R help es - Mar 2010 - clasificacion support vector machines (package e1071)

Hola a todos,

Estoy iniciandome en R y la verdad es que aun estoy muy muy verde....

Estoy
intentando clasificar unos datos con support vector machines, pero me
da fallo al usar la funcion predict. El código que uso es el siguiente:

calibrate<-read.table("calibration.txt", header=TRUE)
calibrate$calibration<-as.factor(calibrate$calibration)
calibrate.rf<-svm(calibration~B14+B15+B16, data=calibrate, cost=100, gamma=1)
predict<-read.table("validation.txt", header=TRUE)
memory.limit(size=4000)
#hasta ahí todo bien, pero al hacer la prediccion es donde da fallo
predValues<-predict(calibrate.rf, predict)
#a partir de esa line me dice lo siguiente:
#Error en eval(expr, envir, enclos) : objeto ''B14'' no
encontrado
#supongo que existe algún conflicto con el formato de validation y la salida de
la funcion svm

El archivo validation es una columna con el valor de la clase de cada fila del
archivo calibration


Si
alguien me puede echar una mano os lo agradecería.  

Víctor Rodríguez 		 	   		  
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Hola, ¿qué tal?

Es una tontería, ¿pero has comprobado que, efectivamente, en el
conjunto de datos "predict" (obviando el hecho de que es mala práctica
utilizar "palabras reservadas" para dar nombre a conjuntos de datos y
variables) existe una columna que se llama B14?

Un saludo,

Carlos J. Gil Bellosta

http://www.datanalytics.com
http://datanalytics.wordpress.com


El día 16 de marzo de 2010 12:33, Víctor Rodríguez Galiano
<luxorvrg en hotmail.com> escribió:
>
> Hola a todos,
>
> Estoy iniciandome en R y la verdad es que aun estoy muy muy verde....
>
> Estoy
> intentando clasificar unos datos con support vector machines, pero me
> da fallo al usar la funcion predict. El código que uso es el siguiente:
>
> calibrate<-read.table("calibration.txt", header=TRUE)
> calibrate$calibration<-as.factor(calibrate$calibration)
> calibrate.rf<-svm(calibration~B14+B15+B16, data=calibrate, cost=100,
gamma=1)
> predict<-read.table("validation.txt", header=TRUE)
> memory.limit(size=4000)
> #hasta ahí todo bien, pero al hacer la prediccion es donde da fallo
> predValues<-predict(calibrate.rf, predict)
> #a partir de esa line me dice lo siguiente:
> #Error en eval(expr, envir, enclos) : objeto 'B14' no encontrado
> #supongo que existe algún conflicto con el formato de validation y la
salida de la funcion svm
>
> El archivo validation es una columna con el valor de la clase de cada fila
del archivo calibration
>
>
> Si
> alguien me puede echar una mano os lo agradecería.
>
> Víctor Rodríguez
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> R-help-es en r-project.org
> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
>
>

Victor,

se supone que quieres predecir la variable "calibration" a partir de  
las variables B14,B15,B16.
Por lo tanto, el fichero validation debería tener al menos las 3  
columnas B14,B15, B16,
y no una sola columna como lo indicas en tu mensaje.
Olivier


--  
____________________________________

Olivier G. Nuñez
Email: onunez en iberstat.es
Tel : +34 663 03 69 09
Web: http://www.iberstat.es

