Hi:
> I have some data 'myData' in wide form (attached at the end), and
> would like to convert it to long form. I wish to have five variables
> in the result:
>
> 1) Subj: factor
> 2) Group: between-subjects factor (2 levels: s / w)
> 3) Reference: within-subject factor (2 levels: Me / She)
> 4) F: within-subject factor (2 levels: F1 / F2)
> 5) J: within-subject factor (2 levels: J1 / J2)
I don't see how you can get all of 3-5 given the way your data is
structured. The problem is that each column contains two of the three
variables you want, but not all three. I can see a way to get
Subj Group Ref Time F J
S1 s Me 1 4 5
S1 s Me 2 3 6
S1 s She 1 6 10
S1 s She 2 6 9
or an 8 line version with Ref (4 Me, 4 She), Factor (F1, J1, F2, J2)
repeated twice and the appropriate response vector, but not a way
where you have three columns for Ref, F and J. For example, what is
the 'J' for MeF1 or the F for SheJ2?
With that, here are a few stabs using the reshape2 package. The first
step is to do a little renaming of your data frame so that one can use
the colsplit() function to generate a new set of variables.
names(myData) <- c("Group", "Me_F_1",
"Me_J_1", "She_F_1", "She_J_1",
"Me_F_2", "Me_J_2",
"She_F_2", "She_J_2", "Subj")
library('plyr')
library('reshape2')
# collapses the eight columns to be reshaped into a factor named
# variable with a corresponding variable named value
mData <- melt(myData, id = c('Subj', 'Group'))
head(mData)
# Split the original variables into three new columns, named
# Ref, Var and Time, respectively:
newvars <- colsplit(mData$variable, '_', c('Ref',
'Var', 'Time'))
# Append these to the melted data frame and remove 'variable'
mData2 <- cbind(mData, newvars)[, -3]
# This comes closest to your original intent:
mData3 <- arrange(mData2, Subj, Ref, Var, Time)
head(mData3, 8)
Subj Group value Ref Var Time
1 S1 s 4 Me F 1
2 S1 s 3 Me F 2
3 S1 s 5 Me J 1
4 S1 s 6 Me J 2
5 S1 s 6 She F 1
6 S1 s 6 She F 2
7 S1 s 10 She J 1
8 S1 s 9 She J 2
# Some rearrangements to consider:
mData4 <- cast(mData3, Subj + Group + Ref + Time ~ Var, value_var =
'value')
head(mData4, 4)
Subj Group Ref Time F J
1 S1 s Me 1 4 5
2 S1 s Me 2 3 6
3 S1 s She 1 6 10
4 S1 s She 2 6 9
mData5 <- cast(mData3, Subj + Group + Ref + Var ~ Time, value_var =
'value')
head(mData5, 4)
Subj Group Ref Var 1 2
1 S1 s Me F 4 3
2 S1 s Me J 5 6
3 S1 s She F 6 6
4 S1 s She J 10 9
If you like this one, it's probably a good idea to rename the last two
columns 'Time1' and 'Time2' or something similar.
HTH,
Dennis
On Thu, Oct 6, 2011 at 1:28 PM, Gang Chen <gangchen6 at gmail.com>
wrote:> I have some data 'myData' in wide form (attached at the end), and
> would like to convert it to long form. I wish to have five variables
> in the result:
>
> 1) Subj: factor
> 2) Group: between-subjects factor (2 levels: s / w)
> 3) Reference: within-subject factor (2 levels: Me / She)
> 4) F: within-subject factor (2 levels: F1 / F2)
> 5) J: within-subject factor (2 levels: J1 / J2)
>
> As this is the first time I'm learning such a conversion, could
> someone help me out?
