Dear list,
I am new to this list and I am new to the world of R. Additionally I am not
very firm in statistics either but have to deal. So here is my problem:
I have a dataset (which I attach at the end of the post) with a binomial
response variable (alive or not) and three fixed factors
(trapping,treat,sex). I do have repeated measures and would like to include
one (enclosure) random factor.
I chose to use the glmer function (and tried the lmer as well).
m1<-glmer(alive~treat*sex*trapping*ID+(1|enclosure),family=binomial,data=survadult)
Both give the following error message:
Error in mer_finalize(ans) : Downdated X'X is not positive definite,
49.
Additionally: Warning:
glm.fit: fitted probabilities numerically 0 or 1 occurred
I get that there is something wrong in my dataframe, but I don`t understand
what and how I could change it.
If I run a glm without the random factor
m1<-glm(alive~treat*sex*trapping*ID,family=binomial,data=survadult)
it works out really fine, but is the wrong analysis in my opinion. (Does glm
actually consider the repeated measures? Does glmer?)
Is glmer the right function for me and how do I deal with the error I get?
Thanks for any help for a non-professional :)
Annika
trapping treat sex alive ID enclosure
trapping1 m/m f 1 400 1
trapping1 m/m f 1 401 1
trapping1 m/m f 1 402 1
trapping1 m/m m 0 403 1
trapping1 m/m m 1 404 1
trapping1 m/m m 1 405 1
trapping1 m/p f 1 406 2
trapping1 m/p f 1 407 2
trapping1 m/p f 1 408 2
trapping1 m/p m 1 409 2
trapping1 m/p m 1 410 2
trapping1 m/p m 1 411 2
trapping1 p/p f 1 412 3
trapping1 p/p f 1 413 3
trapping1 p/p f 1 414 3
trapping1 p/p m 1 415 3
trapping1 p/p m 1 416 3
trapping1 p/p m 1 417 3
trapping1 p/p f 1 418 4
trapping1 p/p f 1 419 4
trapping1 p/p f 1 420 4
trapping1 p/p m 1 421 4
trapping1 p/p m 1 422 4
trapping1 p/p m 1 423 4
trapping1 m/m f 1 424 5
trapping1 m/m f 1 425 5
trapping1 m/m f 1 426 5
trapping1 m/m m 1 427 5
trapping1 m/m m 1 428 5
trapping1 m/m m 1 429 5
trapping1 p/m f 1 430 6
trapping1 p/m f 1 431 6
trapping1 p/m f 1 432 6
trapping1 p/m m 1 433 6
trapping1 p/m m 1 434 6
trapping1 p/m m 1 435 6
trapping1 m/p f 1 436 7
trapping1 m/p f 1 437 7
trapping1 m/p f 1 438 7
trapping1 m/p m 1 439 7
trapping1 m/p m 1 440 7
trapping1 m/p m 1 441 7
trapping1 p/p f 1 442 8
trapping1 p/p f 1 443 8
trapping1 p/p f 1 444 8
trapping1 p/p m 1 445 8
trapping1 p/p m 1 446 8
trapping1 p/p m 1 447 8
trapping1 m/m f 1 448 9
trapping1 m/m f 1 449 9
trapping1 m/m f 1 450 9
trapping1 m/m m 1 451 9
trapping1 m/m m 1 452 9
trapping1 m/m m 1 453 9
trapping1 p/m f 1 454 10
trapping1 p/m f 1 455 10
trapping1 p/m f 1 456 10
trapping1 p/m m 1 457 10
trapping1 p/m m 1 458 10
trapping1 p/m m 1 459 10
trapping1 m/m f 1 460 11
trapping1 m/m f 1 461 11
trapping1 m/m f 1 462 11
trapping1 m/m m 1 463 11
trapping1 m/m m 1 464 11
trapping1 m/m m 0 465 11
