There is a colsplit() function in the reshape package that will do
this very easily.
-Ista
On Thu, Feb 4, 2010 at 3:41 PM, Tom Wenseleers
<tom.wenseleers at bio.kuleuven.be> wrote:> Dear all,
> I have the following data frame
>
goannot=read.table(file="c:\ApisGOannot.txt",colClasses="character",header=TRUE,sep="\t")
> ? ? ? ?GB_nr ? ? ? ? ? evidence ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?GO_list
> 1 ? ? ? GB18414-RA ? ? apis ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 0001507, 0003990,
> 0004104
> 2 ? ? ? GB10293-RA ? ? apis ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 0003676
> 3 ? ? ? GB12644-RA ? ? apis ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 0003677, 0000786,
> 0006334, 0005634
> 4 ? ? ? GB17142-RA ? ? apis ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 0003677, 0003899,
> 0006350
> 5 ? ? ? GB15064-RA ? ? apis ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 0003677, 0005515
>
> and I would like to split up each row in the data frame based on the
", "
> delimiter in the GO_list column. I.e. I would like to obtain
> ? ? ? ?GB_nr ? ? ? ? ? evidence ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?GO_list
> 1 ? ? ? GB18414-RA ? ? apis ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 0001507
> 2 ? ? ? GB18414-RA ? ? apis ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 0003990
> 3 ? ? ? GB18414-RA ? ? apis ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 0004104
> 4 ? ? ? GB10293-RA ? ? apis ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 0003676
> 5 ? ? ? GB12644-RA ? ? apis ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 0003677
> 6 ? ? ? GB12644-RA ? ? apis ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 0000786
> 7 ? ? ? GB12644-RA ? ? apis ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 0006334
> 8 ? ? ? GB12644-RA ? ? apis ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 0005634
> ...
>
> I started to try to do this using strsplit, but I was thinking there might
> be more elegant ways to do this?
> Any advice would be much appreciated (I am new to R)!
>
> cheers,
> Tom
>
>
> Dr. T. Wenseleers
> Dept. of Biology
> Zoological Institute
> K.U.Leuven
> Naamsestraat 59
> B-3000 Leuven
> Belgium
> tel. +32 (0)16 32 39 64
> mobile +32 (0)472 40 45 96
> e-mail tom.wenseleers at bio.kuleuven.be
> web http://bio.kuleuven.be/ento/wenseleers/twenseleers.htm
>
> ______________________________________________
> R-help at r-project.org mailing list
> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help
> PLEASE do read the posting guide
http://www.R-project.org/posting-guide.html
> and provide commented, minimal, self-contained, reproducible code.
>
--
Ista Zahn
Graduate student
University of Rochester
Department of Clinical and Social Psychology
http://yourpsyche.org