Hello, I have a pedigree file such this: FAMID ID FA ID MO ID SEX STATUS 1 1 0 0 2 0 1 2 3 1 2 2 1 4 3 1 1 2 1 5 3 1 1 0 1 6 3 1 1 0 1 7 3 1 2 2 1 8 3 1 1 0 1 9 3 1 1 0 1 10 3 1 2 0 1 11 3 1 1 0 1 3 0 0 1 0 2 12 13 14 1 0 2 15 12 16 2 0 2 17 12 16 1 0 2 18 12 16 1 0 2 19 12 16 1 0 2 20 0 0 1 0 2 21 0 0 2 0 2 22 12 16 2 2 2 23 12 16 1 0 2 24 12 16 1 0 2 25 12 16 1 0 2 26 12 16 2 0 2 27 28 21 2 2 2 29 0 0 2 0 2 14 0 0 2 0 2 30 31 29 2 0 2 13 31 29 1 0 2 31 0 0 1 0 2 28 20 30 1 0 2 32 28 21 2 2 2 16 0 0 2 0 3 33 34 35 2 0 3 35 0 0 2 0 3 36 34 35 1 0 3 37 34 35 1 0 3 38 34 35 2 0 3 39 34 35 1 0 3 40 34 35 2 0 3 41 34 35 2 0 3 42 34 35 2 2 3 43 34 35 1 0 3 34 0 0 1 0 3 44 34 35 2 0 3 45 34 35 1 2 4 46 47 48 2 2 4 49 47 48 1 0 4 50 47 48 1 0 4 51 47 48 2 0 4 47 0 0 1 0 4 52 47 48 1 2 4 53 47 48 2 2 4 48 0 0 2 2 4 54 47 48 2 2 4 55 47 48 2 2 5 56 57 58 1 0 5 59 60 61 2 2 5 60 62 63 1 2 5 62 0 0 1 0 5 63 0 0 2 2 5 57 0 0 1 0 5 64 57 58 1 0 5 65 60 61 2 2 5 66 57 58 1 0 5 67 68 69 2 2 5 70 68 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724 725 2 0 51 726 724 725 2 2 51 727 724 725 2 2 51 728 724 725 1 2 51 725 0 0 2 0 51 724 0 0 1 0 51 653 724 725 1 0 51 729 724 725 1 0 52 730 0 0 1 0 52 731 0 0 2 0 52 732 733 734 1 0 52 735 733 734 2 2 52 736 733 734 2 2 52 737 733 734 2 0 52 738 733 734 2 0 52 733 0 0 1 0 52 739 730 731 1 0 52 734 730 731 2 2 52 740 730 731 2 2 52 741 730 731 2 0 52 742 730 731 2 0 52 743 730 731 2 0 52 744 730 731 1 0 53 745 746 747 2 0 53 746 0 0 1 0 53 748 746 747 2 0 53 749 746 747 2 2 53 750 746 747 2 0 53 751 752 753 1 0 53 754 752 753 1 0 53 755 746 747 2 0 53 756 752 753 1 0 53 435 746 747 2 2 53 753 746 747 2 2 53 757 746 747 2 0 53 752 642 643 1 0 53 758 752 753 2 2 53 759 752 753 2 2 53 760 0 0 2 0 53 761 0 0 1 0 53 762 650 760 2 0 53 650 0 0 1 0 53 651 0 0 2 0 53 643 0 0 2 0 53 747 761 762 2 0 53 642 650 651 1 0 54 763 0 0 2 0 54 764 765 766 1 0 54 767 765 766 2 0 54 768 765 766 2 2 54 769 685 686 1 0 54 770 765 766 1 0 54 771 765 766 2 2 54 772 765 766 2 0 54 773 765 766 1 2 54 774 775 102 2 2 54 765 776 763 1 0 54 775 765 766 1 2 54 766 769 777 2 0 54 778 765 766 1 0 54 777 0 0 2 0 54 779 765 766 1 0 54 780 765 766 1 0 54 686 0 0 2 0 54 102 0 0 2 0 54 776 685 686 1 0 54 685 0 0 1 0 55 781 782 783 2 0 55 221 782 783 2 0 55 228 223 221 2 0 55 784 785 228 2 0 55 786 787 788 1 0 55 787 789 790 1 0 55 791 787 788 1 2 55 785 0 0 1 0 55 792 793 794 1 0 55 790 793 794 2 0 55 793 0 0 1 0 55 101 785 228 1 0 55 795 785 228 2 2 55 794 0 0 2 0 55 782 0 0 1 0 55 789 0 0 1 0 55 783 0 0 2 0 55 223 0 0 1 0 55 788 792 781 2 0 55 796 785 228 1 0 55 797 785 228 2 0 55 798 785 228 1 0 55 799 785 228 1 0 55 800 785 228 1 0 56 801 480 802 2 2 56 803 480 802 1 0 56 804 480 802 1 0 56 480 0 0 1 2 56 805 480 802 1 2 56 806 0 0 2 0 56 807 808 806 2 0 56 809 480 802 1 0 56 810 808 806 1 0 56 802 808 806 2 2 56 811 808 806 1 0 56 808 0 0 1 0 56 812 808 806 1 0 56 813 808 806 2 0 56 814 808 806 2 0 56 815 808 806 2 0 56 816 808 806 1 0 57 817 818 819 1 0 57 142 0 0 1 0 57 819 142 161 2 0 57 481 476 477 2 2 57 382 818 819 1 0 57 818 0 0 1 0 57 820 818 819 1 0 57 821 818 819 2 2 57 822 818 819 2 2 57 823 818 819 2 2 57 824 818 819 1 0 57 733 818 819 1 0 57 825 818 819 1 0 57 826 827 481 1 0 57 828 818 819 1 0 57 829 596 821 1 2 57 830 596 821 1 2 57 831 596 821 1 2 57 596 0 0 1 2 57 832 827 481 1 0 57 833 827 481 1 2 57 834 827 481 1 0 57 835 827 481 2 0 57 827 0 0 1 0 57 161 0 0 2 0 57 476 0 0 1 0 57 477 142 161 2 0 58 836 0 0 2 2 58 837 696 836 2 0 58 696 0 0 1 0 58 838 696 836 1 2 58 839 696 836 2 2 59 840 841 674 2 0 59 842 841 674 2 2 59 843 841 674 1 0 59 844 841 674 1 0 59 845 841 674 1 0 59 846 0 0 1 0 59 847 846 848 2 0 59 841 0 0 1 0 59 627 619 620 2 0 59 849 841 674 2 2 59 850 841 674 1 2 59 674 645 646 2 0 59 851 850 852 1 2 59 760 0 0 2 0 59 853 850 852 1 2 59 852 854 627 2 0 59 854 0 0 1 0 59 848 650 760 2 0 59 645 0 0 1 0 59 650 0 0 1 0 59 855 856 847 1 2 59 857 856 847 1 2 59 858 856 847 2 2 59 651 0 0 2 0 59 856 0 0 1 0 59 859 856 847 2 0 59 619 650 651 1 0 59 646 650 651 2 0 59 620 0 0 2 0 60 860 861 862 2 0 60 863 864 865 1 0 60 866 864 865 2 0 60 867 864 865 2 0 60 864 0 0 1 0 60 868 0 0 1 0 60 869 864 865 2 2 60 870 864 865 1 0 60 239 864 865 1 2 60 871 864 865 2 0 60 872 861 862 1 0 60 873 861 862 2 0 60 874 861 862 2 2 60 875 868 876 2 0 60 877 868 876 1 0 60 878 0 0 1 0 60 876 0 0 2 0 60 879 0 0 2 0 60 865 877 879 2 0 60 862 0 0 2 0 60 861 878 875 1 0 61 880 881 882 2 0 61 883 881 882 1 0 61 884 881 882 2 0 61 410 0 0 2 0 61 881 0 0 1 0 61 885 886 887 1 2 61 888 886 887 2 0 61 889 886 887 2 2 61 886 0 0 1 0 61 890 886 887 1 2 61 882 0 0 2 0 61 891 881 882 2 2 61 892 881 882 2 2 61 893 881 882 1 0 61 894 881 882 1 0 61 895 896 891 2 0 61 897 896 891 2 2 61 422 0 0 2 0 61 896 898 899 1 0 61 900 896 891 2 0 61 426 0 0 1 0 61 427 426 422 1 0 61 898 0 0 1 0 61 887 427 410 2 0 61 901 886 887 2 0 61 902 886 887 2 0 61 899 426 422 2 0 62 903 904 663 2 2 62 904 0 0 1 0 62 479 0 0 2 2 62 905 906 483 2 0 62 483 484 479 2 2 62 484 0 0 1 2 62 907 906 483 1 0 62 663 0 0 2 2 62 908 906 483 1 2 62 909 910 903 1 2 62 911 910 903 1 0 62 910 912 913 1 2 62 906 910 903 1 2 62 913 0 0 2 2 62 912 0 0 1 0 63 914 915 916 2 2 63 917 918 919 1 0 63 919 31 29 2 0 63 916 920 921 2 2 63 922 920 921 1 0 63 29 0 0 2 0 63 923 924 925 2 0 63 449 0 0 2 0 63 545 924 925 2 2 63 926 924 925 2 0 63 918 0 0 1 0 63 927 0 0 1 0 63 31 450 449 1 0 63 928 450 449 2 0 63 450 0 0 1 0 63 929 918 919 1 0 63 920 0 0 1 0 63 915 918 919 1 2 63 930 918 919 1 0 63 931 918 919 2 0 63 932 915 916 1 0 63 924 0 0 1 0 63 925 927 928 2 0 63 921 927 928 2 0 63 933 924 925 2 0 63 934 924 925 2 0 63 935 924 925 1 0 64 936 937 279 1 0 64 938 937 279 1 0 64 939 937 279 2 0 64 937 0 0 1 0 64 279 0 0 2 0 64 177 0 0 2 0 64 940 937 279 2 2 64 342 937 279 2 2 64 941 345 342 2 0 64 942 345 342 1 0 64 943 944 945 2 2 64 946 947 948 2 2 64 947 949 943 1 2 64 950 947 948 2 2 64 192 0 0 1 0 64 949 192 177 1 0 64 338 345 342 2 2 64 951 345 342 1 0 64 345 0 0 1 0 64 952 345 342 2 0 64 948 345 342 2 2 64 953 345 342 1 0 64 945 192 177 2 0 64 944 0 0 1 0 64 954 345 342 1 2 65 955 944 945 2 0 65 177 0 0 2 0 65 956 949 943 2 0 65 957 944 945 2 0 65 543 944 945 1 2 65 943 944 945 2 2 65 958 944 945 1 0 65 959 949 943 1 2 65 947 949 943 1 2 65 192 0 0 1 0 65 949 192 177 1 0 65 945 192 177 2 0 65 960 949 943 1 0 65 944 0 0 1 0 66 410 0 0 2 0 66 961 427 410 2 0 66 333 427 410 2 2 66 962 427 410 2 0 66 427 0 0 1 0 66 963 427 410 2 0 This is only a small portion of my pedigree file. In this pedigree list there are about 400 repeated id; I want to replace repeated individual identifiers with new id and to replace them not only in id column but also in father and mother id columns. I don't want to remove subjects with the same id because they are useful for my heritability analysis. I use kinship package of R and it doesn't create a kinship matrix with repeated id. Thank you for help Best regards Roberta [[alternative HTML version deleted]]
Hello,
If you just want new unique id's it's easy to do, but I don't
understand
the criteria to attribute new FA_ID and MO_ID values. How are they
chosen? For instance, with your dataset named 'dat',
> sp <- split(dat, dat$ID)
> idx <- unlist(lapply(lapply(sp, nrow), `>`, 1))
> sp[idx][1]
$`6`
FAMID ID FA_ID MO_ID SEX STATUS
5 1 6 3 1 1 0
603 37 6 0 0 1 0
The FA_ID and MO_ID values in the second column are 0 and 0. What should
they become? Any new unique values will do? Without this information
it's difficult to solve your problem.
