la libreria lm4 cambio con la versón 3 de R. Fijate en las versiones Prof. Julio Di Rienzo Estadística y Biometría FCA- U.N. Córdoba IBS-RARG President http://sites.google.com/site/juliodirienzo "Biometry, the active pursuit of biological knowledge by quantitative methods." (R.A. Fisher, 1948) 2013/10/24 Carlos Ortega <cof@qualityexcellence.es>> Hola, > > Quizás para caracterizar con más detalle donde estás teniendo problemas > podrías utilizar Rprof(), summaryRprof() y ver así donde se está yendo > realmente el tiempo en cada caso... > > > Saludos, > Carlos Ortega > www.qualityexcellence.es > > > El 24 de octubre de 2013 11:37, José Luis Cañadas > <canadasreche@gmail.com>escribió: > > > Hola. Algo raro me pasa con la librería boot y con lme4. > > En una misma máquina, core i5. Un bootstrap R=500 utilizando los 4 hilos > de > > procesamiento tarda 1 hora con xubuntu 12.04 y R 2.14 y 3 con xubuntu > 13.10 > > y R 3.0.1 > > > > Alguna idea de que puede estar pasando?? > > > > [[alternative HTML version deleted]] > > > > > > _______________________________________________ > > R-help-es mailing list > > R-help-es@r-project.org > > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es > > > > > > > -- > Saludos, > Carlos Ortega > www.qualityexcellence.es > > [[alternative HTML version deleted]] > > > _______________________________________________ > R-help-es mailing list > R-help-es@r-project.org > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es > >[[alternative HTML version deleted]]
Ok. gracias por la ayuda. Pero mis sospechas van encaminadas hacia la librería boot o parallel, o alguna librería de ubuntu 13.10 que gestione BLAS o similar, ya que el modelo con lme4 si ajusta. En R 3.0.2 , tarda 200 segundos en hacer 5 remuestreos (utilizando un sólo núcleo), pero no termina nunca si le especifico parallel="multicore", ncpus=4L Pero el caso es que si miro los procesos abiertos por el sistema, si se abren 4 rsession y los 2 procesadores + los 2 hilos se ponen en uso del 100%. Saludos El 24 de octubre de 2013 12:36, Julio Alejandro Di Rienzo < dirienzo.julio@gmail.com> escribió:> la libreria lm4 cambio con la versón 3 de R. Fijate en las versiones > > Prof. Julio Di Rienzo > Estadística y Biometría > FCA- U.N. Córdoba > IBS-RARG President > http://sites.google.com/site/juliodirienzo > "Biometry, the active pursuit of biological > knowledge by quantitative methods." > (R.A. Fisher, 1948) > > > 2013/10/24 Carlos Ortega <cof@qualityexcellence.es> > >> Hola, >> >> Quizás para caracterizar con más detalle donde estás teniendo problemas >> podrías utilizar Rprof(), summaryRprof() y ver así donde se está yendo >> realmente el tiempo en cada caso... >> >> >> Saludos, >> Carlos Ortega >> www.qualityexcellence.es >> >> >> El 24 de octubre de 2013 11:37, José Luis Cañadas >> <canadasreche@gmail.com>escribió: >> >> > Hola. Algo raro me pasa con la librería boot y con lme4. >> > En una misma máquina, core i5. Un bootstrap R=500 utilizando los 4 >> hilos de >> > procesamiento tarda 1 hora con xubuntu 12.04 y R 2.14 y 3 con xubuntu >> 13.10 >> > y R 3.0.1 >> > >> > Alguna idea de que puede estar pasando?? >> > >> > [[alternative HTML version deleted]] >> > >> > >> > _______________________________________________ >> > R-help-es mailing list >> > R-help-es@r-project.org >> > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es >> > >> > >> >> >> -- >> Saludos, >> Carlos Ortega >> www.qualityexcellence.es >> >> [[alternative HTML version deleted]] >> >> >> _______________________________________________ >> R-help-es mailing list >> R-help-es@r-project.org >> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es >> >> >-- -- 0__ -------- José Luis Cañadas Reche -- c/ /'_ -------- Tlf 675 741067 -- (*) \(*) ~~~~~~~~~ [[alternative HTML version deleted]]
