Hola, @javier, me gustaría no tener que hacer nada de forma manual, ni por fuera de r, rstudio. Es decir, el típico comando de linux que me convierta de xls a csv prefiero no usarlo. Me gustaría hacerlo todo desde R. @jorge -> Con RODBC me salta -> Error: could not find function "odbcConnectExcel" Lo que creo que es inevitable en Ubuntu <http://stackoverflow.com/questions/3426523/odbcconnectexcel-function-from-rodbc-package-for-r-not-found-on-ubuntu> Con gdata -> Unable to open file '/home/miguelfg/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1/gdata/xls/madrid.xls'.Error in xls2sep(xls, sheet, verbose = verbose, ..., method = method, : Intermediate file '/tmp/RtmpHRuknw/filefed757fcc67.csv' missing!In addition: Warning message:running command ''/usr/bin/perl' Con XLConnect -> Error : package ?rJava? was built before R 3.0.0: please re-install itERROR: lazy loading failed for package ?XLConnectJars?* removing ?/home/miguelfg/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1/XLConnectJars?Warning in install.packages : installation of package ?XLConnectJars? had non-zero exit statusERROR: dependency ?XLConnectJars? is not available for package ?XLConnect?* removing ?/home/miguelfg/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1/XLConnect?Warning in install.packages : installation of package ?XLConnect? had non-zero exit status Con xlsReadWrite -> me dice que no está disponible para R 3.1.1 Con xlsx -> Error : package ?rJava? was built before R 3.0.0: please re-install itERROR: lazy loading failed for package ?xlsxjars?* removing ?/home/miguelfg/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1/xlsxjars?Warning in install.packages : installation of package ?xlsxjars? had non-zero exit statusERROR: dependency ?xlsxjars? is not available for package ?xlsx?* removing ?/home/miguelfg/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1/xlsx?Warning in install.packages : installation of package ?xlsx? had non-zero exit status ================================= Viendo que el problema parecía java + rJava, busqué y ejecuté -> sudo R CMD javareconf -e Pero parece que no termina bien -> conftest.c:1:17: fatal error: jni.h: No such file or directory compilation terminated. make: *** [conftest.o] Error 1 Unable to compile a JNI program El 15 de agosto de 2014, 2:23, Jorge I Velez <jorgeivanvelez en gmail.com> escribió:> Hola Miguel, > > A que te refieres con "y nada"? Obtienes algun error? Algun mensaje? > Has probado con scan() y/o readLines()? > > Saludos, > Jorge.- > > > > 2014-08-15 7:38 GMT+10:00 Miguel Fiandor Gutiérrez < > miguel.fiandor.gutierrez en gmail.com>: > >> Hola, >> >> Pensé que esto iba a ser trivial en R, pero me estoy encontrado muchos con >> mi problema en internet, y que las soluciones ofrecidas no terminan de >> funcionar. >> >> Estoy intentando leer un fichero .xls en ubuntu con los siguientes >> paquetes >> y nada: >> >> require(RODBC) >> conn = odbcConnectExcel("madrid.xls") # open a connection to the Excel >> file >> sqlTables(conn)$TABLE_NAME # show all sheets >> df = sqlFetch(conn, "Sheet1") # read a sheet >> df = sqlQuery(conn, "select * from [Sheet1 $]") # read a sheet >> (alternative >> SQL sintax) >> close(conn) # close the connection to the file >> >> require(gdata) >> xlsfile <- file.path(path.package('gdata'),'xls','madrid.xls') >> df = read.xls (xlsfile) >> df = read.xls (xlsfile, sheet = 1, header = TRUE) >> df = read.xls ("madrid.xls", sheet = 1, header = TRUE) >> df = read.xls ("madrid.xls") >> >> require(xlsx) >> read.xlsx("madrid.xls", sheetName = "Sheet1") >> >> library(XLConnect) >> wk = loadWorkbook("madrid.xls") >> df = readWorksheet(wk, sheet="Sheet1") >> >> -- >> >> también he probado directamente read.table ya que el fichero es tipo xml >> por dentro: >> df = read.table("madrid.xls", header = TRUE) >> >> >> -- ejemplo del fichero: >> $ head -c 500 madrid.xls >> <table border="1"><tr><th bgcolor="#FFB18C">Nombre de la >> instalacion</th><th bgcolor="#FFB18C">Municipio de la instalacion</th><th >> bgcolor="#FFB18C">Provincia de la instalacion</th><th >> bgcolor="#FFB18C">Clave del registro</th><th bgcolor="#FFB18C">Codigo >> registro autonomico definitivo</th><th bgcolor="#FFB18C">Potencia nominal >> de la fase (kW)</th><th bgcolor="#FFB18C">Grupo Normativo</th><th >> bgcolor="#FFB18C">Tipo de Inscripcion</th></tr><tr><td>PERGOLA >> FOTOVOLTAICA >> JARDINES COMPLEJO DE MONCLOA >> ... >> >> >> Gracias de antemano. >> >> Por cierto, aprovecho que lanzo la pregunta es para una aplicación Shiny, >> alguna recomendación de como leer esta info solo una vez al arrancar el >> servidor? >> >> >> Miguel >> >> [[alternative HTML version deleted]] >> >> _______________________________________________ >> R-help-es mailing list >> R-help-es en r-project.org >> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es >> > >[[alternative HTML version deleted]]
Hola Miguel,
Me queda claro lo de RODBC. Lo que no entiendo muy bien es por que usas
file.path(path.package('gdata'),'xls','madrid.xls')
cuando usas gdata. Tus datos estan en la carpeta donde se encuentra en
paquete? O estan en otro lugar? Comenzaria revisando el path al archivo y
escribiendo
datos <- read.xls("/path/al/archivo/madrid.xls", sheet = 1, header
= TRUE)
head(datos)
Que version de R tienes? Has intentado reinstalando rJava desde sources()?
