Hola, te vale esto? Es forma estandar de representar graficos supervivencia
Basado en esto:
https://rviews.rstudio.com/2017/09/25/survival-analysis-with-r/
set.seed(20)
DATOS <- data.frame (
ID = c (1:10)
, TIEMPO = sample(1:40, 10, replace=F)
, DEF = sample(0:1, 10, replace=T)
)
DATOS
library(survival)
DATOS$DEF <- as.numeric(DATOS$DEF)
DATOS$TIEMPO <- as.numeric(DATOS$TIEMPO)
s <- Surv(DATOS$TIEMPO, DATOS$DEF)
head(s)
## Kaplan-Meier estimator.
km <- survfit(s ~ 1,
data = DATOS,
conf.type = "log-log")
## Show object
km
summary(km)
plot(km)
# Instala las librerías necesarias:
library(ranger)
library(ggplot2)
library(dplyr)
library(ggfortify)
autoplot(km)
El 18/07/2019 a las 12:00, r-help-es-request en
r-project.org<mailto:r-help-es-request en r-project.org> escribió:
Envíe los mensajes para la lista R-help-es a
r-help-es en r-project.org<mailto:r-help-es en r-project.org>
Para subscribirse o anular su subscripción a través de la WEB
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
O por correo electrónico, enviando un mensaje con el texto "help" en
el asunto (subject) o en el cuerpo a:
r-help-es-request en r-project.org<mailto:r-help-es-request en
r-project.org>
Puede contactar con el responsable de la lista escribiendo a:
r-help-es-owner en r-project.org<mailto:r-help-es-owner en
r-project.org>
Si responde a algún contenido de este mensaje, por favor, edite la
linea del asunto (subject) para que el texto sea mas especifico que:
"Re: Contents of R-help-es digest...". Además, por favor, incluya en
la respuesta sólo aquellas partes del mensaje a las que está
respondiendo.
Asuntos del día:
1. Gráfico tiempos de supervivencia (Griera-yandex)
----------------------------------------------------------------------
Message: 1
Date: Thu, 18 Jul 2019 10:18:42 +0200
From: Griera-yandex <griera en yandex.com><mailto:griera en
yandex.com>
To: Lista R <r-help-es en r-project.org><mailto:r-help-es en
r-project.org>
Subject: [R-es] Gráfico tiempos de supervivencia
Message-ID: <20190718101842.280414d5 en debian-dde>
Content-Type: text/plain; charset="utf-8"
Buenos días a todos:
Alguien me puede ayudar a hacer (si se puede) con unos datos similares a:
set.seed(20)
DATOS <- data.frame (
ID = c (1:10)
, TIEMPO = sample(1:40, 10, replace=F)
, DEF = sample(0:1, 10, replace=T)
);DATOS
un gráfico que muestre los tiempos de supervivencia similar a:
https://miro.medium.com/max/700/1*yHhG4TVcAAi29Ln88t0_5Q.png
Lo he intentado con la función followup.plot del paquete
"epiDisplay"
(https://cran.r-project.org/web/packages/epiDisplay/index.html),
pero no encuentro la forma.
Muchas gracias y saludos.
------------------------------
Subject: Pié de página del digest
_______________________________________________
R-help-es mailing list
R-help-es en r-project.org<mailto:R-help-es en r-project.org>
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
------------------------------
Fin de Resumen de R-help-es, Vol 125, Envío 7
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--
Pedro Concejero
Telefónica CDO - 4th Platform - Internal Use Cases
E-mail: pedro.concejerocerezo en telefonica.com<mailto:pedro.concejerocerezo
en telefonica.com>
skype: pedro.concejero
twitter @ConcejeroPedro<https://twitter.com/ConcejeroPedro>
linkedin pedroconcejero<http://www.linkedin.com/in/pedroconcejero/es>
eRReRo feliz, me puedes encontrar en gRupo R madRid
<http://madrid.r-es.org/?s=concejero&searchsubmit.x=21&searchsubmit.y=13>
________________________________
Este mensaje y sus adjuntos se dirigen exclusivamente a su destinatario, puede
contener información privilegiada o confidencial y es para uso exclusivo de la
persona o entidad de destino. Si no es usted. el destinatario indicado, queda
notificado de que la lectura, utilización, divulgación y/o copia sin
autorización puede estar prohibida en virtud de la legislación vigente. Si ha
recibido este mensaje por error, le rogamos que nos lo comunique inmediatamente
por esta misma vía y proceda a su destrucción.
