Teresa Boca
2009-Aug-12 15:03 UTC
[R-es] Como imponer una matriz de correlaciones en un modelo mixto?
Hola, mi pregunta es la siguiente: Tengo un modelo genético aditivo, donde los individuos estan emparentados. Quiero que la matriz de parentesco sea la matriz de coeficientes de las correlaciones entre genotipos. En SAS, con PROC MIxed podia agregarla como un archivo y usarla en la sentencia random...No encuentro como hacerlo en R, alguna idea?? En resumen, puedo imponerle a los efectos aleatorios la matriz de correlaciones? ¿Cómo lo hago? Desde ya cualquier sugerencia será agradecida!! Cariños Teresa El 23 de julio de 2009 07:26, eduardo san miguel <eduardosanmi@gmail.com>escribió:> Hola, > > Una posibilidad (por mi no explorada) seria utilizar la libreria Twill de > python desde R. > > http://twill.idyll.org/ > "Twill is a simple language that allows users to browse the Web from a > command-line interface. With twill, you can navigate through Web sites that > use forms, cookies, and most standard Web features." > (Twill es un lenguaje sencillo que permite navegar por la Web desde linea > de > comandos. Con Twill puedes rellenar formularios, manejar cookies, etc ...) > > Un cordial saludo > > [[alternative HTML version deleted]] > > _______________________________________________ > R-help-es mailing list > R-help-es@r-project.org > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es >-- Ing. Agr. M.Sc.Teresa Boca Instituto de Clima y Agua INTA Castelar. Las Cabañas y Los Reseros s/n° 1712 Castelar Pcia de Buenos Aires, Argentina Cel: 01115-3572-9584 Tel: (54-11)-4621-0125/1684 Fax:(54-11)-4621-5663 tboca@cnia.inta.gov.ar [[alternative HTML version deleted]]
Gabriela Cendoya
2009-Aug-12 16:31 UTC
[R-es] Como imponer una matriz de correlaciones en un modelo mixto?
Hola Teresa:
yo no he tratado de hacerlo pero tengo una consulta para
dentro de una semana donde creo que es eso exactamente lo que tendré que
hacer, y pensaba intentarlo vía la función lme (del paquete nlme) que en el
argumento "correlation" te permite generar tu propia estructura de
correlación, y dejar algunos parámetros fijos en el proceso de iterativo de
estimación, pero no creo que sea una tarea sencilla, si alguien tiene una
mejor propuesta ... yo también estoy muy interesada en escucharla....
Gabriela
----- Original Message -----
From: "Teresa Boca" <tboca en cnia.inta.gov.ar>
To: <r-help-es en r-project.org>
Sent: Wednesday, August 12, 2009 12:03 PM
Subject: [R-es] Como imponer una matriz de correlaciones en un modelo mixto?
Hola, mi pregunta es la siguiente:
Tengo un modelo genético aditivo, donde los individuos estan emparentados.
Quiero que la matriz de parentesco sea la matriz de coeficientes de las
correlaciones entre genotipos. En SAS, con PROC MIxed podia agregarla como
un archivo y usarla en la sentencia random...No encuentro como hacerlo en R,
alguna idea??
En resumen, puedo imponerle a los efectos aleatorios la matriz de
correlaciones? ¿Cómo lo hago?
Desde ya cualquier sugerencia será agradecida!!
Cariños
Teresa
El 23 de julio de 2009 07:26, eduardo san miguel
<eduardosanmi en gmail.com>escribió:
> Hola,
>
> Una posibilidad (por mi no explorada) seria utilizar la libreria Twill de
> python desde R.
>
> http://twill.idyll.org/
> "Twill is a simple language that allows users to browse the Web from a
> command-line interface. With twill, you can navigate through Web sites
> that
> use forms, cookies, and most standard Web features."
> (Twill es un lenguaje sencillo que permite navegar por la Web desde linea
> de
> comandos. Con Twill puedes rellenar formularios, manejar cookies, etc ...)
>
> Un cordial saludo
>
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Ing. Agr. M.Sc.Teresa Boca
Instituto de Clima y Agua INTA Castelar.
Las Cabañas y Los Reseros s/n°
1712 Castelar Pcia de Buenos Aires, Argentina
Cel: 01115-3572-9584
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tboca en cnia.inta.gov.ar
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Gabriela Cendoya
2009-Aug-12 17:46 UTC
[R-es] Como imponer una matriz de correlaciones en un modelomixto?
Hola Tere:
yo de nuevo...
probé un ejemplo muy sencillo:
dat <- data.frame(Animal=LETTERS[1:4],y=rnorm(4))
corSymm(c(0.5,0,0.25,0.5,0.25,0.25),form=~1,fixed=TRUE)-> parentesco
Initialize(parentesco, dat) -> mp
mp
Correlation structure of class corSymm representing
Correlation:
1 2 3
2 0.50
3 0.00 0.50
4 0.25 0.25 0.25
es decir la matriz de correlaciones genéticas entre los 4 individuos sería:
> round(corMatrix(mp),2)
[,1] [,2] [,3] [,4]
[1,] 1.00 0.50 0.00 0.25
[2,] 0.50 1.00 0.50 0.25
[3,] 0.00 0.50 1.00 0.25
[4,] 0.25 0.25 0.25 1.00
summary(gls(y~1,correlation=mp,data=dat)
parece que tomo la matriz adecuada, de todos modos me falta chequear mucho
si es esto lo que queremos o no:
pero por ahí con este puntapié vos podes seguir....
GABY
----- Original Message -----
From: "Gabriela Cendoya" <gcendoya en balcarce.inta.gov.ar>
To: "Teresa Boca" <tboca en cnia.inta.gov.ar>
Cc: <r-help-es en r-project.org>
Sent: Wednesday, August 12, 2009 1:31 PM
Subject: Re: [R-es] Como imponer una matriz de correlaciones en un
modelomixto?
Hola Teresa:
yo no he tratado de hacerlo pero tengo una consulta para
dentro de una semana donde creo que es eso exactamente lo que tendré que
hacer, y pensaba intentarlo vía la función lme (del paquete nlme) que en el
argumento "correlation" te permite generar tu propia estructura de
correlación, y dejar algunos parámetros fijos en el proceso de iterativo de
estimación, pero no creo que sea una tarea sencilla, si alguien tiene una
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Gabriela
----- Original Message -----
From: "Teresa Boca" <tboca en cnia.inta.gov.ar>
To: <r-help-es en r-project.org>
Sent: Wednesday, August 12, 2009 12:03 PM
Subject: [R-es] Como imponer una matriz de correlaciones en un modelo mixto?
Hola, mi pregunta es la siguiente:
Tengo un modelo genético aditivo, donde los individuos estan emparentados.
Quiero que la matriz de parentesco sea la matriz de coeficientes de las
correlaciones entre genotipos. En SAS, con PROC MIxed podia agregarla como
un archivo y usarla en la sentencia random...No encuentro como hacerlo en R,
alguna idea??
En resumen, puedo imponerle a los efectos aleatorios la matriz de
correlaciones? ¿Cómo lo hago?
Desde ya cualquier sugerencia será agradecida!!
Cariños
Teresa
El 23 de julio de 2009 07:26, eduardo san miguel
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> Hola,
>
> Una posibilidad (por mi no explorada) seria utilizar la libreria Twill de
> python desde R.
>
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> "Twill is a simple language that allows users to browse the Web from a
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> (Twill es un lenguaje sencillo que permite navegar por la Web desde linea
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>
> Un cordial saludo
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