Hope this helps,
Rui Barradas
P.S. Your data example, in a more easy to reproduce form follows. (1107
rows.)
dat <-
structure(list(FAMID = c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L,
2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L,
3L, 3L, 3L, 3L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 5L, 5L,
5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L,
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)), .Names = c("FAMID", "ID", "FA_ID",
"MO_ID", "SEX", "STATUS"
), class = "data.frame", row.names = c(NA, -1107L))
Em 29-10-2012 18:08, Roberta Carriero escreveu:> Hello,
> I have a pedigree file such this:
> FAMID ID FA ID MO ID SEX STATUS
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> 47 667 101 100 2 2
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> 62 907 906 483 1 0
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> 63 545 924 925 2 2
> 63 926 924 925 2 0
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> 64 936 937 279 1 0
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> 64 940 937 279 2 2
> 64 342 937 279 2 2
> 64 941 345 342 2 0
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> 64 950 947 948 2 2
> 64 192 0 0 1 0
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> 64 338 345 342 2 2
> 64 951 345 342 1 0
> 64 345 0 0 1 0
> 64 952 345 342 2 0
> 64 948 345 342 2 2
> 64 953 345 342 1 0
> 64 945 192 177 2 0
> 64 944 0 0 1 0
> 64 954 345 342 1 2
> 65 955 944 945 2 0
> 65 177 0 0 2 0
> 65 956 949 943 2 0
> 65 957 944 945 2 0
> 65 543 944 945 1 2
> 65 943 944 945 2 2
> 65 958 944 945 1 0
> 65 959 949 943 1 2
> 65 947 949 943 1 2
> 65 192 0 0 1 0
> 65 949 192 177 1 0
> 65 945 192 177 2 0
> 65 960 949 943 1 0
> 65 944 0 0 1 0
> 66 410 0 0 2 0
> 66 961 427 410 2 0
> 66 333 427 410 2 2
> 66 962 427 410 2 0
> 66 427 0 0 1 0
> 66 963 427 410 2 0
> This is only a small portion of my pedigree file. In this pedigree list
there are about 400 repeated id; I want to replace repeated individual
identifiers with new id and to replace them not only in id column but also in
father and mother id columns. I don't want to remove subjects with the same
id because they are useful for my heritability analysis. I use kinship package
of R and it doesn't create a kinship matrix with repeated id.
> Thank you for help
> Best regards
> Roberta
>
>
> [[alternative HTML version deleted]]
>
> ______________________________________________
> R-help at r-project.org mailing list
> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help
> PLEASE do read the posting guide
http://www.R-project.org/posting-guide.html
> and provide commented, minimal, self-contained, reproducible code.
From: robertacar@hotmail.it To: smartpink111@yahoo.com Subject: RE: [R] replace repeated id in a pedigree list Date: Tue, 30 Oct 2012 09:51:50 +0100 You are right! I want to "replace the second 6 with a new ID". For example I have id 6 which is repeated 2 times. In family 1 it appears one time. In family 37 I should replace id 6 with a new id whenever it appears, not only as founder but also as father. It is important to use a new id which doesn't exist in all the pedigrees belonging to the "Pedigree.txt" file. Thank you for help RegardsRoberta FAMID ID FA ID MO ID SEX STATUS> 1 1 0 0 2 0> 1 2 3 1 2 2> 1 4 3 1 1 2> 1 5 3 1 1 0> 1 6 3 1 1 0> 1 7 3 1 2 2> 1 8 3 1 1 0> 1 9 3 1 1 0> 1 10 3 1 2 0> 1 11 3 1 1 0> 1 3 0 0 1 0 37 277 0 0 2 0> 37 546 547 548 2 2> 37 549 547 548 1 2> 37 550 6 551 1 0> 37 551 552 553 2 2> 37 552 554 555 1 0> 37 556 0 0 2 0> 37 557 6 551 2 0> 37 558 6 551 2 2> 37 559 6 551 1 0> 37 560 6 551 1 2> 37 6 0 0 1 0> 37 554 0 0 1 0> 37 561 554 562 1 0> 37 562 0 0 2 0> 37 555 0 0 2 0> 37 563 521 558 1 0> 37 306 0 0 1 0> 37 521 306 307 1 2> 37 564 521 558 2 2> 37 565 521 558 1 2> 37 307 0 0 2 2> 37 566 6 551 1 0> 37 548 6 551 2 2> 37 567 6 551 2 2> 37 568 561 556 1 0> 37 547 568 277 1 0> 37 553 0 0 2 0> Date: Mon, 29 Oct 2012 20:23:56 -0700> From: smartpink111@yahoo.com > Subject: Re: [R] replace repeated id in a pedigree list > To: robertacar@hotmail.it > > Hi, > > I am a bit confused by this statement > "I want to replace repeated individual identifiers with new id and to > replace them not only in id column but also in father and mother id > columns" > > In the dataset, you have repeated identifiers for ID, FAID and MOID. > > For eg. > source("Pedigree.txt") > head(dat1) > # FAMID ID FAID MOID SEX STATUS > #1 1 1 0 0 2 0 > #2 1 2 3 1 2 2 > #3 1 4 3 1 1 2 > #4 1 5 3 1 1 0 > #5 1 6 3 1 1 0 > #6 1 7 3 1 2 2 > > dat2<-dat1[duplicated(dat1$ID)|duplicated(dat1$ID,fromLast=TRUE),] > dat3<-dat2[order(dat2$ID),] > head(dat3) > # FAMID ID FAID MOID SEX STATUS > #5 1 6 3 1 1 0 > #603 37 6 0 0 1 0 > #17 2 20 0 0 1 0 > #469 29 20 0 0 1 0 > #21 2 24 12 16 1 0 > #533 32 24 0 0 1 0 > dat1$ID[duplicated(dat1$ID)|duplicated(dat1$ID,fromLast=TRUE)] > # [1] 6 20 24 29 30 31 47 62 63 95 96 99 100 93 101 102 83 105 > #[19] 107 112 113 115 117 108 142 155 146 157 161 96 167 177 105 107 192 108 > #[37] 203 204 113 212 221 228 229 107 236 239 223 155 146 251 157 258 260 257 > #[55] 256 277 279 212 260 83 288 296 251 294 306 303 307 296 328 339 328 342 > #[73] 333 338 345 258 177 257 192 256 382 378 377 167 404 410 203 204 413 113 > #[91] 422 115 426 427 117 411 412 434 435 20 29 449 30 31 450 404 464 479 > #[109] 480 481 413 483 484 434 476 477 47 288 24 506 500 501 339 328 516 294 > #[127] 306 521 303 333 307 516 306 543 545 307 277 6 306 521 307 112 506 500 > #[145] 501 596 598 599 598 62 63 229 236 239 627 619 620 599 638 645 650 651 > #[163] 643 642 646 653 95 99 100 663 93 101 638 674 464 411 645 650 671 412 > #[181] 651 672 646 696 686 685 411 671 378 377 412 672 653 733 435 760 650 651 > #[199] 643 642 686 102 685 221 228 101 223 480 142 481 382 733 596 161 476 477 > #[217] 696 627 674 760 645 650 651 619 646 620 239 410 422 426 427 479 483 484 > #[235] 663 29 449 545 31 450 279 177 342 943 947 192 949 338 345 945 944 177 > #[253] 543 943 947 192 949 945 944 410 333 427 > > #The same way you can get the repeated FAID and MOID > dat1$FAID[duplicated(dat1$FAID)|duplicated(dat1$FAID,fromLast=TRUE)] > dat1$MOID[duplicated(dat1$MOID)|duplicated(dat1$MOID,fromLast=TRUE)] > > From the dat3 IDs, you have 6 repeated 2 times. In that case, you want to replace the second 6 with a new ID. Regarding the new ID, will it work if that ID is already present in FAID or MOID? > A.K. > > > > > > > > > > > > ----- Original Message ----- > From: Roberta Carriero <robertacar@hotmail.it> > To: r-help@r-project.org > Cc: > Sent: Monday, October 29, 2012 2:08 PM > Subject: [R] replace repeated id in a pedigree list > > > Hello, > I have a pedigree file such this: > FAMID ID FA ID MO ID SEX STATUS > 1 1 0 0 2 0 > 1 2 3 1 2 2 > 1 4 3 1 1 2 > 1 5 3 1 1 0 > 1 6 3 1 1 0 > 1 7 3 1 2 2 > 1 8 3 1 1 0 > 1 9 3 1 1 0 > 1 10 3 1 2 0 > 1 11 3 1 1 0 > 1 3 0 0 1 0 > 2 12 13 14 1 0 > 2 15 12 16 2 0 > 2 17 12 16 1 0 > 2 18 12 16 1 0 > 2 19 12 16 1 0 > 2 20 0 0 1 0 > 2 21 0 0 2 0 > 2 22 12 16 2 2 > 2 23 12 16 1 0 > 2 24 12 16 1 0 > 2 25 12 16 1 0 > 2 26 12 16 2 0 > 2 27 28 21 2 2 > 2 29 0 0 2 0 > 2 14 0 0 2 0 > 2 30 31 29 2 0 > 2 13 31 29 1 0 > 2 31 0 0 1 0 > 2 28 20 30 1 0 > 2 32 28 21 2 2 > 2 16 0 0 2 0 > 3 33 34 35 2 0 > 3 35 0 0 2 0 > 3 36 34 35 1 0 > 3 37 34 35 1 0 > 3 38 34 35 2 0 > 3 39 34 35 1 0 > 3 40 34 35 2 0 > 3 41 34 35 2 0 > 3 42 34 35 2 2 > 3 43 34 35 1 0 > 3 34 0 0 1 0 > 3 44 34 35 2 0 > 3 45 34 35 1 2 > 4 46 47 48 2 2 > 4 49 47 48 1 0 > 4 50 47 48 1 0 > 4 51 47 48 2 0 > 4 47 0 0 1 0 > 4 52 47 48 1 2 > 4 53 47 48 2 2 > 4 48 0 0 2 2 > 4 54 47 48 2 2 > 4 55 47 48 2 2 > 5 56 57 58 1 0 > 5 59 60 61 2 2 > 5 60 62 63 1 2 > 5 62 0 0 1 0 > 5 63 0 0 2 2 > 5 57 0 0 1 0 > 5 64 57 58 1 0 > 5 65 60 61 2 2 > 5 66 57 58 1 0 > 5 67 68 69 2 2 > 5 70 68 69 1 0 > 5 71 68 69 2 2 > 5 68 0 0 1 0 > 5 72 57 58 1 0 > 5 61 57 58 2 2 > 5 73 57 58 1 0 > 5 74 57 58 2 0 > 5 75 60 61 2 2 > 5 76 57 58 1 0 > 5 69 57 58 2 2 > 5 77 57 58 2 2 > 5 78 0 0 1 0 > 5 58 0 0 2 0 > 5 79 78 77 2 2 > 5 80 78 77 2 2 > 5 81 78 77 1 0 > 6 82 83 84 1 0 > 6 85 83 84 1 0 > 6 86 0 0 1 2 > 6 87 86 88 1 0 > 6 89 86 88 1 0 > 6 90 86 88 2 0 > 6 91 86 88 2 2 > 6 92 87 93 2 2 > 6 94 86 88 2 2 > 6 84 0 0 2 0 > 6 95 0 0 2 0 > 6 96 83 84 1 0 > 6 97 83 84 1 0 > 6 98 83 84 2 0 > 6 99 0 0 1 2 > 6 100 99 95 2 0 > 6 93 101 100 2 0 > 6 101 0 0 1 0 > 6 102 83 84 2 0 > 6 88 83 84 2 2 > 6 83 0 0 1 0 > 6 103 83 84 1 0 > 7 104 105 106 1 0 > 7 105 107 108 1 0 > 7 107 0 0 1 0 > 7 109 105 106 2 2 > 7 110 111 112 1 0 > 7 112 0 0 2 2 > 7 113 0 0 2 2 > 7 114 115 116 1 2 > 7 115 117 113 1 0 > 7 118 115 116 1 2 > 7 119 115 116 1 0 > 7 117 0 0 1 2 > 7 108 0 0 2 2 > 7 116 111 112 2 2 > 7 120 111 112 1 0 > 7 106 111 112 2 2 > 7 111 0 0 1 0 > 7 121 105 106 2 2 > 8 122 123 124 2 0 > 8 125 123 124 1 0 > 8 126 123 124 1 0 > 8 127 123 