The information contained in this transmission is privileged and confidential
information intended only for the use of the individual or entity named above.
If the reader of this message is not the intended recipient, you are hereby
notified that any dissemination, distribution or copying of this communication
is strictly prohibited. If you have received this transmission in error, do not
read it. Please immediately reply to the sender that you have received this
communication in error and then delete it.
Esta mensagem e seus anexos se dirigem exclusivamente ao seu destinatário, pode
conter informação privilegiada ou confidencial e é para uso exclusivo da pessoa
ou entidade de destino. Se não é vossa senhoria o destinatário indicado, fica
notificado de que a leitura, utilização, divulgação e/ou cópia sem autorização
pode estar proibida em virtude da legislação vigente. Se recebeu esta mensagem
por erro, rogamos-lhe que nos o comunique imediatamente por esta mesma via e
proceda a sua destruição
[[alternative HTML version deleted]]
Hola Pedro: Gracias por la ayuda. No conocía esta manera más elegante de mostrar las curvas de Kaplan-Meier. Te la compro. En realidad quería mostrar un gráfico con la longitud de les tiempos de seguimiento y al final un símbolo para indicar el estado. Seria un gráfico similar a: https://miro.medium.com/max/700/1*yHhG4TVcAAi29Ln88t0_5Q.png Pero no encuentro la manera de hacerlo. Igual no se puede. Muchas gracias y saludos. On Thu, 18 Jul 2019 10:28:37 +0000 PEDRO CONCEJERO CEREZO <pedro.concejerocerezo en telefonica.com> wrote:> Hola, te vale esto? Es forma estandar de representar graficos supervivencia > > Basado en esto: > > https://rviews.rstudio.com/2017/09/25/survival-analysis-with-r/ > > set.seed(20) > > DATOS <- data.frame ( > ID = c (1:10) > , TIEMPO = sample(1:40, 10, replace=F) > , DEF = sample(0:1, 10, replace=T) > ) > > DATOS > > library(survival) > > DATOS$DEF <- as.numeric(DATOS$DEF) > DATOS$TIEMPO <- as.numeric(DATOS$TIEMPO) > > s <- Surv(DATOS$TIEMPO, DATOS$DEF) > head(s) > > ## Kaplan-Meier estimator. > km <- survfit(s ~ 1, > data = DATOS, > conf.type = "log-log") > > ## Show object > km > > summary(km) > > plot(km) > > # Instala las librerías necesarias: > library(ranger) > library(ggplot2) > library(dplyr) > library(ggfortify) > > autoplot(km) > > > El 18/07/2019 a las 12:00, r-help-es-request en r-project.org<mailto:r-help-es-request en r-project.org> escribió: > > Envíe los mensajes para la lista R-help-es a > r-help-es en r-project.org<mailto:r-help-es en r-project.org> > > Para subscribirse o anular su subscripción a través de la WEB > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es > > O por correo electrónico, enviando un mensaje con el texto "help" en > el asunto (subject) o en el cuerpo a: > r-help-es-request en r-project.org<mailto:r-help-es-request en r-project.org> > > Puede contactar con el responsable de la lista escribiendo a: > r-help-es-owner en r-project.org<mailto:r-help-es-owner en r-project.org> > > Si responde a algún contenido de este mensaje, por favor, edite la > linea del asunto (subject) para que el texto sea mas especifico que: > "Re: Contents of R-help-es digest...". Además, por favor, incluya en > la respuesta sólo aquellas partes del mensaje a las que está > respondiendo. > > > Asuntos del día: > > 1. Gráfico tiempos de supervivencia (Griera-yandex) > > ---------------------------------------------------------------------- > > Message: 1 > Date: Thu, 18 Jul 2019 10:18:42 +0200 > From: Griera-yandex <griera en yandex.com><mailto:griera en yandex.com> > To: Lista R <r-help-es en r-project.org><mailto:r-help-es en r-project.org> > Subject: [R-es] Gráfico tiempos de supervivencia > Message-ID: <20190718101842.280414d5 en debian-dde> > Content-Type: text/plain; charset="utf-8" > > Buenos días a todos: > > Alguien me puede ayudar a hacer (si se puede) con unos datos similares a: > > set.seed(20) > DATOS <- data.frame ( > ID = c (1:10) > , TIEMPO = sample(1:40, 10, replace=F) > , DEF = sample(0:1, 10, replace=T) > );DATOS > > un gráfico que muestre los tiempos de supervivencia similar a: > https://miro.medium.com/max/700/1*yHhG4TVcAAi29Ln88t0_5Q.png > > Lo he intentado con la función followup.plot del