trapping1 p/p f 1 466 12
trapping1 p/p f 1 467 12
trapping1 p/p f 1 468 12
trapping1 p/p m 1 469 12
trapping1 p/p m 0 470 12
trapping1 p/p m 1 471 12
trapping1 m/p f 1 472 13
trapping1 m/p f 1 473 13
trapping1 m/p f 1 474 13
trapping1 m/p m 1 475 13
trapping1 m/p m 1 476 13
trapping1 m/p m 1 477 13
trapping2 m/m f 1 478 1
trapping2 m/m f 1 479 1
trapping2 m/m f 1 480 1
trapping2 m/m m 1 481 1
trapping2 m/m m 1 482 1
trapping2 m/m m 1 483 1
trapping2 m/p f 1 484 2
trapping2 m/p f 1 485 2
trapping2 m/p f 1 486 2
trapping2 m/p m 0 487 2
trapping2 m/p m 1 488 2
trapping2 m/p m 1 489 2
trapping2 p/p f 1 490 3
trapping2 p/p f 1 491 3
trapping2 p/p f 1 492 3
trapping2 p/p m 1 493 3
trapping2 p/p m 1 494 3
trapping2 p/p m 1 495 3
trapping2 p/p f 1 496 4
trapping2 p/p f 1 497 4
trapping2 p/p f 1 498 4
trapping2 p/p m 1 499 4
trapping2 p/p m 1 500 4
trapping2 p/p m 1 501 4
trapping2 m/m f 1 502 5
trapping2 m/m f 1 503 5
trapping2 m/m f 1 504 5
trapping2 m/m m 1 505 5
trapping2 m/m m 1 506 5
trapping2 m/m m 1 507 5
trapping2 p/m f 1 508 6
trapping2 p/m f 1 509 6
trapping2 p/m f 1 510 6
trapping2 p/m m 1 511 6
trapping2 p/m m 1 512 6
trapping2 p/m m 1 513 6
trapping2 m/p f 1 514 7
trapping2 m/p f 1 515 7
trapping2 m/p f 1 516 7
trapping2 m/p m 1 517 7
trapping2 m/p m 1 518 7
trapping2 m/p m 1 519 7
trapping2 p/p f 1 520 8
trapping2 p/p f 1 521 8
trapping2 p/p f 1 522 8
trapping2 p/p m 1 523 8
trapping2 p/p m 1 524 8
trapping2 p/p m 1 525 8
trapping2 m/m f 1 526 9
trapping2 m/m f 1 527 9
trapping2 m/m f 1 528 9
trapping2 m/m m 1 529 9
trapping2 m/m m 1 530 9
trapping2 m/m m 1 531 9
trapping2 p/m f 1 532 10
trapping2 p/m f 1 533 10
trapping2 p/m f 1 534 10
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trapping2 p/m m 1 536 10
trapping2 p/m m 0 537 10
trapping2 m/m f 1 538 11
trapping2 m/m f 1 539 11
trapping2 m/m f 1 540 11
trapping2 m/m m 1 541 11
trapping2 m/m m 0 542 11
trapping2 m/m m 1 543 11
trapping2 p/p f 1 544 12
trapping2 p/p f 1 545 12
trapping2 p/p f 1 546 12
trapping2 p/p m 0 547 12
trapping2 p/p m 1 548 12
trapping2 p/p m 1 549 12
trapping2 m/p f 1 550 13
trapping2 m/p f 1 551 13
trapping2 m/p f 1 552 13
trapping2 m/p m 1 553 13
trapping2 m/p m 1 554 13
trapping2 m/p m 1 555 13
trapping3 m/m f 1 556 1
trapping3 m/m f 1 557 1
trapping3 m/m f 1 558 1
trapping3 m/m m 1 559 1
trapping3 m/m m 1 560 1
trapping3 m/m m 1 561 1
trapping3 m/p f 1 562 2
trapping3 m/p f 1 563 2
trapping3 m/p f 1 564 2
trapping3 m/p m 1 565 2
trapping3 m/p m 1 566 2
trapping3 m/p m 0 567 2
trapping3 p/p f 1 568 3
trapping3 p/p f 1 569 3
trapping3 p/p f 1 570 3
trapping3 p/p m 1 571 3
trapping3 p/p m 1 572 3
trapping3 p/p m 1 573 3
trapping3 p/p f 1 574 4
trapping3 p/p f 1 575 4
trapping3 p/p f 1 576 4
trapping3 p/p m 1 577 4
trapping3 p/p m 1 578 4
trapping3 p/p m 1 579 4
trapping3 m/m f 1 580 5
trapping3 m/m f 1 581 5