install.packages('rJava', type = 'source')
require('rJava')
require('xlsx')
Las otras opciones, como mencione en mi mensaje anterior, es usar scan() y
readLines().
Saludos,
Jorge.-
2014-08-15 17:29 GMT+10:00 Miguel Fiandor Gutiérrez <
miguel.fiandor.gutierrez en gmail.com>:
> Hola,
>
> @javier, me gustaría no tener que hacer nada de forma manual, ni por fuera
> de r, rstudio. Es decir, el típico comando de linux que me convierta de xls
> a csv prefiero no usarlo. Me gustaría hacerlo todo desde R.
>
> @jorge ->
>
> Con RODBC me salta ->
>
> Error: could not find function "odbcConnectExcel"
>
> Lo que creo que es inevitable en Ubuntu
>
<http://stackoverflow.com/questions/3426523/odbcconnectexcel-function-from-rodbc-package-for-r-not-found-on-ubuntu>
> Con gdata ->
>
> Unable to open file
'/home/miguelfg/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1/gdata/xls/madrid.xls'.Error
in xls2sep(xls, sheet, verbose = verbose, ..., method = method, :
> Intermediate file '/tmp/RtmpHRuknw/filefed757fcc67.csv'
missing!In addition: Warning message:running command
''/usr/bin/perl'
>
> Con XLConnect ->
>
> Error : package 'rJava' was built before R 3.0.0: please re-install
itERROR: lazy loading failed for package 'XLConnectJars'* removing
'/home/miguelfg/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1/XLConnectJars'Warning
in install.packages :
> installation of package 'XLConnectJars' had non-zero exit
statusERROR: dependency 'XLConnectJars' is not available for package
'XLConnect'* removing
'/home/miguelfg/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1/XLConnect'Warning in
install.packages :
> installation of package 'XLConnect' had non-zero exit status
>
> Con xlsReadWrite -> me dice que no está disponible para R 3.1.1 Con xlsx
> ->
>
> Error : package 'rJava' was built before R 3.0.0: please re-install
itERROR: lazy loading failed for package 'xlsxjars'* removing
'/home/miguelfg/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1/xlsxjars'Warning in
install.packages :
> installation of package 'xlsxjars' had non-zero exit statusERROR:
dependency 'xlsxjars' is not available for package 'xlsx'*
removing '/home/miguelfg/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1/xlsx'Warning
in install.packages :
> installation of package 'xlsx' had non-zero exit status
>
> ================================= Viendo que el problema parecía java +
> rJava, busqué y ejecuté -> sudo R CMD javareconf -e Pero parece que no
> termina bien -> conftest.c:1:17: fatal error: jni.h: No such file or
> directory compilation terminated. make: *** [conftest.o] Error 1 Unable to
> compile a JNI program
>
>
> El 15 de agosto de 2014, 2:23, Jorge I Velez <jorgeivanvelez en
gmail.com>
> escribió:
>
> Hola Miguel,
>>
>> A que te refieres con "y nada"? Obtienes algun error? Algun
mensaje?
>> Has probado con scan() y/o readLines()?
>>
>> Saludos,
>> Jorge.-
>>
>>
>>
>> 2014-08-15 7:38 GMT+10:00 Miguel Fiandor Gutiérrez <
>> miguel.fiandor.gutierrez en gmail.com>:
>>
>>> Hola,
>>>
>>> Pensé que esto iba a ser trivial en R, pero me estoy encontrado
muchos
>>> con
>>> mi problema en internet, y que las soluciones ofrecidas no terminan
de
>>> funcionar.
