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2019 Sep 19
2
ggplot con gradientes complejos
Muy buenas. Quiero hacer un mapa que me pinte en azul los valores negativos y en rojo los positivos. Los negativos llegan hasta -400 y los positivos hasta 200. Si pongo limits=c(-200, 200), me colorea bien los positivos (rojo), pero los negativos por debajo de -200 me los pone gris. Si pongo limits=c(-400, 200), me colorea bien los negativos (azul), per...
2013 May 08
4
lme4 y residuales
Buenos días; Estoy intentando aprender algo de sobre los modelos lineales mixtos. Estoy siguiendo el libro "Multilevlel analysis: techniques and applications" de Joop Hox. Estoy intentado reproducir las tablas y gráficos que trae el libro con el paquete lmer. En este libro se indica que en la comprobación de los supuestos del modelo hay que es...
2019 Sep 20
2
ggplot con gradientes complejos
Gracias Emilio. Si, son asimétricos porque se mueven en rangos distintos. De hecho, miden cosas distintas, pero una muestra no puede ser positiva y negativa a la vez. Me planteo multiplicar las positivas por 2 y al editar el mapa corregirlo para que indique los valores reales. Eso funcionaría, pero son muchos mapas y quizás haya una función en ggplot que evite el problema directamente. Manuel El vie., 20 sept. 2019 a las 7:38, Emilio L. Cano (<emilopezcano en gmail.com>) escribió: > Hola Manuel, > > Ten en cuenta que la intensidad del col...
2017 Jun 14
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Regresión ponderada
Colegas: Necesito hacer una serie de ajustes de un modelo de decaimiento exponencial a unos datos de concentración de compuestos fluorescentes contra el tiempo. Para la mayoría de los experimentos tengo tres réplicas por cada tiempo, y haciendo los gráficos correspondientes parece haber diferencias muy grandes en la dispersión de los datos, siendo generalmente mas grandes al principio del experimento que al final. Quiero hacer el ajuste de un modelo ponderado para tomar en cuen...
2019 Sep 20
2
ggplot con gradientes complejos
No sé muy bien, Carlos, como hacerlo, pero no parece más sencillo que lo de multiplicar por 2 los positivos y después editar el mapa. De lo que decías, Emilio, de cambiar el color del punto central creo que haría más confusa la interpretación. El vie., 20 sept. 2019 a las 10:33, Carlos Ortega (<cof en qualityexcelle...
2013 Mar 11
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Pedigreemm
Hola a todos, me gustaría realizar una consulta asociada a la generación de valores genéticos del pedigreemm en R. Primero generé el archivo de pedigree incluyendo los parentales para posteriormente estimar la varianza aditiva y los valores genéticos para cada individuo, relacionando los individuos por medio de la matriz de parentesco. Me da todo perfecto, el complemento pedigreemm trabaja muy bien, pero no pude obtener los valores genéticos de los parentales...
2010 Sep 23
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Contraste polinomial con dos factores con niveles no equidistantes
Hola compañeros de la lista, qué tal. Los molesto con la siguiente duda: Tengo un experimento con dos factores A y B, cada uno de los cuales tiene los siguientes niveles (que son concentraciones de dos hormonas vegetales aplicadas a plantas): niveles del factor A: 0, 0.2, 0.5, 1 niveles del factor B: 0, 0.1, 0.2, 0.5, 1 y mi variable de...
2019 Dec 05
3
Coeficientes GLM binomial
Un ejemplo con un modelo más simple: He especificado este modelo: >formula(m2.pile) ger ~ tem + pot + time Si hago predict me da: >predict(m2.pile,newdata=data.frame(tem=25,pot=0,time=3),type="response") 0.08243262 Extraigo los coeficientes: > coef(m2.pile) (Intercept) tem pot time -1.89521331 -0.02303313 4.74499714 0.02043222 Ahora calculo la probabilidad usando los coeficientes > prob<-1.89521331-0.02303313*(15)+4.74499714*(-0.3)+0.02043222*(3) > prob [1] 0.1875139 Transformo la prob...
2013 Jul 23
3
Selección de valores de la lista y reordenar
...mados tengo 1 lista de valores aleatorios misma que necesito reordenar de acuerdo a determinadas condiciones. Ej: sea la siguiente lista (la primera fila hace referencia a la posición del valor de lista 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 1 7 3 4 8 6 1 4 5 2 3 4 10 15 5 necesito que me tome los valores que son mayores 3 y menores a 8, pero unicamente considerando los valores hasta la 8va posición, para luego los valores que cumpla esa condición colocarlos hasta antes de la 8va posición: Tendriamos lo siguiente: a) los valores para el análisis 1 2 3 4 5 6 7 8 1 7 3 4 8 6 1 4 b) los val...
2011 Mar 11
4
Any existing functions for reading and extracting data from path names?
...have inherited a set of data files that use the file system as a sort of poor man's database, i.e., the data files are nested in directories that indicate which city they come from. For example: dir.create("deleteme") for(i in paste("deleteme", c("New York", "Los Angeles"), sep="/")) { dir.create(i) for(j in paste("data", 1:2, ".csv", sep="")) { write.csv(data.frame(x=1:10), file=paste(i, j, sep="/")) } } list.files("deleteme", recursive=TRUE) What I want to end up with i...