paquete > "epiDisplay" (https://cran.r-project.org/web/packages/epiDisplay/index.html), > pero no encuentro la forma. > > Muchas gracias y saludos. > > > > > ------------------------------ > > Subject: Pié de página del digest > > _______________________________________________ > R-help-es mailing list > R-help-es en r-project.org<mailto:R-help-es en r-project.org> > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es > > > ------------------------------ > > Fin de Resumen de R-help-es, Vol 125, Envío 7 > ********************************************* > > > -- > Pedro Concejero > Telefónica CDO - 4th Platform - Internal Use Cases > E-mail: pedro.concejerocerezo en telefonica.com<mailto:pedro.concejerocerezo en telefonica.com> > skype: pedro.concejero > twitter @ConcejeroPedro<https://twitter.com/ConcejeroPedro> > linkedin pedroconcejero<http://www.linkedin.com/in/pedroconcejero/es> > eRReRo feliz, me puedes encontrar en gRupo R madRid <http://madrid.r-es.org/?s=concejero&searchsubmit.x=21&searchsubmit.y=13> > > ________________________________ > > Este mensaje y sus adjuntos se dirigen exclusivamente a su destinatario, puede contener información privilegiada o confidencial y es para uso exclusivo de la persona o entidad de destino. Si no es usted. el destinatario indicado, queda notificado de que la lectura, utilización, divulgación y/o copia sin autorización puede estar prohibida en virtud de la legislación vigente. Si ha recibido este mensaje por error, le rogamos que nos lo comunique inmediatamente por esta misma vía y proceda a su destrucción. > > The information contained in this transmission is privileged and confidential information intended only for the use of the individual or entity named above. If the reader of this message is not the intended recipient, you are hereby notified that any dissemination, distribution or copying of this communication is strictly prohibited. If you have received this transmission in error, do not read it. Please immediately reply to the sender that you have received this communication in error and then delete it. > > Esta mensagem e seus anexos se dirigem exclusivamente ao seu destinatário, pode conter informação privilegiada ou confidencial e é para uso exclusivo da pessoa ou entidade de destino. Se não é vossa senhoria o destinatário indicado, fica notificado de que a leitura, utilização, divulgação e/ou cópia sem autorização pode estar proibida em virtude da legislação vigente. Se recebeu esta mensagem por erro, rogamos-lhe que nos o comunique imediatamente por esta mesma via e proceda a sua destruição > > [[alternative HTML version deleted]] > > _______________________________________________ > R-help-es mailing list > R-help-es en r-project.org > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
miguei@@@gei@rodriguez@mui@os m@iii@g oii serg@s@es
2019-Jul-18 11:16 UTC
[R-es] EpiLinux en DistroTest
Hola. Ya se puede utilizar EpiLinux desde DistroTest. https://distrotest.net/EpiLinux/5.0 Para los que no lo sepáis, EpiLinux es una distribución de linux especializada en software de bioestadística y epidemiología y viene con R + RCommander + RStudio instalados. Es una oportunidad de poder "trastear" con R (y linux) sin instalar ni "romper" nada, directamente desde un navegador. Más info: https://www.sergas.es/Saude-publica/Epilinux?idioma=es Un Saludo, -- Miguel Ángel Rodríguez Muíños Coordinador del Proyecto EpiLinux Dirección Xeral de Saúde Pública Consellería de Sanidade Xunta de Galicia http://dxsp.sergas.es ________________________________ Nota: A información contida nesta mensaxe e os seus posibles documentos adxuntos é privada e confidencial e está dirixida únicamente ó seu destinatario/a. Se vostede non é o/a destinatario/a orixinal desta mensaxe, por favor elimínea. A distribución ou copia desta mensaxe non está autorizada. Nota: La información contenida en este mensaje y sus posibles documentos adjuntos es privada y confidencial y está dirigida únicamente a su destinatario/a. Si usted no es el/la destinatario/a original de este mensaje, por favor elimínelo. La distribución o copia de este mensaje no está autorizada. See more languages: http://www.sergas.es/aviso-confidencialidad
Hola,
Sí, lo puedes hacer de esta forma...