>>>
>>> Estoy intentando leer un fichero .xls en ubuntu con los siguientes
>>> paquetes
>>> y nada:
>>>
>>> require(RODBC)
>>> conn = odbcConnectExcel("madrid.xls") # open a connection
to the Excel
>>> file
>>> sqlTables(conn)$TABLE_NAME # show all sheets
>>> df = sqlFetch(conn, "Sheet1") # read a sheet
>>> df = sqlQuery(conn, "select * from [Sheet1 $]") # read a
sheet
>>> (alternative
>>> SQL sintax)
>>> close(conn) # close the connection to the file
>>>
>>> require(gdata)
>>> xlsfile <-
file.path(path.package('gdata'),'xls','madrid.xls')
>>> df = read.xls (xlsfile)
>>> df = read.xls (xlsfile, sheet = 1, header = TRUE)
>>> df = read.xls ("madrid.xls", sheet = 1, header = TRUE)
>>> df = read.xls ("madrid.xls")
>>>
>>> require(xlsx)
>>> read.xlsx("madrid.xls", sheetName = "Sheet1")
>>>
>>> library(XLConnect)
>>> wk = loadWorkbook("madrid.xls")
>>> df = readWorksheet(wk, sheet="Sheet1")
>>>
>>> --
>>>
>>> también he probado directamente read.table ya que el fichero es
tipo xml
>>> por dentro:
>>> df = read.table("madrid.xls", header = TRUE)
>>>
>>>
>>> -- ejemplo del fichero:
>>> $ head -c 500 madrid.xls
>>> <table border="1"><tr><th
bgcolor="#FFB18C">Nombre de la
>>> instalacion</th><th
bgcolor="#FFB18C">Municipio de la instalacion</th><th
>>> bgcolor="#FFB18C">Provincia de la
instalacion</th><th
>>> bgcolor="#FFB18C">Clave del registro</th><th
bgcolor="#FFB18C">Codigo
>>> registro autonomico definitivo</th><th
bgcolor="#FFB18C">Potencia nominal
>>> de la fase (kW)</th><th
bgcolor="#FFB18C">Grupo Normativo</th><th
>>> bgcolor="#FFB18C">Tipo de
Inscripcion</th></tr><tr><td>PERGOLA
>>> FOTOVOLTAICA
>>> JARDINES COMPLEJO DE MONCLOA
>>> ...
>>>
>>>
>>> Gracias de antemano.
>>>
>>> Por cierto, aprovecho que lanzo la pregunta es para una aplicación
Shiny,
>>> alguna recomendación de como leer esta info solo una vez al
arrancar el
>>> servidor?
>>>
>>>
>>> Miguel
>>>
>>> [[alternative HTML version deleted]]
>>>
>>> _______________________________________________
>>> R-help-es mailing list
>>> R-help-es en r-project.org
>>> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
>>>
>>
>>
>
[[alternative HTML version deleted]]
Gracias Jorge por contestar tan rápido.
Con gdata hago eso del path, y directamente con el fichero, lo vi en una
web, y he intentado todas las opcioens que he visto.
En vez de install.packages('rJava', type = 'source')
he hecho install.packages('rJava')
Ahora probaré, y lo mismo con scan y readLines.
He visto en stackoverflow que mi problema puede ser actualizar java, u
openjava más bien ->
http://stackoverflow.com/questions/16438073/unable-to-install-rjava-in-r-3-0-in-ubuntu-13-04
Luego os cuento
Gracias de nuevo
El 15 de agosto de 2014, 9:38, Jorge I Velez <jorgeivanvelez en gmail.com>
escribió:
> Hola Miguel,
>
> Me queda claro lo de RODBC. Lo que no entiendo muy bien es por que usas
>
>
file.path(path.package('gdata'),'xls','madrid.xls')
>
> cuando usas gdata. Tus datos estan en la carpeta donde se encuentra en
> paquete? O estan en otro lugar? Comenzaria revisando el path al archivo y
> escribiendo
>
> datos <- read.xls("/path/al/archivo/madrid.xls", sheet = 1,
header = TRUE)
> head(datos)
>
> Que version de R tienes? Has intentado reinstalando rJava desde
> sources()?
>
> install.packages('rJava', type = 'source')
> require('rJava')
> require('xlsx')
>
> Las otras opciones, como mencione en mi mensaje anterior, es usar scan() y
> readLines().
>
> Saludos,
> Jorge.-
>
>
>
> 2014-08-15 17:29 GMT+10:00 Miguel Fiandor Gutiérrez <
> miguel.fiandor.gutierrez en gmail.com>:
>
> Hola,
>>
>> @javier, me gustaría no tener que hacer nada de forma manual, ni por
>> fuera de r, rstudio. Es decir, el típico comando de linux que me
convierta
>> de xls a csv prefiero no usarlo. Me gustaría hacerlo todo desde R.
