Displaying 20 results from an estimated 6000 matches similar to: "plot.logistic.fit.fnc"
2008 Nov 26
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Problem with aovlmer.fnc in languageR
Dear R list,
I have a recurring problem with the languageR package, specifically the
aovlmer.fnc function. When I try to run the following code (from R. H.
Baayen's textbook):
# Example 1:
library(languageR)
latinsquare.lmer <- lmer(RT ~ SOA + (1 | Word) + (1 | Subject),
data = latinsquare)
x <- pvals.fnc(latinsquare.lmer,
2009 Apr 22
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plot.logistic.fit.fnc
Hello,
I can not get the function plot.logistic.fit.fnc() working....it
returns "Error: could not find function "plot.logistic.fit.fnc"".
Do I need to upload as specific package first? I am trying to check
the fit of a mixed logistic model.
Also, any advice for checking the assumption of independence in a
mixed logistic model?
Many thanks in advance,
Sarah Foster
2007 Aug 21
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pvals.fnc unhappy about lmer objects
Dear folks (or Dear Professor Bates),
I'm quite confused as to the current status of some of the available
functions applicable to lmer objects. Following the examples in Baayen,
Davidson, Bates (2006), my plan is to run mcmcsamp on a random effect
model created by lmer in package lme4, then use the (perhaps outdated)
pvals to estimate p-value. But then I couldn't find pvals anywhere.
2008 Oct 01
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pvals.fnc in lme4 and languageR
Hi everybody!
I was using the function pvals.fnc from package 'languageR' until April.
I do not know which version. Yesterday I updated all my packages
and tried to run my loop again. Now I get the following error message:
error in pvals.fnc(mm, nsim = 1000) :
MCMC sampling is not yet implemented in lme4_0.999375-27
for models with random correlation parameters
I guess it?s because of
2007 Jun 25
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LanguageR pvals.fnc error message
Hi. I get an error message about not converging when I try and use the
pvals.fnc from the languageR library. The LMER analysis worked fine (See
below).
I am not an expert so I don't understand why the LMER worked but not the
pvals.fnc
Any help gratefully received.
- Mike
AIC BIC logLik MLdeviance REMLdeviance
-7324 -7254 3673 -7451 -7346
Random effects:
Groups
2010 Apr 01
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pvals.fnc() with language R does not work with R 2.10.1
Hi Everyone,
I am using R 2.10.1. lmer function works properly, however pvals.fnc
() does not despite the fact that I uploaded:
- library(lme4)
- library(coda)
- library(languageR)
This is the error message I get
pvals.fnc(lexdec3.lmerE2, nsim=10000)$fixed
Error in pvals.fnc(lexdec3.lmerE2, nsim = 10000) :
MCMC sampling is not yet implemented in lme4_0.999375
for models with random
2007 May 11
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incorrect MCMC CIs in pvals.fnc (languageR) ?
library(lme4)
library(coda)
library(languageR)
fit = lmer(Reaction~Days + (1|Subject) + (0+Days|Subject),
data=sleepstudy)
pvals.fnc(fit)$random
# compare with...
samp = mcmcsamp(fit, n=10000, trans=FALSE)
HPDinterval(samp)
densityplot(samp, plot=F)
# 'pvals.fnc' reports sigma instead of sigma^2, but it looks like the
# Sbjc.(In) and Sbjc.Days are also sqrt compared with the
2013 Oct 17
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pamer.fnc y la nueva versión de R
Hola buenas noches,
tengo un problema bastante gordo. ¿A alguno le ha dejado de funcionar las
funciones pamer.fnc y mcp.fnc con la nueva versión de R? La semana pasada
formatee el ordenador y ahora scripts antiguos no funcionan. La cuestión es
que me precupa que no funcione el ejemplo de tutorial del autor.
Os dejo un script que debería de funcionar y no lo hace
2013 Dec 02
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pamer.fnc y la nueva versión de R
Hace unos meses os escribir para comunicaros que había un fallo en esta
función. Como os prometí os comento la respuesta por si alguno está
interesado en utilizar el paquete LMERconvenientsfucntions
Dear Javier,
The package has been updated and should work for you fine now. Note that
function mcp.fnc does not return the fourth plot (dffits) anymore. We still
have to figure out a way to compute
2011 Apr 21
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Error running pvals.fnc in R version 2.13.0
Dear R-help:
I've been trying to run pvals.fnc in the newest version of R (2.13.0). The
function lmer worked fine, but when I tried to use pvals.fnc on the lmer
object, I got the following error:
"Error in pvals.fnc(elogr.subj.dys.sum.3x3.p, nsim = 10000) :
trying to get slot "coefs" from an object (class "summaryDefault") that is
not an S4 object."
