R help es - Jun 2018 - ¿Cómo puedo determinar cuellos de botella con información genética de poblaciones remanentes en R?

Buen día a todos,

Alguien conoce si existe la manera de determinar cuellos de botella pasados o
actuales en poblaciones naturales remanentes con información genética
(microsatélites) en R. Gracias por su valiosa ayuda de antemano.

Saludos,
Diego

________________
Diego P. Vélez Mora
Departamento de Ciencias Biológicas
UNIVERSIDAD TÉCNICA PARTICULAR DE LOJA
San Cayetano Alto s/n
Loja, Ecuador
Tel: (593-7) 370 1444
Extensión: 3030


[UTPL]
NOTA DE DESCARGO:

?El contenido de este correo electrónico y/o sus anexos son de carácter
confidencial y para uso exclusivo de la persona natural o jurídica a quien se
dirige. Si usted no es el destinatario de esta transmisión electrónica, por
favor, reenvíelo de inmediato al emisor y elimine el correo y sus anexos.
Cualquier uso, reproducción, distribución, copia, o cualquier otra acción
respecto del mismo deberá realizarse previa autorización de la UTPL. Este correo
debe ser utilizado únicamente para fines académicos y/o administrativos de la
UTPL, por lo que la universidad no es responsable de las opiniones, criterios o
información que consten en este correo y que no esté relacionado con las
actividades propias de la institución?.


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Estimado Diego Mora

¿Puede especificar que es cuello de botella?, por ejemplo, por estos lados
suele utilizarse ese término cuándo la información es mucha y algo en el
proceso o red frena todo, pero ese freno es porque está trabajando a su
máxima capacidad. ¿O usted dice cuello de botella como término científico
genético?

Javier Rubén Marcuzzi

El jue., 7 jun. 2018 a las 18:19, DIEGO PAUL VELEZ MORA (<
dpvelez en utpl.edu.ec>) escribió:
> Buen día a todos,
>
> Alguien conoce si existe la manera de determinar cuellos de botella
> pasados o actuales en poblaciones naturales remanentes con información
> genética (microsatélites) en R. Gracias por su valiosa ayuda de antemano.
>
> Saludos,
> Diego
>
> ________________
> Diego P. Vélez Mora
> Departamento de Ciencias Biológicas
> UNIVERSIDAD TÉCNICA PARTICULAR DE LOJA
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> por favor, reenvíelo de inmediato al emisor y elimine el correo y sus
> anexos. Cualquier uso, reproducción, distribución, copia, o cualquier otra
> acción respecto del mismo deberá realizarse previa autorización de la UTPL.
> Este correo debe ser utilizado únicamente para fines académicos y/o
> administrativos de la UTPL, por lo que la universidad no es responsable de
> las opiniones, criterios o información que consten en este correo y que no
> esté relacionado con las actividades propias de la institución?.
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Se ha borrado un adjunto en formato HTML...
URL:
<https://stat.ethz.ch/pipermail/r-help-es/attachments/20180607/12260c59/attachment-0001.html>

Hola a todos
No es mi campo, pero estos dos paquetes pueden ser de utilidad
https://grunwaldlab.github.io/Population_Genetics_in_R/Introduction.html
https://cran.r-project.org/web/packages/PopGenKit/PopGenKit.pdf
Saludos
?

2018-06-07 23:30 GMT+02:00 eric <ericconchamunoz en gmail.com>:
> Hola Diego, no se la respuesta a tu pregunta especifica, pero si se que
> hay una linea de desarrollo en R para tratar con muchos tipos de datos del
> area biologica, como datos de citometria, QPCR y esas cosas. Se llama
> BIOCONDUCTOR, su web es www.bioconductor.org. De su pagina saco lo
> siguiente:
>
> Bioconductor provides tools for the analysis and comprehension of
> high-throughput genomic data. Bioconductor uses the R statistical
> programming language, and is open source and open development. It has two
> releases each year, 1560 software packages
>
<https://www.bioconductor.org/packages/release/BiocViews.html#___Software>,
> and an active user community. Bioconductor is also available as an AMI
> <https://www.bioconductor.org/help/bioconductor-cloud-ami/> (Amazon
> Machine Image) and a series of Docker
> <https://www.bioconductor.org/help/docker/> images.
>
> Pienso que ese proyecto te puede proporcionar herramientas de software
> para hacer lo que necesitas.
>
> Saludos,
>
> Eric.
>
>
>
> On 06/07/2018 05:19 PM, DIEGO PAUL VELEZ MORA wrote:
>
> Buen día a todos,
>
> Alguien conoce si existe la manera de determinar cuellos de botella pasados
o actuales en poblaciones naturales remanentes con información genética
(microsatélites) en R. Gracias por su valiosa ayuda de antemano.
>
> Saludos,
> Diego
>
> ________________
> Diego P. Vélez Mora
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confidencial y para uso exclusivo de la persona natural o jurídica a quien se
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favor, reenvíelo de inmediato al emisor y elimine el correo y sus anexos.
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respecto del mismo deberá realizarse previa autorización de la UTPL. Este correo
debe ser utilizado únicamente para fines académicos y/o administrativos de la
UTPL, por lo que la universidad no es responsable de las opiniones, criterios o
información que consten en este correo y que no esté relacionado con las
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r-project.orghttps://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
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> Nota: Las tildes se han omitido para asegurar compatibilidad con algunos
lectores de correo.
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Estimado Diego Mora

