Antonio Maurandi López
2011-May-24 09:07 UTC
[R-es] test de Friedman , con comparación planificada simple (la primera contra el resto...).
Hola. Hay alguna función que haga un Friedman test (digamos 4 tratamientos o tiempos relacionados/dependientes) y que después haga una comparación de un tratamiento contra el resto, digamos el primero, como un contratase simple, o un Dunnett? o simplemente ¿como hago un Dunnett para unos tratamientos relacionados? -- Antonio M [[alternative HTML version deleted]]
Olivier Nuñez
2011-May-24 10:43 UTC
[R-es] test de Friedman , con comparación planificada simple (la primera contra el resto...).
Echa un vistazo al paquete library(multcomp). En todo caso, procura especificar como están relacionados tus tratamientos (¿por el diseño?). Un saludo. Olivier -- ____________________________________ Olivier G. Nuñez Email: onunez en iberstat.es Tel : +34 663 03 69 09 Web: http://www.iberstat.es ____________________________________ El 24/05/2011, a las 11:07, Antonio Maurandi López escribió:> Hola. > Hay alguna función que haga un Friedman test (digamos 4 tratamientos o > tiempos relacionados/dependientes) y que después haga una comparación > de un tratamiento contra el resto, digamos el primero, como un > contratase simple, o un Dunnett? > o simplemente ¿como hago un Dunnett para unos tratamientos > relacionados? > > -- > Antonio M > > > [[alternative HTML version deleted]] > > _______________________________________________ > R-help-es mailing list > R-help-es en r-project.org > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
Antonio Maurandi López
2011-May-25 07:32 UTC
[R-es] test de Friedman , con comparación planificada simple (la primera contra el resto...).
Gracias Oliver.
Mis tratamientos son uno control (medición clásica) y otros 4 en
que se miden lo mismo en distintos órganos de unos bichos, tengo unos 40
bichos, y de cada bicho 5 mediciones (control y 4 mas).
Puedo después de un friedman significativo de los 5 trat, hacer
comparaciones por pares, múltiples comparaciones con un wilcoxon
ajustado (pairwise.wilcox.test), pero por ser más fino solo me
interesaría el de media más alta de los 4(a lo burro) frente a control,
y/o control frente al resto.
en fin miro lo que me dices (ahora me voy a comer).
mil gracias.
El 24/05/11 12:43, Olivier Nuñez escribió:> Echa un vistazo al paquete library(multcomp).
> En todo caso, procura especificar como están relacionados tus
> tratamientos (¿por el diseño?).
> Un saludo. Olivier
> -- ____________________________________
>
> Olivier G. Nuñez
> Email: onunez@iberstat.es
> Tel : +34 663 03 69 09
> Web: http://www.iberstat.es
>
> ____________________________________
>
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> El 24/05/2011, a las 11:07, Antonio Maurandi López escribió:
>
>> Hola.
>> Hay alguna función que haga un Friedman test (digamos 4 tratamientos o
>> tiempos relacionados/dependientes) y que después haga una comparación
>> de un tratamiento contra el resto, digamos el primero, como un
>> contratase simple, o un Dunnett?
>> o simplemente ¿como hago un Dunnett para unos tratamientos
relacionados?
>>
>> --
>> Antonio M
>>
>>
>> [[alternative HTML version deleted]]
>>
>> _______________________________________________
>> R-help-es mailing list
>> R-help-es@r-project.org
>> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
>
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Antonio Maurandi López
Serv. Cálculo Científico. Apoyo Estadístico.
Servicio de Apoyo a la Investigación (SAI)
Vicerrectorado de Investigación.
Universidad de Murcia
Edif. CAID. Campus de Espinardo.
30100 Murcia
@. amaurandi@um.es
T. 868 88 7315 F. 868 88 7302
www.um.es/sai www.um.es/ae
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José Trujillo Carmona
2011-May-27 10:19 UTC
[R-es] test de Friedman , con comparación planificada simple (la primera contra el resto...).
