search for: genéticos

Hola a todos, me gustaría realizar una consulta asociada a la generación de valores genéticos del pedigreemm en R. Primero generé el archivo de pedigree incluyendo los parentales para posteriormente estimar la varianza aditiva y los valores genéticos para cada individuo, relacionando los individuos por medio de la matriz de parentesco. Me da todo perfecto, el...

...Pero antes la intención es dividir mi base de datos en 3 partes y quisiera que todos los efectos incluidos en el estudio y cada uno de sus niveles, estén lo más equitativamente representados en los tres subconjuntos. Mis efectos son año (32 niveles), sexo (3 niveles), edad (2 niveles) y efecto genético animal (5561 niveles). ¿Existe alguna forma de realizar una partición al azar de mi base de datos en 3 partes pero que a su vez estén representados todos los efectos y sus niveles de forma representativa en los 3 subconjuntos? Desde ya muchas gracias. Saludos, Rodrigo. [[alternative HTML...

Hola a todos, Simplemente comentar que me tengo encontrado con muchos problemas de optimización. Mi recomendación general, en el caso multidimensional y si el tiempo de computación es importante, sería buscar un algoritmo diseñado para el tipo de problema (evitar los algoritmos más generales tipo optim si puede haber problemas de mínimos locales). Algunos casos que tengo resuelto con R incluirían programación...

Hola a todos, Llevo unos días buscando en Internet alguna librería de R que me permita el cálculo de NURBS a partir de ficheros de texto con coordenadas X Y Z de puntos. No he encontrado nada que me convenza y finalmente, hoy, he empezado a trabajar este asunto en MATLAB (la última vez que había usado este programa fue en 1999). ¿Alguno de vosotros ha trabajado en R? ¿Podríais hacerme alguna

Alguien tiene experiencia en escribir una pdMat. Para aquellos que no lo recuerden son las matrices de covarianzas de los efectos aleatorios que ajusta la función lme de la librería nlme Estas matrices tiene especial importancia en aplicaciones de genética de poblaciones y en particular en mapeo de asociación. Pinheiro y Bates dicen que el usuario puede crear sus propias pdMat y sugiere como ejemplo ver una pdDiag, pero cuando abro una pdDiag veo un código tan sintético que me resulta imposible imarginar como armar algo a paritir de alli. Si hay...

Hola, Por si os interesa asistir y podéis asistir: http://madrid.r-es.org/35-jueves-12-de-mayo-2016/ Gracias, Carlos Ortega www.qualityexcellence.es [[alternative HTML version deleted]]

Estimados Reailizo una pregunta general, casi desconociendo. Se me ocurrió explorar lo siguiente: hay ejemplos de programación lineal o utilizando la herramienta solver de excel, donde se realizan algunos cálculos, lo más sencillo de comprender y documentado (todos lados) es una cantidad de productos, un costo de compra, un costo...

Buenas, estaba siguiendo el hilo de Informes Periódicos en R de Jesus Herranz y me surgió una duda. Actualmente estoy tratando de usar markdown para todo así cualquier cosa que haga me queda presentable para informar o presentar en algún lugar. En general estoy usando html y o pdf principalmente porque cuando trato de compilar en word la verdad que queda bastante feíto. Alguién sabe, o puede indicarme un enlace que indique, como agregar y cambiar los temas para word? Saludos DMTV Fernando Macedo Ayudante del área Mejoramiento Genético Faculta...

Hola, mi pregunta es la siguiente: Tengo un modelo genético aditivo, donde los individuos estan emparentados. Quiero que la matriz de parentesco sea la matriz de coeficientes de las correlaciones entre genotipos. En SAS, con PROC MIxed podia agregarla como un archivo y usarla en la sentencia random...No encuentro como hacerlo en R, alguna idea?? En re...

