Hola a todos, Tengo un pequeño problemilla... Tengo unas 9000 variables que he contrastado con 1 en concreto con el test de wilcoxon. He calculado el p-valor, y queria corregirlo con el permutation-based FDR. He encontrado una funcion con R comp.fdr()que hace esta corrección, pero te pide que le pongas las variables con las observaciones y te hace el test (según he entendido). Yo solo quiero que me calcule los q-valor. Sabeis como hacerlo? Muchas gracias Dolors [[alternative HTML version deleted]]
Hola Dolors, La función que yo uso es mt.rawp2adjp del paquete multtest que solo te pide el vector de pvalores y el método de ajuste FDR. Un saludo Patricia El 13 de julio de 2010 11:13, dolors giralt casellas <dolors1985@gmail.com>escribió:> Hola a todos, > > Tengo un pequeño problemilla... > > Tengo unas 9000 variables que he contrastado con 1 en concreto con el test > de wilcoxon. He calculado el p-valor, y queria corregirlo con el > permutation-based FDR. He encontrado una funcion con R comp.fdr()que hace > esta corrección, pero te pide que le pongas las variables con las > observaciones y te hace el test (según he entendido). Yo solo quiero que me > calcule los q-valor. Sabeis como hacerlo? > > Muchas gracias > > Dolors > > [[alternative HTML version deleted]] > > > _______________________________________________ > R-help-es mailing list > R-help-es@r-project.org > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es > >-- Patricia García González r-es.org/ [[alternative HTML version deleted]]
Estimada Dolors, Si lo único que tu le das al programa es la lista de p-valores, sin más, no hay nada que permutar. Eso, per se, no es un problema, y de hecho el método original de Benjami y Hochberg y su posterior versión adaptativa se aplican sobre los p-valores directamente. El método de Benjami y Hochberg original está implementado, por ej., en la función p.adjust. Si realmente quieres un "permutation based" (o un "resample-based") ajuste, entonces no hay más remedio que introducir todos los datos, calcular el estadístico, y calcular el p-valor via permutación. La idea del resample-based es que los p-valores y los ajusted de FDR incorporan la correlación entra las observaciones originales, pero para que esa correlación se incorpore es necesario permutar las observaciones originales. Echale un vistazo al paquete fdrame, en bioconductor. Un saludo, R. 2010/7/13 dolors giralt casellas <dolors1985 en gmail.com>:> Hola a todos, > > Tengo un pequeño problemilla... > > Tengo unas 9000 variables que he contrastado con 1 en concreto con el test > de wilcoxon. He calculado el p-valor, y queria corregirlo con el > permutation-based FDR. He encontrado una funcion con R comp.fdr()que hace > esta corrección, pero te pide que le pongas las variables con las > observaciones y te hace el test (según he entendido). Yo solo quiero que me > calcule los q-valor. Sabeis como hacerlo? > > Muchas gracias > > Dolors > > [[alternative HTML version deleted]] > > > _______________________________________________ > R-help-es mailing list > R-help-es en r-project.org > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es > >-- Ramon Diaz-Uriarte Structural Biology and Biocomputing Programme Spanish National Cancer Centre (CNIO) http://ligarto.org/rdiaz Phone: +34-91-732-8000 ext. 3019 Fax: +-34-91-224-6972
De acuerdo Muchas gracias! 2010/7/13 Usuario R <r.user.spain@gmail.com>> Hola Dolors, > > La función que yo uso es mt.rawp2adjp del paquete multtest que solo te pide > el vector de pvalores y el método de ajuste FDR. > > Un saludo > Patricia > > > El 13 de julio de 2010 11:13, dolors giralt casellas <dolors1985@gmail.com > > escribió: > >> Hola a todos, >> >> Tengo un pequeño problemilla... >> >> Tengo unas 9000 variables que he contrastado con 1 en concreto con el test >> de wilcoxon. He calculado el p-valor, y queria corregirlo con el >> permutation-based FDR. He encontrado una funcion con R comp.fdr()que hace >> esta corrección, pero te pide que le pongas las variables con las >> observaciones y te hace el test (según he entendido). Yo solo quiero que >> me >> calcule los q-valor. Sabeis como hacerlo? >> >> Muchas gracias >> >> Dolors >> >> [[alternative HTML version deleted]] >> >> >> _______________________________________________ >> R-help-es mailing list >> R-help-es@r-project.org >> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es >> >> > > > -- > Patricia García González > r-es.org/ >[[alternative HTML version deleted]]
