2011 15:10 2 CO1 CO15 40 40 14/04/2011 17:41 58 CO1 CO15 41 41 14/04/2011 18:33 3 CO1 CO15 42 42 15/04/2011 16:26 50 CO1 CO15 43 43 15/04/2011 20:12 3 CO1 CO15 44 44 16/04/2011 23:04 2 CO1 CO15 45 45 17/04/2011 02:57 7 CO1 CO15 46 46 17/04/2011 03:08 32 CO1 CO15 47 47 17/04/2011 14:51 55 CO1 CO15 48 48 17/04/2011 15:14 24 CO1 CO15 49 49 19/04/2011 03:36 7 CO1 CO15 50 50 19/04/2011 19:30 3 CO1 CO15 51 51 19/04/2011 19:35 30 CO1 CO15 52 52 19/04/2011 20:14 16 CO1 CO15 53 53 20/04/2011 15:34 3 CO1 CO15 54 54 20/04/2011 15:38 21 CO1 CO15 55 55 20/04/2011 19:05 3 CO1 CO15 56 56 20/04/2011 19:08 3 CO1 CO15 57 57 21/04/2011 20:26 42 CO1 CO15 58 58 21/04/2011 20:31 3 CO1 CO15 59 59 25/04/2011 20:02 2 CO1 CO15 60 60 26/04/2011 03:02 2 CO1 CO15 61 61 27/04/2011 00:59 4 CO1 CO15 62 62 27/04/2011 03:10 37 CO1 CO15 63 63 27/04/2011 19:49 7 CO1 CO15 64 64 28/04/2011 23:17 3 CO1 CO15 65 65 29/04/2011 14:56 18 CO1 CO15 66 66 29/04/2011 17:14 2 CO1 CO15 67 67 29/04/2011 17:41 112 CO1 CO15 68 68 03/05/2011 02:04 2 CO1 CO15 69 69 03/05/2011 02:48 12 CO1 CO15 70 70 03/05/2011 03:42 3 CO1 CO15 71 71 03/05/2011 04:05 11 CO1 CO15 72 72 04/05/2011 19:31 2 CO1 CO15 73 73 05/05/2011 01:09 7 CO1 CO15 74 74 05/05/2011 01:40 6 CO1 CO15 75 75 12/04/2011 08:05 5 CO1 CO16 76 76 12/04/2011 13:54 163 CO1 CO16 77 77 12/04/2011 13:58 90 CO1 CO16 78 78 12/04/2011 14:08 24 CO1 CO16 79 79 12/04/2011 14:10 87 CO1 CO16 80 80 12/04/2011 18:59 99 CO1 CO16 81 81 12/04/2011 20:11 72 CO1 CO16 82 82 12/04/2011 20:19 16 CO1 CO16 83 83 12/04/2011 22:31 17 CO1 CO16 84 84 12/04/2011 22:42 99 CO1 CO16 85 85 12/04/2011 22:45 68 CO1 CO16 86 86 12/04/2011 22:56 10 CO1 CO16 87 87 13/04/2011 00:15 6 CO1 CO16 88 88 13/04/2011 01:31 4 CO1 CO16 89 89 13/04/2011 01:53 38 CO1 CO16 90 90 13/04/2011 06:31 12 CO1 CO16 91 91 13/04/2011 13:35 8 CO1 CO16 92 92 13/04/2011 14:44 216 CO1 CO16 93 93 13/04/2011 18:30 21 CO1 CO16 94 94 13/04/2011 20:23 3 CO1 CO16 95 95 13/04/2011 22:59 2 CO1 CO16 96 96 14/04/2011 00:59 4 CO1 CO16 97 97 14/04/2011 01:07 10 CO1 CO16 98 98 14/04/2011 01:45 53 CO1 CO16 99 99 14/04/2011 03:03 29 CO1 CO16 100 100 14/04/2011 03:31 617 CO1 CO16 101 101 14/04/2011 03:46 12 CO1 CO16 102 102 14/04/2011 03:48 10 CO1 CO16 103 103 14/04/2011 03:49 13 CO1 CO16 104 104 14/04/2011 03:51 3 CO1 CO16 105 105 14/04/2011 03:53 10 CO1 CO16 106 106 14/04/2011 03:54 259 CO1 CO16 107 107 14/04/2011 04:04 10 CO1 CO16 108 108 14/04/2011 04:17 8 CO1 CO16 109 109 14/04/2011 04:19 40 CO1 CO16 110 110 14/04/2011 04:35 6 CO1 CO16 111 111 14/04/2011 04:39 102 CO1 CO16 112 112 14/04/2011 04:42 59 CO1 CO16 113 113 14/04/2011 04:44 7 CO1 CO16 114 114 14/04/2011 04:48 5 CO1 CO16 115 115 14/04/2011 04:51 41 CO1 CO16 116 116 14/04/2011 05:09 87 CO1 CO16 117 117 14/04/2011 05:21 81 CO1 CO16 118 118 14/04/2011 07:01 271 CO1 CO16 119 119 14/04/2011 14:34 13 CO1 CO16 120 120 14/04/2011 14:35 26 CO1 CO16 121 121 14/04/2011 14:37 2 CO1 CO16 122 122 14/04/2011 14:45 44 CO1 CO16 123 123 14/04/2011 15:06 193 CO1 CO16 124 124 14/04/2011 19:17 168 CO1 CO16 125 125 16/04/2011 23:43 54 CO1 CO16 126 126 17/04/2011 22:31 58 CO1 CO16 127 127 17/04/2011 22:34 5 CO1 CO16 128 128 