124 1 0 > 8 128 123 124 1 2 > 8 129 123 124 1 0 > 8 130 123 124 1 0 > 8 131 123 124 2 0 > 8 123 0 0 1 0 > 8 124 0 0 2 0 > 8 132 123 124 2 2 > 9 133 134 135 2 0 > 9 136 137 133 1 0 > 9 138 137 133 2 0 > 9 137 139 140 1 0 > 9 141 139 140 1 0 > 9 142 0 0 1 0 > 9 143 137 133 2 2 > 9 144 145 146 2 2 > 9 145 147 148 1 0 > 9 149 145 146 2 0 > 9 150 145 146 2 0 > 9 151 137 133 2 0 > 9 152 137 133 1 0 > 9 153 137 133 1 2 > 9 148 0 0 2 0 > 9 154 137 133 1 0 > 9 155 141 156 2 0 > 9 146 157 155 2 0 > 9 157 0 0 1 0 > 9 158 145 146 1 0 > 9 159 145 146 1 0 > 9 160 0 0 1 0 > 9 161 160 162 2 0 > 9 135 160 162 2 0 > 9 134 0 0 1 0 > 9 162 0 0 2 0 > 9 140 0 0 2 0 > 9 139 0 0 1 0 > 9 156 0 0 2 0 > 9 147 142 161 1 0 > 10 163 96 164 2 2 > 10 165 96 164 1 2 > 10 164 166 167 2 2 > 10 168 166 167 1 0 > 10 169 166 167 1 0 > 10 166 0 0 1 0 > 10 170 166 167 2 0 > 10 96 0 0 1 0 > 10 171 96 164 2 2 > 10 167 0 0 2 2 > 10 172 166 167 2 0 > 10 173 166 167 1 0 > 10 174 166 167 2 0 > 11 175 0 0 2 0 > 11 176 107 108 2 0 > 11 177 0 0 2 0 > 11 178 107 108 2 2 > 11 179 180 181 1 0 > 11 182 183 178 2 0 > 11 184 107 108 1 0 > 11 185 183 178 1 2 > 11 186 180 181 2 2 > 11 187 180 181 1 2 > 11 183 180 181 1 2 > 11 188 183 178 2 2 > 11 105 107 108 1 0 > 11 107 0 0 1 0 > 11 189 0 0 2 0 > 11 190 0 0 2 0 > 11 191 107 108 1 0 > 11 192 193 189 1 0 > 11 194 193 189 1 0 > 11 193 0 0 1 0 > 11 108 195 175 2 2 > 11 196 180 181 1 0 > 11 197 180 181 1 0 > 11 198 180 181 1 0 > 11 199 180 181 2 0 > 11 180 0 0 1 0 > 11 195 192 177 1 0 > 11 181 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755 746 747 2 0 > 53 756 752 753 1 0 > 53 435 746 747 2 2 > 53 753 746 747 2 2 > 53 757 746 747 2 0 > 53 752 642 643 1 0 > 53 758 752 753 2 2 > 53 759 752 753 2 2 > 53 760 0 0 2 0 > 53 761 0 0 1 0 > 53 762 650 760 2 0 > 53 650 0 0 1 0 > 53 651 0 0 2 0 > 53 643 0 0 2 0 > 53 747 761 762 2 0 > 53 642 650 651 1 0 > 54 763 0 0 2 0 > 54 764 765 766 1 0 > 54 767 765 766 2 0 > 54 768 765 766 2 2 > 54 769 685 686 1 0 > 54 770 765 766 1 0 > 54 771 765 766 2 2 > 54 772 765 766 2 0 > 54 773 765 766 1 2 > 54 774 775 102 2 2 > 54 765 776 763 1 0 > 54 775 765 766 1 2 > 54 766 769 777 2 0 > 54 778 765 766 1 0 > 54 777 0 0 2 0 > 54 779 765 766 1 0 > 54 780 765 766 1 0 > 54 686 0 0 2 0 > 54 102 0 0 2 0 > 54 776 685 686 1 0 > 54 685 0 0 1 0 > 55 781 782 783 2 0 > 55 221 782 783 2 0 > 55 228 223 221 2 0 > 55 784 785 228 2 0 > 55 786 787 788 1 0 > 55 787 789 790 1 0 > 55 791 787 788 1 2 > 55 785 0 0 1 0 > 55 792 793 794 1 0 > 55 790 793 794 2 0 > 55 793 0 0 1 0 > 55 101 785 228 1 0 > 55 795 785 228 2 2 > 55 794 0 0 2 0 > 55 782 0 0 1 0 > 55 789 0 0 1 0 > 55 783 0 0 2 0 > 55 223 0 0 1 0 > 55 788 792 781 2 0 > 55 796 785 228 1 0 > 55 797 785 228 2 0 > 55 798 785 228 1 0 > 55 799 785 228 1 0 > 55 800 785 228 1 0 > 56 801 480 802 2 2 > 56 803 480 802 1 0 > 56 804 480 802 1 0 > 56 480 0 0 1 2 > 56 805 480 802 1 2 > 56 806 0 0 2 0 > 56 807 808 806 2 0 > 56 809 480 802 1 0 > 56 810 808 806 1 0 > 56 802 808 806 2 2 > 56 811 808 806 1 0 > 56 808 0 0 1 0 > 56 812 808 806 1 0 > 56 813 808 806 2 0 > 56 814 808 806 2 0 > 56 815 808 806 2 0 > 56 816 808 806 1 0 > 57 817 818 819 1 0 > 57 142 0 0 1 0 > 57 819 142 161 2 0 > 57 481 476 477 2 2 > 57 382 818 819 1 0 > 57 818 0 0 1 0 > 57 820 818 819 1 0 > 57 821 818 819 2 2 > 57 822 818 819 2 2 > 57 823 818 819 2 2 > 57 824 818 819 1 0 > 57 733 818 819 1 0 > 57 825 818 819 1 0 > 57 826 827 481 1 0 > 57 828 818 819 1 0 > 57 829 596 821 1 2 > 57 830 596 821 1 2 > 57 831 596 821 1 2 > 57 596 0 0 1 2 > 57 832 827 481 1 0 > 57 833 827 481 1 2 > 57 834 827 481 1 0 > 57 835 827 481 2 0 > 57 827 0 0 1 0 > 57 161 0 0 2 0 > 57 476 0 0 1 0 > 57 477 142 161 2 0 > 58 836 0 0 2 2 > 58 837 696 836 2 0 > 58 696 0 0 1 0 > 58 838 696 836 1 2 > 58 839 696 836 2 2 > 59 840 841 674 2 0 > 59 842 841 674 2 2 > 59 843 841 674 1 0 > 59 844 841 674 1 0 > 59 845 841 674 1 0 > 59 846 0 0 1 0 > 59 847 846 848 2 0 > 59 841 0 0 1 0 > 59 627 619 620 2 0 > 59 849 841 674 2 2 > 59 850 841 674 1 2 > 59 674 645 646 2 0 > 59 851 850 852 1 2 > 59 760 0 0 2 0 > 59 853 850 852 1 2 > 59 852 854 627 2 0 > 59 854 0 0 1 0 > 59 848 650 760 2 0 > 59 645 0 0 1 0 > 59 650 0 0 1 0 > 59 855 856 847 1 2 > 59 857 856 847 1 2 > 59 858 856 847 2 2 > 59 651 0 0 2 0 > 59 856 0 0 1 0 > 59 859 856 847 2 0 > 59 619 650 651 1 0 > 59 646 650 651 2 0 > 59 620 0 0 2 0 > 60 860 861 862 2 0 > 60 863 864 865 1 0 > 60 866 864 865 2 0 > 60 867 864 865 2 0 > 60 864 0 0 1 0 > 60 868 0 0 1 0 > 60 869 864 865 2 2 > 60 870 864 865 1 0 > 60 239 864 865 1 2 > 60 871 864 865 2 0 > 60 872 861 862 1 0 > 60 873 861 862 2 0 > 60 874 861 862 2 2 > 60 875 868 876 2 0 > 60 877 868 876 1 0 > 60 878 0 0 1 0 > 60 876 0 0 2 0 > 60 879 0 0 2 0 > 60 865 877 879 2 0 > 60 862 0 0 2 0 > 60 861 878 875 1 0 > 61 880 881 882 2 0 > 61 883 881 882 1 0 > 61 884 881 882 2 0 > 61 410 0 0 2 0 > 61 881 0 0 1 0 > 61 885 886 887 1 2 > 61 888 886 887 2 0 > 61 889 886 887 2 2 > 61 886 0 0 1 0 > 61 890 886 887 1 2 > 61 882 0 0 2 0 > 61 891 881 882 2 2 > 61 892 881 882 2 2 > 61 893 881 882 1 0 > 61 894 881 882 1 0 > 61 895 896 891 2 0 > 61 897 896 891 2 2 > 61 422 0 0 2 0 > 61 896 898 899 1 0 > 61 900 896 891 2 0 > 61 426 0 0 1 0 > 61 427 426 422 1 0 > 61 898 0 0 1 0 > 61 887 427 410 2 0 > 61 901 886 887 2 0 > 61 902 886 887 2 0 > 61 899 426 422 2 0 > 62 903 904 663 2 2 > 62 904 0 0 1 0 > 62 479 0 0 2 2 > 62 905 906 483 2 0 > 62 483 484 479 2 2 > 62 484 0 0 1 2 > 62 907 906 483 1 0 > 62 663 0 0 2 2 > 62 908 906 483 1 2 > 62 909 910 903 1 2 > 62 911 910 903 1 0 > 62 910 912 913 1 2 > 62 906 910 903 1 2 > 62 913 0 0 2 2 > 62 912 0 0 1 0 > 63 914 915 916 2 2 > 63 917 918 919 1 0 > 63 919 31 29 2 0 > 63 916 920 921 2 2 > 63 922 920 921 1 0 > 63 29 0 0 2 0 > 63 923 924 925 2 0 > 63 449 0 0 2 0 > 63 545 924 925 2 2 > 63 926 924 925 2 0 > 63 918 0 0 1 0 > 63 927 0 0 1 0 > 63 31 450 449 1 0 > 63 928 450 449 2 0 > 63 450 0 0 1 0 > 63 929 918 919 1 0 > 63 920 0 0 1 0 > 63 915 918 919 1 2 > 63 930 918 919 1 0 > 63 931 918 919 2 0 > 63 932 915 916 1 0 > 63 924 0 0 1 0 > 63 925 927 928 2 0 > 63 921 927 928 2 0 > 63 933 924 925 2 0 > 63 934 924 925 2 0 > 63 935 924 925 1 0 > 64 936 937 279 1 0 > 64 938 937 279 1 0 > 64 939 937 279 2 0 > 64 937 0 0 1 0 > 64 279 0 0 2 0 > 64 177 0 0 2 0 > 64 940 937 279 2 2 > 64 342 937 279 2 2 > 64 941 345 342 2 0 > 64 942 345 342 1 0 > 64 943 944 945 2 2 > 64 946 947 948 2 2 > 64 947 949 943 1 2 > 64 950 947 948 2 2 > 64 192 0 0 1 0 > 64 949 192 177 1 0 > 64 338 345 342 2 2 > 64 951 345 342 1 0 > 64 345 0 0 1 0 > 64 952 345 342 2 0 > 64 948 345 342 2 2 > 64 953 345 342 1 0 > 64 945 192 177 2 0 > 64 944 0 0 1 0 > 64 954 345 342 1 2 > 65 955 944 945 2 0 > 65 177 0 0 2 0 > 65 956 949 943 2 0 > 65 957 944 945 2 0 > 65 543 944 945 1 2 > 65 943 944 945 2 2 > 65 958 944 945 1 0 > 65 959 949 943 1 2 > 65 947 949 943 1 2 > 65 192 0 0 1 0 > 65 949 192 177 1 0 > 65 945 192 177 2 0 > 65 960 949 943 1 0 > 65 944 0 0 1 0 > 66 410 0 0 2 0 > 66 961 427 410 2 0 > 66 333 427 410 2 2 > 66 962 427 410 2 0 > 66 427 0 0 1 0 > 66 963 427 410 2 0 > This is only a small portion of my pedigree file. In this pedigree list there are about 400 repeated id; I want to replace repeated individual identifiers with new id and to replace them not only in id column but also in father and mother id columns. I don't want to remove subjects with the same id because they are useful for my heritability analysis. I use kinship package of R and it doesn't create a kinship matrix with repeated id. > Thank you for help > Best regards > Roberta > > > [[alternative HTML version deleted]] > > ______________________________________________ > R-help@r-project.org mailing list > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help > PLEASE do read the posting guide http://www.R-project.org/posting-guide.html > and provide commented, minimal, self-contained, reproducible code. >[[alternative HTML version deleted]]
Hello,
Ok, try the following.
fun <- function(x, d, last){
new <- last
if(any(d)){
ii <- which(d)
for(i in ii){
new <- new + 1
old <- x$ID[i]
x$ID[i] <- new
x$FA_ID[x$FA_ID == old] <- new
x$MO_ID[x$MO_ID == old] <- new
}
} else new <- FALSE
list(new = new, DF = x)
}
lastid <- nrow(dat)
idx <- duplicated(dat$ID)
sp <- split(dat, dat$FAMID)
dup <- split(idx, dat$FAMID)
result <- vector("list", length(sp))
for(i in seq_along(sp)){
ret <- fun(sp[[i]], dup[[i]], lastid)
result[[i]] <- ret$DF
if(ret$new) lastid <- ret$new
}
d2 <- do.call(rbind, result)
# check (should be zero)
sum(duplicated(d2$ID))
Hope this helps,
Rui Barradas
Em 30-10-2012 11:22, Roberta Carriero escreveu:>
>
> From: robertacar at hotmail.it
> To: smartpink111 at yahoo.com
> Subject: RE: [R] replace repeated id in a pedigree list
> Date: Tue, 30 Oct 2012 09:51:50 +0100
>
>
>
>
>
>
>
> You are right! I want to "replace the second 6 with a new ID".