>>
>> @jorge ->
>>
>> Con RODBC me salta ->
>>
>>
>> Error: could not find function "odbcConnectExcel"
>>
>> Lo que creo que es inevitable en Ubuntu
>>
<http://stackoverflow.com/questions/3426523/odbcconnectexcel-function-from-rodbc-package-for-r-not-found-on-ubuntu>
>> Con gdata ->
>>
>>
>> Unable to open file
'/home/miguelfg/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1/gdata/xls/madrid.xls'.Error
in xls2sep(xls, sheet, verbose = verbose, ..., method = method, :
>> Intermediate file '/tmp/RtmpHRuknw/filefed757fcc67.csv'
missing!In addition: Warning message:running command
''/usr/bin/perl'
>>
>> Con XLConnect ->
>>
>>
>> Error : package ?rJava? was built before R 3.0.0: please re-install
itERROR: lazy loading failed for package ?XLConnectJars?* removing
?/home/miguelfg/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1/XLConnectJars?Warning in
install.packages :
>> installation of package ?XLConnectJars? had non-zero exit
statusERROR: dependency ?XLConnectJars? is not available for package
?XLConnect?* removing
?/home/miguelfg/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1/XLConnect?Warning in
install.packages :
>> installation of package ?XLConnect? had non-zero exit status
>>
>> Con xlsReadWrite -> me dice que no está disponible para R 3.1.1 Con
xlsx
>> ->
>>
>>
>> Error : package ?rJava? was built before R 3.0.0: please re-install
itERROR: lazy loading failed for package ?xlsxjars?* removing
?/home/miguelfg/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1/xlsxjars?Warning in
install.packages :
>> installation of package ?xlsxjars? had non-zero exit statusERROR:
dependency ?xlsxjars? is not available for package ?xlsx?* removing
?/home/miguelfg/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1/xlsx?Warning in
install.packages :
>> installation of package ?xlsx? had non-zero exit status
>>
>> ================================= Viendo que el problema parecía java +
>> rJava, busqué y ejecuté -> sudo R CMD javareconf -e Pero parece que
no
>> termina bien -> conftest.c:1:17: fatal error: jni.h: No such file or
>> directory compilation terminated. make: *** [conftest.o] Error 1 Unable
to
>> compile a JNI program
>>
>>
>> El 15 de agosto de 2014, 2:23, Jorge I Velez <jorgeivanvelez en
gmail.com>
>> escribió:
>>
>> Hola Miguel,
>>>
>>> A que te refieres con "y nada"? Obtienes algun error?
Algun mensaje?
>>> Has probado con scan() y/o readLines()?
>>>
>>> Saludos,
>>> Jorge.-
>>>
>>>
>>>
>>> 2014-08-15 7:38 GMT+10:00 Miguel Fiandor Gutiérrez <
>>> miguel.fiandor.gutierrez en gmail.com>:
>>>
>>>> Hola,
>>>>
>>>> Pensé que esto iba a ser trivial en R, pero me estoy encontrado
muchos
>>>> con
>>>> mi problema en internet, y que las soluciones ofrecidas no
terminan de
>>>> funcionar.
>>>>
>>>> Estoy intentando leer un fichero .xls en ubuntu con los
siguientes
>>>> paquetes
>>>> y nada:
>>>>
>>>> require(RODBC)
>>>> conn = odbcConnectExcel("madrid.xls") # open a
connection to the Excel
>>>> file
>>>> sqlTables(conn)$TABLE_NAME # show all sheets
>>>> df = sqlFetch(conn, "Sheet1") # read a sheet
>>>> df = sqlQuery(conn, "select * from [Sheet1 $]") #
read a sheet
>>>> (alternative
>>>> SQL sintax)
>>>> close(conn) # close the connection to the file
>>>>
>>>> require(gdata)
>>>> xlsfile <-
file.path(path.package('gdata'),'xls','madrid.xls')
>>>> df = read.xls (xlsfile)
>>>> df = read.xls (xlsfile, sheet = 1, header = TRUE)
>>>> df = read.xls ("madrid.xls", sheet = 1, header =
TRUE)
>>>> df = read.xls ("madrid.xls")
>>>>
>>>> require(xlsx)
>>>> read.xlsx("madrid.xls", sheetName =
"Sheet1")
>>>>
>>>> library(XLConnect)
>>>> wk = loadWorkbook("madrid.xls")
>>>> df = readWorksheet(wk, sheet="Sheet1")
>>>>
>>>> --
>>>>
>>>> también he probado directamente read.table ya que el fichero es
tipo xml
>>>> por dentro:
>>>> df = read.table("madrid.xls", header = TRUE)
>>>>
>>>>
>>>> -- ejemplo del fichero:
>>>> $ head -c 500 madrid.xls
>>>> <table border="1"><tr><th
bgcolor="#FFB18C">Nombre de la
>>>> instalacion</th><th
bgcolor="#FFB18C">Municipio de la
>>>> instalacion</th><th
>>>> bgcolor="#FFB18C">Provincia de la
instalacion</th><th
>>>> bgcolor="#FFB18C">Clave del
registro</th><th bgcolor="#FFB18C">Codigo
>>>> registro autonomico definitivo</th><th
bgcolor="#FFB18C">Potencia
>>>> nominal
>>>> de la fase (kW)</th><th
bgcolor="#FFB18C">Grupo Normativo</th><th
>>>> bgcolor="#FFB18C">Tipo de
Inscripcion</th></tr><tr><td>PERGOLA
>>>> FOTOVOLTAICA
>>>> JARDINES COMPLEJO DE MONCLOA
>>>> ...
>>>>
>>>>
>>>> Gracias de antemano.
>>>>
>>>> Por cierto, aprovecho que lanzo la pregunta es para una
aplicación
>>>> Shiny,
>>>> alguna recomendación de como leer esta info solo una vez al
arrancar el
>>>> servidor?
