Hola,
Pensé que esto iba a ser trivial en R, pero me estoy encontrado muchos con
mi problema en internet, y que las soluciones ofrecidas no terminan de
funcionar.
Estoy intentando leer un fichero .xls en ubuntu con los siguientes paquetes
y nada:
require(RODBC)
conn = odbcConnectExcel("madrid.xls") # open a connection to the Excel
file
sqlTables(conn)$TABLE_NAME # show all sheets
df = sqlFetch(conn, "Sheet1") # read a sheet
df = sqlQuery(conn, "select * from [Sheet1 $]") # read a sheet
(alternative
SQL sintax)
close(conn) # close the connection to the file
require(gdata)
xlsfile <-
file.path(path.package('gdata'),'xls','madrid.xls')
df = read.xls (xlsfile)
df = read.xls (xlsfile, sheet = 1, header = TRUE)
df = read.xls ("madrid.xls", sheet = 1, header = TRUE)
df = read.xls ("madrid.xls")
require(xlsx)
read.xlsx("madrid.xls", sheetName = "Sheet1")
library(XLConnect)
wk = loadWorkbook("madrid.xls")
df = readWorksheet(wk, sheet="Sheet1")
--
también he probado directamente read.table ya que el fichero es tipo xml
por dentro:
df = read.table("madrid.xls", header = TRUE)
-- ejemplo del fichero:
$ head -c 500 madrid.xls
<table border="1"><tr><th
bgcolor="#FFB18C">Nombre de la
instalacion</th><th bgcolor="#FFB18C">Municipio de la
instalacion</th><th
bgcolor="#FFB18C">Provincia de la instalacion</th><th
bgcolor="#FFB18C">Clave del registro</th><th
bgcolor="#FFB18C">Codigo
registro autonomico definitivo</th><th
bgcolor="#FFB18C">Potencia nominal
de la fase (kW)</th><th bgcolor="#FFB18C">Grupo
Normativo</th><th
bgcolor="#FFB18C">Tipo de
Inscripcion</th></tr><tr><td>PERGOLA FOTOVOLTAICA
JARDINES COMPLEJO DE MONCLOA
...
Gracias de antemano.
Por cierto, aprovecho que lanzo la pregunta es para una aplicación Shiny,
alguna recomendación de como leer esta info solo una vez al arrancar el
servidor?
Miguel
[[alternative HTML version deleted]]
Estimado Miguel Yo leía los archivos xls, pero con el tiempo simplifique, exporto a csv y desde rstudio leo ese archivo, copio el código generado que es muy sencillo pero sin errores, y continúo pensando en el problema real. Hay alternativas, pero esta es archivo guardar como, y click en import dataset desde Rstudio. Más una ventaja, en caso de tener que compartir con otro sistema operativo solo se cambia la dirección al archivo csv. Javier Marcuzzi El 14/08/14 a las 18:38, Miguel Fiandor Gutiérrez escibió:> Hola, > > Pensé que esto iba a ser trivial en R, pero me estoy encontrado muchos con > mi problema en internet, y que las soluciones ofrecidas no terminan de > funcionar. > > Estoy intentando leer un fichero .xls en ubuntu con los siguientes paquetes > y nada: > > require(RODBC) > conn = odbcConnectExcel("madrid.xls") # open a connection to the Excel file > sqlTables(conn)$TABLE_NAME # show all sheets > df = sqlFetch(conn, "Sheet1") # read a sheet > df = sqlQuery(conn, "select * from [Sheet1 $]") # read a sheet (alternative > SQL sintax) > close(conn) # close the connection to the file > > require(gdata) > xlsfile <- file.path(path.package('gdata'),'xls','madrid.xls') > df = read.xls (xlsfile) > df = read.xls (xlsfile, sheet = 1, header = TRUE) > df = read.xls ("madrid.xls", sheet = 1, header = TRUE) > df = read.xls ("madrid.xls") > > require(xlsx) > read.xlsx("madrid.xls", sheetName = "Sheet1") > > library(XLConnect) > wk = loadWorkbook("madrid.xls") > df = readWorksheet(wk, sheet="Sheet1") > > -- > > también he probado directamente read.table ya que el fichero es tipo xml > por dentro: > df = read.table("madrid.xls", header = TRUE) > > > -- ejemplo del fichero: > $ head -c 500 madrid.xls > <table border="1"><tr><th bgcolor="#FFB18C">Nombre de la > instalacion</th><th bgcolor="#FFB18C">Municipio de la instalacion</th><th > bgcolor="#FFB18C">Provincia de la instalacion</th><th > bgcolor="#FFB18C">Clave del registro</th><th bgcolor="#FFB18C">Codigo > registro autonomico definitivo</th><th bgcolor="#FFB18C">Potencia nominal > de la fase (kW)</th><th bgcolor="#FFB18C">Grupo Normativo</th><th > bgcolor="#FFB18C">Tipo de Inscripcion</th></tr><tr><td>PERGOLA FOTOVOLTAICA > JARDINES COMPLEJO DE MONCLOA > ... > > > Gracias de antemano. > > Por cierto, aprovecho que lanzo la pregunta es para una aplicación Shiny, > alguna recomendación de como leer esta info solo una vez al arrancar el > servidor? > > > Miguel > > [[alternative HTML version deleted]] > > _______________________________________________ > R-help-es mailing list > R-help-es en r-project.org > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