Antonio Maurandi López escribió:> me temía que no existía nada así, yo tampoco encuentro nada. Eso no me > deja estudiar el efecto interacción. > > En tanto a que "Friedman elimina el efecto de ambos sistemas de bloque > sobre los datos" se refiere a que puedo multiplicar los dos bloques en > un solo bloque o a que (algo así como 'Orig x Trat': 1-M1, 1-M2, > 1-M3,.....,2-M1, 2_M3,.... y aplicar freidman y los post hoct de antes?) >Eliminar el efecto bloque está relacionado con la forma en que el test de Friedman asigna rangos a los datos: Numera los datos desde el uno a "T" donde T es el número de tratamientos y de forma que en todos los bloques la suma de rangos es T(T+1)/2 eliminando el efecto de que un bloque tenga un promedio mayor que otro. Cada bloque tuyo vendría definido por el producto Bloque = Orig x Bicho (como ya has puesto en el ejemplo). Los tratamientos en Friedman son ortogonales a los bloques y deben quedar de la forma: Bloque x Tratamiento. Al hacer las comparaciones múltiples no podrás ver las diferencias entre orígenes, ni entre bichos, sino solo entre tratamientos (limitaciones del test de Friedman frente a los métodos factoriales paramétricos). Si estuvieras muy interesado en comparar los orígenes tendrías tendrías que hacer un test construyendo bloques del tiepo Bloque = Tratamiento x Bicho. Pero en este caso estás haciendo comparaciones no independientes de las anteriores y tendrías que tener cuidado con el efecto de Bonferroni (corrección de Bonferroni o de Holm). Saludos.> muchas gracias. > > El 26/05/11 12:43, José Trujillo Carmona escribió: >> No conzco, ni he encontrado en bibliografía ningún test no >> paramétrico para dos o más factores bloque (igual que tampoco lo hay >> para dos factores tratamiento). En tu caso, de todos modos, como los >> bloques están anidado (no existe 2 biuno, ni 1 bic4) realmente la >> construcción de rangos de Friedman elimina el efecto de ambos >> sistemas de bloque sobre los datos. Los rangos de cada dato X_(ijk) >> son asignados en función de su valor en el conjunto de todos los >> rangos que son iguales a el tanto en lo referente al bloque j >> (origen) como al bloque k (bicho). >> >> Saludos. >> >> Antonio Maurandi López escribió: >>> Estimado profesor Trujillo >>> Muchas gracias, lo he probado, es exactamente mi caso. >>> Ciertamente yo no consideraba el bloqueo debido a las medidas >>> repetitivas sobre el mismo bicho, Muchas gracias. >>> Perdone que le haga otra pregunta. Me podría orientar a como abordar >>> otro problema, se tarta de un diseño parecido pero con un factor >>> más, un inter-sujetos, por ejemplo 'origen' (hemos tomado bichos de >>> dos sitios muy diferentes). >>> >>> El esquema es casi el mismo pero con el factor 'origen' >>> complicándolo todo, es como un modelo mixto en parametricos.... pero >>> no-paramétrico? >>> >>> origen Bicho M1 M2 M3 M4 M5 >>> 1 biuno 10 11 12 13 14 >>> 1 bidos 51 52 53 54 55 >>> 1 btres 91 92 93 94 95 >>> 2 bic4 10 11 12 13 14 >>> 2 bi5 51 52 53 54 55 >>> 2 bt6 91 92 93 94 95 >>> >>> En fin en todo caso muchas gracias por su ayuda. >>> >>> Antonio. >>> >>> >>> El 25/05/11 12:39, José Trujillo Carmona escribió: >>>> Querido Olivier: >>>> >>>> El paqeute multcomp se llama: Simultaneous Inference in General >>>> Parametric Models. >>>> >>>> Su descripción dice: >>>> >>>> Simultaneous tests and confidence intervals for general linear >>>> hypotheses in parametric models, including linear, generalized >>>> linear, linear mixed effects, and survival models. >>>> >>>> El principal argumento del paquete es un objeto de tipo "model" >>>> creado mediante lm, glm o aov. >>>> >>>> >>>> >>>> El test de Friedman no es "General Parametric Models". Es un test >>>> no paramético y no genera objetos tipo "model". >>>> >>>> Por otra parte, estimado Antonio. Para estudiar las comparaciones >>>> múltiples mediante pairwise.wilcox.test, primero deberías