For example I have id 6 which is repeated 2 times. In family 1 it appears one
time. In family 37 I should replace id 6 with a new id whenever it appears, not
only as founder but also as father. It is important to use a new id which
doesn't exist in all the pedigrees belonging to the "Pedigree.txt"
file. Thank you for help RegardsRoberta
>
> FAMID ID FA ID MO ID SEX STATUS> 1 1 0 0 2
0> 1 2 3 1 2 2> 1 4 3 1 1 2> 1 5 3
1 1 0> 1 6 3 1 1 0> 1 7 3 1 2 2> 1
8 3 1 1 0> 1 9 3 1 1 0> 1 10 3 1 2
0> 1 11 3 1 1 0> 1 3 0 0 1 0 37 277 0
0 2 0> 37 546 547 548 2 2> 37 549 547 548
1 2> 37 550 6 551 1 0> 37 551 552 553 2
2> 37 552 554 555 1 0> 37 556 0 0 2 0> 37
557 6 551 2 0> 37 558 6 551 2 2> 37 559 6
551 1 0> 37 560 6 551 1 2> 37 6 0 0 1
0> 37 554 0 0 1 0> 37 561 554 562 1 0> 37
562 0 0 2 0> 37 555 0 0 2 0> 37 563 521
558 1 0> 37 306 0 0 1 0> 37 521 306 307 1
2> 37 564 521 558 2 2> 37 565 521 558 1
2> 37 307 0 0 2 2> 37 566 6 551 1 0> 37
548 6 551 2 2> 37 567 6 551 2 2> 37 568
561 556 1 0> 37 547 568 277 1 0> 37 553 0
0 2 0> Date: Mon, 29 Oct 2012 20:23:56 -0700
>> From: smartpink111 at yahoo.com
>> Subject: Re: [R] replace repeated id in a pedigree list
>> To: robertacar at hotmail.it
>>
>> Hi,
>>
>> I am a bit confused by this statement
>> "I want to replace repeated individual identifiers with new id and
to
>> replace them not only in id column but also in father and mother id
>> columns"
>>
>> In the dataset, you have repeated identifiers for ID, FAID and MOID.
>>
>> For eg.
>> source("Pedigree.txt")
>> head(dat1)
>> # FAMID ID FAID MOID SEX STATUS
>> #1 1 1 0 0 2 0
>> #2 1 2 3 1 2 2
>> #3 1 4 3 1 1 2
>> #4 1 5 3 1 1 0
>> #5 1 6 3 1 1 0
>> #6 1 7 3 1 2 2
>>
>> dat2<-dat1[duplicated(dat1$ID)|duplicated(dat1$ID,fromLast=TRUE),]
>> dat3<-dat2[order(dat2$ID),]
>> head(dat3)
>> # FAMID ID FAID MOID SEX STATUS
>> #5 1 6 3 1 1 0
>> #603 37 6 0 0 1 0
>> #17 2 20 0 0 1 0
>> #469 29 20 0 0 1 0
>> #21 2 24 12 16 1 0
>> #533 32 24 0 0 1 0
>> dat1$ID[duplicated(dat1$ID)|duplicated(dat1$ID,fromLast=TRUE)]
>> # [1] 6 20 24 29 30 31 47 62 63 95 96 99 100 93 101 102
83 105
>> #[19] 107 112 113 115 117 108 142 155 146 157 161 96 167 177 105 107
192 108
>> #[37] 203 204 113 212 221 228 229 107 236 239 223 155 146 251 157 258
260 257
>> #[55] 256 277 279 212 260 83 288 296 251 294 306 303 307 296 328 339
328 342
>> #[73] 333 338 345 258 177 257 192 256 382 378 377 167 404 410 203 204
413 113
>> #[91] 422 115 426 427 117 411 412 434 435 20 29 449 30 31 450 404
464 479
>> #[109] 480 481 413 483 484 434 476 477 47 288 24 506 500 501 339 328
516 294
>> #[127] 306 521 303 333 307 516 306 543 545 307 277 6 306 521 307 112
506 500
>> #[145] 501 596 598 599 598 62 63 229 236 239 627 619 620 599 638 645
650 651
>> #[163] 643 642 646 653 95 99 100 663 93 101 638 674 464 411 645 650
671 412
>> #[181] 651 672 646 696 686 685 411 671 378 377 412 672 653 733 435 760
650 651
>> #[199] 643 642 686 102 685 221 228 101 223 480 142 481 382 733 596 161
476 477
>> #[217] 696 627 674 760 645 650 651 619 646 620 239 410 422 426 427 479
483 484
>> #[235] 663 29 449 545 31 450 279 177 342 943 947 192 949 338 345 945
944 177
>> #[253] 543 943 947 192 949 945 944 410 333 427
>>
>> #The same way you can get the repeated FAID and MOID
>> dat1$FAID[duplicated(dat1$FAID)|duplicated(dat1$FAID,fromLast=TRUE)]
>> dat1$MOID[duplicated(dat1$MOID)|duplicated(dat1$MOID,fromLast=TRUE)]
>>
>> From the dat3 IDs, you have 6 repeated 2 times. In that case, you
want to replace the second 6 with a new ID. Regarding the new ID, will it work
if that ID is already present in FAID or MOID?
>> A.K.
>>
>>
>>
>>
>>
>>
>>
>>
>>
>>
>>
>> ----- Original Message -----
>> From: Roberta Carriero <robertacar at hotmail.it>
>> To: r-help at r-project.org
>> Cc:
>> Sent: Monday, October 29, 2012 2:08 PM
>> Subject: [R] replace repeated id in a pedigree list
>>
>>
>> Hello,
>> I have a pedigree file such this:
>> FAMID ID FA ID MO ID SEX STATUS
>> 1 1 0 0 2 0
>> 1 2 3 1 2 2
>> 1 4 3 1 1 2
>> 1 5 3 1 1 0
>> 1 6 3 1 1 0
>> 1 7 3 1 2 2
>> 1 8 3 1 1 0
>> 1 9 3 1 1 0
>> 1 10 3 1 2 0
>> 1 11 3 1 1 0
>> 1 3 0 0 1 0
>> 2 12 13 14 1 0
>> 2 15 12 16 2 0
>> 2 17 12 16 1 0
>> 2 18 12 16 1 0
>> 2 19 12 16 1 0
>> 2 20 0 0 1 0
>> 2 21 0 0 2 0
>> 2 22 12 16 2 2
>> 2 23 12 16 1 0
>> 2 24 12 16 1 0
>> 2 25 12 16 1 0
>> 2 26 12 16 2 0
>> 2 27 28 21 2 2
>> 2 29 0 0 2 0
>> 2 14 0 0 2 0
>> 2 30 31 29 2 0
>> 2 13 31 29 1 0
>> 2 31 0 0 1 0
>> 2 28 20 30 1 0
>> 2 32 28 21 2 2
>> 2 16 0 0 2 0
>> 3 33 34 35 2 0
>> 3 35 0 0 2 0
>> 3 36 34 35 1 0
>> 3 37 34 35 1 0
>> 3 38 34 35 2 0
>> 3 39 34 35 1 0
>> 3 40 34 35 2 0
>> 3 41 34 35 2 0
>> 3 42 34 35 2 2
>> 3 43 34 35 1 0
>> 3 34 0 0 1 0
>> 3 44 34 35 2 0
>> 3 45 34 35 1 2
>> 4 46 47 48 2 2
>> 4 49 47 48 1 0
>> 4 50 47 48 1 0
>> 4 51 47 48 2 0
>> 4 47 0 0 1 0
>> 4 52 47 48 1 2
>> 4 53 47 48 2 2
>> 4 48 0 0 2 2
>> 4 54 47 48 2 2
>> 4 55 47 48 2 2
>> 5 56 57 58 1 0
>> 5 59 60 61 2 2
>> 5 60 62 63 1 2
>> 5 62 0 0 1 0
>> 5 63 0 0 2 2
>> 5 57 0 0 1 0
>> 5 64 57 58 1 0
>> 5 65 60 61 2 2
>> 5 66 57 58 1 0
>> 5 67 68 69 2 2
>> 5 70 68 69 1 0
>> 5 71 68 69 2 2
>> 5 68 0 0 1 0
>> 5 72 57 58 1 0
>> 5 61 57 58 2 2
>> 5 73 57 58 1 0
>> 5 74 57 58 2 0
>> 5 75 60 61 2 2
>> 5 76 57 58 1 0
>> 5 69 57 58 2 2
>> 5 77 57 58 2 2
>> 5 78 0 0 1 0
>> 5 58 0 0 2 0
>> 5 79 78 77 2 2
>> 5 80 78 77 2 2
>> 5 81 78 77 1 0
>> 6 82 83 84 1 0
>> 6 85 83 84 1 0
>> 6 86 0 0 1 2
>> 6 87 86 88 1 0
>> 6 89 86 88 1 0
>> 6 90 86 88 2 0
>> 6 91 86 88 2 2
>> 6 92 87 93 2 2
>> 6 94 86 88 2 2
>> 6 84 0 0 2 0
>> 6 95 0 0 2 0
>> 6 96 83 84 1 0
>> 6 97 83 84 1 0
>> 6 98 83 84 2 0
>> 6 99 0 0 1 2
>> 6 100 99 95 2 0
>> 6 93 101 100 2 0
>> 6 101 0 0 1 0
>> 6 102 83 84 2 0
>> 6 88 83 84 2 2
>> 6 83 0 0 1 0
>> 6 103 83 84 1 0
>> 7 104 105 106 1 0
>> 7 105 107 108 1 0
>> 7 107 0 0 1 0
>> 7 109 105 106 2 2
>> 7 110 111 112 1 0
>> 7 112 0 0 2 2
>> 7 113 0 0 2 2
>> 7 114 115 116 1 2
>> 7 115 117 113 1 0
>> 7 118 115 116 1 2
>> 7 119 115 116 1 0
>> 7 117 0 0 1 2
>> 7 108 0 0 2 2
>> 7 116 111 112 2 2
>> 7 120 111 112 1 0
>> 7 106 111 112 2 2
>> 7 111 0 0 1 0
>> 7 121 105 106 2 2
>> 8 122 123 124 2 0
>> 8 125 123 124 1 0
>> 8 126 123 124 1 0
>> 8 127 123 124 1 0
>> 8 128 123 124 1 2
>> 8 129 123 124 1 0
>> 8 130 123 124 1 0
>> 8 131 123 124 2 0
>> 8 123 0 0 1 0
>> 8 124 0 0 2 0
>> 8 132 123 124 2 2
>> 9 133 134 135 2 0
>> 9 136 137 133 1 0
>> 9 138 137 133 2 0
>> 9 137 139 140 1 0
>> 9 141 139 140 1 0
>> 9 142 0 0 1 0
>> 9 143 137 133 2 2
>> 9 144 145 146 2 2
>> 9 145 147 148 1 0
>> 9 149 145 146 2 0
>> 9 150 145 146 2 0
>> 9 151 137 133 2 0
>> 9 152 137 133 1 0
>> 9 153 137 133 1 2
>> 9 148 0 0 2 0
>> 9 154 137 133 1 0
>> 9 155 141 156 2 0
>> 9 146 157 155 2 0
>> 9 157 0 0 1 0
>> 9 158 145 146 1 0
>> 9 159 145 146 1 0
>> 9 160 0 0 1 0
>> 9 161 160 162 2 0
>> 9 135 160 162 2 0
>> 9 134 0 0 1 0
>> 9 162 0 0 2 0
>> 9 140 0 0 2 0
>> 9 139 0 0 1 0
>> 9 156 0 0 2 0
>> 9 147 142 161 1 0
>> 10 163 96 164 2 2
>> 10 165 96 164 1 2
>> 10 164 166 167 2 2
>> 10 168 166 167 1 0
>> 10 169 166 167 1 0
>> 10 166 0 0 1 0
>> 10 170 166 167 2 0
>> 10 96 0 0 1 0
>> 10 171 96 164 2 2
>> 10 167 0 0 2 2
>> 10 172 166 167 2 0
>> 10 173 166 167 1 0
>> 10 174 166 167 2 0
>> 11 175 0 0 2 0
>> 11 176 107 108 2 0
>> 11 177 0 0 2 0
>> 11 178 107 108 2 2
>> 11 179 180 181 1 0
>> 11 182 183 178 2 0
>> 11 184 107 108 1 0
>> 11 185 183 178 1 2
>> 11 186 180 181 2 2
>> 11 187 180 181 1 2
>> 11 183 180 181 1 2
>> 11 188 183 178 2 2
>> 11 105 107 108 1 0
>> 11 107 0 0 1 0
>> 11 189 0 0 2 0
>> 11 190 0 0 2 0
>> 11 191 107 108 1 0
>> 11 192 193 189 1 0