Hola Miguel, A que te refieres con "y nada"? Obtienes algun error? Algun mensaje? Has probado con scan() y/o readLines()? Saludos, Jorge.- 2014-08-15 7:38 GMT+10:00 Miguel Fiandor Gutiérrez < miguel.fiandor.gutierrez en gmail.com>:> Hola, > > Pensé que esto iba a ser trivial en R, pero me estoy encontrado muchos con > mi problema en internet, y que las soluciones ofrecidas no terminan de > funcionar. > > Estoy intentando leer un fichero .xls en ubuntu con los siguientes paquetes > y nada: > > require(RODBC) > conn = odbcConnectExcel("madrid.xls") # open a connection to the Excel file > sqlTables(conn)$TABLE_NAME # show all sheets > df = sqlFetch(conn, "Sheet1") # read a sheet > df = sqlQuery(conn, "select * from [Sheet1 $]") # read a sheet (alternative > SQL sintax) > close(conn) # close the connection to the file > > require(gdata) > xlsfile <- file.path(path.package('gdata'),'xls','madrid.xls') > df = read.xls (xlsfile) > df = read.xls (xlsfile, sheet = 1, header = TRUE) > df = read.xls ("madrid.xls", sheet = 1, header = TRUE) > df = read.xls ("madrid.xls") > > require(xlsx) > read.xlsx("madrid.xls", sheetName = "Sheet1") > > library(XLConnect) > wk = loadWorkbook("madrid.xls") > df = readWorksheet(wk, sheet="Sheet1") > > -- > > también he probado directamente read.table ya que el fichero es tipo xml > por dentro: > df = read.table("madrid.xls", header = TRUE) > > > -- ejemplo del fichero: > $ head -c 500 madrid.xls > <table border="1"><tr><th bgcolor="#FFB18C">Nombre de la > instalacion</th><th bgcolor="#FFB18C">Municipio de la instalacion</th><th > bgcolor="#FFB18C">Provincia de la instalacion</th><th > bgcolor="#FFB18C">Clave del registro</th><th bgcolor="#FFB18C">Codigo > registro autonomico definitivo</th><th bgcolor="#FFB18C">Potencia nominal > de la fase (kW)</th><th bgcolor="#FFB18C">Grupo Normativo</th><th > bgcolor="#FFB18C">Tipo de Inscripcion</th></tr><tr><td>PERGOLA FOTOVOLTAICA > JARDINES COMPLEJO DE MONCLOA > ... > > > Gracias de antemano. > > Por cierto, aprovecho que lanzo la pregunta es para una aplicación Shiny, > alguna recomendación de como leer esta info solo una vez al arrancar el > servidor? > > > Miguel > > [[alternative HTML version deleted]] > > _______________________________________________ > R-help-es mailing list > R-help-es en r-project.org > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es >[[alternative HTML version deleted]]
Hola, @javier, me gustaría no tener que hacer nada de forma manual, ni por fuera de r, rstudio. Es decir, el típico comando de linux que me convierta de xls a csv prefiero no usarlo. Me gustaría hacerlo todo desde R. @jorge -> Con RODBC me salta -> Error: could not find function "odbcConnectExcel" Lo que creo que es inevitable en Ubuntu <http://stackoverflow.com/questions/3426523/odbcconnectexcel-function-from-rodbc-package-for-r-not-found-on-ubuntu> Con gdata -> Unable to open file '/home/miguelfg/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1/gdata/xls/madrid.xls'.Error in xls2sep(xls, sheet, verbose = verbose, ..., method = method, : Intermediate file '/tmp/RtmpHRuknw/filefed757fcc67.csv' missing!In addition: Warning message:running command ''/usr/bin/perl' Con XLConnect -> Error : package ?rJava? was built before R 3.0.0: please re-install itERROR: lazy loading failed for package ?XLConnectJars?* removing ?