R help - Oct 2012 - Dúvida função Anova pacote car - Medidas repetidas

Olá pessoal, estou realizando uma ANOVA com medidas repetidas e estou
utilizando a função "Anova" do pacote "car".

Medi o biovolume de algas a cada dois dias durante 10 dias (no banco de
dados abaixo só coloquei até o 4° dia). Tenho 2 tratamentos
("c","t") e o
experimento foi realizado em tréplicas
("A","B","C").
> Pa2
   Day Type Replicate logbiovolume
1    0    c         A        19.34
2    0    c         B        18.27
3    0    c         C        18.56
4    0    t         A        18.41
5    0    t         B        18.68
6    0    t         C        18.86
7    2    c         A        18.81
8    2    c         B        18.84
9    2    c         C        18.52
10   2    t         A        18.29
11   2    t         B        17.91
12   2    t         C        17.67
13   4    c         A        19.16
14   4    c         B        18.85
15   4    c         C        19.36
16   4    t         A        19.05
17   4    t         B        19.09
18   4    t         C        18.26
.
.
.

Pa2.teste = within(Pa2,{group = factor(Type)
                   time = factor(Day)
                   id = factor(Replicate)})
matrix =
with(Pa2.teste,cbind(Pa2[,VAR][group=="c"],Pa2[,VAR][group=="t"]))
matrix
       [,1]  [,2]
 [1,] 19.34 18.41
 [2,] 18.27 18.68
 [3,] 18.56 18.86
 [4,] 18.81 18.29
 [5,] 18.84 17.91
 [6,] 18.52 17.67
 [7,] 19.16 19.05
 [8,] 18.85 19.09
 [9,] 19.36 18.26
[10,] 19.63 18.96
[11,] 19.94 18.06
[12,] 19.54 18.37
[13,] 19.98 17.96
[14,] 20.99 17.93
[15,] 20.45 17.74
[16,] 21.12 17.60
[17,] 21.66 17.33
[18,] 21.51 18.12
 model <- lm(matrix ~ 1)
 design <- factor(c("c","t"))

 options(contrasts=c("contr.sum", "contr.poly"))
 aov <- Anova(model, idata=data.frame(design), idesign=~design,
type="III")
 summary(aov, multivariate=F)

Univariate Type III Repeated-Measures ANOVA Assuming Sphericity

                 SS num Df Error SS den Df         F    Pr(>F)
(Intercept) 12951.2      1   6.3312     17 34775.336 < 2.2e-16 ***
design         19.1      1  17.3901     17    18.697 0.0004606 ***
---
Signif. codes:  0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1


O problema é que eu acho que esta função não está levando em consideração
os dias, nem as réplicas. Como faço para introduzir isto na análise. Vocês
conhecem alguma função correspondente não paramétrica para este teste? Tipo
um teste de Friedman com dois grupos (tratamento e réplica) e um bloco
(tempo)?

Muito Obrigado

                                               Diego PJ

	[[alternative HTML version deleted]]

Trabalho de casa? Não fazemos trabalhos de casa.
Ao menos podia ter tentado correr esse código...

