Hola buenas. al final corri el siguiente código en mi máquina de casa. El problema es que ha habido algún cambio en la librería lme4, que hace incompatible los nuevos objetos lmer con la funcioón pamer.fnc. En este tipo de situaciones imagino que lo propio sería ponerme en contacto con el autor o intentar corregir yo mismo el código o incluso ambas. ¿Es decortes escribir al autor reportandole el fallo? ¿ Existe algún problema protocolo para hacer esto? (aparte de ponerme en contacto a traves del mail de contacto de la persona responsable) Muchas gracias por adelantado. Aquí les dejo el código simplificado y las informaciones de sesión en la que podrán ver distintas versiones de R así como SO. # ------------------------------ -------------------------- # Codigo # -------------------------------------------------------- require(lme4) require(LMERConvenienceFunctions) dat <- data.frame(row.names= 1:20) dat$Subject <- factor(rep(x= c("S1","S2","S3","S4"), each= 5)) dat$RT <- rnorm( 20, mean= 500,sd= 20) dat$Condicion1 <- factor(rep(x= c("A","B"), each= 2)) dat$Condicion2 <- factor(rep(x= c("X","Y"))) mod <- lmer( RT ~ Condicion1 * Condicion2 + (1|Subject), data=dat) summary(mod) pamer.fnc(mod) sessionInfo() # -------------------------------------------------------- Con R 3.0.1 NO FUNCIONA # ------------------------------ --------------------------> require(lme4)Loading required package: lme4 Loading required package: lattice Loading required package: Matrix Mensajes de aviso perdidos package ‘lme4’ was built under R version 3.0.2> require(LMERConvenienceFunctions)Loading required package: LMERConvenienceFunctions Mensajes de aviso perdidos package ‘LMERConvenienceFunctions’ was built under R version 3.0.2> dat <- data.frame(row.names= 1:20) > dat$Subject <-+ + factor(rep(x= c("S1","S2","S3","S4"), each= 5)) Mensajes de aviso perdidos In Ops.factor(factor(rep(x = c("S1", "S2", "S3", "S4"), each = 5))) : + not meaningful for factors> dat$RT <- rnorm( 20, mean= 500,sd= 20) > dat$Condicion1 <-+ + factor(rep(x= c("A","B"), each= 2)) Mensajes de aviso perdidos In Ops.factor(factor(rep(x = c("A", "B"), each = 2))) : + not meaningful for factors> dat$Condicion2 <-+ + factor(rep(x= c("X","Y"))) Mensajes de aviso perdidos In Ops.factor(factor(rep(x = c("X", "Y")))) : + not meaningful for factors> mod <- lmer( RT ~ Condicion1 * Condicion2 + (1|Subject), data=dat)Error en FUN(X[[1L]], ...) : Invalid grouping factor specification, Subject> summary(mod)Linear mixed model fit by REML ['lmerMod'] Formula: RT ~ Condicion1 * Condicion2 + (1 | Subject) Data: dat REML criterion at convergence: 145.1507 Random effects: Groups Name Variance Std.Dev. Subject (Intercept) 0.0 0.00 Residual 340.9 18.46 Number of obs: 20, groups: Subject, 4 Fixed effects: Estimate Std. Error t value (Intercept) 494.7082 8.2575 59.91 Condicion1B 6.7442 11.6779 0.58 Condicion2Y -1.1768 11.6779 -0.10 Condicion1B:Condicion2Y 0.9188 16.5150 0.06 Correlation of Fixed Effects: (Intr) Cndc1B Cndc2Y Condicion1B -0.707 Condicion2Y -0.707 0.500 Cndcn1B:C2Y 0.500 -0.707 -0.707> > pamer.fnc(mod)Error en qr(model@X) : error in evaluating the argument 'x' in selecting a method for function 'qr': Error: no hay un slot de nombre "X" para ese objeto de clase "lmerMod"> sessionInfo()R version 3.0.1 (2013-05-16) Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit) locale: [1] LC_COLLATE=Spanish_Spain.1252 LC_CTYPE=Spanish_Spain.1252 [3] LC_MONETARY=Spanish_Spain.1252 LC_NUMERIC=C [5] LC_TIME=Spanish_Spain.1252 attached base packages: [1] stats graphics grDevices utils datasets methods base other attached packages: [1] LMERConvenienceFunctions_2.1 lme4_1.0-4 [3] Matrix_1.0-12 lattice_0.20-15 loaded via a namespace (and not attached): [1] grid_3.0.1 MASS_7.3-26 minqa_1.2.1 nlme_3.1-109 splines_3.0.1 # ------------------------------ -------------------------- Con R 2.15.3 Windows NO FUNCIONA # --------------------------------------------------------> require(lme4)Loading required package: lme4Loading required package: latticeLoading required package: Matrix > require(LMERConvenienceFunctions)Loading required package: LMERConvenienceFunctions > dat <- data.frame(row.names= 1:20)> dat$Subject <-+ factor(rep(x= c("S1","S2","S3","S4"), each= 5))> dat$RT <- rnorm( 20, mean= 500,sd= 20)> dat$Condicion1 <-+ factor(rep(x= c("A","B"), each= 2))> dat$Condicion2 <-+ factor(rep(x= c("X","Y")))> mod <- lmer( RT ~ Condicion1 * Condicion2 + (1|Subject), data=dat)> summary(mod)Linear mixed model fit by REML ['lmerMod'] Formula: RT ~ Condicion1 * Condicion2 + (1 | Subject) Data: dat REML criterion at