>
> Many thanks,
> Gang
>
>> myData
>
> ? Group MeF1 MeJ1 SheF1 SheJ1 MeF2 MeJ2 SheF2 SheJ2 Subj
> 1 ? ? ?s ? ?4 ? ?5 ? ? 6 ? ?10 ? ?3 ? ?6 ? ? 6 ? ? 9 ? S1
> 2 ? ? ?s ? ?6 ? ?5 ? ? 5 ? ? 6 ? ?4 ? ?3 ? ? 5 ? ? 6 ? S2
> 3 ? ? ?s ? ?7 ? ?4 ? ? 6 ? ? 5 ? ?7 ? ?4 ? ? 5 ? ? 3 ? S3
> 4 ? ? ?s ? ?8 ? ?5 ? ? 8 ? ? 7 ? ?7 ? ?1 ? ? 8 ? ? 6 ? S4
> 5 ? ? ?s ? 10 ? ?6 ? ? 4 ? ? 7 ? ?9 ? ?6 ? ? 4 ? ? 6 ? S5
> 6 ? ? ?s ? ?5 ? ?2 ? ? 4 ? ? 7 ? ?4 ? ?1 ? ? 4 ? ? 2 ? S6
> 7 ? ? ?s ? 13 ? ?2 ? ?10 ? ? 4 ? 11 ? ?2 ? ? 4 ? ? 3 ? S7
> 8 ? ? ?s ? ?8 ? ?1 ? ? 3 ? ?11 ? ?6 ? ?0 ? ? 3 ? ?10 ? S8
> 9 ? ? ?s ? ?6 ? ?9 ? ? 5 ? ? 8 ? ?6 ? ?8 ? ? 5 ? ? 6 ? S9
> 10 ? ? s ? 14 ? ?5 ? ? 6 ? ?10 ? 13 ? ?5 ? ? 5 ? ?10 ?S10
> 11 ? ? s ? 15 ? ?2 ? ?18 ? ? 2 ? 14 ? ?1 ? ?18 ? ? 2 ?S11
> 12 ? ? s ? ?6 ? ?9 ? ? 4 ? ? 9 ? ?5 ? 11 ? ? 3 ? ? 8 ?S12
> 13 ? ? s ? ?5 ? ?5 ? ? 0 ? ?12 ? ?4 ? ?3 ? ? 0 ? ? 8 ?S13
> 14 ? ? s ? ?5 ? ?6 ? ? 4 ? ? 9 ? ?4 ? ?6 ? ? 2 ? ? 6 ?S14
> 15 ? ? s ? 14 ? ?5 ? ?12 ? ? 3 ? 12 ? ?3 ? ?11 ? ? 3 ?S15
> 16 ? ? s ? ?7 ? ?2 ? ?11 ? ? 3 ? ?5 ? ?2 ? ?10 ? ? 2 ?S16
> 17 ? ? s ? ?1 ? ?7 ? ? 4 ? ? 5 ? ?1 ? ?6 ? ? 3 ? ? 5 ?S17
> 18 ? ? s ? ?6 ? ?2 ? ? 7 ? ? 4 ? ?6 ? ?2 ? ? 7 ? ? 4 ?S18
> 19 ? ? s ? ?9 ? ?4 ? ? 8 ? ? 5 ? 10 ? ?4 ? ? 6 ? ? 3 ?S19
> 20 ? ? s ? ?8 ? ?2 ? ? 6 ? ? 5 ? ?9 ? ?2 ? ? 6 ? ? 4 ?S20
> 21 ? ? s ? ?6 ? ?5 ? ? 5 ? ? 7 ? ?6 ? ?6 ? ? 5 ? ? 5 ?S21
> 22 ? ? s ? ?8 ? ?8 ? ? 3 ? ? 7 ? ?6 ? ?7 ? ? 5 ? ? 3 ?S22
> 23 ? ? s ? 11 ? ?4 ? ? 6 ? ? 7 ? ?1 ? ?1 ? ? 6 ? ? 4 ?S23
> 24 ? ? s ? ?6 ? ?3 ? ? 2 ? ? 4 ? ?6 ? ?4 ? ? 2 ? ? 2 ?S24
> 25 ? ? s ? ?4 ? ?4 ? ? 6 ? ? 6 ? ?2 ? ?3 ? ? 4 ? ? 6 ?S25
> 26 ? ? w ? ?5 ? ?9 ? ? 4 ? ? 7 ? ?3 ? ?7 ? ? 3 ? ? 5 ?S26