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El 16/03/2010, a las 12:33, Víctor Rodríguez Galiano escribió:
>
> Hola a todos,
>
> Estoy iniciandome en R y la verdad es que aun estoy muy muy verde....
>
> Estoy
> intentando clasificar unos datos con support vector machines, pero me
> da fallo al usar la funcion predict. El código que uso es el  
> siguiente:
>
> calibrate<-read.table("calibration.txt", header=TRUE)
> calibrate$calibration<-as.factor(calibrate$calibration)
> calibrate.rf<-svm(calibration~B14+B15+B16, data=calibrate,  
> cost=100, gamma=1)
> predict<-read.table("validation.txt", header=TRUE)
> memory.limit(size=4000)
> #hasta ahí todo bien, pero al hacer la prediccion es donde da fallo
> predValues<-predict(calibrate.rf, predict)
> #a partir de esa line me dice lo siguiente:
> #Error en eval(expr, envir, enclos) : objeto 'B14' no encontrado
> #supongo que existe algún conflicto con el formato de validation y  
> la salida de la funcion svm
>
> El archivo validation es una columna con el valor de la clase de  
> cada fila del archivo calibration
>
>
> Si
> alguien me puede echar una mano os lo agradecería.
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> Víctor Rodríguez 		 	   		
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Hola Víctor.

Sin saber el contenido de "calibrarion.txt" (al que le suponen las
variables B14, B15 y B16), parece que el problema está en
"calibration~B14+B15+B16"... Aún así, asumes muchos riesgos al
utilizar nombres de variables que son funciones (tienes predict como variable,
predict como función y predict.svm)... Antes de eso redefines
calibrate$calibration como factor... Igual tienes un problema con los tipos....

Un Saludo,
===================================Miguel Ángel Rodríguez Muíños
Servicio de Epidemioloxía
Dirección Xeral de Saúde Pública e Planificación
Consellería de Sanidade
Xunta de Galicia
web: http://www.galiciasaude.es/dxsp
===================================



-----Mensaje original-----
De: r-help-es-bounces en r-project.org [mailto:r-help-es-bounces en
r-project.org] En nombre de Víctor Rodríguez Galiano
Enviado el: martes, 16 de marzo de 2010 12:33
Para: r-help-es en r-project.org
Asunto: [R-es] clasificacion support vector machines (package e1071)


Hola a todos,

Estoy iniciandome en R y la verdad es que aun estoy muy muy verde....

Estoy
intentando clasificar unos datos con support vector machines, pero me da fallo
al usar la funcion predict. El código que uso es el siguiente:

calibrate<-read.table("calibration.txt", header=TRUE)
calibrate$calibration<-as.factor(calibrate$calibration)
calibrate.rf<-svm(calibration~B14+B15+B16, data=calibrate, cost=100, gamma=1)
predict<-read.table("validation.txt", header=TRUE)
memory.limit(size=4000)
#hasta ahí todo bien, pero al hacer la prediccion es donde da fallo
predValues<-predict(calibrate.rf, predict) #a partir de esa line me dice lo
siguiente:
#Error en eval(expr, envir, enclos) : objeto 'B14' no encontrado
#supongo que existe algún conflicto con el formato de validation y la salida de
la funcion svm

El archivo validation es una columna con el valor de la clase de cada fila del
archivo calibration


Si
alguien me puede echar una mano os lo agradecería.

Víctor Rodríguez
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XACOBEO 2010: http://www.xacobeo.org

Buenos dias Victor,,

Podrias enviarnos el resultado de

str(calibrate)

?

Muchas gracias,

             Jorge Ivan Velez


2010/3/16 Víctor Rodríguez Galiano <>
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> Hola a todos,
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>
> Estoy
> intentando clasificar unos datos con support vector machines, pero me
> da fallo al usar la funcion predict. El código que uso es el siguiente:
>
> calibrate<-read.table("calibration.txt", header=TRUE)
> calibrate$calibration<-as.factor(calibrate$calibration)
> calibrate.rf<-svm(calibration~B14+B15+B16, data=calibrate, cost=100,
> gamma=1)
> predict<-read.table("validation.txt", header=TRUE)
> memory.limit(size=4000)
> #hasta ahí todo bien, pero al hacer la prediccion es donde da fallo
> predValues<-predict(calibrate.rf, predict)
> #a partir de esa line me dice lo siguiente:
> #Error en eval(expr, envir, enclos) : objeto ''B14'' no
encontrado
> #supongo que existe algún conflicto con el formato de validation y la
> salida de la funcion svm
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