trapping3 m/m f 1 582 5
trapping3 m/m m 1 583 5
trapping3 m/m m 0 584 5
trapping3 m/m m 1 585 5
trapping3 p/m f 1 586 6
trapping3 p/m f 1 587 6
trapping3 p/m f 1 588 6
trapping3 p/m m 0 589 6
trapping3 p/m m 1 590 6
trapping3 p/m m 1 591 6
trapping3 m/p f 1 592 7
trapping3 m/p f 1 593 7
trapping3 m/p f 1 594 7
trapping3 m/p m 1 595 7
trapping3 m/p m 1 596 7
trapping3 m/p m 1 597 7
trapping3 p/p f 1 598 8
trapping3 p/p f 1 599 8
trapping3 p/p f 1 600 8
trapping3 p/p m 1 601 8
trapping3 p/p m 1 602 8
trapping3 p/p m 1 603 8
trapping3 m/m f 1 604 9
trapping3 m/m f 1 605 9
trapping3 m/m f 1 606 9
trapping3 m/m m 0 607 9
trapping3 m/m m 1 608 9
trapping3 m/m m 1 609 9
trapping3 p/m f 1 610 10
trapping3 p/m f 0 611 10
trapping3 p/m f 1 612 10
trapping3 p/m m 1 613 10
trapping3 p/m m 1 614 10
trapping3 p/m m 0 615 10
trapping3 m/m f 1 616 11
trapping3 m/m f 1 617 11
trapping3 m/m f 1 618 11
trapping3 m/m m 0 619 11
trapping3 m/m m 0 620 11
trapping3 m/m m 0 621 11
trapping3 p/p f 1 622 12
trapping3 p/p f 0 623 12
trapping3 p/p f 1 624 12
trapping3 p/p m 0 625 12
trapping3 p/p m 0 626 12
trapping3 p/p m 0 627 12
trapping3 m/p f 1 628 13
trapping3 m/p f 1 629 13
trapping3 m/p f 1 630 13
trapping3 m/p m 1 631 13
trapping3 m/p m 1 632 13
trapping3 m/p m 0 633 13
trapping4 m/m f 1 634 1
trapping4 m/m f 1 635 1
trapping4 m/m f 1 636 1
trapping4 m/m m 1 637 1
trapping4 m/m m 1 638 1
trapping4 m/m m 1 639 1
trapping4 m/p f 1 640 2
trapping4 m/p f 1 641 2
trapping4 m/p f 0 642 2
trapping4 m/p m 1 643 2
trapping4 m/p m 1 644 2
trapping4 m/p m 0 645 2
trapping4 p/p f 1 646 3
trapping4 p/p f 0 647 3
trapping4 p/p f 1 648 3
trapping4 p/p m 1 649 3
trapping4 p/p m 0 650 3
trapping4 p/p m 1 651 3
trapping4 p/p f 1 652 4
trapping4 p/p f 1 653 4
trapping4 p/p f 1 654 4
trapping4 p/p m 1 655 4
trapping4 p/p m 1 656 4
trapping4 p/p m 1 657 4
trapping4 m/m f 1 658 5
trapping4 m/m f 1 659 5
trapping4 m/m f 1 660 5
trapping4 m/m m 1 661 5
trapping4 m/m m 0 662 5
trapping4 m/m m 0 663 5
trapping4 p/m f 1 664 6
trapping4 p/m f 1 665 6
trapping4 p/m f 1 666 6
trapping4 p/m m 1 667 6
trapping4 p/m m 0 668 6
trapping4 p/m m 0 669 6
trapping4 m/p f 0 670 7
trapping4 m/p f 0 671 7
trapping4 m/p f 0 672 7
trapping4 m/p m 0 673 7
trapping4 m/p m 0 674 7
trapping4 m/p m 0 675 7
trapping4 p/p f 1 676 8
trapping4 p/p f 1 677 8
trapping4 p/p f 0 678 8
trapping4 p/p m 1 679 8
trapping4 p/p m 1 680 8
trapping4 p/p m 1 681 8
trapping4 m/m f 1 682 9
trapping4 m/m f 1 683 9
trapping4 m/m f 1 684 9
trapping4 m/m m 1 685 9
trapping4 m/m m 1 686 9
trapping4 m/m m 0 687 9
trapping4 p/m f 0 688 10
trapping4 p/m f 1 689 10
trapping4 p/m f 1 690 10
trapping4 p/m m 0 691 10
--
View this message in context:
http://r.789695.n4.nabble.com/glmer-Error-Downdated-X-X-is-not-positive-definite-49-tp3044470p3044470.html
Sent from the R help mailing list archive at Nabble.com.