>>>>
>>>>
>>>> Miguel
>>>>
>>>> [[alternative HTML version deleted]]
>>>>
>>>> _______________________________________________
>>>> R-help-es mailing list
>>>> R-help-es en r-project.org
>>>> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
>>>>
>>>
>>>
>>
>
[[alternative HTML version deleted]]
Yo tuve bastantes problemas con java y Excel, aunque los mayores, si mal no recuerdo, eran con xlsx. Intenté de todo y no tuve mucha suerte. Así que me arme una función usando system y xlsx2csv. Básicamente lo que hago es pasar un path y numero de hoja como argumentos, y la función ser copia elxlsx a un directorio temporal lo convierte en txt usando el xlsx2csv y lo levanta con read.table. Entiendo que no es lo que buscas pues no usa herramientas exclusivas de R, pero fue la solución que encontré. Xlsx2csv es un programita escrito en python si no me equivoco, de repente se puede portar como paquete para R. Saludos y aunque no te lo solucione espero que pueda servir de ayuda. Fernando El 15/08/2014 05:26, "Miguel Fiandor Gutiérrez" < miguel.fiandor.gutierrez en gmail.com> escribió:> > Hola, > > @javier, me gustaría no tener que hacer nada de forma manual, ni por fuera > de r, rstudio. Es decir, el típico comando de linux que me convierta dexls> a csv prefiero no usarlo. Me gustaría hacerlo todo desde R. > > @jorge -> > > Con RODBC me salta -> > > Error: could not find function "odbcConnectExcel" > > Lo que creo que es inevitable en Ubuntu > <http://stackoverflow.com/questions/3426523/odbcconnectexcel-function-from-rodbc-package-for-r-not-found-on-ubuntu> > Con gdata -> > > Unable to open file >'/home/miguelfg/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1/gdata/xls/madrid.xls'.Error> in xls2sep(xls, sheet, verbose = verbose, ..., method = method, : > Intermediate file '/tmp/RtmpHRuknw/filefed757fcc67.csv' missing!In > addition: Warning message:running command ''/usr/bin/perl' > > Con XLConnect -> > > Error : package ?rJava? was built before R 3.0.0: please re-install > itERROR: lazy loading failed for package ?XLConnectJars?* removing > ?/home/miguelfg/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1/XLConnectJars?Warning > in install.packages : > installation of package ?XLConnectJars? had non-zero exit > statusERROR: dependency ?XLConnectJars? is not available for package > ?XLConnect?* removing > ?/home/miguelfg/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1/XLConnect?Warning in > install.packages : > installation of package ?XLConnect? had non-zero exit status > > Con xlsReadWrite -> me dice que no está disponible para R 3.1.1 Con xlsx->> > Error : package ?rJava? was built before R 3.0.0: please re-install > itERROR: lazy loading failed for package ?xlsxjars?* removing > ?/home/miguelfg/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1/xlsxjars?Warning in > install.packages : > installation of package ?xlsxjars? had non-zero exit statusERROR: > dependency ?xlsxjars? is not available for package ?xlsx?* removing > ?/home/miguelfg/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1/xlsx?Warning in > install.packages : > installation of package ?xlsx? had non-zero exit status > > ================================= Viendo que el problema parecía java + > rJava, busqué y ejecuté -> sudo R CMD javareconf -e Pero parece que no > termina bien -> conftest.c:1:17: fatal error: jni.h: No such file or > directory compilation terminated. make: *** [conftest.o] Error 1 Unable to > compile a JNI program > > > El 15 de agosto de 2014, 2:23, Jorge I Velez <jorgeivanvelez en gmail.com> > escribió: > > > Hola Miguel, > > > > A que te refieres con "y nada"? Obtienes algun error? Algun mensaje? > > Has probado con scan() y/o readLines()? > > > > Saludos, > > Jorge.- > > > > > > > > 2014-08-15 7:38 GMT+10:00 Miguel Fiandor Gutiérrez < > > miguel.fiandor.gutierrez en gmail.com>: > > > >> Hola, > >> > >> Pensé que esto iba a ser trivial en R, pero me estoy encontrado muchoscon> >> mi problema en internet, y que las soluciones ofrecidas no terminan de > >> funcionar. > >> > >> Estoy intentando leer un fichero .xls en ubuntu con los siguientes > >> paquetes > >> y nada: > >> > >> require(RODBC) > >> conn = odbcConnectExcel("madrid.xls") # open a connection to the Excel > >> file > >> sqlTables(conn)$TABLE_NAME # show all sheets > >> df = sqlFetch(conn, "Sheet1") # read a sheet > >> df = sqlQuery(conn, "select * from [Sheet1 $]") # read a sheet > >> (alternative > >> SQL sintax) > >> close(conn) # close the connection to the file > >> > >> require(gdata) > >> xlsfile <- file.path(path.package('gdata'),'xls','madrid.xls') > >> df = read.xls (xlsfile) > >> df = read.xls (xlsfile, sheet = 1, header = TRUE) > >> df = read.xls ("madrid.xls", sheet = 1, header = TRUE) > >> df = read.xls ("madrid.xls") > >> > >> require(xlsx) > >> read.xlsx("madrid.xls", sheetName = "Sheet1") > >> > >> library(XLConnect) > >> wk = loadWorkbook("madrid.xls") > >> df = readWorksheet(wk, sheet="Sheet1") > >> > >> -- > >> > >> también he probado directamente read.table ya que el fichero es tipoxml> >> por dentro: > >> df = read.table("madrid.xls", header = TRUE) > >> > >> > >> -- ejemplo del fichero: > >> $ head -c 500 madrid.xls > >> <table border="1"><tr><th bgcolor="#FFB18C">Nombre de la > >> instalacion</th><th bgcolor="#FFB18C">Municipio de lainstalacion</th><th> >> bgcolor="#FFB18C">Provincia de la instalacion</th><th > >> bgcolor="#FFB18C">Clave del registro</th><th bgcolor="#FFB18C">Codigo > >> registro autonomico definitivo</th><th bgcolor="#FFB18C">Potencianominal> >> de la fase (kW)</th><th bgcolor="#FFB18C">Grupo Normativo</th><th > >> bgcolor="#FFB18C">Tipo de Inscripcion</th></tr><tr><td>PERGOLA > >> FOTOVOLTAICA > >> JARDINES COMPLEJO DE MONCLOA > >> ... > >> > >> > >> Gracias de antemano. > >> > >> Por cierto, aprovecho que lanzo la pregunta es para una aplicaciónShiny,> >> alguna recomendación de como leer esta info solo una vez al arrancar el > >> servidor? > >> > >> > >> Miguel > >> > >> [[alternative HTML version deleted]] > >> > >> _______________________________________________ > >> R-help-es mailing list > >> R-help-es en r-project.org > >> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es > >> > > > > > > [[alternative HTML version deleted]] > > _______________________________________________ > R-help-es mailing list > R-help-es en r-project.org > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es[[alternative HTML version deleted]]
Estimado Miguel Entiendo su postura, una ayuda es desde el paquete Rcmdr, datos, importar, seleccionar el archivo xls y se escribe todo solo, lueogo puede copiar y pegar la parte del código relacionado a la importación, a un archivo R y listo, pero ..., creo que solo funciona correctamente en windows (tendría que intentarlo a la fecha de hoy). Javier Marcuzzi El 15/08/2014 04:29 a.m., Miguel Fiandor Gutiérrez escribió:> Hola, > > @javier, me gustaría no tener que hacer nada de forma manual, ni por fuera > de r, rstudio. Es decir, el típico comando de linux que me convierta de xls > a csv prefiero no usarlo. Me gustaría hacerlo todo desde R. > > @jorge -> > > Con RODBC me salta -> > > Error: could not find function "odbcConnectExcel" > > Lo que creo que es inevitable en Ubuntu > <http://stackoverflow.com/questions/3426523/odbcconnectexcel-function-from-rodbc-package-for-r-not-found-on-ubuntu> > Con gdata -> > > Unable to open file > '/home/miguelfg/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1/gdata/xls/madrid.xls'.Error > in xls2sep(xls, sheet, verbose = verbose, ..., method = method, : > Intermediate file '/tmp/RtmpHRuknw/filefed757fcc67.csv' missing!In > addition: Warning message:running command ''/usr/bin/perl' > > Con XLConnect -> > > Error : package ?rJava? was built before R 3.0.0: please re-install > itERROR: lazy loading failed for package ?XLConnectJars?* removing > ?/home/miguelfg/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1/XLConnectJars?Warning > in install.packages : > installation of package ?XLConnectJars? had non-zero exit > statusERROR: dependency ?XLConnectJars? is not available for package > ?XLConnect?* removing > ?/home/miguelfg/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1/XLConnect?Warning in > install.packages : > installation of package ?XLConnect? had non-zero exit status > > Con xlsReadWrite -> me dice que no está disponible para R 3.1.1 Con xlsx -> > > Error : package ?rJava? was built before R 3.0.0: please re-install > itERROR: lazy loading failed for package ?xlsxjars?* removing > ?/home/miguelfg/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1/xlsxjars?Warning in > install.packages : > installation of package ?xlsxjars? had non-zero exit statusERROR: > dependency ?xlsxjars? is not available for package ?xlsx?* removing > ?/home/miguelfg/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1/xlsx?Warning in > install.packages : > installation of package ?xlsx? had non-zero exit status > > ================================= Viendo que el problema parecía java + > rJava, busqué y ejecuté -> sudo R CMD javareconf -e Pero parece que no > termina bien -> conftest.c:1:17: fatal error: jni.h: No such file or > directory compilation terminated. make: *** [conftest.o] Error 1 Unable to > compile a JNI program > > > El 15 de agosto de 2014, 2:23, Jorge I Velez <jorgeivanvelez en gmail.com> > escribió: > >> Hola Miguel, >> >> A que te refieres con "y nada"? Obtienes algun error? Algun mensaje? >> Has probado con scan() y/o readLines()? >> >> Saludos, >> Jorge.