>> 11 194 193 189 1 0
>> 11 193 0 0 1 0
>> 11 108 195 175 2 2
>> 11 196 180 181 1 0
>> 11 197 180 181 1 0
>> 11 198 180 181 1 0
>> 11 199 180 181 2 0
>> 11 180 0 0 1 0
>> 11 195 192 177 1 0
>> 11 181 194 190 2 0
>> 12 200 201 202 1 0
>> 12 203 0 0 2 0
>> 12 204 0 0 1 0
>> 12 205 201 202 2 2
>> 12 201 0 0 1 0
>> 12 206 204 203 2 0
>> 12 207 204 203 1 0
>> 12 202 204 203 2 2
>> 12 113 204 203 2 2
>> 12 208 204 203 2 0
>> 12 209 204 203 1 0
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>> 13 211 212 213 2 0
>> 13 213 0 0 2 0
>> 13 214 212 213 1 2
>> 13 212 0 0 1 0
>> 13 215 212 213 1 0
>> 13 216 212 213 2 2
>> 13 217 212 213 1 0
>> 13 218 212 213 2 0
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>> 13 220 212 213 1 0
>> 14 221 0 0 2 0
>> 14 222 223 221 1 0
>> 14 224 223 221 1 0
>> 14 225 223 221 1 0
>> 14 226 223 221 1 0
>> 14 227 223 221 2 0
>> 14 228 223 221 2 0
>> 14 229 0 0 2 0
>> 14 230 0 0 2 2
>> 14 231 223 221 2 0
>> 14 232 233 230 1 2
>> 14 234 233 230 1 0
>> 14 107 223 221 1 0
>> 14 235 234 236 2 2
>> 14 237 233 230 1 2
>> 14 238 234 236 1 0
>> 14 236 239 229 2 0
>> 14 239 0 0 1 2
>> 14 240 223 221 1 0
>> 14 241 233 230 1 0
>> 14 233 223 221 1 2
>> 14 223 0 0 1 0
>> 15 242 157 155 2 0
>> 15 243 157 155 2 0
>> 15 244 245 246 1 2
>> 15 247 245 246 1 2
>> 15 248 157 155 1 0
>> 15 249 157 155 1 0
>> 15 155 0 0 2 0
>> 15 250 157 155 2 0
>> 15 146 157 155 2 0
>> 15 251 157 155 1 2
>> 15 157 0 0 1 0
>> 15 246 157 155 2 2
>> 15 252 157 155 2 0
>> 15 253 245 246 1 0
>> 15 254 245 246 1 0
>> 15 245 0 0 1 0
>> 16 255 256 257 2 0
>> 16 258 256 257 2 0
>> 16 259 256 257 2 0
>> 16 260 256 257 1 0
>> 16 261 256 257 2 2
>> 16 262 256 257 1 0
>> 16 263 256 257 1 0
>> 16 264 256 257 1 0
>> 16 265 256 257 1 0
>> 16 266 256 257 2 0
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>> 16 257 0 0 2 0
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>> 16 270 268 261 1 2
>> 16 271 268 261 1 0
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>> 17 279 274 275 2 0
>> 17 212 274 275 1 0
>> 17 280 260 281 2 2
>> 17 260 0 0 1 0
>> 17 281 274 275 2 2
>> 17 275 0 0 2 0
>> 17 83 274 275 1 0
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>> 17 274 0 0 1 0
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>> 18 286 284 285 1 0
>> 18 285 0 0 2 0
>> 18 284 0 0 1 0
>> 18 287 284 285 1 2
>> 18 288 284 285 2 2
>> 18 289 284 285 1 0
>> 18 290 284 285 2 0
>> 18 291 284 285 2 0
>> 19 292 293 294 1 0
>> 19 293 0 0 1 2
>> 19 295 296 297 2 2
>> 19 298 293 294 1 0
>> 19 299 296 297 1 2
>> 19 297 293 294 2 2
>> 19 300 293 294 1 0
>> 19 296 0 0 1 2
>> 19 301 296 297 2 2
>> 19 302 251 303 2 2
>> 19 251 0 0 1 2
>> 19 304 251 303 1 2
>> 19 305 251 303 1 2
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>> 19 306 0 0 1 0
>> 19 303 306 307 2 2
>> 19 307 0 0 2 2
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>> 20 310 0 0 2 0
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>> 20 312 309 310 1 0
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>> 20 309 0 0 1 0
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>> 20 316 315 313 1 2
>> 20 315 0 0 1 0
>> 20 317 309 310 1 0
>> 21 318 319 320 2 2
>> 21 319 0 0 1 0
>> 21 320 0 0 2 2
>> 22 321 322 323 2 0
>> 22 324 322 323 2 0
>> 22 325 322 323 1 2
>> 22 326 322 323 2 2
>> 22 327 322 323 1 2
>> 22 328 322 323 1 0
>> 22 329 322 323 2 0
>> 22 330 322 323 2 2
>> 22 331 322 323 1 0
>> 22 322 0 0 1 0
>> 22 323 0 0 2 0
>> 23 332 328 333 2 0
>> 23 334 328 333 1 0
>> 23 335 328 333 1 0
>> 23 336 337 338 2 2
>> 23 339 328 333 2 2
>> 23 340 328 333 1 2
>> 23 341 328 333 1 2
>> 23 337 328 333 1 2
>> 23 328 0 0 1 0
>> 23 342 0 0 2 2
>> 23 343 337 338 1 2
>> 23 344 328 333 1 0
>> 23 333 0 0 2 2
>> 23 338 345 342 2 2
>> 23 345 0 0 1 0
>> 24 346 347 348 1 0
>> 24 349 347 348 1 0
>> 24 350 347 348 2 0
>> 24 351 347 348 1 0
>> 24 352 347 348 2 0
>> 24 347 0 0 1 0
>> 24 258 256 257 2 0
>> 24 353 347 348 2 0
>> 24 177 354 355 2 0
>> 24 356 357 358 1 0
>> 24 357 359 360 1 2
>> 24 361 359 360 1 0
>> 24 362 357 358 1 2
>> 24 359 363 258 1 2
>> 24 364 359 360 1 2
>> 24 365 359 360 1 2
>> 24 366 359 360 2 2
>> 24 367 347 348 2 2
>> 24 368 347 348 1 0
>> 24 369 347 348 1 0
>> 24 370 347 348 2 0
>> 24 371 357 358 2 2
>> 24 360 0 0 2 2
>> 24 358 0 0 2 2
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>> 51 727 724 725 2 2
>> 51 728 724 725 1 2
>> 51 725 0 0 2 0
>> 51 724 0 0 1 0
>> 51 653 724 725 1 0
>> 51 729 724 725 1 0
>> 52 730 0 0 1 0
>> 52 731 0 0 2 0
>> 52 732 733 734 1 0
>> 52 735 733 734 2 2
>> 52 736 733 734 2 2
>> 52 737 733 734 2 0
>> 52 738 733 734 2 0
>> 52 733 0 0 1 0
>> 52 739 730 731 1 0
>> 52 734 730 731 2 2
>> 52 740 730 731 2 2
>> 52 741 730 731 2 0
>> 52 742 730 731 2 0
>> 52 743 730 731 2 0
>> 52 744 730 731 1 0
>> 53 745 746 747 2 0
>> 53 746 0 0 1 0
>> 53 748 746 747 2 0
>> 53 749 746 747 2 2
>> 53 750 746 747 2 0
>> 53 751 752 753 1 0
>> 53 754 752 753 1 0
>> 53 755 746 747 2 0
>> 53 756 752 753 1 0
>> 53 435 746 747 2 2
>> 53 753 746 747 2 2
>> 53 757 746 747 2 0
>> 53 752 642 643 1 0
>> 53 758 752 753 2 2
>> 53 759 752 753 2 2
>> 53 760 0 0 2 0
>> 53 761 0 0 1 0
>> 53 762 650 760 2 0
>> 53 650 0 0 1 0
>> 53 651 0 0 2 0
>> 53 643 0 0 2 0
>> 53 747 761 762 2 0
>> 53 642 650 651 1 0
>> 54 763 0 0 2 0
>> 54 764 765 766 1 0
>> 54 767 765 766 2 0
>> 54 768 765 766 2 2
>> 54 769 685 686 1 0
>> 54 770 765 766 1 0
>> 54 771 765 766 2 2
>> 54 772 765 766 2 0
>> 54 773 765 766 1 2
>> 54 774 775 102 2 2
>> 54 765 776 763 1 0
>> 54 775 765 766 1 2
>> 54 766 769 777 2 0
>> 54 778 765 766 1 0
>> 54 777 0 0 2 0
>> 54 779 765 766 1 0
>> 54 780 765 766 1 0
>> 54 686 0 0 2 0
>> 54 102 0 0 2 0
>> 54 776 685 686 1 0
>> 54 685 0 0 1 0
>> 55 781 782 783 2 0
>> 55 221 782 783 2 0
>> 55 228 223 221 2 0
>> 55 784 785 228 2 0
>> 55 786 787 788 1 0
>> 55 787 789 790 1 0
>> 55 791 787 788 1 2
>> 55 785 0 0 1 0
>> 55 792 793 794 1 0
>> 55 790 793 794 2 0
>> 55 793 0 0 1 0
>> 55 101 785 228 1 0
>> 55 795 785 228 2 2
>> 55 794 0 0 2 0
>> 55 782 0 0 1 0
>> 55 789 0 0 1 0
>> 55 783 0 0 2 0
>> 55 223 0 0 1 0
>> 55 788 792 781 2 0
>> 55 796 785 228 1 0
>> 55 797 785 228 2 0
>> 55 798 785 228 1 0
>> 55 799 785 228 1 0
>> 55 800 785 228 1 0
>> 56 801 480 802 2 2
>> 56 803 480 802 1 0
>> 56 804 480 802 1 0
>> 56 480 0 0 1 2
>> 56 805 480 802 1 2
>> 56 806 0 0 2 0
>> 56 807 808 806 2 0
>> 56 809 480 802 1 0
>> 56 810 808 806 1 0
>> 56 802 808 806 2 2
>> 56 811 808 806 1 0
>> 56 808 0 0 1 0
>> 56 812 808 806 1 0
>> 56 813 808 806 2 0
>> 56 814 808 806 2 0
>> 56 815 808 806 2 0
>> 56 816 808 806 1 0
>> 57 817 818 819 1 0
>> 57 142 0 0 1 0
>> 57 819 142 161 2 0
>> 57 481 476 477 2 2
>> 57 382 818 819 1 0
>> 57 818 0 0 1 0
>> 57 820 818 819 1 0
>> 57 821 818 819 2 2
>> 57 822 818 819 2 2
>> 57 823 818 819 2 2
>> 57 824 818 819 1 0
>> 57 733 818 819 1 0
>> 57 825 818 819 1 0
>> 57 826 827 481 1 0
>> 57 828 818 819 1 0
>> 57 829 596 821 1 2
>> 57 830 596 821 1 2
>> 57 831 596 821 1 2
>> 57 596 0 0 1 2
>> 57 832 827 481 1 0
>> 57 833 827 481 1 2
>> 57 834 827 481 1 0
>> 57 835 827 481 2 0
>> 57 827 0 0 1 0
>> 57 161 0 0 2 0
>> 57 476 0 0 1 0
>> 57 477 142 161 2 0
>> 58 836 0 0 2 2
>> 58 837 696 836 2 0
>> 58 696 0 0 1 0
>> 58 838 696 836 1 2
>> 58 839 696 836 2 2
>> 59 840 841 674 2 0
>> 59 842 841 674 2 2
>> 59 843 841 674 1 0
>> 59 844 841 674 1 0
>> 59 845 841 674 1 0
>> 59 846 0 0 1 0
>> 59 847 846 848 2 0
>> 59 841 0 0 1 0
>> 59 627 619 620 2 0
>> 59 849 841 674 2 2
>> 59 850 841 674 1 2
>> 59 674 645 646 2 0
>> 59 851 850 852 1 2
>> 59 760 0 0 2 0
>> 59 853 850 852 1 2
>> 59 852 854 627 2 0