Rui Barradas
Em 05-10-2012 14:56, Diego Pujoni escreveu:
> Olá pessoal, estou realizando uma ANOVA com medidas repetidas e estou
> utilizando a função "Anova" do pacote "car".
>
> Medi o biovolume de algas a cada dois dias durante 10 dias (no banco de
> dados abaixo só coloquei até o 4° dia). Tenho 2 tratamentos
("c","t") e o
> experimento foi realizado em tréplicas
("A","B","C").
>
>> Pa2
>     Day Type Replicate logbiovolume
> 1    0    c         A        19.34
> 2    0    c         B        18.27
> 3    0    c         C        18.56
> 4    0    t         A        18.41
> 5    0    t         B        18.68
> 6    0    t         C        18.86
> 7    2    c         A        18.81
> 8    2    c         B        18.84
> 9    2    c         C        18.52
> 10   2    t         A        18.29
> 11   2    t         B        17.91
> 12   2    t         C        17.67
> 13   4    c         A        19.16
> 14   4    c         B        18.85
> 15   4    c         C        19.36
> 16   4    t         A        19.05
> 17   4    t         B        19.09
> 18   4    t         C        18.26
> .
> .
> .
>
> Pa2.teste = within(Pa2,{group = factor(Type)
>                     time = factor(Day)
>                     id = factor(Replicate)})
> matrix =
with(Pa2.teste,cbind(Pa2[,VAR][group=="c"],Pa2[,VAR][group=="t"]))
> matrix
>         [,1]  [,2]
>   [1,] 19.34 18.41
>   [2,] 18.27 18.68
>   [3,] 18.56 18.86
>   [4,] 18.81 18.29
>   [5,] 18.84 17.91
>   [6,] 18.52 17.67
>   [7,] 19.16 19.05
>   [8,] 18.85 19.09
>   [9,] 19.36 18.26
> [10,] 19.63 18.96
> [11,] 19.94 18.06
> [12,] 19.54 18.37
> [13,] 19.98 17.96
> [14,] 20.99 17.93
> [15,] 20.45 17.74
> [16,] 21.12 17.60
> [17,] 21.66 17.33
> [18,] 21.51 18.12
>   model <- lm(matrix ~ 1)
>   design <- factor(c("c","t"))
>
>   options(contrasts=c("contr.sum", "contr.poly"))
>   aov <- Anova(model, idata=data.frame(design), idesign=~design,
type="III")
>   summary(aov, multivariate=F)
>
> Univariate Type III Repeated-Measures ANOVA Assuming Sphericity
>
>                   SS num Df Error SS den Df         F    Pr(>F)
> (Intercept) 12951.2      1   6.3312     17 34775.336 < 2.2e-16 ***
> design         19.1      1  17.3901     17    18.697 0.0004606 ***
> ---
> Signif. codes:  0 '***' 0.001 '**' 0.01 '*' 0.05
'.' 0.1 ' ' 1
>
>
> O problema é que eu acho que esta função não está levando em consideração
> os dias, nem as réplicas. Como faço para introduzir isto na análise. Vocês
> conhecem alguma função correspondente não paramétrica para este teste? Tipo
> um teste de Friedman com dois grupos (tratamento e réplica) e um bloco
> (tempo)?
>
> Muito Obrigado
>
>                                                 Diego PJ
>
> 	[[alternative HTML version deleted]]
>
>
>
> ______________________________________________
> R-help@r-project.org mailing list
> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help
> PLEASE do read the posting guide
http://www.R-project.org/posting-guide.html
> and provide commented, minimal, self-contained, reproducible code.

	[[alternative HTML version deleted]]

Dear Diego,

This is close enough to Spanish for me to understand it (I think).

Using Anova() in the car package for repeated-measures designs requires a
multivariate linear model for all of the responses, which in turn requires
that the data set be in "wide" format, with each response as a
variable. In
your case, there are two crossed within-subjects factors and no
between-subjects factors. If this understanding is correct (but see below),
then you could proceed as follows, where the crucial step is reshaping the
data from "long" to "wide":

------------- snip --------------

Pa2$type.day <- with(Pa2, paste(Type, Day, sep="."))
(Wide <- reshape(Pa2, direction="wide",
v.names="logbiovolume",
idvar="Replicate", timevar="type.day",
drop=c("Type", "Day")))

day <- ordered(rep(c(0, 2, 4), each=2))
type <- factor(rep(c("c", "t"), 3))
(idata <- data.frame(day, type))

mod <- lm(cbind(logbiovolume.c.0, logbiovolume.t.0, logbiovolume.c.2,
logbiovolume.t.2, logbiovolume.c.4, logbiovolume.t.4) ~ 1, data=Wide)

Anova(mod, idata=idata, idesign=~day*type)

------------- snip --------------

This serves to analyze the data that you showed; you'll have to adapt it for
the full data set.