convergence: 145.443 Random effects: Groups Name Variance Std.Dev. Subject (Intercept) 0.0 0.00 Residual 347.2 18.63 Number of obs: 20, groups: Subject, 4 Fixed effects: Estimate Std. Error t value (Intercept) 492.738 8.333 59.13 Condicion1B 11.351 11.785 0.96 Condicion2Y -1.000 11.785 -0.08 Condicion1B:Condicion2Y -6.865 16.666 -0.41 Correlation of Fixed Effects: (Intr) Cndc1B Cndc2Y Condicion1B -0.707 Condicion2Y -0.707 0.500 Cndcn1B:C2Y 0.500 -0.707 -0.707> pamer.fnc(mod)Error en qr(model@X) :error in evaluating the argument 'x' in selecting a method for function 'qr': Error: no hay un slot de nombre "X" para ese objeto de clase "lmerMod"> sessionInfo()R version 2.15.3 (2013-03-01) Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit) locale: [1] LC_COLLATE=Spanish_Spain.1252 LC_CTYPE=Spanish_Spain.1252 [3] LC_MONETARY=Spanish_Spain.1252 LC_NUMERIC=C [5] LC_TIME=Spanish_Spain.1252 attached base packages: [1] stats graphics grDevices utils datasets methods base other attached packages: [1] LMERConvenienceFunctions_2.1 lme4_1.0-4 [3] Matrix_1.0-11 lattice_0.20-13 loaded via a namespace (and not attached): [1] grid_2.15.3 MASS_7.3-23 minqa_1.2.1 nlme_3.1-108 splines_2.15.3 [6] tools_2.15.3 # -------------------------------------------------------- Con R 2.15.2 Windows FUNCIONA # --------------------------------------------------------> require(lme4) > require(LMERConvenienceFunctions) > dat <- data.frame(row.names= 1:20) > dat$Subject <-+ factor(rep(x= c("S1","S2","S3","S4"), each= 5))> dat$RT <- rnorm( 20, mean= 500,sd= 20) > dat$Condicion1 <-+ factor(rep(x= c("A","B"), each= 2))> dat$Condicion2 <-+ factor(rep(x= c("X","Y")))> mod <- lmer( RT ~ Condicion1 * Condicion2 + (1|Subject), data=dat) > summary(mod)Linear mixed model fit by REML Formula: RT ~ Condicion1 * Condicion2 + (1 | Subject) Data: dat AIC BIC logLik deviance REMLdev 162.3 168.3 -75.15 175.7 150.3 Random effects: Groups Name Variance Std.Dev. Subject (Intercept) 101.59 10.079 Residual 405.85 20.146 Number of obs: 20, groups: Subject, 4 Fixed effects: Estimate Std. Error t value (Intercept) 504.9071 10.3897 48.60 Condicion1B -0.5751 12.8853 -0.04 Condicion2Y -5.6312 12.8853 -0.44 Condicion1B:Condicion2Y -5.5012 18.2226 -0.30 Correlation of Fixed Effects: (Intr) Cndc1B Cndc2Y Condicion1B -0.620 Condicion2Y -0.620 0.500 Cndcn1B:C2Y 0.438 -0.707 -0.707> > pamer.fnc(mod)Df Sum Sq Mean Sq F value upper.den.df upper.p.val Condicion1 1 54.0666 54.0666 0.1332 16 0.7199 Condicion2 1 343.4881 343.4881 0.8463 16 0.3713 Condicion1:Condicion2 1 36.9835 36.9835 0.0911 16 0.7666 lower.den.df lower.p.val expl.dev.(%) Condicion1 12 0.7215 0.6186 Condicion2 12 0.3757 3.9298 Condicion1:Condicion2 12 0.7679 0.4231> sessionInfo()R version 2.15.2 (2012-10-26) Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit) locale: [1] LC_COLLATE=Spanish_Spain.1252 LC_CTYPE=Spanish_Spain.1252 [3] LC_MONETARY=Spanish_Spain.1252 LC_NUMERIC=C [5] LC_TIME=Spanish_Spain.1252 attached base packages: [1] stats graphics grDevices utils datasets methods base other attached packages: [1] LMERConvenienceFunctions_2.0 lme4_0.999999-2 [3] Matrix_1.0-9 lattice_0.20-10 loaded via a namespace (and not attached): [1] grid_2.15.2 nlme_3.1-105 stats4_2.15.2 # -------------------------------------------------------- Con R 2.15.2 Uubntu FUNCIONA # --------------------------------------------------------> require(lme4) > require(LMERConvenienceFunctions)> dat <- data.frame(row.names= 1:20) > dat$Subject <-+ factor(rep(x= c("S1","S2","S3","S4"), each= 5))> dat$RT <- rnorm( 20, mean= 500,sd= 20) > dat$Condicion1 <-+ factor(rep(x= c("A","B"), each= 2))> dat$Condicion2 <-+ factor(rep(x= c("X","Y")))> mod <- lmer( RT ~ Condicion1 * Condicion2 + (1|Subject), data=dat) > summary(mod)Linear mixed model fit by REML Formula: RT ~ Condicion1 * Condicion2 + (1 | Subject) Data: dat AIC BIC logLik deviance REMLdev 163.7 169.6 -75.83 177.1 151.7 Random effects: Groups Name Variance Std.Dev. Subject (Intercept) 0.00 0.000 Residual 511.81 22.623 Number of obs: 20, groups: Subject, 4 Fixed effects: Estimate Std. Error t value (Intercept) 499.096 10.117 49.33 Condicion1B 15.992 14.308 1.12 Condicion2Y 7.018 14.308 0.49 Condicion1B:Condicion2Y -34.872 20.235 -1.72 Correlation of Fixed Effects: (Intr) Cndc1B Cndc2Y Condicion1B -0.707 Condicion2Y -0.707 0.500 Cndcn1B:C2Y 0.500 -0.707 -0.707> pamer.fnc(mod)Df Sum Sq Mean Sq F value upper.den.df upper.p.val lower.den.df lower.p.val expl.dev.