>> 59 854 0 0 1 0
>> 59 848 650 760 2 0
>> 59 645 0 0 1 0
>> 59 650 0 0 1 0
>> 59 855 856 847 1 2
>> 59 857 856 847 1 2
>> 59 858 856 847 2 2
>> 59 651 0 0 2 0
>> 59 856 0 0 1 0
>> 59 859 856 847 2 0
>> 59 619 650 651 1 0
>> 59 646 650 651 2 0
>> 59 620 0 0 2 0
>> 60 860 861 862 2 0
>> 60 863 864 865 1 0
>> 60 866 864 865 2 0
>> 60 867 864 865 2 0
>> 60 864 0 0 1 0
>> 60 868 0 0 1 0
>> 60 869 864 865 2 2
>> 60 870 864 865 1 0
>> 60 239 864 865 1 2
>> 60 871 864 865 2 0
>> 60 872 861 862 1 0
>> 60 873 861 862 2 0
>> 60 874 861 862 2 2
>> 60 875 868 876 2 0
>> 60 877 868 876 1 0
>> 60 878 0 0 1 0
>> 60 876 0 0 2 0
>> 60 879 0 0 2 0
>> 60 865 877 879 2 0
>> 60 862 0 0 2 0
>> 60 861 878 875 1 0
>> 61 880 881 882 2 0
>> 61 883 881 882 1 0
>> 61 884 881 882 2 0
>> 61 410 0 0 2 0
>> 61 881 0 0 1 0
>> 61 885 886 887 1 2
>> 61 888 886 887 2 0
>> 61 889 886 887 2 2
>> 61 886 0 0 1 0
>> 61 890 886 887 1 2
>> 61 882 0 0 2 0
>> 61 891 881 882 2 2
>> 61 892 881 882 2 2
>> 61 893 881 882 1 0
>> 61 894 881 882 1 0
>> 61 895 896 891 2 0
>> 61 897 896 891 2 2
>> 61 422 0 0 2 0
>> 61 896 898 899 1 0
>> 61 900 896 891 2 0
>> 61 426 0 0 1 0
>> 61 427 426 422 1 0
>> 61 898 0 0 1 0
>> 61 887 427 410 2 0
>> 61 901 886 887 2 0
>> 61 902 886 887 2 0
>> 61 899 426 422 2 0
>> 62 903 904 663 2 2
>> 62 904 0 0 1 0
>> 62 479 0 0 2 2
>> 62 905 906 483 2 0
>> 62 483 484 479 2 2
>> 62 484 0 0 1 2
>> 62 907 906 483 1 0
>> 62 663 0 0 2 2
>> 62 908 906 483 1 2
>> 62 909 910 903 1 2
>> 62 911 910 903 1 0
>> 62 910 912 913 1 2
>> 62 906 910 903 1 2
>> 62 913 0 0 2 2
>> 62 912 0 0 1 0
>> 63 914 915 916 2 2
>> 63 917 918 919 1 0
>> 63 919 31 29 2 0
>> 63 916 920 921 2 2
>> 63 922 920 921 1 0
>> 63 29 0 0 2 0
>> 63 923 924 925 2 0
>> 63 449 0 0 2 0
>> 63 545 924 925 2 2
>> 63 926 924 925 2 0
>> 63 918 0 0 1 0
>> 63 927 0 0 1 0
>> 63 31 450 449 1 0
>> 63 928 450 449 2 0
>> 63 450 0 0 1 0
>> 63 929 918 919 1 0
>> 63 920 0 0 1 0
>> 63 915 918 919 1 2
>> 63 930 918 919 1 0
>> 63 931 918 919 2 0
>> 63 932 915 916 1 0
>> 63 924 0 0 1 0
>> 63 925 927 928 2 0
>> 63 921 927 928 2 0
>> 63 933 924 925 2 0
>> 63 934 924 925 2 0
>> 63 935 924 925 1 0
>> 64 936 937 279 1 0
>> 64 938 937 279 1 0
>> 64 939 937 279 2 0
>> 64 937 0 0 1 0
>> 64 279 0 0 2 0
>> 64 177 0 0 2 0
>> 64 940 937 279 2 2
>> 64 342 937 279 2 2
>> 64 941 345 342 2 0
>> 64 942 345 342 1 0
>> 64 943 944 945 2 2
>> 64 946 947 948 2 2
>> 64 947 949 943 1 2
>> 64 950 947 948 2 2
>> 64 192 0 0 1 0
>> 64 949 192 177 1 0
>> 64 338 345 342 2 2
>> 64 951 345 342 1 0
>> 64 345 0 0 1 0
>> 64 952 345 342 2 0
>> 64 948 345 342 2 2
>> 64 953 345 342 1 0
>> 64 945 192 177 2 0
>> 64 944 0 0 1 0
>> 64 954 345 342 1 2
>> 65 955 944 945 2 0
>> 65 177 0 0 2 0
>> 65 956 949 943 2 0
>> 65 957 944 945 2 0
>> 65 543 944 945 1 2
>> 65 943 944 945 2 2
>> 65 958 944 945 1 0
>> 65 959 949 943 1 2
>> 65 947 949 943 1 2
>> 65 192 0 0 1 0
>> 65 949 192 177 1 0
>> 65 945 192 177 2 0
>> 65 960 949 943 1 0
>> 65 944 0 0 1 0
>> 66 410 0 0 2 0
>> 66 961 427 410 2 0
>> 66 333 427 410 2 2
>> 66 962 427 410 2 0
>> 66 427 0 0 1 0
>> 66 963 427 410 2 0
>> This is only a small portion of my pedigree file. In this pedigree list
there are about 400 repeated id; I want to replace repeated individual
identifiers with new id and to replace them not only in id column but also in
father and mother id columns. I don't want to remove subjects with the same
id because they are useful for my heritability analysis. I use kinship package
of R and it doesn't create a kinship matrix with repeated id.
>> Thank you for help
>> Best regards
>> Roberta
>>
>>
>> [[alternative HTML version deleted]]
>>
>> ______________________________________________
>> R-help at r-project.org mailing list
>> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help
>> PLEASE do read the posting guide
http://www.R-project.org/posting-guide.html
>> and provide commented, minimal, self-contained, reproducible code.
>>
>
Hi Roberta,
From your reply, I understand that you want to replace the repeated ID from
"ID" column with new ID and that new ID should be also given to FAID.?
But, if I take the columns individually, there are still lots of repeats for
"FAID" and "MOID".? Do you want to replace the repeats in
those columns too?
Here, I am replacing the repeats in "ID" column and assigning a new ID
which was not found in the entire file.
?source("Pedigree.txt")
?head(dat1)
dat2<-dat1[duplicated(dat1$ID)|duplicated(dat1$ID,fromLast=TRUE),]
dat3<-dat2[order(dat2$ID),]
dat4<-dat3[duplicated(dat3$ID),]
?dat4$ID<-sample(1000:2000,144,replace=FALSE)
?dat4$FAID<-dat4$ID
dat5<-with(dat2,aggregate(dat2,by=list(ID=ID),head,1))
dat5<-dat5[,-1]
dat6<-dat1[!(duplicated(dat1$ID)|duplicated(dat1$ID,fromLast=TRUE)),]
sum(nrow(dat6),nrow(dat4),nrow(dat5))
#[1] 1107
?nrow(dat1)
#[1] 1107
res1<-rbind(dat4,dat5,dat6)
res2<-res1[order(res1[,1],res1[,2]),]
any(duplicated(res2$ID)|duplicated(res2$ID,fromLast=TRUE))
#[1] FALSE
rownames(res2)<-1:nrow(res2)
head(res2)
#? FAMID ID FAID MOID SEX STATUS
#1???? 1? 1??? 0??? 0?? 2????? 0
#2???? 1? 2??? 3??? 1?? 2????? 2
#3???? 1? 3??? 0??? 0?? 1????? 0
#4???? 1? 4??? 3??? 1?? 1????? 2
#5???? 1? 5??? 3??? 1?? 1????? 0
#6???? 1? 6??? 3??? 1?? 1????? 0
A.K.
________________________________
From: Roberta Carriero <robertacar at hotmail.it>
To: smartpink111 at yahoo.com
Sent: Tuesday, October 30, 2012 4:51 AM
Subject: RE: [R] replace repeated id in a pedigree list
You are right! I want to "replace the second 6 with a new ID". For
example I have id 6 which is repeated 2 times. In family 1 it appears one time.
In family 37 I should replace id 6 with a new id whenever it appears, not only
as founder but also as father. It is important to use a new id wich doesn't
exist in all the pedigree!
Thank you for help?
Regards
Roberta
FAMID ? ?ID ? ?FA ID ? ?MO ID ? ?SEX ? ?STATUS> 1 ? ?1 ? ?0 ? ?0 ? ?2 ? ?0
> 1 ? ?2 ? ?3 ? ?1 ? ?2 ? ?2
> 1 ? ?4 ? ?3 ? ?1 ? ?1 ? ?2
> 1 ? ?5 ? ?3 ? ?1 ? ?1 ? ?0
> 1 ? ?6 ? ?3 ? ?1 ? ?1 ? ?0
> 1 ? ?7 ? ?3 ? ?1 ? ?2 ? ?2
> 1 ? ?8 ? ?3 ? ?1 ? ?1 ? ?0
> 1 ? ?9 ? ?3 ? ?1 ? ?1 ? ?0
> 1 ? ?10 ? ?3 ? ?1 ? ?2 ? ?0
> 1 ? ?11 ? ?3 ? ?1 ? ?1 ? ?0
> 1 ? ?3 ? ?0 ? ?0 ? ?1 ? ?0
?37 ? ?277 ? ?0 ? ?0 ? ?2 ? ?0> 37 ? ?546 ? ?547 ? ?548 ? ?2 ? ?2
> 37 ? ?549 ? ?547 ? ?548 ? ?1 ? ?2
> 37 ? ?550 ? ?6 ? ?551 ? ?1 ? ?0
> 37 ? ?551 ? ?552 ? ?553 ? ?2 ? ?2
> 37 ? ?552 ? ?554 ? ?555 ? ?1 ? ?0
> 37 ? ?556 ? ?0 ? ?0 ? ?2 ? ?0
> 37 ? ?557 ? ?6 ? ?551 ? ?2 ? ?0
> 37 ? ?558 ? ?6 ? ?551 ? ?2 ? ?2
> 37 ? ?559 ? ?6 ? ?551 ? ?1 ? ?0
> 37 ? ?560 ? ?6 ? ?551 ? ?1 ? ?2
> 37 ? ?6 ? ?0 ? ?0 ? ?1 ? ?0
> 37 ? ?554 ? ?0 ? ?0 ? ?1 ? ?0
> 37 ? ?561 ? ?554 ? ?562 ? ?1 ? ?0
> 37 ? ?562 ? ?0 ? ?0 ? ?2 ? ?0
> 37 ? ?555 ? ?0 ? ?0 ? ?2 ? ?0
> 37 ? ?563 ? ?521 ? ?558 ? ?1 ? ?0
> 37 ? ?306 ? ?0 ? ?0 ? ?1 ? ?0
> 37 ? ?521 ? ?306 ? ?307 ? ?1 ? ?2
> 37 ? ?564 ? ?521 ? ?558 ? ?2 ? ?2
> 37 ? ?565 ? ?521 ? ?558 ? ?1 ? ?2
> 37 ? ?307 ? ?0 ? ?0 ? ?2 ? ?2
> 37 ? ?566 ? ?6 ? ?551 ? ?1 ? ?0
> 37 ? ?548 ? ?6 ? ?551 ? ?2 ? ?2
> 37 ? ?567 ? ?6 ? ?551 ? ?2 ? ?2
> 37 ? ?568 ? ?561 ? ?556 ? ?1 ? ?0
> 37 ? ?547 ? ?568 ? ?277 ? ?1 ? ?0
> 37 ? ?553 ? ?0 ? ?0 ? ?2 ? ?0
> Date: Mon, 29 Oct 2012 20:23:56 -0700
> From: smartpink111 at yahoo.com
> Subject: Re: [R] replace repeated id in a pedigree list
> To: robertacar at hotmail.it
>
> Hi,
>
> I am a bit confused by this statement
> "I want to replace repeated individual identifiers with new id and to
> replace them not only in id column but also in father and mother id
> columns"
>
> In the dataset, you have repeated identifiers for ID, FAID and MOID.