- >> >> >> >> 2014-08-15 7:38 GMT+10:00 Miguel Fiandor Gutiérrez < >> miguel.fiandor.gutierrez en gmail.com>: >> >>> Hola, >>> >>> Pensé que esto iba a ser trivial en R, pero me estoy encontrado muchos con >>> mi problema en internet, y que las soluciones ofrecidas no terminan de >>> funcionar. >>> >>> Estoy intentando leer un fichero .xls en ubuntu con los siguientes >>> paquetes >>> y nada: >>> >>> require(RODBC) >>> conn = odbcConnectExcel("madrid.xls") # open a connection to the Excel >>> file >>> sqlTables(conn)$TABLE_NAME # show all sheets >>> df = sqlFetch(conn, "Sheet1") # read a sheet >>> df = sqlQuery(conn, "select * from [Sheet1 $]") # read a sheet >>> (alternative >>> SQL sintax) >>> close(conn) # close the connection to the file >>> >>> require(gdata) >>> xlsfile <- file.path(path.package('gdata'),'xls','madrid.xls') >>> df = read.xls (xlsfile) >>> df = read.xls (xlsfile, sheet = 1, header = TRUE) >>> df = read.xls ("madrid.xls", sheet = 1, header = TRUE) >>> df = read.xls ("madrid.xls") >>> >>> require(xlsx) >>> read.xlsx("madrid.xls", sheetName = "Sheet1") >>> >>> library(XLConnect) >>> wk = loadWorkbook("madrid.xls") >>> df = readWorksheet(wk, sheet="Sheet1") >>> >>> -- >>> >>> también he probado directamente read.table ya que el fichero es tipo xml >>> por dentro: >>> df = read.table("madrid.xls", header = TRUE) >>> >>> >>> -- ejemplo del fichero: >>> $ head -c 500 madrid.xls >>> <table border="1"><tr><th bgcolor="#FFB18C">Nombre de la >>> instalacion</th><th bgcolor="#FFB18C">Municipio de la instalacion</th><th >>> bgcolor="#FFB18C">Provincia de la instalacion</th><th >>> bgcolor="#FFB18C">Clave del registro</th><th bgcolor="#FFB18C">Codigo >>> registro autonomico definitivo</th><th bgcolor="#FFB18C">Potencia nominal >>> de la fase (kW)</th><th bgcolor="#FFB18C">Grupo Normativo</th><th >>> bgcolor="#FFB18C">Tipo de Inscripcion</th></tr><tr><td>PERGOLA >>> FOTOVOLTAICA >>> JARDINES COMPLEJO DE MONCLOA >>> ... >>> >>> >>> Gracias de antemano. >>> >>> Por cierto, aprovecho que lanzo la pregunta es para una aplicación Shiny, >>> alguna recomendación de como leer esta info solo una vez al arrancar el >>> servidor? >>> >>> >>> Miguel >>> >>> [[alternative HTML version deleted]] >>> >>> _______________________________________________ >>> R-help-es mailing list >>> R-help-es en r-project.org >>> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es >>> >> > [[alternative HTML version deleted]] > > _______________________________________________ > R-help-es mailing list > R-help-es en r-project.org > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
Miguel, Me parece que el problema esta en rJava, intenta: sudo apt-get install r-cran-rJava Si te da error dinos que dice. Suerte, Daniel El 15 de agosto de 2014, 10:46, "Marcuzzi, Javier Rubén" < javier.ruben.marcuzzi en gmail.com> escribió:> Estimado Miguel > > Entiendo su postura, una ayuda es desde el paquete Rcmdr, datos, importar, > seleccionar el archivo xls y se escribe todo solo, lueogo puede copiar y > pegar la parte del código relacionado a la importación, a un archivo R y > listo, pero ..., creo que solo funciona correctamente en windows (tendría > que intentarlo a la fecha de hoy). > > Javier Marcuzzi > > > El 15/08/2014 04:29 a.m., Miguel Fiandor Gutiérrez escribió: > >> Hola, >> >> @javier, me gustaría no tener que hacer nada de forma manual, ni por fuera >> de r, rstudio. Es decir, el típico comando de linux que me convierta de >> xls >> a csv prefiero no usarlo. Me gustaría hacerlo todo desde R. >> >> @jorge -> >> >> Con RODBC me salta -> >> >> Error: could not find function "odbcConnectExcel" >> >> Lo que creo que es inevitable en Ubuntu >> <http://stackoverflow.com/questions/3426523/odbcconnectexcel-function- >> from-rodbc-package-for-r-not-found-on-ubuntu> >> Con gdata -> >> >> Unable to open file >> '/home/miguelfg/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1/gdata/ >> xls/madrid.xls'.Error >> in xls2sep(xls, sheet, verbose = verbose, ..., method = method, : >> Intermediate file '/tmp/RtmpHRuknw/filefed757fcc67.csv' missing!In >> addition: Warning message:running command ''/usr/bin/perl' >> >> Con XLConnect -> >> >> Error : package ?rJava? was built before R 3.0.0: please re-install >> itERROR: lazy loading failed for package ?XLConnectJars?* removing >> ?