> 27 ? ? w ? ?7 ? ?6 ? ? 3 ? ? 5 ? ?4 ? ?1 ? ? 0 ? ? 4 ?S27
> 28 ? ? w ? 10 ? ?4 ? ?14 ? ? 2 ? ?8 ? ?4 ? ?10 ? ? 2 ?S28
> 29 ? ? w ? ?9 ? ?7 ? ? 5 ? ? 6 ? ?8 ? ?4 ? ? 5 ? ? 3 ?S29
> 30 ? ? w ? ?9 ? ?2 ? ? 7 ? ? 5 ? ?6 ? ?2 ? ? 6 ? ? 5 ?S30
> 31 ? ? w ? ?6 ? ?7 ? ? 6 ? ? 7 ? ?6 ? ?5 ? ? 5 ? ? 8 ?S31
> 32 ? ? w ? ?7 ? ?6 ? ?12 ? ? 7 ? ?6 ? ?3 ? ?10 ? ? 7 ?S32
> 33 ? ? w ? 12 ? ?3 ? ? 8 ? ? 9 ? 11 ? ?3 ? ? 4 ? ? 7 ?S33
> 34 ? ? w ? 12 ? ?2 ? ?10 ? ? 5 ? ?9 ? ?2 ? ? 6 ? ? 3 ?S34
> 35 ? ? w ? ?6 ? ?3 ? ?10 ? ? 4 ? ?5 ? ?3 ? ? 5 ? ? 3 ?S35
> 36 ? ? w ? ?9 ? ?3 ? ? 9 ? ? 9 ? ?6 ? ?3 ? ? 7 ? ? 8 ?S36
> 37 ? ? w ? ?5 ? 11 ? ? 7 ? ? 7 ? ?4 ? 11 ? ? 3 ? ? 4 ?S37
> 38 ? ? w ? ?7 ? ?4 ? ? 4 ? ? 6 ? ?7 ? ?3 ? ? 1 ? ? 5 ?S38
> 39 ? ? w ? ?6 ? ?5 ? ? 1 ? ? 8 ? ?3 ? ?3 ? ? 0 ? ? 8 ?S39
> 40 ? ? w ? 10 ? ?3 ? ?10 ? ? 2 ? ?7 ? ?3 ? ? 7 ? ? 2 ?S40
> 41 ? ? w ? ?1 ? 11 ? ? 7 ? ? 5 ? ?1 ? ?8 ? ? 4 ? ? 3 ?S41
> 42 ? ? w ? 10 ? ?5 ? ? 6 ? ?10 ? 10 ? ?4 ? ? 3 ? ? 9 ?S42
> 43 ? ? w ? ?6 ? ?3 ? ? 9 ? ? 2 ? ?4 ? ?2 ? ? 6 ? ? 0 ?S43
> 44 ? ? w ? ?9 ? ?5 ? ?11 ? ? 4 ? ?5 ? ?4 ? ? 7 ? ? 3 ?S44
> 45 ? ? w ? ?8 ? ?5 ? ? 6 ? ? 3 ? ?8 ? ?4 ? ? 2 ? ? 3 ?S45
> 46 ? ? w ? ?8 ? ?4 ? ? 8 ? ? 7 ? ?4 ? ?1 ? ? 2 ? ? 6 ?S46
> 47 ? ? w ? 12 ? ?2 ? ? 6 ? ? 2 ? 10 ? ?1 ? ? 5 ? ? 2 ?S47
> 48 ? ? w ? 10 ? ?6 ? ? 9 ? ? 8 ? ?7 ? ?5 ? ? 7 ? ? 8 ?S48
> 49 ? ? w ? 13 ? ?6 ? ?15 ? ? 1 ? 12 ? ?4 ? ?14 ? ? 0 ?S49
> 50 ? ? w ? ?7 ? ?8 ? ? 1 ? ?12 ? ?4 ? ?7 ? ? 1 ? ?11 ?S50
> 51 ? ? w ? 12 ? ?3 ? ? 9 ? ? 4 ? ?9 ? ?1 ? ? 7 ? ? 4 ?S51
>
> ______________________________________________
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