19/04/2011 01:26 17 CO1 CO16 129 129 19/04/2011 18:59 3 CO1 CO16 130 130 20/04/2011 18:41 2 CO1 CO16 131 131 21/04/2011 13:13 9 CO1 CO16 132 132 21/04/2011 20:17 18 CO1 CO16 133 133 21/04/2011 22:55 10 CO1 CO16 134 134 22/04/2011 20:49 2 CO1 CO16 135 135 27/04/2011 02:28 2 CO1 CO16 136 136 27/04/2011 20:52 3 CO1 CO16 137 137 28/04/2011 18:00 43 CO1 CO16 138 138 28/04/2011 18:28 58 CO1 CO16 139 139 28/04/2011 18:34 4 CO1 CO16 140 140 29/04/2011 02:27 5 CO1 CO16 141 141 29/04/2011 17:05 395 CO1 CO16 142 142 30/04/2011 03:37 21 CO1 CO16 143 143 30/04/2011 15:26 3 CO1 CO16 144 144 30/04/2011 19:12 16 CO1 CO16 145 145 30/04/2011 20:32 54 CO1 CO16 146 146 30/04/2011 20:35 114 CO1 CO16 147 147 02/05/2011 00:26 30 CO1 CO16 148 148 03/05/2011 18:56 20 CO1 CO16 149 149 17/07/2010 04:02 6 CO1 CO2 150 150 18/07/2010 18:45 3 CO1 CO2 151 151 19/07/2010 02:43 9 CO1 CO2 152 152 19/07/2010 17:48 56 CO1 CO2 153 153 20/07/2010 03:15 4 CO1 CO2 154 154 20/07/2010 04:17 48 CO1 CO2 155 155 20/07/2010 04:20 49 CO1 CO2 156 156 21/07/2010 16:09 114 CO1 CO2 157 157 22/07/2010 15:02 12 CO1 CO2 158 158 22/07/2010 21:44 40 CO1 CO2 159 159 23/07/2010 17:10 2 CO1 CO2 160 160 23/07/2010 17:12 114 CO1 CO2 161 161 23/07/2010 22:22 4 CO1 CO2 162 162 24/07/2010 03:32 28 CO1 CO2 163 163 24/07/2010 03:42 2 CO1 CO2 164 164 24/07/2010 19:08 12 CO1 CO2 165 165 24/07/2010 20:25 9 CO1 CO2 166 166 25/07/2010 20:49 14 CO1 CO2 167 167 26/07/2010 13:53 5 CO1 CO2 168 168 26/07/2010 20:17 9 CO1 CO2 169 169 26/07/2010 20:19 181 CO1 CO2 170 170 26/07/2010 20:31 38 CO1 CO2 171 171 26/07/2010 22:52 5 CO1 CO2 172 172 27/07/2010 01:43 6 CO1 CO2 173 173 27/07/2010 02:30 29 CO1 CO2 174 174 27/07/2010 05:26 31 CO1 CO2 175 175 27/07/2010 13:08 61 CO1 CO2 176 176 27/07/2010 13:10 5 CO1 CO2 177 177 27/07/2010 13:11 8 CO1 CO2 178 178 27/07/2010 13:18 25 CO1 CO2 179 179 28/07/2010 03:20 49 CO1 CO2 180 180 28/07/2010 03:29 15 CO1 CO2 181 181 28/07/2010 03:42 9 CO1 CO2 182 182 28/07/2010 03:44 39 CO1 CO2 183 183 28/07/2010 04:20 4 CO1 CO2 184 184 28/07/2010 04:22 47 CO1 CO2 185 185 28/07/2010 04:26 384 CO1 CO2 186 186 28/07/2010 04:35 204 CO1 CO2 187 187 28/07/2010 04:42 10 CO1 CO2 188 188 28/07/2010 04:59 3 CO1 CO2 189 189 28/07/2010 07:39 2 CO1 CO2 190 190 28/07/2010 15:18 67 CO1 CO2 191 191 28/07/2010 20:02 62 CO1 CO2 192 192 29/07/2010 03:31 13 CO1 CO2 193 193 29/07/2010 04:25 14 CO1 CO2 194 194 29/07/2010 09:14 4 CO1 CO2 195 195 29/07/2010 09:20 1112 CO1 CO2 196 196 29/07/2010 09:40 4 CO1 CO2 197 197 29/07/2010 12:12 352 CO1 CO2 198 198 29/07/2010 12:44 796 CO1 CO2 199 199 29/07/2010 14:32 4 CO1 CO2 200 200 29/07/2010 19:42 15 CO1 CO2 201 201 30/07/2010 09:51 17 CO1 CO2 202 202 30/07/2010 09:53 8 CO1 CO2 203 203 30/07/2010 10:02 31 CO1 CO2 204 204 30/07/2010 10:18 117 CO1 CO2 205 205 30/07/2010 21:51 2 CO1 CO2 206 206 31/07/2010 01:56 25 CO1 CO2 207 207 31/07/2010 03:57 58 CO1 CO2 208 208 31/07/2010 04:04 12 CO1 CO2 209 209 31/07/2010 15:06 42 CO1 CO2 210 210 01/08/2010 01:59 28 CO1 CO2 211 211 01/08/2010 02:15 31 CO1 CO2 212 212 01/08/2010 03:11 10 CO1 CO2 213 213 01/08/2010 03:28 30 CO1 CO2 214 214 01/08/2010 03:42 4 CO1 CO2 215 215 01/08/2010 