Douglas Bates
2010-Nov-16 17:43 UTC
[R] glmer, Error: Downdated X'X is not positive definite,49
It is often more effective to send questions about lmer or glmer to the R-SIG-Mixed-Models at R-project.org mailing list, which I am cc:ing on this response. On Tue, Nov 16, 2010 at 3:25 AM, Annika <annika.opperbeck at jyu.fi> wrote:> > Dear list, > > I am new to this list and I am new to the world of R. Additionally I am not > very firm in statistics either but have to deal. So here is my problem: > I have a dataset (which I attach at the end of the post) with a binomial > response variable (alive or not) and three fixed factors > (trapping,treat,sex). I do have repeated measures and would like to include > one (enclosure) random factor. > I chose to use the glmer function (and tried the lmer as well). > > m1<-glmer(alive~treat*sex*trapping*ID+(1|enclosure),family=binomial,data=survadult)Is ID a factor? In the data you posted it is an integer value but I am guessing it should be a factor. If so, you can't incorporate it in the model because there is only one binary observation per level of ID. If I omit the ID in the fixed-effects part of the formula I can fit the model with glmer.> summary(m1 <- glmer(alive ~ trapping * treat * sex + (1|enclosure), trap, binomial))Generalized linear mixed model fit by maximum likelihood ['summary.mer'] Family: binomial Formula: alive ~ trapping * treat * sex + (1 | enclosure) Data: trap AIC BIC logLik deviance 213.2111 334.5440 -73.6056 147.2111 Random effects: Groups Name Variance Std.Dev. enclosure (Intercept) 1.372 1.171 Number of obs: 292, groups: enclosure, 13 Fixed effects: Estimate Std. Error z value (Intercept) 10.61897 45.92452 0.231 trappingtrapping2 0.03992 65.59766 0.001 trappingtrapping3 -0.01196 64.74665 0.000 trappingtrapping4 -0.74441 71.77010 -0.010 treatm/p -0.26605 72.78328 -0.004 treatp/m -0.18007 81.63861 -0.002 treatp/p 0.50290 64.45725 0.008 sexm -8.61299 45.92746 -0.188 trappingtrapping2:treatm/p -0.03657 103.39000 0.000 trappingtrapping3:treatm/p -0.04916 101.87680 0.000 trappingtrapping4:treatm/p -10.26432 91.32210 -0.112 trappingtrapping2:treatp/m -0.04047 115.80425 0.000 trappingtrapping3:treatp/m -8.59631 93.53334 -0.092 trappingtrapping4:treatp/m -7.92162 98.52543 -0.080 trappingtrapping2:treatp/p -0.05942 91.39839 -0.001 trappingtrapping3:treatp/p -7.83591 78.98418 -0.099 trappingtrapping4:treatp/p -9.60581 84.83662 -0.113 trappingtrapping2:sexm 0.92624 65.61333 0.014 trappingtrapping3:sexm -1.45692 64.75568 -0.022 trappingtrapping4:sexm -0.88035 71.77685 -0.012 treatm/p:sexm 8.69446 93.57164 0.093 treatp/m:sexm 8.61957 106.06371 0.081 treatp/p:sexm 0.86615 64.46538 0.013 trappingtrapping2:treatm/p:sexm -9.03327 118.95919 -0.076 trappingtrapping3:treatm/p:sexm -7.51474 117.64003 -0.064 trappingtrapping4:treatm/p:sexm 0.81873 108.62671 0.008 trappingtrapping2:treatp/m:sexm -9.51400 134.16089 -0.071 trappingtrapping3:treatp/m:sexm 0.48425 115.47998 0.004 trappingtrapping4:treatp/m:sexm -2.37780 