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Hi all, I am trying to install the package "GEOquery" in unix. I have downloaded the standard version of R and this package is not contained in the default. I know that I can select repositories under windows but I don't know how to do it in unix. Does anyone have any idea on this? Thank you in advance, Eleni [[alternative HTML version deleted]]

Dear R-ers, I am using getGEO to download expression data from the Gene Expression Omnibus. With default settings, when a file is downloaded and parsed, lots of dotted lines are printed in the terminal, like this: .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........

R-developers, I'm looking for some 'best practices', or perhaps an upstream solution (I have a deja vu about this, so sorry if it's already been asked). Problems occur when a file is encoded as latin1, but the user has a UTF-8 locale (or I guess more generally when the input locale does not match R's). Here are two examples from the Bioconductor help list:

An embedded and charset-unspecified text was scrubbed... Name: ??????????? URL: <https://stat.ethz.ch/pipermail/r-help/attachments/20100216/9b6b4555/attachment.pl>

I recently updated R 2.10.1 Patched (2010-02-20 r51163) This morning I reinstalled biomaRt using biocLite. Now I can no more connect to biomaRt and even the following instruction is hanging for a while until the same error message pops up. > listMarts() Error in value[[3L]](cond) : Request to BioMart web service failed. Verify if you are still connected to the internet. Alternatively the

Hola a todos, Tengo un pequeño problemilla... Tengo unas 9000 variables que he contrastado con 1 en concreto con el test de wilcoxon. He calculado el p-valor, y queria corregirlo con el permutation-based FDR. He encontrado una funcion con R comp.fdr()que hace esta corrección, pero te pide que le pongas las variables con las observaciones y te hace el test (según he entendido). Yo solo quiero

Hi, all I met a problem to query GSE3524, which cannot be open on my computer. I hope some of you would be kind to give me some advice. Thanks! The code is as follow: ################## library(GEOquery) gsename="GSE3524" gse=getGEO(gsename) ################## The error information follows as

Hola, que tal? Tendo una duda, como se puede eliminar una variable de un data.frame? Tambien tengo otra duda, tengo una base de datos importada del spss, donde tengo espacios asignados como missings, pero al pasarlo al R, me coje los espacios como una categoria más. Como los puedo poner como missings? Dolors Giralt _________________________________________________________________ [[elided

So, I''m working on a search engine of sorts that restricts results to your local area. I can successfully return all entries within 15 miles of a particular point, and I can successfully return all entries that match a search query, but I''m having trouble combining the two together and doing pagination on them. Basically, for the range query, you do a SQL query that returns all

Hola a todos, Tengo un problema al intentar cargar datos de Excel con el r commander con los comandos datos->importar conjunto de datos->desde un archivo de Excel Tengo instalada la última versión de r la 3.0.1 y el mensaje de error que me sale es el siguiente: ERROR: no se pudo encontrar la función "loadWorkbook" Puede ser que necesite cargar algún paquete extra. Gracias! Un

Tengo problemas para cargar R commander en Mac iOS Mountain Lion y R 3.0.0 > library(Rcmdr) Error : .onAttach failed in attachNamespace() for ''Rcmdr'', details: call: structure(.External(.C_dotTclObjv, objv), class = "tclObj") error: [tcl] invalid command name "image". Error: package or namespace load failed for ''Rcmdr'' ¿Cuál pude

Hola, Tenía una versión anterior de R, la 2.10.1 en la cual podía cargar perfectamente el paquete "lme4". Actualicé la versión del R a 2.14.0 y aún volviendo a descargar la nueva versión del paquete mencionado cuando intento cargarlo me da el siguiente error : > library(lme4) Error: package ‘lme4’ is not installed for ''arch=i386'' Hay alguna solución para esto o

---------- Forwarded message --------- De: Ruben Coca <rcocam en fedefarma.com> Date: lun., 23 nov. 2020 14:59 Subject: RV: Cargar data frame en app shiny To: ruben.coca en gmail.com <ruben.coca en gmail.com> Hola a todos, Tengo problemas con una app de shiny. Al iniciarla me sale este mensaje en el navegador: An error has occurred The application failed to start. The application

Buenas Una duda, ?existe alguna libreria que permita al usuario meter los datos directamente a mano en una hoja de calculo,como tienen programas como SPSS, Minitab, ...? Es decir, no quiero importar datos desde un excel ni csv o similar, sino que el usuario pueda meter los datos a mano directamente en una "tabla" del propio R... Gracias de antemano Jes?s [[alternative HTML version

Buenas a todos en la lista. Aunque los sigo de cerca nunca he participado mas allá de algunas ocasión. Ahora me surgió este problema. Hasta hace poco solo había usado distros Debian-like o Arch pero hace unos días se me dio por probar Sabayon, puesto que andaba en busca de algo rolling release y no quería Arch. La cosa, para hacerla corta, es que instalé Sabayon con KDE. Conseguí arreglar un

Hola compañeros, Soy nuevo y me disculparan si la pregunta es muy básica. Quiero crear una función que me permita recibir variables que pueden ser 2, 3 o más, la idea es llamar esta función e indicarle la ruta y el nombre de las variables para luego realizar algún análisis. Mi idea es la siguiente: library(foreign) FDatos <- function(Ruta,Nombre,Variables){ Datos <-

Hola a tod en s, me gustaría usar solo un(os) comando(s) específico(s) de una librería pero sin cargarla entera a la manera: library(laquesea) ¿se puede hacer de alguna manera? Y saludos y gracias jm~ _______________________________ J. Miguel Marin http://www.est.uc3m.es/jmmarin Dep. of Statistics University Carlos III of Madrid Spain (E.U.)

Hola, tengo instalado R y Rstudio sobre linux en máquina virtual. en la consola de Rstudio he instalado el interfaz Rcommander con la instrucción: install.packages("Rcmdr",dependences=TRUE), pero al cargar el paquete library(Rcmdr) obtengo el siguiente error: Loading required package: splinesLoading required package: RcmdrMiscLoading required package: carLoading required package:

Hola, buenas tardes estoy intentando hacer un bootstrap de un modelo, pero me da el siguiente error: "Error in FUN(newX[, i], ...) : unused argument(s) (list(age = c(33, 47, 49, 56, 60, 64, 64, 66, 68, 69, 71, 71, 72, 73, 74, 75, 75, 76, 78, 81, 83, 83, 36, 43, 46, 47, 49, 49, 51, 51, 52, 52, 53, 54, 54, 54, 55, 56, 56, 57, 57, 58, 58, 58, 58, 59, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 65, 66, 66,

Hola, Al intentar instalar un paquete de R creado por mí, me da el siguiente problema. Utilizando rstudio en local me funciona, pero al intentar instalarlo en rstudio-server es cuando me da este error. He probado cosillas que he leído en internet, pero no han funcionado. ¿Alguna idea? * installing *source* package ?mipaquete? ...** RError in parse(outFile) : invalid multibyte character in parser