My question is, how to compute hazard function(H(t)) after building the
coxph model. I even aware of the terminology that differs from hazard
function(H(t)) and the hazard rate(h(t)). Here onward I wish to calculate
both.
Here what I have done in two different methods;
##########################################################################################
##########################################################################################
Method - 1
# Coxph Model ##
MODEL.COXPH <- coxph(Surv(time,status) ~ X1+X2 , data = MyData)
##########################################################################################
##########################################################################################
# Survfit for the coxph object ##
MODEL.COXPH.SURVFIT <- survfit(MODEL.COXPH)
# Obtaining the object "surv" from the survfit object
MODEL.COXPH.SURVFIT.SURV <- MODEL.COXPH.SURVFIT$surv
# Computing the hazard function ## ## I am pretty confuse in this;
whether result from this, is a hazard function(H(t)) or baseline cumulative
hazard function(H_0(t)) ##
Hazard.Function <- -log(MODEL.COXPH.SURVFIT.SURV)
################################################
################################################
# Baseline hazard function can also be calculated explicitly ##
MODEL.COXPH.BASELINEHAZ <- basehaz(MODEL.COXPH)
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Method - 2
# Coxph Model ##
MODEL.COXPH <- coxph(Surv(time,status) ~ X1+X2 , data = MyData)
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# Survfit for the coxph object ##
MODEL.COXPH.SURVFIT <- survfit(MODEL.COXPH)
##########################################################################################
##########################################################################################
# Proportion that fail at each evaluated time period ##
MODEL.COXPH.SURVFIT.PROP.FAIL <-
MODEL.COXPH.SURVFIT$n.event/MODEL.COXPH.SURVFIT$n.risk
# Length of time over which these failure occurs ##
MODEL.COXPH.SURVFIT.TIME <- MODEL.COXPH.SURVFIT$time
MODEL.COXPH.SURVFIT.TIME.0 <-
c(0,MODEL.COXPH.SURVFIT.TIME[-length(MODEL.COXPH.SURVFIT.TIME)])
# Instantaneous Hazard rate ##
MODEL.COXPH.SURVFIT.INSTANTANEOUS.HAZARD <-
MODEL.COXPH.SURVFIT.PROP.FAIL/(MODEL.COXPH.SURVFIT.TIME -
MODEL.COXPH.SURVFIT.TIME.0)
##########################################################################################
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##########################################################################################
If i multiply the "baseline hazard
values(MODEL.COXPH.BASELINEHAZ)" with the computed values of
"exp(X*beta)",
then the resulted values is not matching with the instantaneous hazard
values which has been obtained.
So is,
InstantaneousHazard = h_0(t) exp(X*beta). i.e; is instantaneous hazard
is equal to the values which has been computed as "h(t)= baseline hazard
values(MODEL.COXPH.BASELINEHAZ)* exp(X*beta)".
If not, then please help me in obtaining the appropriate hazard
function(H(t)). Please oblige.
Regards,
Yashwanth M.R
--
View this message in context:
http://r.789695.n4.nabble.com/How-to-compute-hazard-function-using-coxph-object-tp4635597.html
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My question is, how to compute hazard function(H(t)) after building the
coxph model. I even aware of the terminology that differs from hazard
function(H(t)) and the hazard rate(h(t)). Here onward I wish to calculate
both.
Here what I have done in two different methods;
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Method - 1
# Coxph Model ##
MODEL.COXPH <- coxph(Surv(time,status) ~ X1+X2 , data = MyData)
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# Survfit for the coxph object ##
MODEL.COXPH.SURVFIT <- survfit(MODEL.COXPH)
# Obtaining the object "surv" from the survfit object
MODEL.COXPH.SURVFIT.SURV <- MODEL.COXPH.SURVFIT$surv
# Computing the hazard function ## ## I am pretty confuse in this;
whether result from this, is a hazard function(H(t)) or baseline cumulative
hazard function(H_0(t)) ##
Hazard.Function <- -log(MODEL.COXPH.SURVFIT.SURV)
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# Baseline hazard function can also be calculated explicitly ##
MODEL.COXPH.BASELINEHAZ <- basehaz(MODEL.COXPH)
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Method - 2
# Coxph Model ##
MODEL.COXPH <- coxph(Surv(time,status) ~ X1+X2 , data = MyData)
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# Survfit for the coxph object ##
MODEL.COXPH.SURVFIT <- survfit(MODEL.COXPH)
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# Proportion that fail at each evaluated time period ##
MODEL.COXPH.SURVFIT.PROP.FAIL <-
MODEL.COXPH.SURVFIT$n.event/MODEL.COXPH.SURVFIT$n.risk
# Length of time over which these failure occurs ##
MODEL.COXPH.SURVFIT.TIME <- MODEL.COXPH.SURVFIT$time
MODEL.COXPH.SURVFIT.TIME.0 <-
c(0,MODEL.COXPH.SURVFIT.TIME[-length(MODEL.COXPH.SURVFIT.TIME)])
# Instantaneous Hazard rate ##
MODEL.COXPH.SURVFIT.INSTANTANEOUS.HAZARD <-
MODEL.COXPH.SURVFIT.PROP.FAIL/(MODEL.COXPH.SURVFIT.TIME -
MODEL.COXPH.SURVFIT.TIME.0)
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If i multiply the "baseline hazard
values(MODEL.COXPH.BASELINEHAZ)" with the computed values of
"exp(X*beta)",
then the resulted values is not matching with the instantaneous hazard
values which has been obtained.
So is,
InstantaneousHazard = h_0(t) exp(X*beta). i.e; is instantaneous hazard
is equal to the values which has been computed as "h(t)= baseline hazard
values(MODEL.COXPH.BASELINEHAZ)* exp(X*beta)".
If not, then please help me in obtaining the appropriate hazard
function(H(t)). Please oblige.
Regards,
Yashwanth M.R
--
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