119.56181 -0.020 trappingtrapping2:treatp/p:sexm -0.93097 91.42477 -0.010 trappingtrapping3:treatp/p:sexm 7.55060 79.00487 0.096 trappingtrapping4:treatp/p:sexm 9.47461 84.85476 0.112> Both give the following error message: > ? ? ? Error in mer_finalize(ans) : Downdated X'X is not positive definite, > 49. > ? ? ? Additionally: Warning: > ? ? ? glm.fit: fitted probabilities numerically 0 or 1 occurred > I get that there is something wrong in my dataframe, but I don`t understand > what and how I could change it. > If I run a glm without the random factor > ? ? ? m1<-glm(alive~treat*sex*trapping*ID,family=binomial,data=survadult) > it works out really fine, but is the wrong analysis in my opinion. (Does glm > actually consider the repeated measures? Does glmer?) > > Is glmer the right function for me and how do I deal with the error I get? > > Thanks for any help for a non-professional :) > > Annika > > > trapping ? ? ? ?treat ? sex ? ? alive ? ID ? ? ?enclosure > ? ? ? ?trapping1 ? ? ? m/m ? ? f ? ? ? 1 ? ? ? 400 ? ? 1 > ? ? ? ?trapping1 ? ? ? m/m ? ? f ? ? ? 1 ? ? ? 401 ? ? 1 > ? ? ? ?trapping1 ? ? ? m/m ? ? f ? ? ? 1 ? ? ? 402 ? ? 1 > ? ? ? ?trapping1 ? ? ? m/m ? ? m ? ? ? 0 ? ? ? 403 ? ? 1 > ? ? ? ?trapping1 ? ? ? m/m ? ? m ? ? ? 1 ? ? ? 404 ? ? 1 > ? ? ? ?trapping1 ? ? ? m/m ? ? m ? ? ? 1 ? ? ? 405 ? ? 1 > ? ? ? ?trapping1 ? ? ? m/p ? ? f ? ? ? 1 ? ? ? 406 ? ? 2 > ? ? ? ?trapping1 ? ? ? m/p ? ? f ? ? ? 1 ? ? ? 407 ? ? 2 > ? ? ? ?trapping1 ? ? ? m/p ? ? f ? ? ? 1 ? ? ? 408 ? ? 2 > ? ? ? ?trapping1 ? ? ? m/p ? ? m ? ? ? 1 ? ? ? 409 ? ? 2 > ? ? ? ?trapping1 ? ? ? m/p ? ? m ? ? ? 1 ? ? ? 410 ? ? 2 > ? ? ? ?trapping1 ? ? ? m/p ? ? m ? ? ? 1 ? ? ? 411 ? ? 2 > ? ? ? ?trapping1 ? ? ? p/p ? ? f ? ? ? 1 ? ? ? 412 ? ? 3 > ? ? ? ?trapping1 ? ? ? p/p ? ? f ? ? ? 1 ? ? ? 413 ? ? 3 > ? ? ? ?trapping1 ? ? ? p/p ? ? f ? ? ? 1 ? ? ? 414 ? ? 3 > ? ? ? ?trapping1 ? ? ? p/p ? ? m ? ? ? 1 ? ? ? 415 ? ? 3 > ? ? ? ?trapping1 ? ? ? p/p ? ? m ? ? ? 1 ? ? ? 416 ? ? 3 > ? ? ? ?trapping1 ? ? ? p/p ? ? m ? ? ? 1 ? ? ? 417 ? ? 3 > ? ? ? ?trapping1 ? ? ? p/p ? ? f ? ? ? 1 ? ? ? 418 ? ? 4 > ? ? ? ?trapping1 ? ? ? p/p ? ? f ? ? ? 1 ? ? ? 419 ? ? 4 > ? ? ? ?trapping1 ? ? ? p/p ? ? f ? ? ? 1 ? ? ? 420 ? ? 4 > ? ? ? ?trapping1 ? ? ? p/p ? ? m ? ? ? 1 ? ? ? 421 ? ? 4 > ? ? ? ?trapping1 ? ? ? p/p ? ? m ? ? ? 1 ? ? ? 422 ? ? 4 > ? ? ? ?trapping1 ? ? ? p/p ? ? m ? ? ? 1 ? ? ? 423 ? ? 4 > ? ? ? ?trapping1 ? ? ? m/m ? ? f ? ? ? 1 ? ? ? 424 ? ? 5 > ? ? ? ?trapping1 ? ? ? m/m ? ? f ? ? ? 1 ? ? ? 425 ? ? 5 > ? ? ? ?trapping1 ? ? ? m/m ? ? f ? ? ? 1 ? ? ? 426 ? ? 5 > ? ? ? ?trapping1 ? ? ? m/m ? ? m ? ? ? 1 ? ? ? 427 ? ? 5 > ? ? ? ?trapping1 ? ? ? m/m ? ? m ? ? ? 1 ? ? ? 428 ? ? 5 > ? ? ? ?trapping1 ? ? ? m/m ? ? m ? ? ? 1 ? ? ? 429 ? ? 5 > ? ? ? ?trapping1 ? ? ? p/m ? ? f ? ? ? 1 ? ? ? 430 ? ? 6 > ? ? ? ?trapping1 ? ? ? p/m ? ? f ? ? ? 1 ? ? ? 431 ? ? 6 > ? ? ? ?trapping1 ? ? ? p/m ? ? f ? ? ? 1 ? ? ? 432 ? ? 6 > ? ? ? ?trapping1 ? ? ? p/m ? ? m ? 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