03:48 104 CO1 CO2 216 216 01/08/2010 06:49 94 CO1 CO2 217 217 01/08/2010 06:52 66 CO1 CO2 218 218 01/08/2010 07:11 18 CO1 CO2 219 219 01/08/2010 07:13 2 CO1 CO2 220 220 01/08/2010 14:25 43 CO1 CO2 221 221 01/08/2010 14:51 4 CO1 CO2 222 222 01/08/2010 16:22 195 CO1 CO2 223 223 01/08/2010 16:34 55 CO1 CO2 224 224 01/08/2010 16:36 39 CO1 CO2 225 225 01/08/2010 16:46 6 CO1 CO2 226 226 01/08/2010 18:18 32 CO1 CO2 227 227 01/08/2010 18:52 38 CO1 CO2 228 228 02/08/2010 02:57 132 CO1 CO2 229 229 02/08/2010 13:37 11 CO1 CO2 230 230 02/08/2010 16:32 62 CO1 CO2 231 231 03/08/2010 01:51 57 CO1 CO2 232 232 03/08/2010 03:24 37 CO1 CO2 233 233 03/08/2010 03:49 44 CO1 CO2 234 234 03/08/2010 03:51 31 CO1 CO2 235 235 03/08/2010 04:45 70 CO1 CO2 236 236 03/08/2010 04:54 4 CO1 CO2 237 237 03/08/2010 05:03 59 CO1 CO2 238 238 04/08/2010 15:10 64 CO1 CO2 239 239 04/08/2010 15:12 4 CO1 CO2 240 240 04/08/2010 15:14 92 CO1 CO2 241 241 04/08/2010 19:39 7 CO1 CO2 242 242 04/08/2010 20:54 31 CO1 CO2 243 243 05/08/2010 01:36 30 CO1 CO2 244 244 05/08/2010 01:57 25 CO1 CO2 245 245 05/08/2010 02:01 42 CO1 CO2 246 246 05/08/2010 02:06 181 CO1 CO2 247 247 05/08/2010 02:53 5 CO1 CO2 248 248 05/08/2010 17:32 2 CO1 CO2 249 249 05/08/2010 17:35 5 CO1 CO2 250 250 05/08/2010 17:43 9 CO1 CO2 251 251 05/08/2010 20:09 71 CO1 CO2 252 252 05/08/2010 20:13 80 CO1 CO2 253 253 05/08/2010 20:18 61 CO1 CO2 254 254 05/08/2010 20:29 9 CO1 CO2 255 255 05/08/2010 20:38 5 CO1 CO2 256 256 05/08/2010 21:51 15 CO1 CO2 257 257 06/08/2010 02:16 12 CO1 CO2 258 258 06/08/2010 02:42 56 CO1 CO2 259 259 06/08/2010 02:45 3 CO1 CO2 260 260 06/08/2010 09:38 529 CO1 CO2 261 261 06/08/2010 15:25 2 CO1 CO2 262 262 06/08/2010 15:34 5 CO1 CO2 263 263 06/08/2010 15:39 367 CO1 CO2 264 264 06/08/2010 15:50 55 CO1 CO2 265 265 06/08/2010 15:52 111 CO1 CO2 266 266 06/08/2010 16:00 263 CO1 CO2 267 267 06/08/2010 16:07 56 CO1 CO2 268 268 06/08/2010 17:21 8 CO1 CO2 269 269 06/08/2010 17:32 211 CO1 CO2 270 270 06/08/2010 18:48 20 CO1 CO2 271 271 06/08/2010 19:10 57 CO1 CO2 272 272 06/08/2010 19:17 57 CO1 CO2 273 273 06/08/2010 19:24 43 CO1 CO2 274 274 06/08/2010 19:40 12 CO1 CO2 275 275 06/08/2010 19:56 17 CO1 CO2 276 276 07/08/2010 02:45 4 CO1 CO2 277 277 07/08/2010 14:42 37 CO1 CO2 278 278 07/08/2010 14:44 3 CO1 CO2 279 279 07/08/2010 15:58 305 CO1 CO2 280 280 07/08/2010 18:11 105 CO1 CO2 281 281 07/08/2010 18:20 87 CO1 CO2 282 282 07/08/2010 20:24 20 CO1 CO2 283 283 08/08/2010 16:10 57 CO1 CO2 284 284 08/08/2010 16:12 38 CO1 CO2 285 285 08/08/2010 16:17 105 CO1 CO2 286 286 08/08/2010 16:20 82 CO1 CO2 287 287 08/08/2010 16:24 151 CO1 CO2 288 288 08/08/2010 16:30 20 CO1 CO2 289 289 08/08/2010 16:49 5 CO1 CO2 290 290 08/08/2010 16:54 44 CO1 CO2 291 291 08/08/2010 17:16 64 CO1 CO2 292 292 08/08/2010 17:23 56 CO1 CO2 293 293 08/08/2010 17:25 50 CO1 CO2 294 294 08/08/2010 17:40 53 CO1 CO2 295 295 08/08/2010 17:46 54 CO1 CO2 296 296 08/08/2010 17:50 57 CO1 CO2 297 297 08/08/2010 17:53 103 CO1 CO2 298 298 08/08/2010 17:56 51 CO1 CO2 299 299 08/08/2010 18:07 12 CO1 CO2 300 300 08/08/2010 18:41 2 CO1 CO2 Thanks, Cat
skywalker atl
2013-Apr-26 11:59 UTC