How can I
2013 Jan 23
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Mixed effects para factores y no para covariables. Guia y dudas
Hola buenas tras meses investigando como hacer anovas para factores con
efectos fijos y efectos aleatorios, he encontrado una serie de funciones
que satisfacen mis pretensiones y creo correctas en cierta medida. Me
gustaría compartirlas con vosotros con doble intención, la primera es
compartirla para que si otro se encuentra en esta situación que tenga el
trabajo hecho y la segunda es que sean
2013 Oct 18
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pamer.fnc y la nueva versión de R
Estimado Javier Villacampa Gonzáles
Si una persona se toma el trabajo de desarrollar y compartir, como es el
caso de R, seguramente conoce de problemas que tuvo que decidir mientras
escibía el código, y estará agradecido porque hay gente que utiliza su
aporte, su trabajo no fué a la nada, todo lo contrario.
En mi caso un solo autor tuvo una respuesta negativa para con migo.
Javier Marcuzzi
2013 May 06
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Comparaciones multiples lmer
Hola,
Lo primero muchas gracias a todos por vuesta habitual ayuda. Llevo meses
con las funciones lmer, pero tengo un problema no se como plantear unas
comparaciones multiples una vez demostrado que el factor tiene diferencias
significativas.
Tengo multiples opciones,
Solución A: una es hacer un bonferroni a saco (pero eso me chirria ya que
tego muchos datos)
Solución B: Otra es utilizar glht,
2013 Oct 18
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pamer.fnc y la nueva versión de R
Gracias a todos por las recomendaciones. Ya me he puesto en contacto con el
autor y le explicado donde esta el error. Es tan fácil como que han
cambiado la estructura de los objetos tipos lmer desde la versión 2.15.3
con lo que su paquete dejo de funcionar. Por suerte la nueva estructura
conserva por lo menos la parte necesaria para hacer sus funciones. Se
localizar el fallo y como arreglarlo, lo
2008 Nov 10
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R 2.8. and languageR
Hi,
I have been using the library languageR in R2.6.0 for some while.
I now would like to use new functions of this library (especially
plotLMER.fnc) and have downloaded R 2.8.0.
Error messages appear when I load the languageR library (I have tried
several times on different computers but this doesn't help.:
Attachement du package : 'Matrix'
The following object(s)
2013 Oct 18
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pamer.fnc y la nueva versión de R
Hola buenas.
al final corri el siguiente código en mi máquina de casa. El problema es
que ha habido algún cambio en la librería lme4, que hace incompatible los
nuevos objetos lmer con la funcioón pamer.fnc. En este tipo de situaciones
imagino que lo propio sería ponerme en contacto con el autor o intentar
corregir yo mismo el código o incluso ambas. ¿Es decortes escribir al
autor reportandole el
2008 Oct 29
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reporting interactions of factors in linear mixed effects models
Hi,
I have a question about how I should report the results for a linear
mixed effects model where the model includes as predictors three
factors (facA, facB and facC), one of which (facA) interacts with the
other two. facA and facB have two levels and facC has 3 levels. There
are also several other continuous predictors (e.g. varA, varB, varC).
My mixed model is specified with the following
2005 Aug 18
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GLMM - Am I trying the impossible?
Dear all,
I have tried to calculate a GLMM fit with lmer (lme4) and glmmPQL
(MASS), I also used glm for comparison.
I am getting very different results from different functions, and I
suspect that the problem is with our dataset rather than the functions,
but I would appreciate help in deciding whether my suspicions are right.
If indeed we are attempting the wrong type of analysis, some
2004 Nov 01
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GLMM
Hello,
I have a problem concerning estimation of GLMM. I used methods from 3 different
packages (see program). I would expect similar results for glmm and glmmML. The
result differ in the estimated standard errors, however. I compared the results to
MASS, 4th ed., p. 297. The results from glmmML resemble the given result for
'Numerical integration', but glmm output differs. For the
2013 Oct 18
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pamer.fnc y la nueva versión de R
Javier,
Creo que aquí aplica la ley de Linus que dice: "Dado un número
suficientemente elevado de ojos, todos los errores se convierten en
obvios". La persona que revisa y encuentra un error no necesariamente
tiene que ser la misma que la que lo escribe. Una motivación muy importante
al compartir un código es la de recibir los beneficios del control de
calidad por parte de tus pares.