>
> For eg.
> source("Pedigree.txt")
> ?head(dat1)
> #? FAMID ID FAID MOID SEX STATUS
> #1???? 1? 1??? 0??? 0?? 2????? 0
> #2???? 1? 2??? 3??? 1?? 2????? 2
> #3???? 1? 4??? 3??? 1?? 1????? 2
> #4???? 1? 5??? 3??? 1?? 1????? 0
> #5???? 1? 6??? 3??? 1?? 1????? 0
> #6???? 1? 7??? 3??? 1?? 2????? 2
>
> dat2<-dat1[duplicated(dat1$ID)|duplicated(dat1$ID,fromLast=TRUE),]
> dat3<-dat2[order(dat2$ID),]
> ?head(dat3)
> #??? FAMID ID FAID MOID SEX STATUS
> #5?????? 1? 6??? 3??? 1?? 1????? 0
> #603??? 37? 6??? 0??? 0?? 1????? 0
> #17????? 2 20??? 0??? 0?? 1????? 0
> #469??? 29 20??? 0??? 0?? 1????? 0
> #21????? 2 24?? 12?? 16?? 1????? 0
> #533??? 32 24??? 0??? 0?? 1????? 0
> ?dat1$ID[duplicated(dat1$ID)|duplicated(dat1$ID,fromLast=TRUE)]
> #? [1]?? 6? 20? 24? 29? 30? 31? 47? 62? 63? 95? 96? 99 100? 93 101 102? 83
105
> ?#[19] 107 112 113 115 117 108 142 155 146 157 161? 96 167 177 105 107 192
108
> ?#[37] 203 204 113 212 221 228 229 107 236 239 223 155 146 251 157 258 260
257
> ?#[55] 256 277 279 212 260? 83 288 296 251 294 306 303 307 296 328 339 328
342
> ?#[73] 333 338 345 258 177 257 192 256 382 378 377 167 404 410 203 204 413
113
> ?#[91] 422 115 426 427 117 411 412 434 435? 20? 29 449? 30? 31 450 404 464
479
> #[109] 480 481 413 483 484 434 476 477? 47 288? 24 506 500 501 339 328 516
294
> #[127] 306 521 303 333 307 516 306 543 545 307 277?? 6 306 521 307 112 506
500
> #[145] 501 596 598 599 598? 62? 63 229 236 239 627 619 620 599 638 645 650
651
> #[163] 643 642 646 653? 95? 99 100 663? 93 101 638 674 464 411 645 650 671
412
> #[181] 651 672 646 696 686 685 411 671 378 377 412 672 653 733 435 760 650
651
> #[199] 643 642 686 102 685 221 228 101 223 480 142 481 382 733 596 161 476
477
> #[217] 696 627 674 760 645 650 651 619 646 620 239 410 422 426 427 479 483
484
> #[235] 663? 29 449 545? 31 450 279 177 342 943 947 192 949 338 345 945 944
177
> #[253] 543 943 947 192 949 945 944 410 333 427
>
> #The same way you can get the repeated FAID and MOID
> dat1$FAID[duplicated(dat1$FAID)|duplicated(dat1$FAID,fromLast=TRUE)]
> dat1$MOID[duplicated(dat1$MOID)|duplicated(dat1$MOID,fromLast=TRUE)]
>
> From the dat3 IDs, you have 6 repeated 2 times.? In that case, you want to
replace the second 6 with a new ID. ? Regarding the new ID, will it work if that
ID is already present in FAID or MOID?
> A.K.
>
>
>
>
>
>
>
>
>
>
>
> ----- Original Message -----
> From: Roberta Carriero <robertacar at hotmail.it>
> To: r-help at r-project.org
> Cc:
> Sent: Monday, October 29, 2012 2:08 PM
> Subject: [R] replace repeated id in a pedigree list
>
>
> Hello,
> I have a pedigree file such this:
> FAMID? ? ID? ? FA ID? ? MO ID? ? SEX? ? STATUS
> 1? ? 1? ? 0? ? 0? ? 2? ? 0
> 1? ? 2? ? 3? ? 1? ? 2? ? 2
> 1? ? 4? ? 3? ? 1? ? 1? ? 2
> 1? ? 5? ? 3? ? 1? ? 1? ? 0
> 1? ? 6? ? 3? ? 1? ? 1? ? 0
> 1? ? 7? ? 3? ? 1? ? 2? ? 2
> 1? ? 8? ? 3? ? 1? ? 1? ? 0
> 1? ? 9? ? 3? ? 1? ? 1? ? 0
> 1? ? 10? ? 3? ? 1? ? 2? ? 0
> 1? ? 11? ? 3? ? 1? ? 1? ? 0
> 1? ? 3? ? 0? ? 0? ? 1? ? 0
> 2? ? 12? ? 13? ? 14? ? 1? ? 0
> 2? ? 15? ? 12? ? 16? ? 2? ? 0
> 2? ? 17? ? 12? ? 16? ? 1? ? 0
> 2? ? 18? ? 12? ? 16? ? 1? ? 0
> 2? ? 19? ? 12? ? 16? ? 1? ? 0
> 2? ? 20? ? 0? ? 0? ? 1? ? 0
> 2? ? 21? ? 0? ? 0? ? 2? ? 0
> 2? ? 22? ? 12? ? 16? ? 2? ? 2
> 2? ? 23? ? 12? ? 16? ? 1? ? 0
> 2? ? 24? ? 12? ? 16? ? 1? ? 0
> 2? ? 25? ? 12? ? 16? ? 1? ? 0
> 2? ? 26? ? 12? ? 16? ? 2? ? 0
> 2? ? 27? ? 28? ? 21? ? 2? ? 2
> 2? ? 29? ? 0? ? 0? ? 2? ? 0
> 2? ? 14? ? 0? ? 0? ? 2? ? 0
> 2? ? 30? ? 31? ? 29? ? 2? ? 0
> 2? ? 13? ? 31? ? 29? ? 1? ? 0
> 2? ? 31? ? 0? ? 0? ? 1? ? 0
> 2? ? 28? ? 20? ? 30? ? 1? ? 0
> 2? ? 32? ? 28? ? 21? ? 2? ? 2
> 2? ? 16? ? 0? ? 0? ? 2? ? 0
> 3? ? 33? ? 34? ? 35? ? 2? ? 0
> 3? ? 35? ? 0? ? 0? ? 2? ? 0
> 3? ? 36? ? 34? ? 35? ? 1? ? 0
> 3? ? 37? ? 34? ? 35? ? 1? ? 0
> 3? ? 38? ? 34? ? 35? ? 2? ? 0
> 3? ? 39? ? 34? ? 35? ? 1? ? 0
> 3? ? 40? ? 34? ? 35? ? 2? ? 0
> 3? ? 41? ? 34? ? 35? ? 2? ? 0
> 3? ? 42? ? 34? ? 35? ? 2? ? 2
> 3? ? 43? ? 34? ? 35? ? 1? ? 0
> 3? ? 34? ? 0? ? 0? ? 1? ? 0
> 3? ? 44? ? 34? ? 35? ? 2? ? 0
> 3? ? 45? ? 34? ? 35? ? 1? ? 2
> 4? ? 46? ? 47? ? 48? ? 2? ? 2
> 4? ? 49? ? 47? ? 48? ? 1? ? 0
> 4? ? 50? ? 47? ? 48? ? 1? ? 0
> 4? ? 51? ? 47? ? 48? ? 2? ? 0
> 4? ? 47? ? 0? ? 0? ? 1? ? 0
> 4? ? 52? ? 47? ? 48? ? 1? ? 2
> 4? ? 53? ? 47? ? 48? ? 2? ? 2
> 4? ? 48? ? 0? ? 0? ? 2? ? 2
> 4? ? 54? ? 47? ? 48? ? 2? ? 2
> 4? ? 55? ? 47? ? 48? ? 2? ? 2
> 5? ? 56? ? 57? ? 58? ? 1? ? 0
> 5? ? 59? ? 60? ? 61? ? 2? ? 2
> 5? ? 60? ? 62? ? 63? ? 1? ? 2
> 5? ? 62? ? 0? ? 0? ? 1? ? 0
> 5? ? 63? ? 0? ? 0? ? 2? ? 2
> 5? ? 57? ? 0? ? 0? ? 1? ? 0
> 5? ? 64? ? 57? ? 58? ? 1? ? 0
> 5? ? 65? ? 60? ? 61? ? 2? ? 2
> 5? ? 66? ? 57? ? 58? ? 1? ? 0
> 5? ? 67? ? 68? ? 69? ? 2? ? 2
> 5? ? 70? ? 68? ? 69? ? 1? ? 0
> 5? ? 71? ? 68? ? 69? ? 2? ? 2
> 5? ? 68? ? 0? ? 0? ? 1? ? 0
> 5? ? 72? ? 57? ? 58? ? 1? ? 0
> 5? ? 61? ? 57? ? 58? ? 2? ? 2
> 5? ? 73? ? 57? ? 58? ? 1? ? 0
> 5? ? 74? ? 57? ? 58? ? 2? ? 0
> 5? ? 75? ? 60? ? 61? ? 2? ? 2
> 5? ? 76? ? 57? ? 58? ? 1? ? 0
> 5? ? 69? ? 57? ? 58? ? 2? ? 2
> 5? ? 77? ? 57? ? 58? ? 2? ? 2
> 5? ? 78? ? 0? ? 0? ? 1? ? 0
> 5? ? 58? ? 0? ? 0? ? 2? ? 0
> 5? ? 79? ? 78? ? 77? ? 2? ? 2
> 5? ? 80? ? 78? ? 77? ? 2? ? 2
> 5? ? 81? ? 78? ? 77? ? 1? ? 0
> 6? ? 82? ? 83? ? 84? ? 1? ? 0
> 6? ? 85? ? 83? ? 84? ? 1? ? 0
> 6? ? 86? ? 0? ? 0? ? 1? ? 2
> 6? ? 87? ? 86? ? 88? ? 1? ? 0
> 6? ? 89? ? 86? ? 88? ? 1? ? 0
> 6? ? 90? ? 86? ? 88? ? 2? ? 0
> 6? ? 91? ? 86? ? 88? ? 2? ? 2
> 6? ? 92? ? 87? ? 93? ? 2? ? 2
> 6? ? 94? ? 86? ? 88? ? 2? ? 2
> 6? ? 84? ? 0? ? 0? ? 2? ? 0
> 6? ? 95? ? 0? ? 0? ? 2? ? 0
> 6? ? 96? ? 83? ? 84? ? 1? ? 0
> 6? ? 97? ? 83? ? 84? ? 1? ? 0
> 6? ? 98? ? 83? ? 84? ? 2? ? 0
> 6? ? 99? ? 0? ? 0? ? 1? ? 2
> 6? ? 100? ? 99? ? 95? ? 2? ? 0
> 6? ? 93? ? 101? ? 100? ? 2? ? 0
> 6? ? 101? ? 0? ? 0? ? 1? ? 0
> 6? ? 102? ? 83? ? 84? ? 2? ? 0
> 6? ? 88? ? 83? ? 84? ? 2? ? 2
> 6? ? 83? ? 0? ? 0? ? 1? ? 0
> 6? ? 103? ? 83? ? 84? ? 1? ? 0
> 7? ? 104? ? 105? ? 106? ? 1? ? 0
> 7? ? 105? ? 107? ? 108? ? 1? ? 0
> 7? ? 107? ? 0? ? 0? ? 1? ? 0
> 7? ? 109? ? 105? ? 106? ? 2? ? 2
> 7? ? 110? ? 111? ? 112? ? 1? ? 0
> 7? ? 112? ? 0? ? 0? ? 2? ? 2
> 7? ? 113? ? 0? ? 0? ? 2? ? 2
> 7? ? 114? ? 115? ? 116? ? 1? ? 2
> 7? ? 115? ? 117? ? 113? ? 1? ? 0
> 7? ? 118? ? 115? ? 116? ? 1? ? 2
> 7? ? 119? ? 115? ? 116? ? 1? ? 0
> 7? ? 117? ? 0? ? 0? ? 1? ? 2
> 7? ? 108? ? 0? ? 0? ? 2? ? 2
> 7? ? 116? ? 111? ? 112? ? 2? ? 2
> 7? ? 120? ? 111? ? 112? ? 1? ? 0
> 7? ? 106? ? 111? ? 112? ? 2? ? 2
> 7? ? 111? ? 0? ? 0? ? 1? ? 0
> 7? ? 121? ? 105? ? 106? ? 2? ? 2
> 8? ? 122? ? 123? ? 124? ? 2? ? 0
> 8? ? 125? ? 123? ? 124? ? 1? ? 0
> 8? ? 126? ? 123? ? 124? ? 1? ? 0
> 8? ? 127? ? 123? ? 124? ? 1? ? 0