[R] Remove reciprocal data from a grouped animal social contact dataset
Hi See https://github.com/hongqin/RCompBio/blob/master/48states/48states-permutation-igraph.r and http://www.youtube.com/watch?v=GE2l3LYDQG0 Hope they are useful, Hong Qin On Fri, Apr 26, 2013 at 5:08 AM, Cat Cowie <cat.e.cowie@gmail.com> wrote:> Hi r-help forum, > > I have been collecting contact data (with proximity logger collars) > between a few different species of animal. All animals wear the > collars, and any contact between the animals should be detected and > recorded by both collars. However, this isn't always the case and more > contacts may be recorded on one collar of the two. This is fine, it > depends on battery life and other things that I will have to discuss! > I now have each contact recorded as a 'group in 4 columns': > > > head(data) > record start duration pair > 1 1 27/05/2012 04:40 4948 CO1 CO12 > 2 2 31/05/2012 04:48 278 CO1 CO12 > 3 3 31/05/2012 05:30 3 CO1 CO12 > 4 4 31/05/2012 05:51 159 CO1 CO12 > 5 5 31/05/2012 05:56 47 CO1 CO12 > 6 6 31/05/2012 06:02 107 CO1 CO12 > > > The first column shows the record number, the second shows the start > date and time of the contact, the third shows the contact duration and > the fourth shows the pair of animals involved in the contact. In this > case the top 6 contacts are all between animals CO1 and CO12. There > are nearly 100,000 records. There were many animals that could have > contacted each other: > > > animals > animals > 1 CO1 > 2 CO2 > 3 CO3 > 4 CO4 > 5 CO5 > 6 CO6 > 7 CO7 > 8 CO8 > 9 CO9 > 10 CO10 > 11 CO11 > 12 CO12 > 13 CO13 > 14 CO14 > 15 CO15 > 16 CO16 > 17 CO17 > 18 PO1 > 19 PO2 > 20 PO3 > 21 PO4 > 22 PO5 > 23 PO6 > 24 PO7 > 25 PO8 > 26 PO9 > 27 PO10 > 28 PO11 > 29 PO12 > 30 PO13 > 31 PI1 > 32 PI2 > 33 PI3 > 34 PI4 > 35 PI5 > 36 PI6 > 37 PI7 > 38 PI8 > 39 RD1 > 40 RD2 > 41 WB1 > 42 WB2 > > Because both collars may have recorded the single contact, I need to > remove the reciprocal contacts from this dataset. For example, you may > have records for "CO1 CO2" that are mirrored by records for "CO2 CO1". > If there are the same number of records it doesn't matter which of > these you select, as long as only one set is used for further > analysis. Where there is an unequal number of contacts recorded on the > two collars between a pair, I would like to select the records which > have the most contacts. So, if there were 10 records recorded for "CO1 > CO2" and 15 for "CO2 CO1" I would like to reject the first 10 contacts > and retain the 15. There are some cases where only one version of the > group is recorded, e.g. just "CO1 CO3", with no reciprocal "CO3 CO1". > In this case I would like to retain the data that I have. > > I would normally like to present you with my attempts so far but as a > relatively new (but enthusiastic!) R user I am struggling to know > where to start. > > I present more data here... sadly dput(head(data, 200) is printing all > the dates (all nearly 100,000 of them, regardless of using head()!) so > I hope this is ok for now: > > > head(data,300) > record start duration pair > 1 1 27/05/2012 04:40 4948 CO1 CO12 > 2 2 31/05/2012 04:48 278 CO1 