I'm assuming that the "replicates" are independent units, and that
the
design is therefore entirely within replicate. If that's wrong, then the
analysis I've suggested is also incorrect.

I hope this helps,
 John

-----------------------------------------------
John Fox
Senator McMaster Professor of Social Statistics
Department of Sociology
McMaster University
Hamilton, Ontario, Canada



> -----Original Message-----
> From: r-help-bounces at r-project.org [mailto:r-help-bounces at
r-project.org]
> On Behalf Of Diego Pujoni
> Sent: Friday, October 05, 2012 9:57 AM
> To: r-help at r-project.org
> Subject: [R] D?vida fun??o Anova pacote car - Medidas repetidas
> 
> Ola pessoal, estou realizando uma ANOVA com medidas repetidas e estou
> utilizando a fungco "Anova" do pacote "car".
> 
> Medi o biovolume de algas a cada dois dias durante 10 dias (no banco de
> dados abaixo ss coloquei ati o 40 dia). Tenho 2 tratamentos
("c","t") e
> o
> experimento foi realizado em triplicas
("A","B","C").
> 
> > Pa2
>    Day Type Replicate logbiovolume
> 1    0    c         A        19.34
> 2    0    c         B        18.27
> 3    0    c         C        18.56
> 4    0    t         A        18.41
> 5    0    t         B        18.68
> 6    0    t         C        18.86
> 7    2    c         A        18.81
> 8    2    c         B        18.84
> 9    2    c         C        18.52
> 10   2    t         A        18.29
> 11   2    t         B        17.91
> 12   2    t         C        17.67
> 13   4    c         A        19.16
> 14   4    c         B        18.85
> 15   4    c         C        19.36
> 16   4    t         A        19.05
> 17   4    t         B        19.09
> 18   4    t         C        18.26
> .
> .
> .
> 
> Pa2.teste = within(Pa2,{group = factor(Type)
>                    time = factor(Day)
>                    id = factor(Replicate)})
> matrix >
with(Pa2.teste,cbind(Pa2[,VAR][group=="c"],Pa2[,VAR][group=="t"]))
> matrix
>        [,1]  [,2]
>  [1,] 19.34 18.41
>  [2,] 18.27 18.68
>  [3,] 18.56 18.86
>  [4,] 18.81 18.29
>  [5,] 18.84 17.91
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> [13,] 19.98 17.96
> [14,] 20.99 17.93
> [15,] 20.45 17.74
> [16,] 21.12 17.60
> [17,] 21.66 17.33
> [18,] 21.51 18.12
>  model <- lm(matrix ~ 1)
>  design <- factor(c("c","t"))
> 
>  options(contrasts=c("contr.sum", "contr.poly"))
>  aov <- Anova(model, idata=data.frame(design), idesign=~design,
> type="III")
>  summary(aov, multivariate=F)
> 
> Univariate Type III Repeated-Measures ANOVA Assuming Sphericity
> 
>                  SS num Df Error SS den Df         F    Pr(>F)
> (Intercept) 12951.2      1   6.3312     17 34775.336 < 2.2e-16 ***
> design         19.1      1  17.3901     17    18.697 0.0004606 ***
> ---
> Signif. codes:  0 *** 0.001 ** 0.01 * 0.05 . 0.1   1
> 
> 
> O problema i que eu acho que esta fungco nco esta levando em
> consideragco
> os dias, nem as riplicas. Como fago para introduzir isto na analise.
> Vocjs
> conhecem alguma fungco correspondente nco paramitrica para este teste?
> Tipo
> um teste de Friedman com dois grupos (tratamento e riplica) e um bloco
> (tempo)?
> 
> Muito Obrigado
> 
>                                                Diego PJ
> 
> 	[[alternative HTML version deleted]]