Buenos días; Estoy intentando aprender algo de sobre los modelos lineales mixtos. Estoy siguiendo el libro "Multilevlel analysis: techniques and applications" de Joop Hox. Estoy intentado reproducir las tablas y gráficos que trae el libro con el paquete lmer. En este libro se indica que en la comprobación de los supuestos del modelo hay que estudiar los gráficos de residuales tanto del nivel 1 como de los superiores. En el primer conjunto de datos que se analiza hay dos niveles. Obtener el los residuales y los valores ajustados por al nivel inferior no ha sido problema con las funciones residuals y fitted. Para el segundo nivel, la función ranef me extrae los residuales. El problema lo tengo con los valores predichos, y no puedo realizar el gráfico de los residuales frente a los valores predichos. Mi pregunta es: ¿cómo puedo realizar tal gráfico para el nivel 2? ¿Cómo obtengo los valores predichos?¿Serían estos las medias predichas para cada grupo del nivel 2? Gracias. Joan. [[alternative HTML version deleted]]
Hola Joan, te sugiero mirar este link, creo que te puede ir bien. http://modeloslineales.wikidot.com/ Saludos, Martí 2013/5/8 JOANMOLIBO@terra.es <JOANMOLIBO@terra.es>> Buenos días; > > Estoy intentando aprender algo de sobre los modelos lineales mixtos. > Estoy siguiendo el libro "Multilevlel analysis: techniques and > applications" de Joop Hox. Estoy intentado reproducir las tablas y gráficos > que trae el libro con el paquete lmer. > > En este libro se indica que en la comprobación de los supuestos del modelo > hay que estudiar los gráficos de residuales tanto del nivel 1 como de los > superiores. > > En el primer conjunto de datos que se analiza hay dos niveles. Obtener el > los residuales y los valores ajustados por al nivel inferior no ha sido > problema con las funciones residuals y fitted. > Para el segundo nivel, la función ranef me extrae los residuales. El > problema lo tengo con los valores predichos, y no puedo realizar el > gráfico de los residuales frente a los valores predichos. > > Mi pregunta es: ¿cómo puedo realizar tal gráfico para el nivel 2? ¿Cómo > obtengo los valores predichos?¿Serían estos las medias predichas para cada > grupo del nivel 2? > > Gracias. > > Joan. > > > [[alternative HTML version deleted]] > > > _______________________________________________ > R-help-es mailing list > R-help-es@r-project.org > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es > >-- Martí Casals Toquero Centre d'' Investigació Biomèdica d''Epidemiología i Salut Pública Agència de Salut Pública de Barcelona Servei d'' Epidemiologia Tel. 932384545 extensió: 391 mcasals@aspb.es [[alternative HTML version deleted]]
Muchas gracias, he encontrado un curso online gratis que tiene buena pinta.
http://www.bristol.ac.uk/cmm/research/lemma/
No obstante sigo con mi duda después de haber estudiado más sobre el tema;
cuando termine si continua la reformularé.
Gracias.
Joan.
De: marticasals@gmail.com [mailto:marticasals@gmail.com] En nombre de Martí
Casals
Enviado el: Miércoles, 08 de Mayo de 2013 12:54
Para: JOANMOLIBO@terra.es
CC: r-help-es@r-project.org
Asunto: Re: [R-es] lme4 y residuales
Hola Joan,
te sugiero mirar este link, creo que te puede ir bien.
http://modeloslineales.wikidot.com/
Saludos,
Martí
2013/5/8 JOANMOLIBO@terra.es <JOANMOLIBO@terra.es>
Buenos días;
Estoy intentando aprender algo de sobre los modelos lineales mixtos. Estoy
siguiendo el libro "Multilevlel analysis: techniques and applications"
de
Joop Hox. Estoy intentado reproducir las tablas y gráficos que trae el libro
con el paquete lmer.
En este libro se indica que en la comprobación de los supuestos del modelo
hay que estudiar los gráficos de residuales tanto del nivel 1 como de los
superiores.
En el primer conjunto de datos que se analiza hay dos niveles. Obtener el
los residuales y los valores ajustados por al nivel inferior no ha sido
problema con las funciones residuals y fitted.
Para el segundo nivel, la función ranef me extrae los residuales. El
problema lo tengo con los valores predichos, y no puedo realizar el gráfico
de los residuales frente a los valores predichos.
Mi pregunta es: ¿cómo puedo realizar tal gráfico para el nivel 2? ¿Cómo
obtengo los valores predichos?¿Serían estos las medias predichas para cada
grupo del nivel 2?
Gracias.
Joan.