CO12 > 3 3 31/05/2012 05:30 3 CO1 CO12 > 4 4 31/05/2012 05:51 159 CO1 CO12 > 5 5 31/05/2012 05:56 47 CO1 CO12 > 6 6 31/05/2012 06:02 107 CO1 CO12 > 7 7 31/05/2012 06:08 86 CO1 CO12 > 8 8 31/05/2012 06:11 194 CO1 CO12 > 9 9 31/05/2012 06:20 87 CO1 CO12 > 10 10 31/05/2012 06:24 12 CO1 CO12 > 11 11 31/05/2012 06:32 11 CO1 CO12 > 12 12 31/05/2012 06:40 227 CO1 CO12 > 13 13 31/05/2012 06:47 115 CO1 CO12 > 14 14 12/04/2011 13:39 109 CO1 CO15 > 15 15 12/04/2011 22:29 3 CO1 CO15 > 16 16 12/04/2011 22:45 44 CO1 CO15 > 17 17 12/04/2011 23:20 55 CO1 CO15 > 18 18 13/04/2011 02:50 58 CO1 CO15 > 19 19 13/04/2011 03:15 11 CO1 CO15 > 20 20 13/04/2011 05:38 65 CO1 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207 31/07/2010 03:57 58 CO1 CO2 > 208 208 31/07/2010 04:04 12 CO1 CO2 > 209 209 31/07/2010 15:06 42 CO1 CO2 > 210 210 01/08/2010 01:59 28 CO1 CO2 > 211 211 01/08/2010 02:15 31 CO1 CO2 > 212 212 01/08/2010 03:11 10 CO1 CO2 > 213 213 01/08/2010 03:28 30 CO1 CO2 > 214 214 01/08/2010 03:42 4 CO1 CO2 > 215 215 01/08/2010 03:48 104 CO1 CO2 > 216 216 01/08/2010 06:49 94 CO1 CO2 > 217 217 01/08/2010 06:52 66 CO1 CO2 > 218 218 01/08/2010 07:11 18 CO1 CO2 > 219 219 01/08/2010 07:13 2 CO1 CO2 > 220 220 01/08/2010 14:25 43 CO1 CO2 > 221 221 01/08/2010 14:51 4 CO1 CO2 > 222 222 01/08/2010 16:22 195 CO1 CO2 > 223 223 01/08/2010 16:34 55 CO1 CO2 > 224 224 01/08/2010 16:36 39 CO1 CO2 > 225 225 01/08/2010 16:46 6 CO1 CO2 > 226 226 01/08/2010 18:18 32 CO1 CO2 > 227 227 01/08/2010 18:52 38 CO1 CO2 > 228 228 02/08/2010 02:57 132 CO1 CO2 > 229 229 02/08/2010 13:37 11 CO1 CO2 > 230 230 02/08/2010 16:32 62 CO1 CO2 > 231 231 03/08/2010 01:51 57 CO1 CO2 > 232 232 03/08/2010 03:24 37 CO1 CO2 > 233 233 03/08/2010 03:49 44 CO1 CO2 > 234 234 03/08/2010 03:51 31 CO1 CO2 > 235 235 03/08/2010 04:45 70 CO1 CO2 > 236 236 03/08/2010 04:54 4 CO1 CO2 > 237 237 03/08/2010 05:03 59 CO1 CO2 > 238 238 04/08/2010 15:10 64 CO1 CO2 > 239 239 04/08/2010 15:12 4 CO1 CO2 > 240 240 04/08/2010 15:14 92 CO1 CO2 > 241 241 04/08/2010 19:39 7 CO1 CO2 > 242 242 04/08/2010 20:54 31 CO1 CO2 > 243 243 05/08/2010 01:36 30 CO1 CO2 > 244 244 05/08/2010 01:57 25 CO1 CO2 > 245 245 05/08/2010 02:01 42 CO1 CO2 > 246 246 05/08/2010 02:06 181 CO1 CO2 > 247 247 05/08/2010 02:53 5 CO1 CO2 > 248 248 05/08/2010 17:32 2 CO1 CO2 > 249 249 05/08/2010 17:35 5 CO1 CO2 > 250 250 05/08/2010 17:43 9 CO1 CO2 > 251 251 05/08/2010 20:09 71 CO1 CO2 > 252 252 05/08/2010 20:13 80 CO1 CO2 > 253 253 05/08/2010 20:18 61 CO1 CO2 > 254 254 05/08/2010 20:29 9 CO1 CO2 > 255 255 05/08/2010 20:38 5 CO1 CO2 > 256 256 05/08/2010 21:51 15 CO1 CO2 > 257 257 06/08/2010 02:16 12 CO1 CO2 > 258 258 06/08/2010 02:42 56 CO1 CO2 > 259 259 06/08/2010 02:45 3 CO1 CO2 > 260 260 06/08/2010 09:38 529 CO1 CO2 > 261 261 06/08/2010 15:25 2 CO1 CO2 > 262 262 06/08/2010 15:34 5 CO1 CO2 > 263 263 06/08/2010 15:39 367 CO1 CO2 > 264 264 06/08/2010 15:50 55 CO1 CO2 > 265 265 06/08/2010 15:52 111 CO1 CO2 > 266 266 06/08/2010 16:00 263 CO1 CO2 > 267 267 06/08/2010 16:07 56 CO1 CO2 > 268 268 06/08/2010 17:21 8 CO1 CO2 > 269 269 06/08/2010 17:32 211 CO1 CO2 > 270 270 06/08/2010 18:48 20 CO1 CO2 > 271 271 