similar to: MaxEnt

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2013 Oct 08
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how to check the accuracy for maxent ?
I was going through this example of maxent use: http://cran.r-project.org/web/packages/maxent/maxent.pdf # LOAD LIBRARY library(maxent) # READ THE DATA, PREPARE THE CORPUS, and CREATE THE MATRIX data <- read.csv(system.file("data/NYTimes.csv.gz",package="maxent")) corpus <- Corpus(VectorSource(data$Title[1:150])) matrix <- DocumentTermMatrix(corpus) # TRAIN/PREDICT
2011 Jan 27
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Can not invoke maxent() of library(dismo) in GNU linux
Dear R-helpers and Dr. Hijmans, I can not invoke maxent() in GNU Linux. Could you give me any directions on that? There is maxent.jar in version 3.3.3e in the right folder. ######################################## R: > jar <- paste(system.file(package="dismo"), "/java/maxent.jar", sep='') > jar [1] "/ebio/abt6/jmao/rpacks/dismo/java/maxent.jar"
2011 Jan 26
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Can not invoke maxent() of library(dismo) in Mac OSX
Dear R-helpers, I can not invoke maxent() in Mac OSX. Could you give me any directions on that? Thank you in advance. Here is my info: # (1) the error > me <- maxent(predictors, occtrain, factors='biome') me <- maxent(predictors, occtrain, factors='biome') Error in .jcall(mxe, "S", "fit", c("autorun", "-e", afn, "-o",
2008 Oct 28
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Fitting weibull and exponential distributions to left censoring data
Dear R-users I have some datasets, all left-censoring, and I would like to fit distributions to (weibull,exponential, etc..). I read one solution using the function survreg in the survival package. i.e survreg(Surv(...)~1, dist="weibull") but it returns only the scale parameter. Does anyone know how to successfully fit the exponential, weibull etc... distributions to left-censoring
2016 Jul 18
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Pregunta sobre boxplots
Colegas: Tengo una pregunta rara, y ofrezco mis disculpas si es una tonteria. Estoy tratando de hacer unos graficos con datos recolectados cada 24 horas, con varias replicas por cada periodo de tiempo. La mejor representacion que he encontrado es hacer boxplots haciendo el tiempo una variable categorica. Sin embargo, me gustaria tener una linea de regresion, o ajuste usando splines o LOESS a
2013 Sep 02
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como hacer grafico de un modelo setar
Hola, Estoy intentando realizar un ajuste a un modelo setar con R y me surgen problemas a la hora de representar el modelo setar sin la constante. El código es el siguiente: # Estimacion TAR(2;2,2) con delta 1: mod.setar <- setar(x, m = 2, mL = 2, mH = 2, thDelay = 1) mod.setar summary(mod.setar) mod.setarc<-setar(x, m=2, mL=2, mH=2, thDelay=1, include=c("none")) ##eliminamos
2016 Aug 11
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Comparación de probabilidades de supervivencia en R
Hola, Manuel, No entiendo tu pregunta (la repito aqui para que sea mas explicito): hay alguna forma de comparar la probabilidad de supervivencias (en este caso anual) entre grupos sin utilizar un chi-cuadrado y un valor de P. Entiendo que lo que hace survdiff es comparar las curvas de supervivencia, pero yo quiero comparar la probabilidad de supervivencia entre grupos al final del estudio. Con
2011 Jul 31
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ajuste de modelos logísticos con heterocedasticidad
Hola a todos. ¿Cómo puedo ajustar un modelo de regresión logística en el que la varianza de los errores no son iguales, sino que esta puede ser modelada por otras variables ? ¿Utilizando modelos mixtos o voy desencaminado? Gracias..