Buen día a todos, Alguien conoce si existe la manera de determinar cuellos de botella pasados o actuales en poblaciones naturales remanentes con información genética (microsatélites) en R. Gracias por su valiosa ayuda de antemano. Saludos, Diego ________________ Diego P. Vélez Mora Departamento de Ciencias Biológicas UNIVERSIDAD TÉCNICA PARTICULAR DE LOJA San Cayetano Alto s/n Loja, Ecuador Tel: (593-7) 370 1444 Extensión: 3030 [UTPL] NOTA DE DESCARGO:...

...ways used lme4 (Mass or glmmML) with binomial data but never nlme! Can anyone help me? There is other options in R ?   Thanks a lot! Best regards!   Filipe Carvalho   Filipe Carvalho, MSc, PhD student. Unidade de Biologia da Conservação (UBC) e Centro de Investigação em Biodiversidade e Recursos Genéticos (CIBIO), Universidade de Évora, Casa Cordovil, 2º Andar, Rua Dr. Joaquim Henrique da Fonseca, 7000-890 Évora, (PORTUGAL) Telefone: + 351266759350 Filipe Carvalho, MSc, PhD student. Conservation Biology Unit (UBC) and Research Center in Biodiversity and Genetic Resources (CIBIO), Universi...

...o create a grouping variable that can disentangle the parts…? Should I have to change the random effect part…?   Anyone can help me?   Best regards!   Filipe Carvalho   Filipe Carvalho, MSc, PhD student. Unidade de Biologia da Conservação (UBC) e Centro de Investigação em Biodiversidade e Recursos Genéticos (CIBIO), Universidade de Évora, Casa Cordovil, 2º Andar, Rua Dr. Joaquim Henrique da Fonseca, 7000-890 Évora, (PORTUGAL) Telefone: + 351266759350 Filipe Carvalho, MSc, PhD student. Conservation Biology Unit (UBC) and Research Center in Biodiversity and Genetic Resources (CIBIO), Universi...

Hola a todos Me gustaría saber si me pueden ayudar con lo siguiente. Realicé un Boxplot usando ggplot2 para visualizar el comportamiento de dos variables. Visualmente no se notan las diferencias porque la gráfica de la derecha (parásitos en el abdomen) llega hasta 20 en el eje y. ¿Cómo puedo hacer para que las dos gráficas muestren la misma escala en el eje Y, es decir, que las dos lleguen a 60?

Estimado Jesús Para Fernández En teoría es ese material, lo vi muy rápido y en la parte genética tiene cosas que biológicamente no son así, hay un libro de Falconer, Introducción a la genética cuantitativa, que tiene escrita la parte matemática, hay un abismo entre la biología y los ingenieros que se inspiran en la biología. Yo pensaba en la resolución de un problema real, aunque relativ...

Estimados, he estado mirando en la internet si es posible programar con R una interfaz grafica para pedir el ingreso de datos por ejemplo, pero invariablemente obtengo paginas que hablan de interfaces graficas (rkward, rstudio, r-commander, etc) para R o de las librerias para hacer graficos (ggpolt, lattice, etc) ... alguien me puede orientar donde buscar o si estas existen ? Saludos y

Estimado Gemma Ruiz Olalla De curioso miré una búsqueda en internet, y se la comparto, de esta observe la página 8 http://adegenet.r-forge.r-project.org/files/tutorial-basics.pdf Estoy de acuerdo con Jorge y Carlos, pero por las dudas, es solo una codificación, yo sin mirar más no interpretaría que el heterocigota tiene un "peso" de 0.5, porque si hay sobredominancia, dominancia, etc ..., aunque desconozco el caso...

Hola. Hoy me he topado con esta web https://ropensci.org/ y he visto algunos paquetes interesantes (sobre todo alguno que no está en CRAN)... https://ropensci.org/packages Valgan como ejemplos los packages "rebi" o "cartographer" https://github.com/ropensci/rebi https://github.com/ropensci/cartographer Pd.- Está en inglés pero creo que es de utilidad para la lista (ahora es

Hola! Necesito reinstalar ubuntu, con lo cual R se actualizará a 2.13.3 (es la última version, verdad?) y me gustaría saber si hay alguna forma de conservar los paquetes que ya tengo instalados en R.? Muchas gracias!! Milagros [[alternative HTML version deleted]]