eliminar >>>> el efecto de los bloques. El método proporciona comparaciones >>>> múltiples pero para un Kruskal-Wallis, no para un test de Friedman. >>>> >>>> El test de Friedmann es algo parecido a un test de Kruskal-Wallis >>>> pero con el efecto de los bloques (los animales en tu caso) eliminado. >>>> >>>> Puede haber mucha diferencia entre unos bichos y otros, lo que crea >>>> mucha varianza adicional. Ejemplo: >>>> >>>> Bicho M1 M2 M3 M4 M5 >>>> biuno 10 11 12 13 14 >>>> bidos 51 52 53 54 55 >>>> btres 91 92 93 94 95 >>>> >>>> En un esquema de este tipo las diferencias entre tratamientos son >>>> muy pequeñas frente a la variabilidad de los datos, pero se ve que >>>> en todos los bichos (bloques) el orden de los tratamientos es >>>> M1<M2<...<M5. Un test de Friedmann elimina primero el efecto de los >>>> bloques. >>>> >>>> En tu caso, por lo que cuentas no tienes repeticiones en las >>>> observaciones. En este contexto el test "friedman" del paquete >>>> "agricolae" es perfecto. Corresponde con tu problema y te aporta >>>> además las comparaciones múltiples. >>>> >>>> Consulta: >>>> install.packages("agricolae") >>>> library(agricolae) >>>> ?friedman >>>> >>>> Saludos. >>>> >>>> >>>> >>>> >>>> >>>> Antonio Maurandi López escribió: >>>>> Gracias Oliver. >>>>> >>>>> Mis tratamientos son uno control (medición clásica) y otros 4 >>>>> en que se miden lo mismo en distintos órganos de unos bichos, >>>>> tengo unos 40 bichos, y de cada bicho 5 mediciones (control y 4 mas). >>>>> >>>>> Puedo después de un friedman significativo de los 5 trat, hacer >>>>> comparaciones por pares, múltiples comparaciones con un wilcoxon >>>>> ajustado (pairwise.wilcox.test), pero por ser más fino solo me >>>>> interesaría el de media más alta de los 4(a lo burro) frente a >>>>> control, y/o control frente al resto. >>>>> >>>>> en fin miro lo que me dices (ahora me voy a comer). >>>>> >>>>> mil gracias. >>>>> >>>>> >>>>> El 24/05/11 12:43, Olivier Nuñez escribió: >>>>> >>>>>> Echa un vistazo al paquete library(multcomp). >>>>>> En todo caso, procura especificar como están relacionados tus >>>>>> tratamientos (¿por el diseño?). >>>>>> Un saludo. Olivier >>>>>> -- ____________________________________ >>>>>> >>>>>> Olivier G. Nuñez >>>>>> Email: onunez en iberstat.es >>>>>> Tel : +34 663 03 69 09 >>>>>> Web: http://www.iberstat.es >>>>>> >>>>>> ____________________________________ >>>>>> >>>>>> >>>>>> >>>>>> >>>>>> El 24/05/2011, a las 11:07, Antonio Maurandi López escribió: >>>>>> >>>>>> >>>>>>> Hola. >>>>>>> Hay alguna función que haga un Friedman test (digamos 4 >>>>>>> tratamientos o >>>>>>> tiempos relacionados/dependientes) y que después haga una >>>>>>> comparación >>>>>>> de un tratamiento contra el resto, digamos el primero, como un >>>>>>> contratase simple, o un Dunnett? >>>>>>> o simplemente ¿como hago un Dunnett para unos tratamientos >>>>>>> relacionados? >>>>>>> >>>>>>> -- >>>>>>> Antonio M >>>>>>> >>>>>>> >>>>>>> [[alternative HTML version deleted]] >>>>>>> >>>>>>> _______________________________________________ >>>>>>> R-help-es mailing list >>>>>>> R-help-es en r-project.org >>>>>>> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es >>>>>>> >>>>> >>>>> >>>>> ------------------------------------------------------------------------ >>>>> >>>>> >>>>> _______________________________________________ >>>>> R-help-es mailing list >>>>> R-help-es en r-project.org >>>>> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es >>>>> >>>> >>> >> > > -- > Antonio Maurandi López > Serv. Cálculo Científico. Apoyo Estadístico. > Servicio de Apoyo a la Investigación (SAI) > Vicerrectorado de Investigación. > Universidad de Murcia > > Edif. CAID. Campus de Espinardo. > 30100 Murcia > @. amaurandi en um.es > T. 868 88 7315 F. 868 88 7302 > www.um.es/sai www.um.es/ae-- _____---^---_____ Univ. de Extremadura Dept. Matemáticas. Despacho B29 Tf: + 34 924 289 300 Ext. 86823