Pues parece que el problema si es de lme4, cuya versión 1.0-4 se publicó en septiembre de este año. En la página en cran del paquete pone "The core computational algorithms are implemented using the Eigen C++ library for numerical linear algebra and RcppEigen "glue" " . El tema es que al utilizar esta versión junto con la librería boot, el tiempo de cálculo se incrementa bastante. Por suerte, en los repositorios de ubuntu aún viene la versión anterior (lme4_0.99999-2), en un paquete .deb . El 24 de octubre de 2013 13:06, José Luis Cañadas <canadasreche@gmail.com>escribió:> Ok. gracias por la ayuda. > > Pero mis sospechas van encaminadas hacia la librería boot o parallel, o > alguna librería de ubuntu 13.10 que gestione BLAS o similar, ya que el > modelo con lme4 si ajusta. > > En R 3.0.2 , tarda 200 segundos en hacer 5 remuestreos (utilizando un sólo > núcleo), pero no termina nunca si le especifico parallel="multicore", > ncpus=4L > > Pero el caso es que si miro los procesos abiertos por el sistema, si se > abren 4 rsession y los 2 procesadores + los 2 hilos se ponen en uso del > 100%. > > > Saludos > > > El 24 de octubre de 2013 12:36, Julio Alejandro Di Rienzo < > dirienzo.julio@gmail.com> escribió: > > la libreria lm4 cambio con la versón 3 de R. Fijate en las versiones >> >> Prof. Julio Di Rienzo >> Estadística y Biometría >> FCA- U.N. Córdoba >> IBS-RARG President >> http://sites.google.com/site/juliodirienzo >> "Biometry, the active pursuit of biological >> knowledge by quantitative methods." >> (R.A. Fisher, 1948) >> >> >> 2013/10/24 Carlos Ortega <cof@qualityexcellence.es> >> >>> Hola, >>> >>> Quizás para caracterizar con más detalle donde estás teniendo problemas >>> podrías utilizar Rprof(), summaryRprof() y ver así donde se está yendo >>> realmente el tiempo en cada caso... >>> >>> >>> Saludos, >>> Carlos Ortega >>> www.qualityexcellence.es >>> >>> >>> El 24 de octubre de 2013 11:37, José Luis Cañadas >>> <canadasreche@gmail.com>escribió: >>> >>> > Hola. Algo raro me pasa con la librería boot y con lme4. >>> > En una misma máquina, core i5. Un bootstrap R=500 utilizando los 4 >>> hilos de >>> > procesamiento tarda 1 hora con xubuntu 12.04 y R 2.14 y 3 con xubuntu >>> 13.10 >>> > y R 3.0.1 >>> > >>> > Alguna idea de que puede estar pasando?? >>> > >>> > [[alternative HTML version deleted]] >>> > >>> > >>> > _______________________________________________ >>> > R-help-es mailing list >>> > R-help-es@r-project.org >>> > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es >>> > >>> > >>> >>> >>> -- >>> Saludos, >>> Carlos Ortega >>> www.qualityexcellence.es >>> >>> [[alternative HTML version deleted]] >>> >>> >>> _______________________________________________ >>> R-help-es mailing list >>> R-help-es@r-project.org >>> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es >>> >>> >> > > > -- > -- 0__ -------- José Luis Cañadas Reche > -- c/ /'_ -------- Tlf 675 741067 > -- (*) \(*) > ~~~~~~~~~ >-- -- 0__ -------- José Luis Cañadas Reche -- c/ /'_ -------- Tlf 675 741067 -- (*) \(*) ~~~~~~~~~ [[alternative HTML version deleted]]