#-----------------
set.seed(20)
DATOS <- data.frame (
ID = c (1:10)
, TIEMPO = sample(1:40, 10, replace=F)
, DEF = as.factor(sample(c(0,1), 10, replace=T))
)
library(ggplot2)
ggplot( data = DATOS ) +
geom_point( aes(x = TIEMPO, y = ID , shape = DEF, color = DEF), size = 5
) +
geom_segment( aes( x = 0, y = ID, xend = TIEMPO, yend = ID ) ) +
guides(colour = FALSE) +
labs(shape = 'LEGEND') +
scale_y_discrete() +
theme_minimal()
#-----------------
E incluso puedes reproducirlo usando fuentes parecidas a la de los comics
con el paquete "xkcd".
Saludos,
Carlos Ortega
www.qualityexcellence.es
El jue., 18 jul. 2019 a las 13:05, Griera-yandex (<griera en yandex.com>)
escribió:
> Hola Pedro:
>
> Gracias por la ayuda. No conocía esta manera más elegante de mostrar las
> curvas de Kaplan-Meier. Te la compro.
>
> En realidad quería mostrar un gráfico con la longitud de les tiempos de
> seguimiento y al final un símbolo para indicar el estado. Seria un gráfico
> similar a:
>
> https://miro.medium.com/max/700/1*yHhG4TVcAAi29Ln88t0_5Q.png
>
> Pero no encuentro la manera de hacerlo. Igual no se puede.
>
> Muchas gracias y saludos.
>
> On Thu, 18 Jul 2019 10:28:37 +0000
> PEDRO CONCEJERO CEREZO <pedro.concejerocerezo en telefonica.com>
wrote:
>
> > Hola, te vale esto? Es forma estandar de representar graficos
> supervivencia
> >
> > Basado en esto:
> >
> > https://rviews.rstudio.com/2017/09/25/survival-analysis-with-r/
> >
> > set.seed(20)
> >
> > DATOS <- data.frame (
> > ID = c (1:10)
> > , TIEMPO = sample(1:40, 10, replace=F)
> > , DEF = sample(0:1, 10, replace=T)
> > )
> >
> > DATOS
> >
> > library(survival)
> >
> > DATOS$DEF <- as.numeric(DATOS$DEF)
> > DATOS$TIEMPO <- as.numeric(DATOS$TIEMPO)
> >
> > s <- Surv(DATOS$TIEMPO, DATOS$DEF)
> > head(s)
> >
> > ## Kaplan-Meier estimator.
> > km <- survfit(s ~ 1,
> > data = DATOS,
> > conf.type = "log-log")
> >
> > ## Show object
> > km
> >
> > summary(km)
> >
> > plot(km)
> >
> > # Instala las librerías necesarias:
> > library(ranger)
> > library(ggplot2)
> > library(dplyr)
> > library(ggfortify)
> >
> > autoplot(km)
> >
> >
> > El 18/07/2019 a las 12:00, r-help-es-request en
r-project.org<mailto:
> r-help-es-request en r-project.org> escribió:
> >
> > Envíe los mensajes para la lista R-help-es a
> > r-help-es en r-project.org<mailto:r-help-es en
r-project.org>
> >
> > Para subscribirse o anular su subscripción a través de la WEB
> > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
> >
> > O por correo electrónico, enviando un mensaje con el texto
"help" en
> > el asunto (subject) o en el cuerpo a:
> > r-help-es-request en r-project.org<mailto:
> r-help-es-request en r-project.org>
> >
> > Puede contactar con el responsable de la lista escribiendo a:
> > r-help-es-owner en r-project.org<mailto:
> r-help-es-owner en r-project.org>
> >
> > Si responde a algún contenido de este mensaje, por favor, edite la
> > linea del asunto (subject) para que el texto sea mas especifico que:
> > "Re: Contents of R-help-es digest...". Además, por favor,
incluya en
> > la respuesta sólo aquellas partes del mensaje a las que está
> > respondiendo.