Un libro que tiene sobre deriva genética que se da cuándo la población
disminuye, es Introducción a la Genética Cuantitativa, aunque lo de
introducción al lado de otros libros debería decir compendio. R tiene
varios aportes en genética cuantitativa, lógicamente hay muchos con SNP y
microsatélites, incluso planteos sobre "cuál usar".

Desconozco sus datos o que busca realmente, pero podría haber algo de
regresión de cox, el de sobrevida, y algo de algoritmo genético donde hay
lo que conocemos desde la genética ADN y no genética informática, pero la
genética informática en los algoritmos permite colocar parámetros de "tasas
- mutación", estos podrían ser los que algo tipo regresión de cox, lo que
podría alimentar un algoritmo genético en R, entrando en un círculo donde
los parámetros se calculan muchas veces hasta llegar a una propuesta
aceptada.

Lo que usted busca no me resulta un problema extraño, casi seguro que en R
hay algo, pero habría que tener cuidado, no recuerdo exactamente las
fórmulas matemáticas que tiene Falconer en el libro que cite, pero si
recuerdo que cambian, por lo que un algoritmo en R en genética de las
poblaciones puede ser incorrecto cuándo se da la deriva genética que puede
provocar un cuello de botella e térmicos biológicos. En otras palabras la
genética de poblaciones con sus formulas clásicas no se puede aplicar
cuándo hay deriva genética, habría que leerlo muy bien para no confundirse.

Por otro lado sería bueno que aclare a que se refiere por cuello de
botella, en genética puede ser un cuello de botella informático, los dos
son posibles, biológico como de cómputo.

Javier Rubén Marcuzzi

El jue., 7 jun. 2018 a las 18:37, eric (<ericconchamunoz en gmail.com>)
escribió:
> Hola Diego, no se la respuesta a tu pregunta especifica, pero si se que
> hay una linea de desarrollo en R para tratar con muchos tipos de datos del
> area biologica, como datos de citometria, QPCR y esas cosas. Se llama
> BIOCONDUCTOR, su web es www.bioconductor.org. De su pagina saco lo
> siguiente:
>
> Bioconductor provides tools for the analysis and comprehension of
> high-throughput genomic data. Bioconductor uses the R statistical
> programming language, and is open source and open development. It has two
> releases each year, 1560 software packages
>
<https://www.bioconductor.org/packages/release/BiocViews.html#___Software>,
> and an active user community. Bioconductor is also available as an AMI
> <https://www.bioconductor.org/help/bioconductor-cloud-ami/> (Amazon
> Machine Image) and a series of Docker
> <https://www.bioconductor.org/help/docker/> images.
>
> Pienso que ese proyecto te puede proporcionar herramientas de software
> para hacer lo que necesitas.
>
> Saludos,
>
> Eric.
>
>
>
> On 06/07/2018 05:19 PM, DIEGO PAUL VELEZ MORA wrote:
>
> Buen día a todos,
>
> Alguien conoce si existe la manera de determinar cuellos de botella pasados
o actuales en poblaciones naturales remanentes con información genética
(microsatélites) en R. Gracias por su valiosa ayuda de antemano.
>
> Saludos,
> Diego
>
> ________________
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>
> ?El contenido de este correo electrónico y/o sus anexos son de carácter
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favor, reenvíelo de inmediato al emisor y elimine el correo y sus anexos.
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