06/08/2010 19:10 57 CO1 CO2 > 272 272 06/08/2010 19:17 57 CO1 CO2 > 273 273 06/08/2010 19:24 43 CO1 CO2 > 274 274 06/08/2010 19:40 12 CO1 CO2 > 275 275 06/08/2010 19:56 17 CO1 CO2 > 276 276 07/08/2010 02:45 4 CO1 CO2 > 277 277 07/08/2010 14:42 37 CO1 CO2 > 278 278 07/08/2010 14:44 3 CO1 CO2 > 279 279 07/08/2010 15:58 305 CO1 CO2 > 280 280 07/08/2010 18:11 105 CO1 CO2 > 281 281 07/08/2010 18:20 87 CO1 CO2 > 282 282 07/08/2010 20:24 20 CO1 CO2 > 283 283 08/08/2010 16:10 57 CO1 CO2 > 284 284 08/08/2010 16:12 38 CO1 CO2 > 285 285 08/08/2010 16:17 105 CO1 CO2 > 286 286 08/08/2010 16:20 82 CO1 CO2 > 287 287 08/08/2010 16:24 151 CO1 CO2 > 288 288 08/08/2010 16:30 20 CO1 CO2 > 289 289 08/08/2010 16:49 5 CO1 CO2 > 290 290 08/08/2010 16:54 44 CO1 CO2 > 291 291 08/08/2010 17:16 64 CO1 CO2 > 292 292 08/08/2010 17:23 56 CO1 CO2 > 293 293 08/08/2010 17:25 50 CO1 CO2 > 294 294 08/08/2010 17:40 53 CO1 CO2 > 295 295 08/08/2010 17:46 54 CO1 CO2 > 296 296 08/08/2010 17:50 57 CO1 CO2 > 297 297 08/08/2010 17:53 103 CO1 CO2 > 298 298 08/08/2010 17:56 51 CO1 CO2 > 299 299 08/08/2010 18:07 12 CO1 CO2 > 300 300 08/08/2010 18:41 2 CO1 CO2 > > > > Thanks, Cat > > ______________________________________________ > R-help@r-project.org mailing list > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help > PLEASE do read the posting guide > http://www.R-project.org/posting-guide.html > and provide commented, minimal, self-contained, reproducible code. >[[alternative HTML version deleted]]
Adams, Jean
2013-Apr-26 13:17 UTC
[R] Remove reciprocal data from a grouped animal social contact dataset
Cat,
It seems risky to me to assume that one collar is always outperforming
another one. I would think there would be some cases where one collar
picked up on a contact that the other one missed AND that the other picked
up on a contact that the one missed. If so, it may be best to keep all of
the records, and use the time information to update the start and duration
information (taking into account overlapping observations).
Defining a unique pair is pretty easy.
data <- data.frame(
record = 1:5,
start = c("31/05/2012 04:48", "31/05/2012 05:30",
"31/05/2012 05:51",
"31/05/2012 05:56", "31/05/2012 06:02"),
duration = c(278, 3, 159, 47, 107),
pair = c("CO1 CO2", "CO1 CO2", "CO2 CO1",
"CO2 CO1", "CO2 CO1"))
data$uniqpair <- sapply(strsplit(data$pair, " "), function(x)
paste(sort(x), collapse=" "))
Detecting overlapping observations will be more challenging.
As for your trouble with dput(head(data, 200)), perhaps the variable start
is defined as a factor in your data frame, so dput() was listing all of the
levels of start?
Jean
On Fri, Apr 26, 2013 at 4:08 AM, Cat Cowie <cat.e.cowie@gmail.com> wrote:
> Hi r-help forum,
>
> I have been collecting contact data (with proximity logger collars)
> between a few different species of animal. All animals wear the
> collars, and any contact between the animals should be detected and
> recorded by both collars. However, this isn't always the case and more
> contacts may be recorded on one collar of the two. This is fine, it
> depends on battery life and other things that I will have to discuss!