(%) Condicion1 1 10.4232 10.4232 0.0204 16 0.8883 12 0.8889 0.0965 Condicion2 1 542.6392 542.6392 1.0602 16 0.3185 12 0.3235 5.0234 Condicion1:Condicion2 1 1520.0902 1520.0902 2.9700 16 0.1041 12 0.1105 14.0720> sessionInfo()R version 2.15.2 (2012-10-26) Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit) locale: [1] LC_CTYPE=es_ES.UTF-8 LC_NUMERIC=C LC_TIME=es_ES.UTF-8 LC_COLLATE=es_ES.UTF-8 [5] LC_MONETARY=es_ES.UTF-8 LC_MESSAGES=es_ES.UTF-8 LC_PAPER=C LC_NAME=C [9] LC_ADDRESS=C LC_TELEPHONE=C LC_MEASUREMENT=es_ES.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C attached base packages: [1] stats graphics grDevices utils datasets methods base other attached packages: [1] LMERConvenienceFunctions_2.0 lme4_0.999999-2 Matrix_1.0-11 lattice_0.20-13 loaded via a namespace (and not attached): [1] grid_2.15.2 nlme_3.1-108 stats4_2.15.2 tools_2. -- [[alternative HTML version deleted]]
miguel.angel.rodriguez.muinos en sergas.es
2013-Oct-18 11:08 UTC
[R-es] pamer.fnc y la nueva versión de R
Hola Javier. Creo que es cortés (y de agradecer) el generar feedback con los autores. A veces sólo se detectan ciertos bugs en determinadas circunstancias (que, si tú no detectas, puede que no lo haga nadie). También es cierto que, cada vez que sale una nueva versión de R puede que haya ciertos paquetes que no respondan adecuadamente puesto que algunas de las funciones genéricas que usan, al ser actualizadas, cambien su forma de "actuar" e incida en la funcionalidad del paquete. Yo he vivido situaciones parecidas y es cuestión de paciencia (y de no desechar la versión "operativa" de R hasta que no se haya testeado la nueva en profundidad). Creo que es recomendable tener una versión de R en producción (testeada y funcional) y antes de hacer la actualización y/o migración a la nueva, tenerla un tiempo en "desarrollo". Un Saludo, _____________________________ Miguel Ángel Rodríguez Muíños Consellería de Sanidade Xunta de Galicia http://dxsp.sergas.es -----Mensaje original----- De: r-help-es-bounces en r-project.org [mailto:r-help-es-bounces en r-project.org] En nombre de Javier Villacampa González Enviado el: viernes, 18 de octubre de 2013 12:47 Para: R ayuda Asunto: Re: [R-es] pamer.fnc y la nueva versión de R Hola buenas. al final corri el siguiente código en mi máquina de casa. El problema es que ha habido algún cambio en la librería lme4, que hace incompatible los nuevos objetos lmer con la funcioón pamer.fnc. En este tipo de situaciones imagino que lo propio sería ponerme en contacto con el autor o intentar corregir yo mismo el código o incluso ambas. ¿Es decortes escribir al autor reportandole el fallo? ¿ Existe algún problema protocolo para hacer esto? (aparte de ponerme en contacto a traves del mail de contacto de la persona responsable) Muchas gracias por adelantado. ________________________________ Nota: A información contida nesta mensaxe e os seus posibles documentos adxuntos é privada e confidencial e está dirixida únicamente ó seu destinatario/a. Se vostede non é o/a destinatario/a orixinal desta mensaxe, por favor elimínea. A distribución ou copia desta mensaxe non está autorizada. Nota: La información contenida en este mensaje y sus posibles documentos adjuntos es privada y confidencial y está dirigida únicamente a su destinatario/a. Si usted no es el/la destinatario/a original de este mensaje, por favor elimínelo. La distribución o copia de este mensaje no está autorizada. See more languages: http://www.sergas.es/aviso_confidencialidad.htm
Estimado Javier Villacampa Gonzáles Si una persona se toma el trabajo de desarrollar y compartir, como es el caso de R, seguramente conoce de problemas que tuvo que decidir mientras escibía el código, y estará agradecido porque hay gente que utiliza su aporte, su trabajo no fué a la nada, todo lo contrario. En mi caso un solo autor tuvo una respuesta negativa para con migo. Javier Marcuzzi 2013/10/18 Javier Villacampa González <javier.villacampa.gonzalez@gmail.com>> Hola buenas. > al final corri el siguiente código en mi máquina de casa. El problema es > que ha habido algún cambio en la librería lme4, que hace incompatible los > nuevos objetos lmer con la funcioón pamer.fnc. En este tipo de situaciones > imagino que lo propio sería ponerme en contacto con el autor o intentar > corregir yo mismo el código o incluso ambas. ¿Es decortes escribir al > autor reportandole el fallo? ¿ Existe algún problema protocolo para hacer > esto? (aparte de ponerme en contacto a traves del mail de contacto de la > persona responsable) > > Muchas gracias por adelantado. > > Aquí les dejo el código simplificado y las informaciones de sesión en la > que podrán ver distintas versiones de R así como SO. > > # ------------------------------ > -------------------------- > # Codigo > # -------------------------------------------------------- > require(lme4) > require(LMERConvenienceFunctions) > dat <- data.frame(row.names= 1:20) > dat$Subject <- > factor(rep(x= c("S1","S2","S3","S4"), each= 5)) > dat$RT <- rnorm( 20, mean= 500,sd= 20) > dat$Condicion1 <- > factor(rep(x= c("A","B"), each= 2)) > dat$Condicion2 <- > factor(rep(x= c("X","Y"))) > mod <- lmer( RT ~ Condicion1 * Condicion2 + (1|Subject), data=dat) > summary(mod) > > pamer.fnc(mod) > sessionInfo() > > # -------------------------------------------------------- > Con R 3.0.1 NO FUNCIONA > # ------------------------------ > -------------------------- > > require(lme4) > Loading required package: lme4 > Loading required package: lattice > Loading required package: Matrix > Mensajes de aviso perdidos > package ‘lme4’ was built under R version 3.0.2 > > require(LMERConvenienceFunctions) > Loading required package: LMERConvenienceFunctions > Mensajes de aviso perdidos > package ‘LMERConvenienceFunctions’ was built under R version 3.0.2 > > dat <- data.frame(row.names= 1:20) > > dat$Subject <- > + + factor(rep(x= c("S1","S2","S3","S4"), each= 5)) > Mensajes de aviso perdidos > In Ops.factor(factor(rep(x = c("S1", "S2", "S3", "S4"), each = 5))) : > + not meaningful for factors > > dat$RT <- rnorm( 20, mean= 500,sd= 20) > > dat$Condicion1 <- > + + factor(rep(x= c("A","B"), each= 2)) > Mensajes de aviso perdidos > In Ops.factor(factor(rep(x = c("A", "B"), each = 2))) : > + not meaningful for factors > > dat$Condicion2 <- > + + factor(rep(x= c("X","Y"))) > Mensajes de aviso perdidos > In Ops.factor(factor(rep(x = c("X", "Y")))) : + not meaningful for factors > > mod <- lmer( RT ~ Condicion1 * Condicion2 + (1|Subject), data=dat) > Error en FUN(X[[1L]], ...) : > Invalid grouping factor specification, Subject > > summary(mod) > Linear mixed model fit by REML ['lmerMod'] > Formula: RT ~ Condicion1 * Condicion2 + (1 | Subject) > Data: dat > > REML criterion at convergence: 145.1507 > > Random effects: > Groups Name Variance Std.Dev. > Subject (Intercept) 0.0 0.00 > Residual 340.9 18.46 > Number of obs: 20, groups: Subject, 4 > > Fixed effects: > Estimate Std. Error t value > (Intercept) 494.7082 8.2575 59.91 > Condicion1B 6.7442 11.6779 0.58 > Condicion2Y -1.1768 11.6779 -0.10 > Condicion1B:Condicion2Y 0.9188 16.5150 0.06 > > Correlation of Fixed Effects: > (Intr) Cndc1B Cndc2Y > Condicion1B -0.707 > Condicion2Y -0.707 0.500 > Cndcn1B:C2Y 0.500 -0.707 -0.707 > > > > pamer.fnc(mod) > Error en qr(model@X) : > error in evaluating the argument 'x' in selecting a method for function > 'qr': Error: no hay un slot de nombre "X" para ese objeto de clase > "lmerMod" > > sessionInfo() > R version 3.0.1 (2013-05-16) > Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit) > > locale: > [1] LC_COLLATE=Spanish_Spain.1252 LC_CTYPE=Spanish_Spain.1252 > [3] LC_MONETARY=Spanish_Spain.1252 LC_NUMERIC=C > [5] LC_TIME=Spanish_Spain.1252 > > attached base packages: > [1] stats graphics grDevices utils datasets methods base > > other attached packages: > [1] LMERConvenienceFunctions_2.1 lme4_1.0-4 > [3] Matrix_1.0-12 lattice_0.20-15 > > loaded via a namespace (and not attached): > [1] grid_3.0.1 MASS_7.3-26 minqa_1.2.1 nlme_3.1-109 splines_3.0.1 > > # ------------------------------ > > -------------------------- > Con R 2.15.3 Windows NO FUNCIONA > # -------------------------------------------------------- > > > > require(lme4)Loading required package: lme4Loading required package: > latticeLoading required package: Matrix > > require(LMERConvenienceFunctions)Loading required package: > LMERConvenienceFunctions > > dat <- data.frame(row.names= 1:20) > > > dat$Subject <- > + factor(rep(x= c("S1","S2","S3","S4"), each= 5)) > > > dat$RT <- rnorm( 20, mean= 500,sd= 20) > > > dat$Condicion1 <- > + factor(rep(x= c("A","B"), each= 2)) > > > dat$Condicion2 <- > + factor(rep(x= c("X","Y"))) > > > mod <- lmer( RT ~ Condicion1 * Condicion2 + (1|Subject), data=dat) > > > summary(mod) > Linear mixed model fit by REML ['lmerMod'] > Formula: RT ~ Condicion1 * Condicion2 + (1 | Subject) > Data: dat > > REML criterion at convergence: 145.443 > > Random effects: > Groups Name Variance Std.Dev. > Subject (Intercept) 0.0 0.00 > Residual 347.2 18.63 > Number of obs: 20, groups: Subject, 4 > > Fixed effects: > Estimate Std. Error t value > (Intercept) 492.738 8.333 59.13 > Condicion1B 11.351 11.785 0.96 > Condicion2Y -1.000 11.785 -0.08 > Condicion1B:Condicion2Y -6.865 16.666 -0.41 > > Correlation of Fixed Effects: > (Intr) Cndc1B Cndc2Y > Condicion1B -0.707 > Condicion2Y -0.707 0.500 > Cndcn1B:C2Y 0.500 -0.707 -0.707 > > > pamer.fnc(mod)Error en qr(model@X) : > error in evaluating the argument 'x' in selecting a method for > function 'qr': Error: no hay un slot de nombre "X" para ese objeto de > clase "lmerMod"> sessionInfo()R version 2.15.3 (2013-03-01) > Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit) > > locale: > [1] LC_COLLATE=Spanish_Spain.1252 LC_CTYPE=Spanish_Spain.1252 > [3] LC_MONETARY=Spanish_Spain.1252 LC_NUMERIC=C > [5] LC_TIME=Spanish_Spain.1252 > > attached base packages: > [1] stats graphics grDevices utils datasets methods base > > other attached packages: > [1] LMERConvenienceFunctions_2.1 lme4_1.0-4 > [3] Matrix_1.0-11 lattice_0.20-13 > > loaded via a namespace (and not attached): > [1] grid_2.15.3 MASS_7.3-23 minqa_1.2.1 nlme_3.1-108 > splines_2.15.3 > [6] tools_2.15.3 > > > # -------------------------------------------------------- > Con R 2.15.2 Windows FUNCIONA > # -------------------------------------------------------- > > require(lme4) > > require(LMERConvenienceFunctions) > > dat <- data.frame(row.names= 1:20) > > dat$Subject <- > + factor(rep(x= c("S1","S2","S3","S4"), each= 5)) > > dat$RT <- rnorm( 20, mean= 500,sd= 20) > > dat$Condicion1 <- > + factor(rep(x= c("A","B"), each= 2)) > > dat$Condicion2 <- > + factor(rep(x= c("X","Y"))) > > mod <- lmer( RT ~ Condicion1 * Condicion2 + (1|Subject), data=dat) > > summary(mod) > Linear mixed model fit by REML > Formula: RT ~ Condicion1 * Condicion2 + (1 | Subject) > Data: dat > AIC BIC logLik deviance REMLdev > 162.3 168.3 -75.15 175.7 150.3 > Random effects: > Groups Name Variance Std.Dev. > Subject (Intercept) 101.59 10.079 > Residual 405.85 20.146 > Number of obs: 20, groups: Subject, 4 > > Fixed effects: > Estimate Std. Error t value > (Intercept) 504.9071 10.3897 48.60 > Condicion1B -0.5751 12.8853 -0.04 > Condicion2Y -5.6312 12.8853 -0.44 > Condicion1B:Condicion2Y -5.5012 18.2226 -0.30 > > Correlation of Fixed Effects: > (Intr) Cndc1B Cndc2Y > Condicion1B -0.620 > Condicion2Y -0.620 0.500 > Cndcn1B:C2Y 0.438 -0.707 -0.707 > > > > pamer.fnc(mod) > Df Sum Sq Mean Sq F value upper.den.df upper.p.val > Condicion1 1 54.0666 54.0666 0.1332 16 0.7199 > Condicion2 1 343.4881 343.4881 0.8463 16 0.3713 > Condicion1:Condicion2 1 36.9835 36.9835 0.0911 16 0.7666 > lower.den.df lower.p.val expl.dev.(%) > Condicion1 12 0.7215 0.6186 > Condicion2 12 0.3757 3.9298 > Condicion1:Condicion2 12 0.7679 0.4231 > > sessionInfo() > R version 2.15.2 (2012-10-26) > Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit) > > locale: > [1] LC_COLLATE=Spanish_Spain.1252 LC_CTYPE=Spanish_Spain.1252 > [3] LC_MONETARY=Spanish_Spain.1252 LC_NUMERIC=C > [5] LC_TIME=Spanish_Spain.1252 > > attached base packages: > [1] stats graphics grDevices utils datasets methods base > > other attached packages: > [1] LMERConvenienceFunctions_2.0 lme4_0.999999-2 > [3] Matrix_1.0-9 lattice_0.20-10 > > loaded via a namespace (and not attached): > [1] grid_2.15.2 nlme_3.1-105 stats4_2.15.2 > > # -------------------------------------------------------- > Con R 2.15.2 Uubntu FUNCIONA > # -------------------------------------------------------- > > require(lme4) > > require( > LMERConvenienceFunctions) > > dat <- data.frame(row.names= 1:20) > > dat$Subject <- > + factor(rep(x= c("S1","S2","S3","S4"), each= 5)) > > dat$RT <- rnorm( 20, mean= 500,sd= 20) > > dat$Condicion1 <- > + factor(rep(x= c("A","B"), each= 2)) > > dat$Condicion2 <- > + factor(rep(x= c("X","Y"))) > > mod <- lmer( RT ~ Condicion1 * Condicion2 + (1|Subject), data=dat) > > summary(mod) > Linear mixed model fit by REML > Formula: RT ~ Condicion1 * Condicion2 + (1 | Subject) > Data: dat > AIC BIC logLik deviance REMLdev > 163.7 169.6 -75.83 177.1 151.7 > Random effects: > Groups Name Variance Std.Dev. > Subject (Intercept) 0.00 0.000 > Residual 511.81 22.623 > Number of obs: 20, groups: Subject, 4 > > Fixed effects: > Estimate Std. Error t value > (Intercept) 499.096 10.117 49.33 > Condicion1B 15.992 14.308 1.12 > Condicion2Y 7.018 14.308 0.49 > Condicion1B:Condicion2Y -34.872 20.235 -1.72 > > Correlation of Fixed Effects: > (Intr) Cndc1B Cndc2Y > Condicion1B -0.707 > Condicion2Y -0.707 0.500 > Cndcn1B:C2Y 0.500 -0.707 -0.707 > > pamer.fnc(mod) > Df Sum Sq Mean Sq F value upper.den.df > upper.p.val lower.den.df lower.p.val expl.dev.