/home/miguelfg/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1/XLConnectJars?Warning >> in install.packages : >> installation of package ?XLConnectJars? had non-zero exit >> statusERROR: dependency ?XLConnectJars? is not available for package >> ?XLConnect?* removing >> ?/home/miguelfg/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1/XLConnect?Warning in >> install.packages : >> installation of package ?XLConnect? had non-zero exit status >> >> Con xlsReadWrite -> me dice que no está disponible para R 3.1.1 Con xlsx >> -> >> >> Error : package ?rJava? was built before R 3.0.0: please re-install >> itERROR: lazy loading failed for package ?xlsxjars?* removing >> ?/home/miguelfg/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1/xlsxjars?Warning in >> install.packages : >> installation of package ?xlsxjars? had non-zero exit statusERROR: >> dependency ?xlsxjars? is not available for package ?xlsx?* removing >> ?/home/miguelfg/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1/xlsx?Warning in >> install.packages : >> installation of package ?xlsx? had non-zero exit status >> >> ================================= Viendo que el problema parecía java + >> rJava, busqué y ejecuté -> sudo R CMD javareconf -e Pero parece que no >> termina bien -> conftest.c:1:17: fatal error: jni.h: No such file or >> directory compilation terminated. make: *** [conftest.o] Error 1 Unable to >> compile a JNI program >> >> >> El 15 de agosto de 2014, 2:23, Jorge I Velez <jorgeivanvelez en gmail.com> >> escribió: >> >> Hola Miguel, >>> >>> A que te refieres con "y nada"? Obtienes algun error? Algun mensaje? >>> Has probado con scan() y/o readLines()? >>> >>> Saludos, >>> Jorge.- >>> >>> >>> >>> 2014-08-15 7:38 GMT+10:00 Miguel Fiandor Gutiérrez < >>> miguel.fiandor.gutierrez en gmail.com>: >>> >>> Hola, >>>> >>>> Pensé que esto iba a ser trivial en R, pero me estoy encontrado muchos >>>> con >>>> mi problema en internet, y que las soluciones ofrecidas no terminan de >>>> funcionar. >>>> >>>> Estoy intentando leer un fichero .xls en ubuntu con los siguientes >>>> paquetes >>>> y nada: >>>> >>>> require(RODBC) >>>> conn = odbcConnectExcel("madrid.xls") # open a connection to the Excel >>>> file >>>> sqlTables(conn)$TABLE_NAME # show all sheets >>>> df = sqlFetch(conn, "Sheet1") # read a sheet >>>> df = sqlQuery(conn, "select * from [Sheet1 $]") # read a sheet >>>> (alternative >>>> SQL sintax) >>>> close(conn) # close the connection to the file >>>> >>>> require(gdata) >>>> xlsfile <- file.path(path.package('gdata'),'xls','madrid.xls') >>>> df = read.xls (xlsfile) >>>> df = read.xls (xlsfile, sheet = 1, header = TRUE) >>>> df = read.xls ("madrid.xls", sheet = 1, header = TRUE) >>>> df = read.xls ("madrid.xls") >>>> >>>> require(xlsx) >>>> read.xlsx("madrid.xls", sheetName = "Sheet1") >>>> >>>> library(XLConnect) >>>> wk = loadWorkbook("madrid.xls") >>>> df = readWorksheet(wk, sheet="Sheet1") >>>> >>>> -- >>>> >>>> también he probado directamente read.table ya que el fichero es tipo xml >>>> por dentro: >>>> df = read.table("madrid.xls", header = TRUE) >>>> >>>> >>>> -- ejemplo del fichero: >>>> $ head -c 500 madrid.xls >>>> <table border="1"><tr><th bgcolor="#FFB18C">Nombre de la >>>> instalacion</th><th bgcolor="#FFB18C">Municipio de la >>>> instalacion</th><th >>>> bgcolor="#FFB18C">Provincia de la instalacion</th><th >>>> bgcolor="#FFB18C">Clave del registro</th><th bgcolor="#FFB18C">Codigo >>>> registro autonomico definitivo</th><th bgcolor="#FFB18C">Potencia >>>> nominal >>>> de la fase (kW)</th><th bgcolor="#FFB18C">Grupo Normativo</th><th >>>> bgcolor="#FFB18C">Tipo de Inscripcion</th></tr><tr><td>PERGOLA >>>> FOTOVOLTAICA >>>> JARDINES COMPLEJO DE MONCLOA >>>> ... >>>> >>>> >>>> Gracias de antemano. >>>> >>>> Por cierto, aprovecho que lanzo la pregunta es para una aplicación >>>> Shiny, >>>> alguna recomendación de como leer esta info solo una vez al arrancar el >>>> servidor? >>>> >>>> >>>> Miguel >>>> >>>> [[alternative HTML version deleted]] >>>> >>>> _______________________________________________ >>>> R-help-es mailing list >>>> R-help-es en r-project.org >>>> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es >>>> >>>> >>> [[alternative HTML version deleted]] >> >> _______________________________________________ >> R-help-es mailing list >> R-help-es en r-project.org >> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es >> > > _______________________________________________ > R-help-es mailing list > R-help-es en r-project.org > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es >-- Daniel [[alternative HTML version deleted]]