> I now have each contact recorded as a 'group in 4 columns':
>
> > head(data)
> record start duration pair
> 1 1 27/05/2012 04:40 4948 CO1 CO12
> 2 2 31/05/2012 04:48 278 CO1 CO12
> 3 3 31/05/2012 05:30 3 CO1 CO12
> 4 4 31/05/2012 05:51 159 CO1 CO12
> 5 5 31/05/2012 05:56 47 CO1 CO12
> 6 6 31/05/2012 06:02 107 CO1 CO12
>
>
> The first column shows the record number, the second shows the start
> date and time of the contact, the third shows the contact duration and
> the fourth shows the pair of animals involved in the contact. In this
> case the top 6 contacts are all between animals CO1 and CO12. There
> are nearly 100,000 records. There were many animals that could have
> contacted each other:
>
> > animals
> animals
> 1 CO1
> 2 CO2
> 3 CO3
> 4 CO4
> 5 CO5
> 6 CO6
> 7 CO7
> 8 CO8
> 9 CO9
> 10 CO10
> 11 CO11
> 12 CO12
> 13 CO13
> 14 CO14
> 15 CO15
> 16 CO16
> 17 CO17
> 18 PO1
> 19 PO2
> 20 PO3
> 21 PO4
> 22 PO5
> 23 PO6
> 24 PO7
> 25 PO8
> 26 PO9
> 27 PO10
> 28 PO11
> 29 PO12
> 30 PO13
> 31 PI1
> 32 PI2
> 33 PI3
> 34 PI4
> 35 PI5
> 36 PI6
> 37 PI7
> 38 PI8
> 39 RD1
> 40 RD2
> 41 WB1
> 42 WB2
>
> Because both collars may have recorded the single contact, I need to
> remove the reciprocal contacts from this dataset. For example, you may
> have records for "CO1 CO2" that are mirrored by records for
"CO2 CO1".
> If there are the same number of records it doesn't matter which of
> these you select, as long as only one set is used for further
> analysis. Where there is an unequal number of contacts recorded on the
> two collars between a pair, I would like to select the records which
> have the most contacts. So, if there were 10 records recorded for "CO1
> CO2" and 15 for "CO2 CO1" I would like to reject the first
10 contacts
> and retain the 15. There are some cases where only one version of the
> group is recorded, e.g. just "CO1 CO3", with no reciprocal
"CO3 CO1".
> In this case I would like to retain the data that I have.
>
> I would normally like to present you with my attempts so far but as a
> relatively new (but enthusiastic!) R user I am struggling to know
> where to start.
>
> I present more data here... sadly dput(head(data, 200) is printing all
> the dates (all nearly 100,000 of them, regardless of using head()!) so
> I hope this is ok for now:
>
> > head(data,300)
> record start duration pair
> 1 1 27/05/2012 04:40 4948 CO1 CO12
> 2 2 31/05/2012 04:48 278 CO1 CO12
> 3 3 31/05/2012 05:30 3 CO1 CO12
> 4 4 31/05/2012 05:51 159 CO1 CO12
> 5 5 31/05/2012 05:56 47 CO1 CO12
> 6 6 31/05/2012 06:02 107 CO1 CO12
> 7 7 31/05/2012 06:08 86 CO1 CO12
> 8 8 31/05/2012 06:11 194 CO1 CO12
> 9 9 31/05/2012 06:20 87 CO1 CO12
> 10 10 31/05/2012 06:24 12 CO1 CO12
> 11 11 31/05/2012 06:32 11 CO1 CO12
> 12 12 31/05/2012 06:40 227 CO1 CO12
> 13 13 31/05/2012 06:47 115 CO1 CO12
> 14 14 12/04/2011 13:39 109 CO1 CO15
> 15 15 12/04/2011 22:29 3 CO1 CO15
> 16 16 12/04/2011 22:45 44 CO1 CO15
> 17 17 12/04/2011 23:20 55 CO1 CO15
> 18 18 13/04/2011 02:50 58 CO1 CO15
> 19 19 13/04/2011 03:15 11 CO1 CO15
> 20 20 13/04/2011 05:38 65 CO1 CO15
> 21 21 13/04/2011 08:55 122 CO1 CO15
> 22 22 13/04/2011 11:06 4 CO1 CO15
> 23 23 13/04/2011 13:47 53 CO1 CO15