> >
> >
> > Asuntos del día:
> >
> > 1. Gráfico tiempos de supervivencia (Griera-yandex)
> >
> > ----------------------------------------------------------------------
> >
> > Message: 1
> > Date: Thu, 18 Jul 2019 10:18:42 +0200
> > From: Griera-yandex <griera en yandex.com><mailto:griera en
yandex.com>
> > To: Lista R <r-help-es en r-project.org><mailto:r-help-es en
r-project.org>
> > Subject: [R-es] Gráfico tiempos de supervivencia
> > Message-ID: <20190718101842.280414d5 en debian-dde>
> > Content-Type: text/plain; charset="utf-8"
> >
> > Buenos días a todos:
> >
> > Alguien me puede ayudar a hacer (si se puede) con unos datos similares
a:
> >
> > set.seed(20)
> > DATOS <- data.frame (
> > ID = c (1:10)
> > , TIEMPO = sample(1:40, 10, replace=F)
> > , DEF = sample(0:1, 10, replace=T)
> > );DATOS
> >
> > un gráfico que muestre los tiempos de supervivencia similar a:
> > https://miro.medium.com/max/700/1*yHhG4TVcAAi29Ln88t0_5Q.png
> >
> > Lo he intentado con la función followup.plot del paquete
> > "epiDisplay" (
> https://cran.r-project.org/web/packages/epiDisplay/index.html),
> > pero no encuentro la forma.
> >
> > Muchas gracias y saludos.
> >
> >
> >
> >
> > ------------------------------
> >
> > Subject: Pié de página del digest
> >
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> pedro.concejerocerezo en telefonica.com>
> > skype: pedro.concejero
> > twitter @ConcejeroPedro<https://twitter.com/ConcejeroPedro>
> > linkedin
pedroconcejero<http://www.linkedin.com/in/pedroconcejero/es>
> > eRReRo feliz, me puedes encontrar en gRupo R madRid <
>
http://madrid.r-es.org/?s=concejero&searchsubmit.x=21&searchsubmit.y=13>
> >
> > ________________________________
> >
> > Este mensaje y sus adjuntos se dirigen exclusivamente a su
destinatario,
> puede contener información privilegiada o confidencial y es para uso
> exclusivo de la persona o entidad de destino. Si no es usted. el
> destinatario indicado, queda notificado de que la lectura, utilización,
> divulgación y/o copia sin autorización puede estar prohibida en virtud de
> la legislación vigente. Si ha recibido este mensaje por error, le rogamos
> que nos lo comunique inmediatamente por esta misma vía y proceda a su
> destrucción.
> >
> > The information contained in this transmission is privileged and
> confidential information intended only for the use of the individual or
> entity named above. If the reader of this message is not the intended
> recipient, you are hereby notified that any dissemination, distribution or
> copying of this communication is strictly prohibited. If you have received
> this transmission in error, do not read it. Please immediately reply to the
> sender that you have received this communication in error and then delete
> it.
> >
> > Esta mensagem e seus anexos se dirigem exclusivamente ao seu
> destinatário, pode conter informação privilegiada ou confidencial e é para
> uso exclusivo da pessoa ou entidade de destino. Se não é vossa senhoria o
> destinatário indicado, fica notificado de que a leitura, utilização,
> divulgação e/ou cópia sem autorização pode estar proibida em virtude da
> legislação vigente. Se recebeu esta mensagem por erro, rogamos-lhe que nos
> o comunique imediatamente por esta mesma via e proceda a sua destruição
> >
> > [[alternative HTML version deleted]]
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