/home/miguelfg/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1/XLConnectJars?Warning in install.packages : installation of package ?XLConnectJars? had non-zero exit statusERROR: dependency ?XLConnectJars? is not available for package ?XLConnect?* removing ?/home/miguelfg/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1/XLConnect?Warning in install.packages : installation of package ?XLConnect? had non-zero exit status Con xlsReadWrite -> me dice que no está disponible para R 3.1.1 Con xlsx -> Error : package ?rJava? was built before R 3.0.0: please re-install itERROR: lazy loading failed for package ?xlsxjars?* removing ?/home/miguelfg/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1/xlsxjars?Warning in install.packages : installation of package ?xlsxjars? had non-zero exit statusERROR: dependency ?xlsxjars? is not available for package ?xlsx?* removing ?/home/miguelfg/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1/xlsx?Warning in install.packages : installation of package ?xlsx? had non-zero exit status ================================= Viendo que el problema parecía java + rJava, busqué y ejecuté -> sudo R CMD javareconf -e Pero parece que no termina bien -> conftest.c:1:17: fatal error: jni.h: No such file or directory compilation terminated. make: *** [conftest.o] Error 1 Unable to compile a JNI program El 15 de agosto de 2014, 2:23, Jorge I Velez <jorgeivanvelez en gmail.com> escribió:> Hola Miguel, > > A que te refieres con "y nada"? Obtienes algun error? Algun mensaje? > Has probado con scan() y/o readLines()? > > Saludos, > Jorge.- > > > > 2014-08-15 7:38 GMT+10:00 Miguel Fiandor Gutiérrez < > miguel.fiandor.gutierrez en gmail.com>: > >> Hola, >> >> Pensé que esto iba a ser trivial en R, pero me estoy encontrado muchos con >> mi problema en internet, y que las soluciones ofrecidas no terminan de >> funcionar. >> >> Estoy intentando leer un fichero .xls en ubuntu con los siguientes >> paquetes >> y nada: >> >> require(RODBC) >> conn = odbcConnectExcel("madrid.xls") # open a connection to the Excel >> file >> sqlTables(conn)$TABLE_NAME # show all sheets >> df = sqlFetch(conn, "Sheet1") # read a sheet >> df = sqlQuery(conn, "select * from [Sheet1 $]") # read a sheet >> (alternative >> SQL sintax) >> close(conn) # close the connection to the file >> >> require(gdata) >> xlsfile <- file.path(path.package('gdata'),'xls','madrid.xls') >> df = read.xls (xlsfile) >> df = read.xls (xlsfile, sheet = 1, header = TRUE) >> df = read.xls ("madrid.xls", sheet = 1, header = TRUE) >> df = read.xls ("madrid.xls") >> >> require(xlsx) >> read.xlsx("madrid.xls", sheetName = "Sheet1") >> >> library(XLConnect) >> wk = loadWorkbook("madrid.xls") >> df = readWorksheet(wk, sheet="Sheet1") >> >> -- >> >> también he probado directamente read.table ya que el fichero es tipo xml >> por dentro: >> df = read.table("madrid.xls", header = TRUE) >> >> >> -- ejemplo del fichero: >> $ head -c 500 madrid.xls >> <table border="1"><tr><th bgcolor="#FFB18C">Nombre de la >> instalacion</th><th bgcolor="#FFB18C">Municipio de la instalacion</th><th >> bgcolor="#FFB18C">Provincia de la instalacion</th><th >> bgcolor="#FFB18C">Clave del registro</th><th bgcolor="#FFB18C">Codigo >> registro autonomico definitivo</th><th bgcolor="#FFB18C">Potencia nominal >> de la fase (kW)</th><th bgcolor="#FFB18C">Grupo Normativo</th><th >> bgcolor="#FFB18C">Tipo de Inscripcion</th></tr><tr><td>PERGOLA >> FOTOVOLTAICA >> JARDINES COMPLEJO DE MONCLOA >> ... >> >> >> Gracias de antemano. >> >> Por cierto, aprovecho que lanzo la pregunta es para una aplicación Shiny, >> alguna recomendación de como leer esta info solo una vez al arrancar el >> servidor? >> >> >> Miguel >> >> [[alternative HTML version deleted]] >> >> _______________________________________________ >> R-help-es mailing list >> R-help-es en r-project.org >> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es >> > >[[alternative HTML version deleted]]