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2007 Jun 25
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LanguageR pvals.fnc error message
Hi. I get an error message about not converging when I try and use the pvals.fnc from the languageR library. The LMER analysis worked fine (See below). I am not an expert so I don't understand why the LMER worked but not the pvals.fnc Any help gratefully received. - Mike AIC BIC logLik MLdeviance REMLdeviance -7324 -7254 3673 -7451 -7346 Random effects: Groups
2008 Oct 01
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pvals.fnc in lme4 and languageR
Hi everybody! I was using the function pvals.fnc from package 'languageR' until April. I do not know which version. Yesterday I updated all my packages and tried to run my loop again. Now I get the following error message: error in pvals.fnc(mm, nsim = 1000) : MCMC sampling is not yet implemented in lme4_0.999375-27 for models with random correlation parameters I guess it?s because of
2007 May 11
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incorrect MCMC CIs in pvals.fnc (languageR) ?
library(lme4) library(coda) library(languageR) fit = lmer(Reaction~Days + (1|Subject) + (0+Days|Subject), data=sleepstudy) pvals.fnc(fit)$random # compare with... samp = mcmcsamp(fit, n=10000, trans=FALSE) HPDinterval(samp) densityplot(samp, plot=F) # 'pvals.fnc' reports sigma instead of sigma^2, but it looks like the # Sbjc.(In) and Sbjc.Days are also sqrt compared with the
2007 Aug 21
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pvals.fnc unhappy about lmer objects
Dear folks (or Dear Professor Bates), I'm quite confused as to the current status of some of the available functions applicable to lmer objects. Following the examples in Baayen, Davidson, Bates (2006), my plan is to run mcmcsamp on a random effect model created by lmer in package lme4, then use the (perhaps outdated) pvals to estimate p-value. But then I couldn't find pvals anywhere.
2011 Apr 21
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Error running pvals.fnc in R version 2.13.0
Dear R-help: I've been trying to run pvals.fnc in the newest version of R (2.13.0). The function lmer worked fine, but when I tried to use pvals.fnc on the lmer object, I got the following error: "Error in pvals.fnc(elogr.subj.dys.sum.3x3.p, nsim = 10000) : trying to get slot "coefs" from an object (class "summaryDefault") that is not an S4 object." How can I
2008 Nov 26
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Problem with aovlmer.fnc in languageR
Dear R list, I have a recurring problem with the languageR package, specifically the aovlmer.fnc function. When I try to run the following code (from R. H. Baayen's textbook): # Example 1: library(languageR) latinsquare.lmer <- lmer(RT ~ SOA + (1 | Word) + (1 | Subject), data = latinsquare) x <- pvals.fnc(latinsquare.lmer,
2013 Oct 17
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pamer.fnc y la nueva versión de R
Hola buenas noches, tengo un problema bastante gordo. ¿A alguno le ha dejado de funcionar las funciones pamer.fnc y mcp.fnc con la nueva versión de R? La semana pasada formatee el ordenador y ahora scripts antiguos no funcionan. La cuestión es que me precupa que no funcione el ejemplo de tutorial del autor. Os dejo un script que debería de funcionar y no lo hace
2010 Apr 15
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graphic question
Hello, I have a simple question that I could not really figure out. I am plotting labels within a graph using the text function. I first plot the first label by specifying the x and y coordinates on the graph. Then to plot the second label next to it, I am using te strwidth function to get the width of the previous label in user coordinate then add the maximum width to the x value. However, this
2010 Feb 20
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plot.logistic.fit.fnc
Hello All, I am learning mixed effects logistic regression (lmer in lme4), and I am having problems deciphering the goodness of fit function plot.logistic.fit.fnc (languageR package). The only information I can find is that this function plots observed proportions against mean predicted probabilities for some binning of the data. I have explored this function with several datasets, and have had
2013 Dec 02
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pamer.fnc y la nueva versión de R
Hace unos meses os escribir para comunicaros que había un fallo en esta función. Como os prometí os comento la respuesta por si alguno está interesado en utilizar el paquete LMERconvenientsfucntions Dear Javier, The package has been updated and should work for you fine now. Note that function mcp.fnc does not return the fourth plot (dffits) anymore. We still have to figure out a way to compute
2009 Apr 22
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plot.logistic.fit.fnc
Hello, I can not get the function plot.logistic.fit.fnc() working....it returns "Error: could not find function "plot.logistic.fit.fnc"". Do I need to upload as specific package first? I am trying to check the fit of a mixed logistic model. Also, any advice for checking the assumption of independence in a mixed logistic model? Many thanks in advance, Sarah Foster
2013 Oct 18
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pamer.fnc y la nueva versión de R
Estimado Javier Villacampa Gonzáles Si una persona se toma el trabajo de desarrollar y compartir, como es el caso de R, seguramente conoce de problemas que tuvo que decidir mientras escibía el código, y estará agradecido porque hay gente que utiliza su aporte, su trabajo no fué a la nada, todo lo contrario. En mi caso un solo autor tuvo una respuesta negativa para con migo. Javier Marcuzzi
2007 Mar 20
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Any R function for self-controlled case series method /effect absorption?