[[alternative HTML version deleted]]
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R-help-es mailing list
R-help-es@r-project.org
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
--
Martí Casals Toquero
Centre d'' Investigació Biomèdica d''Epidemiología i Salut
Pública
Agència de Salut Pública de Barcelona
Servei d'' Epidemiologia
Tel. 932384545 extensió: 391
mcasals@aspb.es
[[alternative HTML version deleted]]
Hola. Leyendo tu primera pregunta, yo diría que los valores predichos para el nivel superior si son las medias que obtienes cuando evaluas los valores predichos del nivel inferior en las categorías del efecto aleatorio. Con el ejemplo que viene en lmer sería library(lme4) (fm1 <- lmer(Reaction ~ Days + (Days|Subject), sleepstudy)) predichos <- tapply(fitted(fm1), sleepstudy$Subject, mean) observados <- tapply(sleepstudy$Reaction,sleepstudy$Subject,mean) residuos <- observados-predichos # predichos vs residuos^2 plot(predichos,residuos^2) # observados vs predichos plot(observados,predichos) abline(a=0,b=1,col="red") Saludos El 09/05/13 22:09, Joan Molibo escribió:> Muchas gracias, he encontrado un curso online gratis que tiene buena pinta. > > > > http://www.bristol.ac.uk/cmm/research/lemma/ > > > > No obstante sigo con mi duda después de haber estudiado más sobre el tema; > cuando termine si continua la reformularé. > > > > Gracias. > > > > Joan. > > > > De: marticasals@gmail.com [mailto:marticasals@gmail.com] En nombre de Martí > Casals > Enviado el: Miércoles, 08 de Mayo de 2013 12:54 > Para: JOANMOLIBO@terra.es > CC: r-help-es@r-project.org > Asunto: Re: [R-es] lme4 y residuales > > > > Hola Joan, > > te sugiero mirar este link, creo que te puede ir bien. > > http://modeloslineales.wikidot.com/ > > > > Saludos, > > > > Martí > > > > 2013/5/8 JOANMOLIBO@terra.es <JOANMOLIBO@terra.es> > > Buenos días; > > Estoy intentando aprender algo de sobre los modelos lineales mixtos. Estoy > siguiendo el libro "Multilevlel analysis: techniques and applications" de > Joop Hox. Estoy intentado reproducir las tablas y gráficos que trae el libro > con el paquete lmer. > > En este libro se indica que en la comprobación de los supuestos del modelo > hay que estudiar los gráficos de residuales tanto del nivel 1 como de los > superiores. > > En el primer conjunto de datos que se analiza hay dos niveles. Obtener el > los residuales y los valores ajustados por al nivel inferior no ha sido > problema con las funciones residuals y fitted. > Para el segundo nivel, la función ranef me extrae los residuales. El > problema lo tengo con los valores predichos, y no puedo realizar el gráfico > de los residuales frente a los valores predichos. > > Mi pregunta es: ¿cómo puedo realizar tal gráfico para el nivel 2? ¿Cómo > obtengo los valores predichos?¿Serían estos las medias predichas para cada > grupo del nivel 2? > > Gracias. > > Joan. > > > [[alternative HTML version deleted]] > > > _______________________________________________ > R-help-es mailing list > R-help-es@r-project.org > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es > > > > > > > > > > _______________________________________________ > R-help-es mailing list > R-help-es@r-project.org > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es[[alternative HTML version deleted]]
Continuo con lo mismo, y los gráficos generados (residuales frente a predichos
en nivel 2) y los que se publican en el libro no coinciden.
Por un lado, en el libro parece que emplean los valores predichos por la parte
fija de la ecuación, sin tener presente los efectos aleatorios
pred.n2 <- tapply(m3@X %*% fixef(m3), popdata$class, mean)
u0 <- ranef(m3)[[1]][, 1] # residuales intercepto nivel 2
u1 <- ranef(m3)[[1]][, 2] # residuales pendiente aleatoria nivel 2
plot(u0, pred.n2)
plot(u1, pred.n2)
En fín, con esto cierro el tema, además, no entiendo por que utiliza los valores
predichos por la parte fija exclusivamente y no ambos (efectos aleatorios y
fijos).
Gracias a todos, Joan.
PD: le escribiré al autor.
----Mensaje original----
De: canadasreche@gmail.com
Fecha: 09/05/2013 22:53
Para: <r-help-es@r-project.org>
Asunto: Re: [R-es] lme4 y residuales
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Hola.
Leyendo tu primera pregunta, yo diría que los valores
predichos para el nivel superior si son las medias que obtienes cuando evaluas
los valores predichos del nivel inferior en las categorías del efecto
aleatorio.
Con el ejemplo que
viene en
lmer sería
library(lme4)
(fm1 <-
lmer(Reaction ~ Days + (Days|Subject), sleepstudy))
predichos
<- tapply(fitted(fm1), sleepstudy$Subject, mean)
observados
<- tapply(sleepstudy$Reaction,sleepstudy$Subject,mean)
residuos <- observados-predichos
# predichos vs
residuos^2
plot(predichos,residuos^2)
# observados vs
predichos
plot(observados,predichos)
abline(a=0,b=1,col="red")
Saludos
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