(%) > Condicion1 1 10.4232 10.4232 0.0204 16 > 0.8883 12 0.8889 0.0965 > Condicion2 1 542.6392 542.6392 1.0602 16 > 0.3185 12 0.3235 5.0234 > Condicion1:Condicion2 1 1520.0902 1520.0902 2.9700 16 > 0.1041 12 0.1105 14.0720 > > sessionInfo() > R version 2.15.2 (2012-10-26) > Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit) > > locale: > [1] LC_CTYPE=es_ES.UTF-8 LC_NUMERIC=C > LC_TIME=es_ES.UTF-8 LC_COLLATE=es_ES.UTF-8 > [5] LC_MONETARY=es_ES.UTF-8 LC_MESSAGES=es_ES.UTF-8 > LC_PAPER=C LC_NAME=C > [9] LC_ADDRESS=C LC_TELEPHONE=C > LC_MEASUREMENT=es_ES.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C > > attached base packages: > [1] stats graphics grDevices utils datasets methods base > > other attached packages: > [1] LMERConvenienceFunctions_2.0 lme4_0.999999-2 > Matrix_1.0-11 lattice_0.20-13 > > loaded via a namespace (and not attached): > [1] grid_2.15.2 nlme_3.1-108 stats4_2.15.2 tools_2. > > > -- > > [[alternative HTML version deleted]] > > > _______________________________________________ > R-help-es mailing list > R-help-es@r-project.org > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es > >[[alternative HTML version deleted]]
Javier, Creo que aquí aplica la ley de Linus que dice: "Dado un número suficientemente elevado de ojos, todos los errores se convierten en obvios". La persona que revisa y encuentra un error no necesariamente tiene que ser la misma que la que lo escribe. Una motivación muy importante al compartir un código es la de recibir los beneficios del control de calidad por parte de tus pares. No dudes que cualquier contribución tuya bien documentada será apreciada por la persona que mantiene el paquete, ten en cuenta que él también lo usa. Daniel Merino 2013/10/18 Javier Marcuzzi <javier.ruben.marcuzzi@gmail.com>> Estimado Javier Villacampa Gonzáles > > Si una persona se toma el trabajo de desarrollar y compartir, como es el > caso de R, seguramente conoce de problemas que tuvo que decidir mientras > escibía el código, y estará agradecido porque hay gente que utiliza su > aporte, su trabajo no fué a la nada, todo lo contrario. > > En mi caso un solo autor tuvo una respuesta negativa para con migo. > > Javier Marcuzzi > > > 2013/10/18 Javier Villacampa González < > javier.villacampa.gonzalez@gmail.com> > > > Hola buenas. > > al final corri el siguiente código en mi máquina de casa. El problema es > > que ha habido algún cambio en la librería lme4, que hace incompatible los > > nuevos objetos lmer con la funcioón pamer.fnc. En este tipo de > situaciones > > imagino que lo propio sería ponerme en contacto con el autor o intentar > > corregir yo mismo el código o incluso ambas. ¿Es decortes escribir al > > autor reportandole el fallo? ¿ Existe algún problema protocolo para hacer > > esto? (aparte de ponerme en contacto a traves del mail de contacto de la > > persona responsable) > > > > Muchas gracias por adelantado. > > > > Aquí les dejo el código simplificado y las informaciones de sesión en la > > que podrán ver distintas versiones de R así como SO. > > > > # ------------------------------ > > -------------------------- > > # Codigo > > # -------------------------------------------------------- > > require(lme4) > > require(LMERConvenienceFunctions) > > dat <- data.frame(row.names= 1:20) > > dat$Subject <- > > factor(rep(x= c("S1","S2","S3","S4"), each= 5)) > > dat$RT <- rnorm( 20, mean= 500,sd= 20) > > dat$Condicion1 <- > > factor(rep(x= c("A","B"), each= 2)) > > dat$Condicion2 <- > > factor(rep(x= c("X","Y"))) > > mod <- lmer( RT ~ Condicion1 * Condicion2 + (1|Subject), data=dat) > > summary(mod) > > > > pamer.fnc(mod) > > sessionInfo() > > > > # -------------------------------------------------------- > > Con R 3.0.1 NO FUNCIONA > > # ------------------------------ > > -------------------------- > > > require(lme4) > > Loading required package: lme4 > > Loading required package: lattice > > Loading required package: Matrix > > Mensajes de aviso perdidos > > package ‘lme4’ was built under R version 3.0.2 > > > require(LMERConvenienceFunctions) > > Loading required package: LMERConvenienceFunctions > > Mensajes de aviso perdidos > > package ‘LMERConvenienceFunctions’ was built under R version 3.0.2 > > > dat <- data.frame(row.names= 1:20) > > > dat$Subject <- > > + + factor(rep(x= c("S1","S2","S3","S4"), each= 5)) > > Mensajes de aviso perdidos > > In Ops.factor(factor(rep(x = c("S1", "S2", "S3", "S4"), each = 5))) : > > + not meaningful for factors > > > dat$RT <- rnorm( 20, mean= 500,sd= 20) > > > dat$Condicion1 <- > > + + factor(rep(x= c("A","B"), each= 2)) > > Mensajes de aviso perdidos > > In Ops.factor(factor(rep(x = c("A", "B"), each = 2))) : > > + not meaningful for factors > > > dat$Condicion2 <- > > + + factor(rep(x= c("X","Y"))) > > Mensajes de aviso perdidos > > In Ops.factor(factor(rep(x = c("X", "Y")))) : + not meaningful for > factors > > > mod <- lmer( RT ~ Condicion1 * Condicion2 + (1|Subject), data=dat) > > Error en FUN(X[[1L]], ...) : > > Invalid grouping factor specification, Subject > > > summary(mod) > > Linear mixed model fit by REML ['lmerMod'] > > Formula: RT ~ Condicion1 * Condicion2 + (1 | Subject) > > Data: dat > > > > REML criterion at convergence: 145.1507 > > > > Random effects: > > Groups Name Variance Std.Dev. > > Subject (Intercept) 0.0 0.00 > > Residual 340.9 18.46 > > Number of obs: 20, groups: Subject, 4 > > > > Fixed effects: > > Estimate Std. Error t value > > (Intercept) 494.7082 8.2575 59.91 > > Condicion1B 6.7442 11.6779 0.58 > > Condicion2Y -1.1768 11.6779 -0.10 > > Condicion1B:Condicion2Y 0.9188 16.5150 0.06 > > > > Correlation of Fixed Effects: > > (Intr) Cndc1B Cndc2Y > > Condicion1B -0.707 > > Condicion2Y -0.707 0.500 > > Cndcn1B:C2Y 0.500 -0.707 -0.707 > > > > > > pamer.fnc(mod) > > Error en qr(model@X) : > > error in evaluating the argument 'x' in selecting a method for function > > 'qr': Error: no hay un slot de nombre "X" para ese objeto de clase > > "lmerMod" > > > sessionInfo() > > R version 3.0.1 (2013-05-16) > > Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit) > > > > locale: > > [1] LC_COLLATE=Spanish_Spain.1252 LC_CTYPE=Spanish_Spain.1252 > > [3] LC_MONETARY=Spanish_Spain.1252 LC_NUMERIC=C > > [5] LC_TIME=Spanish_Spain.1252 > > > > attached base packages: > > [1] stats graphics grDevices utils datasets methods base > > > > other attached packages: > > [1] LMERConvenienceFunctions_2.1 lme4_1.0-4 > > [3] Matrix_1.0-12 lattice_0.20-15 > > > > loaded via a namespace (and not attached): > > [1] grid_3.0.1 MASS_7.3-26 minqa_1.2.1 nlme_3.1-109 splines_3.0.1 > > > > # ------------------------------ > > > > -------------------------- > > Con R 2.15.3 Windows NO FUNCIONA > > # -------------------------------------------------------- > > > > > > > require(lme4)Loading required package: lme4Loading required package: > > latticeLoading required package: Matrix > > > require(LMERConvenienceFunctions)Loading required package: > > LMERConvenienceFunctions > > > dat <- data.frame(row.names= 1:20) > > > > > dat$Subject <- > > + factor(rep(x= c("S1","S2","S3","S4"), each= 5)) > > > > > dat$RT <- rnorm( 20, mean= 500,sd= 20) > > > > > dat$Condicion1 <- > > + factor(rep(x= c("A","B"), each= 2)) > > > > > dat$Condicion2 <- > > + factor(rep(x= c("X","Y"))) > > > > > mod <- lmer( RT ~ Condicion1 * Condicion2 + (1|Subject), data=dat) > > > > > summary(mod) > > Linear mixed model fit by REML ['lmerMod'] > > Formula: RT ~ Condicion1 * Condicion2 + (1 | Subject) > > Data: dat > > > > REML criterion at convergence: 145.443 > > > > Random effects: > > Groups Name Variance Std.Dev. > > Subject (Intercept) 0.0 0.00 > > Residual 347.2 18.63 > > Number of obs: 20, groups: Subject, 4 > > > > Fixed effects: > > Estimate Std. Error t value > > (Intercept) 492.738 8.333 59.13 > > Condicion1B 11.351 11.785 0.96 > > Condicion2Y -1.000 11.785 -0.08 > > Condicion1B:Condicion2Y -6.865 16.666 -0.41 > > > > Correlation of Fixed Effects: > > (Intr) Cndc1B Cndc2Y > > Condicion1B -0.707 > > Condicion2Y -0.707 0.500 > > Cndcn1B:C2Y 0.500 -0.707 -0.707 > > > > > pamer.fnc(mod)Error en qr(model@X) : > > error in evaluating the argument 'x' in selecting a method for > > function 'qr': Error: no hay un slot de nombre "X" para ese objeto de > > clase "lmerMod"> sessionInfo()R version 2.15.3 (2013-03-01) > > Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit) > > > > locale: > > [1] LC_COLLATE=Spanish_Spain.1252 LC_CTYPE=Spanish_Spain.1252 > > [3] LC_MONETARY=Spanish_Spain.1252 LC_NUMERIC=C > > [5] LC_TIME=Spanish_Spain.1252 > > > > attached base packages: > > [1] stats graphics grDevices utils datasets methods base > > > > other attached packages: > > [1] LMERConvenienceFunctions_2.1 lme4_1.0-4 > > [3] Matrix_1.0-11 lattice_0.20-13 > > > > loaded via a namespace (and not attached): > > [1] grid_2.15.3 MASS_7.3-23 minqa_1.2.1 nlme_3.1-108 > > splines_2.15.3 > > [6] tools_2.15.3 > > > > > > # -------------------------------------------------------- > > Con R 2.15.2 Windows FUNCIONA > > # -------------------------------------------------------- > > > require(lme4) > > > require(LMERConvenienceFunctions) > > > dat <- data.frame(row.names= 1:20) > > > dat$Subject <- > > + factor(rep(x= c("S1","S2","S3","S4"), each= 5)) > > > dat$RT <- rnorm( 20, mean= 500,sd= 20) > > > dat$Condicion1 <- > > + factor(rep(x= c("A","B"), each= 2)) > > > dat$Condicion2 <- > > + factor(rep(x= c("X","Y"))) > > > mod <- lmer( RT ~ Condicion1 * Condicion2 + (1|Subject), data=dat) > > > summary(mod) > > Linear mixed model fit by REML > > Formula: RT ~ Condicion1 * Condicion2 + (1 | Subject) > > Data: dat > > AIC BIC logLik deviance REMLdev > > 162.3 168.3 -75.15 175.7 150.3 > > Random effects: > > Groups Name Variance Std.Dev. > > Subject (Intercept) 101.59 10.079 > > Residual 405.85 20.146 > > Number of obs: 20, groups: Subject, 4 > > > > Fixed effects: > > Estimate Std. Error t value > > (Intercept) 504.9071 10.3897 48.60 > > Condicion1B -0.5751 12.8853 -0.04 > > Condicion2Y -5.6312 12.8853 -0.44 > > Condicion1B:Condicion2Y -5.5012 18.2226 -0.30 > > > > Correlation of Fixed Effects: > > (Intr) Cndc1B Cndc2Y > > Condicion1B -0.620 > > Condicion2Y -0.620 0.500 > > Cndcn1B:C2Y 0.438 -0.707 -0.707 > > > > > > pamer.fnc(mod) > > Df Sum Sq Mean Sq F value upper.den.df > upper.p.val > > Condicion1 1 54.0666 54.0666 0.1332 16 > 0.7199 > > Condicion2 1 343.4881 343.4881 0.8463 16 > 0.3713 > > Condicion1:Condicion2 1 36.9835 36.9835 0.0911 16 > 0.7666 > > lower.den.df lower.p.val expl.dev.(%) > > Condicion1 12 0.7215 0.6186 > > Condicion2 12 0.3757 3.9298 > > Condicion1:Condicion2 12 0.7679 0.4231 > > > sessionInfo() > > R version 2.15.2 (2012-10-26) > > Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit) > > > > locale: > > [1] LC_COLLATE=Spanish_Spain.1252 LC_CTYPE=Spanish_Spain.1252 > > [3] LC_MONETARY=Spanish_Spain.1252 LC_NUMERIC=C > > [5] LC_TIME=Spanish_Spain.1252 > > > > attached base packages: > > [1] stats graphics grDevices utils datasets methods base > > > > other attached packages: > > [1] LMERConvenienceFunctions_2.0 lme4_0.999999-2 > > [3] Matrix_1.0-9 lattice_0.20-10 > > > > loaded via a namespace (and not attached): > > [1] grid_2.15.2 nlme_3.1-105 stats4_2.15.2 > > > > # -------------------------------------------------------- > > Con R 2.15.2 Uubntu FUNCIONA > > # -------------------------------------------------------- > > > require(lme4) > > > require( > > LMERConvenienceFunctions) > > > dat <- data.frame(row.names= 1:20) > > > dat$Subject <- > > + factor(rep(x= c("S1","S2","S3","S4"), each= 5)) > > > dat$RT <- rnorm( 20, mean= 500,sd= 20) > > > dat$Condicion1 <- > > + factor(rep(x= c("A","B"), each= 2)) > > > dat$Condicion2 <- > > + factor(rep(x= c("X","Y"))) > > > mod <- lmer( RT ~ Condicion1 * Condicion2 + (1|Subject), data=dat) > > > summary(mod) > > Linear mixed model fit by REML > > Formula: RT ~ Condicion1 * Condicion2 + (1 | Subject) > > Data: dat > > AIC BIC logLik deviance REMLdev > > 163.7 169.6 -75.83 177.1 151.7 > > Random effects: > > Groups Name Variance Std.Dev. > > Subject (Intercept) 0.00 0.000 > > Residual 511.81 22.623 > > Number of obs: 20, groups: Subject, 4 > > > > Fixed effects: > > Estimate Std. Error t value > > (Intercept) 499.096 10.117 49.33 > > Condicion1B 15.992 14.308 1.12 > > Condicion2Y 7.018 14.308 0.49 > > Condicion1B:Condicion2Y -34.872 20.235 -1.72 > > > > Correlation of Fixed Effects: > > (Intr) Cndc1B Cndc2Y > > Condicion1B -0.707 > > Condicion2Y -0.707 0.500 > > Cndcn1B:C2Y 0.500 -0.707 -0.707 > > > pamer.fnc(mod) > > Df Sum Sq Mean Sq F value upper.den.df > > upper.p.val lower.den.df lower.p.val expl.dev.(%) > > Condicion1 1 10.4232 10.4232 0.0204 16 > > 0.8883 12 0.8889 0.0965 > > Condicion2 1 542.6392 542.6392 1.0602 16 > > 0.3185 12 0.3235 5.0234 > > Condicion1:Condicion2 1 1520.0902 1520.0902 2.9700 16 > > 0.1041 12 0.1105 14.0720 > > > sessionInfo() > > R version 2.15.2 (2012-10-26) > > Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit) > > > > locale: > > [1] LC_CTYPE=es_ES.UTF-8 LC_NUMERIC=C > > LC_TIME=es_ES.UTF-8 LC_COLLATE=es_ES.UTF-8 > > [5] LC_MONETARY=es_ES.UTF-8 LC_MESSAGES=es_ES.UTF-8 > > LC_PAPER=C LC_NAME=C > > [9] LC_ADDRESS=C LC_TELEPHONE=C > > LC_MEASUREMENT=es_ES.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C > > > > attached base packages: > > [1] stats graphics grDevices utils datasets methods base > > > > other attached packages: > > [1] LMERConvenienceFunctions_2.0 lme4_0.999999-2 > > Matrix_1.0-11 lattice_0.20-13 > > > > loaded via a namespace (and not attached): > > [1] grid_2.15.2 nlme_3.1-108 stats4_2.15.2 tools_2. > > > > > > -- > > > > [[alternative HTML version deleted]] > > > > > > _______________________________________________ > > R-help-es mailing list > > R-help-es@r-project.org > > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es > > > > > > [[alternative HTML version deleted]] > > > _______________________________________________ > R-help-es mailing list > R-help-es@r-project.org > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es > >-- Daniel [[alternative HTML version deleted]]