> 8? ? 128? ? 123? ? 124? ? 1? ? 2
> 8? ? 129? ? 123? ? 124? ? 1? ? 0
> 8? ? 130? ? 123? ? 124? ? 1? ? 0
> 8? ? 131? ? 123? ? 124? ? 2? ? 0
> 8? ? 123? ? 0? ? 0? ? 1? ? 0
> 8? ? 124? ? 0? ? 0? ? 2? ? 0
> 8? ? 132? ? 123? ? 124? ? 2? ? 2
> 9? ? 133? ? 134? ? 135? ? 2? ? 0
> 9? ? 136? ? 137? ? 133? ? 1? ? 0
> 9? ? 138? ? 137? ? 133? ? 2? ? 0
> 9? ? 137? ? 139? ? 140? ? 1? ? 0
> 9? ? 141? ? 139? ? 140? ? 1? ? 0
> 9? ? 142? ? 0? ? 0? ? 1? ? 0
> 9? ? 143? ? 137? ? 133? ? 2? ? 2
> 9? ? 144? ? 145? ? 146? ? 2? ? 2
> 9? ? 145? ? 147? ? 148? ? 1? ? 0
> 9? ? 149? ? 145? ? 146? ? 2? ? 0
> 9? ? 150? ? 145? ? 146? ? 2? ? 0
> 9? ? 151? ? 137? ? 133? ? 2? ? 0
> 9? ? 152? ? 137? ? 133? ? 1? ? 0
> 9? ? 153? ? 137? ? 133? ? 1? ? 2
> 9? ? 148? ? 0? ? 0? ? 2? ? 0
> 9? ? 154? ? 137? ? 133? ? 1? ? 0
> 9? ? 155? ? 141? ? 156? ? 2? ? 0
> 9? ? 146? ? 157? ? 155? ? 2? ? 0
> 9? ? 157? ? 0? ? 0? ? 1? ? 0
> 9? ? 158? ? 145? ? 146? ? 1? ? 0
> 9? ? 159? ? 145? ? 146? ? 1? ? 0
> 9? ? 160? ? 0? ? 0? ? 1? ? 0
> 9? ? 161? ? 160? ? 162? ? 2? ? 0
> 9? ? 135? ? 160? ? 162? ? 2? ? 0
> 9? ? 134? ? 0? ? 0? ? 1? ? 0
> 9? ? 162? ? 0? ? 0? ? 2? ? 0
> 9? ? 140? ? 0? ? 0? ? 2? ? 0
> 9? ? 139? ? 0? ? 0? ? 1? ? 0
> 9? ? 156? ? 0? ? 0? ? 2? ? 0
> 9? ? 147? ? 142? ? 161? ? 1? ? 0
> 10? ? 163? ? 96? ? 164? ? 2? ? 2
> 10? ? 165? ? 96? ? 164? ? 1? ? 2
> 10? ? 164? ? 166? ? 167? ? 2? ? 2
> 10? ? 168? ? 166? ? 167? ? 1? ? 0
> 10? ? 169? ? 166? ? 167? ? 1? ? 0
> 10? ? 166? ? 0? ? 0? ? 1? ? 0
> 10? ? 170? ? 166? ? 167? ? 2? ? 0
> 10? ? 96? ? 0? ? 0? ? 1? ? 0
> 10? ? 171? ? 96? ? 164? ? 2? ? 2
> 10? ? 167? ? 0? ? 0? ? 2? ? 2
> 10? ? 172? ? 166? ? 167? ? 2? ? 0
> 10? ? 173? ? 166? ? 167? ? 1? ? 0
> 10? ? 174? ? 166? ? 167? ? 2? ? 0
> 11? ? 175? ? 0? ? 0? ? 2? ? 0
> 11? ? 176? ? 107? ? 108? ? 2? ? 0
> 11? ? 177? ? 0? ? 0? ? 2? ? 0
> 11? ? 178? ? 107? ? 108? ? 2? ? 2
> 11? ? 179? ? 180? ? 181? ? 1? ? 0
> 11? ? 182? ? 183? ? 178? ? 2? ? 0
> 11? ? 184? ? 107? ? 108? ? 1? ? 0
> 11? ? 185? ? 183? ? 178? ? 1? ? 2
> 11? ? 186? ? 180? ? 181? ? 2? ? 2
> 11? ? 187? ? 180? ? 181? ? 1? ? 2
> 11? ? 183? ? 180? ? 181? ? 1? ? 2
> 11? ? 188? ? 183? ? 178? ? 2? ? 2
> 11? ? 105? ? 107? ? 108? ? 1? ? 0
> 11? ? 107? ? 0? ? 0? ? 1? ? 0
> 11? ? 189? ? 0? ? 0? ? 2? ? 0
> 11? ? 190? ? 0? ? 0? ? 2? ? 0
> 11? ? 191? ? 107? ? 108? ? 1? ? 0
> 11? ? 192? ? 193? ? 189? ? 1? ? 0
> 11? ? 194? ? 193? ? 189? ? 1? ? 0
> 11? ? 193? ? 0? ? 0? ? 1? ? 0
> 11? ? 108? ? 195? ? 175? ? 2? ? 2
> 11? ? 196? ? 180? ? 181? ? 1? ? 0
> 11? ? 197? ? 180? ? 181? ? 1? ? 0
> 11? ? 198? ? 180? ? 181? ? 1? ? 0
> 11? ? 199? ? 180? ? 181? ? 2? ? 0
> 11? ? 180? ? 0? ? 0? ? 1? ? 0
> 11? ? 195? ? 192? ? 177? ? 1? ? 0
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> 61? ? 899? ? 426? ? 422? ? 2? ? 0
> 62? ? 903? ? 904? ? 663? ? 2? ? 2
> 62? ? 904? ? 0? ? 0? ? 1? ? 0
> 62? ? 479? ? 0? ? 0? ? 2? ? 2
> 62? ? 905? ? 906? ? 483? ? 2? ? 0
> 62? ? 483? ? 484? ? 479? ? 2? ? 2
> 62? ? 484? ? 0? ? 0? ? 1? ? 2
> 62? ? 907? ? 906? ? 483? ? 1? ? 0
> 62? ? 663? ? 0? ? 0? ? 2? ? 2
> 62? ? 908? ? 906? ? 483? ? 1? ? 2
> 62? ? 909? ? 910? ? 903? ? 1? ? 2
> 62? ? 911? ? 910? ? 903? ? 1? ? 0
> 62? ? 910? ? 912? ? 913? ? 1? ? 2
> 62? ? 906? ? 910? ? 903? ? 1? ? 2
> 62? ? 913? ? 0? ? 0? ? 2? ? 2
> 62? ? 912? ? 0? ? 0? ? 1? ? 0
> 63? ? 914? ? 915? ? 916? ? 2? ? 2
> 63? ? 917? ? 918? ? 919? ? 1? ? 0
> 63? ? 919? ? 31? ? 29? ? 2? ? 0
> 63? ? 916? ? 920? ? 921? ? 2? ? 2
> 63? ? 922? ? 920? ? 921? ? 1? ? 0
> 63? ? 29? ? 0? ? 0? ? 2? ? 0
> 63? ? 923? ? 924? ? 925? ? 2? ? 0
> 63? ? 449? ? 0? ? 0? ? 2? ? 0
> 63? ? 545? ? 924? ? 925? ? 2? ? 2
> 63? ? 926? ? 924? ? 925? ? 2? ? 0
> 63? ? 918? ? 0? ? 0? ? 1? ? 0
> 63? ? 927? ? 0? ? 0? ? 1? ? 0
> 63? ? 31? ? 450? ? 449? ? 1? ? 0
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> 63? ? 450? ? 0? ? 0? ? 1? ? 0
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> 63? ? 915? ? 918? ? 919? ? 1? ? 2
> 63? ? 930? ? 918? ? 919? ? 1? ? 0
> 63? ? 931? ? 918? ? 919? ? 2? ? 0
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> 63? ? 925? ? 927? ? 928? ? 2? ? 0
> 63? ? 921? ? 927? ? 928? ? 2? ? 0
> 63? ? 933? ? 924? ? 925? ? 2? ? 0
> 63? ? 934? ? 924? ? 925? ? 2? ? 0
> 63? ? 935? ? 924? ? 925? ? 1? ? 0
> 64? ? 936? ? 937? ? 279? ? 1? ? 0
> 64? ? 938? ? 937? ? 279? ? 1? ? 0
> 64? ? 939? ? 937? ? 279? ? 2? ? 0
> 64? ? 937? ? 0? ? 0? ? 1? ? 0
> 64? ? 279? ? 0? ? 0? ? 2? ? 0
> 64? ? 177? ? 0? ? 0? ? 2? ? 0
> 64? ? 940? ? 937? ? 279? ? 2? ? 2
> 64? ? 342? ? 937? ? 279? ? 2? ? 2
> 64? ? 941? ? 345? ? 342? ? 2? ? 0
> 64? ? 942? ? 345? ? 342? ? 1? ? 0
> 64? ? 943? ? 944? ? 945? ? 2? ? 2
> 64? ? 946? ? 947? ? 948? ? 2? ? 2
> 64? ? 947? ? 949? ? 943? ? 1? ? 2
> 64? ? 950? ? 947? ? 948? ? 2? ? 2
> 64? ? 192? ? 0? ? 0? ? 1? ? 0
> 64? ? 949? ? 192? ? 177? ? 1? ? 0
> 64? ? 338? ? 345? ? 342? ? 2? ? 2
> 64? ? 951? ? 345? ? 342? ? 1? ? 0
> 64? ? 345? ? 0? ? 0? ? 1? ? 0
> 64? ? 952? ? 345? ? 342? ? 2? ? 0
> 64? ? 948? ? 345? ? 342? ? 2? ? 2
> 64? ? 953? ? 345? ? 342? ? 1? ? 0
> 64? ? 945? ? 192? ? 177? ? 2? ? 0
> 64? ? 944? ? 0? ? 0? ? 1? ? 0
> 64? ? 954? ? 345? ? 342? ? 1? ? 2
> 65? ? 955? ? 944? ? 945? ? 2? ? 0
> 65? ? 177? ? 0? ? 0? ? 2? ? 0
> 65? ? 956? ? 949? ? 943? ? 2? ? 0
> 65? ? 957? ? 944? ? 945? ? 2? ? 0
> 65? ? 543? ? 944? ? 945? ? 1? ? 2
> 65? ? 943? ? 944? ? 945? ? 2? ? 2
> 65? ? 958? ? 944? ? 945? ? 1? ? 0
> 65? ? 959? ? 949? ? 943? ? 1? ? 2
> 65? ? 947? ? 949? ? 943? ? 1? ? 2
> 65? ? 192? ? 0? ? 0? ? 1? ? 0
> 65? ? 949? ? 192? ? 177? ? 1? ? 0
> 65? ? 945? ? 192? ? 177? ? 2? ? 0
> 65? ? 960? ? 949? ? 943? ? 1? ? 0
> 65? ? 944? ? 0? ? 0? ? 1? ? 0
> 66? ? 410? ? 0? ? 0? ? 2? ? 0
> 66? ? 961? ? 427? ? 410? ? 2? ? 0
> 66? ? 333? ? 427? ? 410? ? 2? ? 2
> 66? ? 962? ? 427? ? 410? ? 2? ? 0
> 66? ? 427? ? 0? ? 0? ? 1? ? 0
> 66? ? 963? ? 427? ? 410? ? 2? ? 0
> This is only a small portion of my pedigree file. In this pedigree list
there are about 400 repeated id;? I want to replace repeated individual
identifiers with new id and to replace them not only in id column but also in
father and mother id columns. I don't want to remove subjects with the same
id because they are useful for my heritability analysis. I use kinship package
of R and it doesn't create a kinship matrix with repeated id.
> Thank you for help
> Best regards
> Roberta
>
> ??? ???????? ?????? ??? ?
> ??? [[alternative HTML version deleted]]
>
> ______________________________________________
> R-help at r-project.org mailing list
> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help
> PLEASE do read the posting guide
http://www.R-project.org/posting-guide.html
> and provide commented, minimal, self-contained, reproducible code.
>