Hello, Has anyone written R functions for applying self-controlled case series methods (http://statistics.open.ac.uk/sccs/). In fact only thing needed is to modify glm function to allow absorption of effect. Eg. in Poisson model individual effect is used as factor, but it is considered as nuisance term where parameter estimates are not needed. Could anyone point how absorbing individual
2008 Nov 10
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R 2.8. and languageR
Hi, I have been using the library languageR in R2.6.0 for some while. I now would like to use new functions of this library (especially plotLMER.fnc) and have downloaded R 2.8.0. Error messages appear when I load the languageR library (I have tried several times on different computers but this doesn't help.: Attachement du package : 'Matrix' The following object(s)
2013 Oct 18
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pamer.fnc y la nueva versión de R
Javier, Creo que aquí aplica la ley de Linus que dice: "Dado un número suficientemente elevado de ojos, todos los errores se convierten en obvios". La persona que revisa y encuentra un error no necesariamente tiene que ser la misma que la que lo escribe. Una motivación muy importante al compartir un código es la de recibir los beneficios del control de calidad por parte de tus pares.
2013 Jan 23
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Mixed effects para factores y no para covariables. Guia y dudas
Hola buenas tras meses investigando como hacer anovas para factores con efectos fijos y efectos aleatorios, he encontrado una serie de funciones que satisfacen mis pretensiones y creo correctas en cierta medida. Me gustaría compartirlas con vosotros con doble intención, la primera es compartirla para que si otro se encuentra en esta situación que tenga el trabajo hecho y la segunda es que sean
2013 Oct 18
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pamer.fnc y la nueva versión de R
Gracias a todos por las recomendaciones. Ya me he puesto en contacto con el autor y le explicado donde esta el error. Es tan fácil como que han cambiado la estructura de los objetos tipos lmer desde la versión 2.15.3 con lo que su paquete dejo de funcionar. Por suerte la nueva estructura conserva por lo menos la parte necesaria para hacer sus funciones. Se localizar el fallo y como arreglarlo, lo
2013 Oct 18
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pamer.fnc y la nueva versión de R
Hola buenas. al final corri el siguiente código en mi máquina de casa. El problema es que ha habido algún cambio en la librería lme4, que hace incompatible los nuevos objetos lmer con la funcioón pamer.fnc. En este tipo de situaciones imagino que lo propio sería ponerme en contacto con el autor o intentar corregir yo mismo el código o incluso ambas. ¿Es decortes escribir al autor reportandole el
2009 Feb 24
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lmer, estimation of p-values and mcmcsamp
(To the list moderator: I just subscribed to the list. Apologies for not having done so longer before trying to post.) Hi all, I am currently using lmer to analyze data from an experiment with a single fixed factor (treatment, 6 levels) and a single random factor (block). I've been trying to follow the online guidance for estimating p-values for parameter estimates on these and other
2014 Jun 13
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p values con LMER
Hola Manuel lo he tratado de hacer pero me sale Error: unexpected string constante in: "anova(a,as,test=Chisq") no tengo ni idea de por qué... Me resulta alucinante no poder contar ya con pvals.fnc. ¿Será imposible hacerse con ello? Saludos, Miguel -------------------------------------------- El vie, 13/6/14, Manuel Azcárate <mazcarategarcia en gmail.com> escribió: