Hola, buenas tardes,
Hace unos dias que intento cargar unos datos de microarrays del ncbi con
versión de R 2.15.2 de 32 bits en windows xp.
he utilizado el siguiente codigo:
library(Biobase)
library(GEOquery)
library(limma)
gset <- getGEO("GSE6536", GSEMatrix =TRUE)
Al hacerlo me da este error:
"Error in function (type, msg, asError = TRUE) : couldn't connect to
host"
Como no podía cargar los datos directamente, me descargué el archivo y al
intentarlo cargar desde el ordenador me sale otro error:
Error: cannot allocate vector of size 173.2 Mb
utilizando la siguiente sintaxis:
u = getGEO(file="GSE6536_series_matrix.txt.gz")
Tambien intenté probar en linux, pero al instalar los 3 paquetes que
necesito (primera vez que utilizo R en linux), con el comando
install.packages("GEOquery") me ha salido este error para cada uno de
los
paquetes "package 'GEOquery' is not available (for version
2.15.3)"
Estoy utilizando R 2.15.3 con la plataforma x86_64-pc-linux-gnu (64 bits).
Alguien me podría ayudar en alguno de estos problemas?
Muchas gracias
Dolors
[[alternative HTML version deleted]]
Hola Dolors,
el error en linux se debe a que el paquete GEOquery se encuentra en
Bioconductor y no en los repositorios normales de R (CRAN).
En la página del paquete (
http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/GEOquery.html)
tienes la orden para instalarlo:
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")> biocLite("GEOquery")
Con los otros dos paquetes pasa lo mismo, estan en BioConductor y no en
CRAN:
Biobase: http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/Biobase.html
limma: http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/limma.html
En esas páginas encontrarás como instalarlos (igual que GEOquery pero
cambiando el nombre al paquete correspondiente).
Además, no se si trabajas con la versión de R 2.15.3 por un tema de
compatibilidades, pero si no es así, te recomendaría que actualizaras la
versión de R, ya que van por la 3.1.1 y así te aseguras una plena
compatibilidad con nuevos paquetes.
Espero que te sirva,
Un saludo
Víctor Granda García
Ph.D. Student
Dpto. BOS, Universidad de Oviedo
El 10 de octubre de 2014, 15:05, dolors giralt casellas <
dolors1985 en gmail.com> escribió:
> Hola, buenas tardes,
>
>
> Hace unos dias que intento cargar unos datos de microarrays del ncbi con
> versión de R 2.15.2 de 32 bits en windows xp.
> he utilizado el siguiente codigo:
>
> library(Biobase)
> library(GEOquery)
> library(limma)
> gset <- getGEO("GSE6536", GSEMatrix =TRUE)
>
> Al hacerlo me da este error:
>
> "Error in function (type, msg, asError = TRUE) : couldn't connect
to host"
>
> Como no podía cargar los datos directamente, me descargué el archivo y al
> intentarlo cargar desde el ordenador me sale otro error:
>
> Error: cannot allocate vector of size 173.2 Mb
>
> utilizando la siguiente sintaxis:
>
> u = getGEO(file="GSE6536_series_matrix.txt.gz")
>
> Tambien intenté probar en linux, pero al instalar los 3 paquetes que
> necesito (primera vez que utilizo R en linux), con el comando
> install.packages("GEOquery") me ha salido este error para cada
uno de los
> paquetes "package 'GEOquery' is not available (for version
2.15.3)"
>
> Estoy utilizando R 2.15.3 con la plataforma x86_64-pc-linux-gnu (64 bits).
>
> Alguien me podría ayudar en alguno de estos problemas?
>
> Muchas gracias
>
> Dolors
>
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Dolors, A los dicho por Victor agregaría que te fijes si tienes instalado el paquete RCurl, tanto en Windows como en Linux, y si en Linux tienes la librería libcurl. Daniel Merino El 10 de octubre de 2014, 10:53, Víctor Granda García < victorgrandagarcia en gmail.com> escribió:> Hola Dolors, > > el error en linux se debe a que el paquete GEOquery se encuentra en > Bioconductor y no en los repositorios normales de R (CRAN). > > En la página del paquete ( > http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/GEOquery.html) > tienes la orden para instalarlo: > > source("http://bioconductor.org/biocLite.R") > > biocLite("GEOquery") > > > Con los otros dos paquetes pasa lo mismo, estan en BioConductor y no en > CRAN: > > Biobase: > http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/Biobase.html > limma: http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/limma.html > > En esas páginas encontrarás como instalarlos (igual que GEOquery pero > cambiando el nombre al paquete correspondiente). > > Además, no se si trabajas con la versión de R 2.15.3 por un tema de > compatibilidades, pero si no es así, te recomendaría que actualizaras la > versión de R, ya que van por la 3.1.1 y así te aseguras una plena > compatibilidad con nuevos paquetes. > > Espero que te sirva, > > Un saludo > > Víctor Granda García > Ph.D. Student > Dpto. BOS, Universidad de Oviedo > > El 10 de octubre de 2014, 15:05, dolors giralt casellas < > dolors1985 en gmail.com> escribió: > > > Hola, buenas tardes, > > > > > > Hace unos dias que intento cargar unos datos de microarrays del ncbi con > > versión de R 2.15.2 de 32 bits en windows xp. > > he utilizado el siguiente codigo: > > > > library(Biobase) > > library(GEOquery) > > library(limma) > > gset <- getGEO("GSE6536", GSEMatrix =TRUE) > > > > Al hacerlo me da este error: > > > > "Error in function (type, msg, asError = TRUE) : couldn't connect to > host" > > > > Como no podía cargar los datos directamente, me descargué el archivo y al > > intentarlo cargar desde el ordenador me sale otro error: > > > > Error: cannot allocate vector of size 173.2 Mb > > > > utilizando la siguiente sintaxis: > > > > u = getGEO(file="GSE6536_series_matrix.txt.gz") > > > > Tambien intenté probar en linux, pero al instalar los 3 paquetes que > > necesito (primera vez que utilizo R en linux), con el comando > > install.packages("GEOquery") me ha salido este error para cada uno de los > > paquetes "package 'GEOquery' is not available (for version 2.15.3)" > > > > Estoy utilizando R 2.15.3 con la plataforma x86_64-pc-linux-gnu (64 > bits). > > > > Alguien me podría ayudar en alguno de estos problemas? > > > > Muchas gracias > > > > Dolors > > > > [[alternative HTML version deleted]] > > > > _______________________________________________ > > R-help-es mailing list > > R-help-es en r-project.org > > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es > > > > [[alternative HTML version deleted]] > > _______________________________________________ > R-help-es mailing list > R-help-es en r-project.org > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es >-- Daniel [[alternative HTML version deleted]]