2012 Jun 13
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phyloclim help
Hi all ? I am a newbie to R and have had a terrible time trying to figure out how to set up an analysis.? I have installed and loaded the appropriate package (phyloclim), but I do not even know where to begin defining one of the arguments. The usage for the command I?m trying to perform is: niche.equivalency.test(spec, n, maxent, mx = 2000) where the argument? maxent???? is a list containing
2011 Nov 14
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Error .jcall(mxe, "S", "fit", c("autorun", "-e", afn, "-o", dirout, : java.lang.NoSuchMethodError: density.Params.readFromArgs([Ljava/lang/String; )Ljava/lang/String;
Dear all, I get the error when I use maxent.jar: Error .jcall(mxe, "S", "fit", c("autorun", "-e", afn, "-o", dirout, : java.lang.NoSuchMethodError: density.Params.readFromArgs([Ljava/lang/String;)Ljava/lang/String; sessionInfo() result: R version 2.14.0 (2011-10-31)Platform: i386-pc-mingw32/i386 (32-bit)locale:[1]
2011 Nov 14
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.jinit() : Cannot create Java virtual machine
Dear all, when using .jinit() I get the message .jinit() : Cannot create Java virtual machine (-1). The details: I am using the Dismo package.Dismo has a function 'maxent' that communi-cates with this program(MaxEnt).MaxEnt is available as a stand-alone Java program. It is normal when I execute the command : "jar <- paste(system.file(package="dismo"),
2011 Jun 07
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Representacion gráfica de 8 categorías
Hola, Estoy buscando una representación gráfica similar a la que da: ternatyplot del paquete vcd : data(Lifeboats) attach(Lifeboats) ternaryplot( Lifeboats[,4:6], pch = ifelse(side=="Port", 1, 19), col = ifelse(side=="Port", "red", "blue"), id = ifelse(men/total > 0.1, as.character(boat), NA), main = "Lifeboats on Titanic" ) Pero
2012 Feb 03
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Assigning objects to variable and variable to list in a for loop
Hello, I want to use a for loop for repeadely calculating a maxent model (package dismo, function maxent()) which creates an object of the class maxent (S4). I want to collect all the resulting object in a list. I tried to simplify my for loop to explain what I want. There are two problems/questions: 1) How can I create the new variables in the loop (using paste) and assign the objects 2) How
2014 Jan 20
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propuesta hackaton con Open Knowledge FoundatioN Spain (OKFN)
En realidad ya nos conocemos, al menos de vista, yo he ido a 2-3 quedadas del grupo local en Madrid. Y con Carlos Gil he coincidido en el Medialab y las jornadas de periodismo de la UCM, en el que presentaba mi proyecto http://transparenciadecuentaspublicas.es/ (más que nada por si alguno me podéis poner cara) Ok, yo creo que la reunión del 29 por la tarde es muy buen momento para hablar de algo
2014 Jan 17
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propuesta hackaton con Open Knowledge FoundatioN Spain (OKFN)
Hola, Como miembro activo de la OKFN, y asistente en lo posible a las quedadas de R, canalizo la propuesta de organizar un hackaton en colaboración entre estos dos grupos/asociaciones. La OKFN en una frase: "OKFN Spain es el grupo local de la OKFN, organización sin animo de lucro internacional para la promoción del conocimiento abierto." Para más info: - http://okfn.es/ -
2007 Feb 02
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dynamic loading error with Open Watcom object file
Hello. I am trying to use a FORTRAN subroutine from within R (Windows version). This fortran subroutine is compiled using the Open Watcom Fortran compiler and the compiled object file is called ritscale.obj. Following the explanation on pages 193-194 of "The New S language" I use the dyn.load command: > dyn.load("f:/maxent/ritscale.obj") Error in dyn.load(x,
2020 Apr 28
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Stopwords: Topic modelling con LDA
Buenos días, Estoy realizando un análisis de topic models con el método LDA. En principio, he quitado del análisis las palabras "stopwords" universales. A la hora de ver los topics y sus palabras más frecuentes encuentro que son muy similares y hay palabras que aparecen en todos los topics. Los textos que estoy analizando son opiniones de consumidores sobre una categoría concreta de
2014 Jan 20
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propuesta hackaton con Open Knowledge FoundatioN Spain (OKFN)
Hola Miguel, Sí, no sé por qué pero en tu primer correo no te busqué en la red, pero lo acabo de hacer y claro que te conozco. Entonces el miércoles de la semana que viene lo hablamos en la reunión. Como hay otro tema del que también se quería hablar (el curso StatLearning) lo voy a poner en la agenda y así nos acordamos de todo. Gracias, Carlos Ortega www.qualityexcellence.es El 20 de
2011 Nov 24
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III Jornadas de Usuarios de R (Madrid - 17, 18 Noviembre 2011)
Hola. Quizá resulte demasiado "laborioso" el hacer un resumen completo de las III Jornadas (o a mí se me antoja ciertamente complicado). Lo que sí puedo hacer es dar unas pinceladas (a mi modo y desde mi perspectiva) del evento. Aunque las Jornadas comenzaban oficialmente el Jueves 17 de Noviembre, la verdad es que el Miércoles por la tarde ya pululaban por Madrid algunos de los
2007 Mar 16
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MANOVA permutation testing
Hi, I've got a dataset with 7 variables for 8 different species. I'd like to test the null hypothesis of no difference among species for these variables. MANOVA seems like the appropriate test, but since I'm unsure of how well the data fit the assumptions of equal variance/covariance and multivariate normality, I want to use a permutation test. I've been through CRAN looking at