2014 Nov 26
2
Duda sobre cómo analizar un experimento factorial con algoritmos de extracción de características, clustering y clasificación como factores
Hola, Daniel: Quizá deberías ser más explícito porque de la información que suministras yo solo te puedo decir que no veo la relación entre los 3 tipos de algoritmos que nombras: - un análisis de componentes principales puede ser una fase previa de los otros dos - hacer un cluster es un tipo de aprendizaje no supervisado, mientras que un clasificador normalmente es utilizado en aprendizaje supervisado, porque se modeliza conociendo la vari...
2019 Jan 13
2
Cómo replicar unos clusters según sistema anterior.
Puede que no me haya expresado certeramente. Es lo que pasa al tocar de oído. Tengo unos datos (df) de los que se alguien calculó unas distancias (dis.df) de las que se hicieron/hacen unos clusters (plot.clus.dis.df). Todo esto usando un programa on line al que no tengo acceso para ver cómo hace los cálculos. Yo tengo los datos, y el programa también me da la matriz de distancias. Quiero, además, tener...
2019 Nov 28
4
Coeficientes GLM binomial
...y time, predecir la probabilidad de germinación. Para eso uso: predict(m1.pile,newdata=data.frame(tem=15,pot=-0.3,time=3),type="response") Con esto me da valores de probabilidad de germinación lógicos y razonables. Por razones ajenas a mi voluntad, necesito poder hacer esto mismo usando los coeficientes del modelo. Extraigo los coeficientes mediante: x<-coefficients(m1.pile) y los destransformo por que el GLM los transforma al decirle que es binomial (es lo mismo que hace ?response? en el predict()... creo) Coeficientes buenos <- exp(x)/(1+exp(x)) Hasta aquí todo teóricamente c...
2011 Jul 18
2
Diagramas de barras agrupados y apilados
...rupado (o apilado) con diferente número de elementos en cada grupo y que la leyenda quede "correcta"? Si utilizamos barplot (o barplot2 de gplots) podemos definir una matriz con columnas las diferentes alturas para cada grupo y si un grupo tiene menos categorias simplemente asignamos NA a los elementos sobrantes de esa columna. Pero no se cómo definir la leyenda para que refleje exactamente las categorías dibujadas. Saludos. Emilio.
2011 Nov 24
1
III Jornadas de Usuarios de R (Madrid - 17, 18 Noviembre 2011)
...II Jornadas (o a mí se me antoja ciertamente complicado). Lo que sí puedo hacer es dar unas pinceladas (a mi modo y desde mi perspectiva) del evento. Aunque las Jornadas comenzaban oficialmente el Jueves 17 de Noviembre, la verdad es que el Miércoles por la tarde ya pululaban por Madrid algunos de los participantes y/o miembros de los dos comités (el organizador y el científico). Yo, entre ellos, llegué a última hora del Miércoles. La cita (para los comités) era el Jueves a las 08:00... atar los últimos cabos sueltos, preparar el material para la -inminente- llegada de los participantes y, oh!...
2018 Jul 02
3
subset con los casos presentes en otra df
Buenas, una vez más. Utilizo: data <- subset(data,data$Key %in% data2$Key) para quedarme con los casos de data que están también en data2, de acuerdo a la variable Key. ¿Cómo sería si quiero que sean los que coinciden en Key1 y Key2? Pense hacer un collapse con Key1 y key2, tanto en data como data2, y usarlo como uso key en el ejemplo de arriba, pero debe haber una forma más sencilla,...
2014 Nov 26
2
Duda sobre cómo analizar un experimento factorial con algoritmos de extracción de características, clustering y clasificación como factores
...corrido de 30 minutos en coche. Para cada > conductor, se le midió parámetros biomédicos como la temperatura > corporal, su electrocardiograma, etc., durante todo el recorrido; en > total 22 parámetros. > > Mi objetivo principal es poder determinar, dados dichos parámetros, > los distintos estados en los que puede estar un conductor a lo largo del > recorrido. Sin embargo, mi conjunto de datos no está etiquedo, es decir, > no sé a priori la variable de respuesta, el estado del conductor, para > cada combinación; tengo que descubrirla. > > Lo que quería h...
2014 Jun 13
2
Crear matriz binaria
Hola, no encuentro el momento en el que se relacionan los inventores, es decir, lo que relaciona a dos o más inventores es la patente. Primero, ¿cómo debo ordenar los datos? Tengo 1813 número de patentes, es decir, la matriz es de dimension 1813 x 1813. Tengo varios órdenes en los datos, por ejemplo, el primer arreglo es por patente, en las columnas te...
2018 Jun 12
3
Boxplot.stats
Junto con saludar, Quer?a saber si los que han usado boxplot.stats, saben como ubicar los resultados que arroja como "out" (outliers) directamente en la base de datos, ya que, muestra los resultados en valor de cada dato at?pico. Por ejemplo, estoy usando una base de datos con 300 datos y 10 columnas, en este caso estoy busca...
2012 Oct 10
2
mapa municipios Andalucía con R
Hola a todos. Estoy utilizando R , más concretamente los paquetes maptools y sp, para realizar mapas de España por comunidades y provincias y de Andalucía por provincias y municipios. El caso es que para el mapa de municipios en Andalucía, una vez leído el fichero shp con readShapePoly , si luego por ejemplo , quiero poner todos los polígonos de un colo...