Hola, estoy intentando instalar el paquete multtest, pero me dice que se tiene que instalar el paquete biobase y no lo encuentra. Dolors 2010/7/13 dolors giralt casellas <dolors1985@gmail.com>> De acuerdo > > Muchas gracias! > > > > 2010/7/13 Usuario R <r.user.spain@gmail.com> > > Hola Dolors, >> >> La función que yo uso es mt.rawp2adjp del paquete multtest que solo te >> pide el vector de pvalores y el método de ajuste FDR. >> >> Un saludo >> Patricia >> >> >> El 13 de julio de 2010 11:13, dolors giralt casellas < >> dolors1985@gmail.com> escribió: >> >>> Hola a todos, >>> >>> Tengo un pequeño problemilla... >>> >>> Tengo unas 9000 variables que he contrastado con 1 en concreto con el >>> test >>> de wilcoxon. He calculado el p-valor, y queria corregirlo con el >>> permutation-based FDR. He encontrado una funcion con R comp.fdr()que >>> hace >>> esta corrección, pero te pide que le pongas las variables con las >>> observaciones y te hace el test (según he entendido). Yo solo quiero que >>> me >>> calcule los q-valor. Sabeis como hacerlo? >>> >>> Muchas gracias >>> >>> Dolors >>> >>> [[alternative HTML version deleted]] >>> >>> >>> _______________________________________________ >>> R-help-es mailing list >>> R-help-es@r-project.org >>> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es >>> >>> >> >> >> -- >> Patricia García González >> r-es.org/ >> > >[[alternative HTML version deleted]]
biobase creo que esta en bioconductor, no en CRAN. Kjetil 2010/7/13 dolors giralt casellas <dolors1985@gmail.com>> Hola, > > estoy intentando instalar el paquete multtest, pero me dice que se tiene > que > instalar el paquete biobase y no lo encuentra. > > Dolors > > > 2010/7/13 dolors giralt casellas <dolors1985@gmail.com> > > > De acuerdo > > > > Muchas gracias! > > > > > > > > 2010/7/13 Usuario R <r.user.spain@gmail.com> > > > > Hola Dolors, > >> > >> La función que yo uso es mt.rawp2adjp del paquete multtest que solo te > >> pide el vector de pvalores y el método de ajuste FDR. > >> > >> Un saludo > >> Patricia > >> > >> > >> El 13 de julio de 2010 11:13, dolors giralt casellas < > >> dolors1985@gmail.com> escribió: > >> > >>> Hola a todos, > >>> > >>> Tengo un pequeño problemilla... > >>> > >>> Tengo unas 9000 variables que he contrastado con 1 en concreto con el > >>> test > >>> de wilcoxon. He calculado el p-valor, y queria corregirlo con el > >>> permutation-based FDR. He encontrado una funcion con R comp.fdr()que > >>> hace > >>> esta corrección, pero te pide que le pongas las variables con las > >>> observaciones y te hace el test (según he entendido). Yo solo quiero > que > >>> me > >>> calcule los q-valor. Sabeis como hacerlo? > >>> > >>> Muchas gracias > >>> > >>> Dolors > >>> > >>> [[alternative HTML version deleted]] > >>> > >>> > >>> _______________________________________________ > >>> R-help-es mailing list > >>> R-help-es@r-project.org > >>> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es > >>> > >>> > >> > >> > >> -- > >> Patricia García González > >> r-es.org/ > >> > > > > > > [[alternative HTML version deleted]] > > > _______________________________________________ > R-help-es mailing list > R-help-es@r-project.org > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es > >-- The good Christian should beware of mathematicians, and all those who make empty prophecies. The danger already exists that the mathematicians have made a covenant with the devil to darken the spirit and to confine man in the bonds of Hell. St. Augustine, De Genesi ad Litteram, Book II, xviii, 37 [[alternative HTML version deleted]]
Buenas noches Dolors, Usa http://www.bioconductor.org/packages/2.3/bioc/html/multtest.html Saludos, Jorge 2010/7/13 dolors giralt casellas <>> Hola, > > estoy intentando instalar el paquete multtest, pero me dice que se tiene > que > instalar el paquete biobase y no lo encuentra. > > Dolors > > > 2010/7/13 dolors giralt casellas <dolors1985@gmail.com> > > > De acuerdo > > > > Muchas gracias! > > > > > > > > 2010/7/13 Usuario R <r.user.spain@gmail.com> > > > > Hola Dolors, > >> > >> La función que yo uso es mt.rawp2adjp del paquete multtest que solo te > >> pide el vector de pvalores y el método de ajuste FDR. > >> > >> Un saludo > >> Patricia > >> > >> > >> El 13 de julio de 2010 11:13, dolors giralt casellas < > >> dolors1985@gmail.com> escribió: > >> > >>> Hola a todos, > >>> > >>> Tengo un pequeño problemilla... > >>> > >>> Tengo unas 9000 variables que he contrastado con 1 en concreto con el > >>> test > >>> de wilcoxon. He calculado el p-valor, y queria corregirlo con el > >>> permutation-based FDR. He encontrado una funcion con R comp.fdr()que > >>> hace > >>> esta corrección, pero te pide que le pongas las variables con las > >>> observaciones y te hace el test (según he entendido). Yo solo quiero > que > >>> me > >>> calcule los q-valor. Sabeis como hacerlo? > >>> > >>> Muchas gracias > >>> > >>> Dolors > >>> > >>> [[alternative HTML version deleted]] > >>> > >>> > >>> _______________________________________________ > >>> R-help-es mailing list > >>> R-help-es@r-project.org > >>> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es > >>> > >>> > >> > >> > >> -- > >> Patricia García González > >> r-es.org/ > >> > > > > > > [[alternative HTML version deleted]] > > > _______________________________________________ > R-help-es mailing list > R-help-es@r-project.org > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es > >[[alternative HTML version deleted]]