> 24 24 13/04/2011 13:57 32 CO1 CO15
> 25 25 13/04/2011 14:32 16 CO1 CO15
> 26 26 13/04/2011 14:41 4 CO1 CO15
> 27 27 13/04/2011 21:53 33 CO1 CO15
> 28 28 14/04/2011 01:00 41 CO1 CO15
> 29 29 14/04/2011 01:07 5 CO1 CO15
> 30 30 14/04/2011 01:46 2 CO1 CO15
> 31 31 14/04/2011 06:43 3 CO1 CO15
> 32 32 14/04/2011 08:44 3 CO1 CO15
> 33 33 14/04/2011 08:51 64 CO1 CO15
> 34 34 14/04/2011 13:59 6 CO1 CO15
> 35 35 14/04/2011 14:11 11 CO1 CO15
> 36 36 14/04/2011 14:36 169 CO1 CO15
> 37 37 14/04/2011 14:42 19 CO1 CO15
> 38 38 14/04/2011 15:04 48 CO1 CO15
> 39 39 14/04/2011 15:10 2 CO1 CO15
> 40 40 14/04/2011 17:41 58 CO1 CO15
> 41 41 14/04/2011 18:33 3 CO1 CO15
> 42 42 15/04/2011 16:26 50 CO1 CO15
> 43 43 15/04/2011 20:12 3 CO1 CO15
> 44 44 16/04/2011 23:04 2 CO1 CO15
> 45 45 17/04/2011 02:57 7 CO1 CO15
> 46 46 17/04/2011 03:08 32 CO1 CO15
> 47 47 17/04/2011 14:51 55 CO1 CO15
> 48 48 17/04/2011 15:14 24 CO1 CO15
> 49 49 19/04/2011 03:36 7 CO1 CO15
> 50 50 19/04/2011 19:30 3 CO1 CO15
> 51 51 19/04/2011 19:35 30 CO1 CO15
> 52 52 19/04/2011 20:14 16 CO1 CO15
> 53 53 20/04/2011 15:34 3 CO1 CO15
> 54 54 20/04/2011 15:38 21 CO1 CO15
> 55 55 20/04/2011 19:05 3 CO1 CO15
> 56 56 20/04/2011 19:08 3 CO1 CO15
> 57 57 21/04/2011 20:26 42 CO1 CO15
> 58 58 21/04/2011 20:31 3 CO1 CO15
> 59 59 25/04/2011 20:02 2 CO1 CO15
> 60 60 26/04/2011 03:02 2 CO1 CO15
> 61 61 27/04/2011 00:59 4 CO1 CO15
> 62 62 27/04/2011 03:10 37 CO1 CO15
> 63 63 27/04/2011 19:49 7 CO1 CO15
> 64 64 28/04/2011 23:17 3 CO1 CO15
> 65 65 29/04/2011 14:56 18 CO1 CO15
> 66 66 29/04/2011 17:14 2 CO1 CO15
> 67 67 29/04/2011 17:41 112 CO1 CO15
> 68 68 03/05/2011 02:04 2 CO1 CO15
> 69 69 03/05/2011 02:48 12 CO1 CO15
> 70 70 03/05/2011 03:42 3 CO1 CO15
> 71 71 03/05/2011 04:05 11 CO1 CO15
> 72 72 04/05/2011 19:31 2 CO1 CO15
> 73 73 05/05/2011 01:09 7 CO1 CO15
> 74 74 05/05/2011 01:40 6 CO1 CO15
> 75 75 12/04/2011 08:05 5 CO1 CO16
> 76 76 12/04/2011 13:54 163 CO1 CO16
> 77 77 12/04/2011 13:58 90 CO1 CO16
> 78 78 12/04/2011 14:08 24 CO1 CO16
> 79 79 12/04/2011 14:10 87 CO1 CO16
> 80 80 12/04/2011 18:59 99 CO1 CO16
> 81 81 12/04/2011 20:11 72 CO1 CO16
> 82 82 12/04/2011 20:19 16 CO1 CO16
> 83 83 12/04/2011 22:31 17 CO1 CO16
> 84 84 12/04/2011 22:42 99 CO1 CO16
> 85 85 12/04/2011 22:45 68 CO1 CO16
> 86 86 12/04/2011 22:56 10 CO1 CO16
> 87 87 13/04/2011 00:15 6 CO1 CO16
> 88 88 13/04/2011 01:31 4 CO1 CO16
> 89 89 13/04/2011 01:53 38 CO1 CO16
> 90 90 13/04/2011 06:31 12 CO1 CO16
> 91 91 13/04/2011 13:35 8 CO1 CO16
> 92 92 13/04/2011 14:44 216 CO1 CO16
> 93 93 13/04/2011 18:30 21 CO1 CO16
> 94 94 13/04/2011 20:23 3 CO1 CO16
> 95 95 13/04/2011 22:59 2 CO1 CO16
> 96 96 14/04/2011 00:59 4 CO1 CO16
> 97 97 14/04/2011 01:07 10 CO1 CO16
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> 300 300 08/08/2010 18:41 2 CO1 CO2
>
>
>
> Thanks, Cat
>
> ______________________________________________
> R-help@r-project.org mailing list
> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help
> PLEASE do read the posting guide
> http://www.R-project.org/posting-guide.html
> and provide commented, minimal, self-contained, reproducible code.
>
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