search for: fecund

Hi, I am performing a repeated measures 2-way ANOVA to assess the influence of plant and leaf on aphid fecundity. Fecundity is measured for each aphid on a single leaf. Here is what I typed. wingless <- reshape(Wingless, varying = list(c("d0","d1","d2","d3","d4","d5","d6","d7","d8",&quo...

...lita trabajar con fracciones a pesar de que la distribucion poisson solo sea para enteros positivos. Mi duda es si esto es realmente asi, lo que eh leido a sido en internet. Eh buscado en libros como Zuur 2007 y Hilbe 2007 sin encontrar nada. modelA1F<-glm.nb(Tot.dameggs~STATN+YEAR+offset(log(FECUND))) freq=(Tot.dameggs/FECUND) Tot.dameggs= cantidad de huevos dañados por individuo FECUND=cantidad total de huevos por individuo STATN= estacion YEAR= año Muchas gracias, Matias [[alternative HTML version deleted]]

...although I have read some good examples (Extending the Linear Model with R, Faraway 2005; and the R book, Crawley 2007), I am still not sure of the syntax to test my hypothesis. Thanks in advance for reading me. Briefly, I describe the data and the situation: I want to describe the age-specific fecundity of the ith individual from the jth replicate (or line) from the kth strain. Variables: Categorical factors: A[a] = Age (1,2,3 n=8) #Because the fecundity is not linear, I decided to include it in the model as a factor s[k] =strain (A and B, n=2) # for the moment two, but it?s likely to increa...

Hi, I need to analyze the influences of several factors on a variable that is a measure of fecundity, consisting of 73 observations ranging from 0 to 5. The variable is continuous and highly positive skewed, none of the typical transformations was able to normalize the data. Thus, I was thinking in analyzing these data using a generalized linear model where I can specify a distribution other th...

...ciones a pesar de que la distribucion poisson > solo sea para enteros positivos. Mi duda es si esto es realmente asi, lo > que eh leido a sido en internet. Eh buscado en libros como Zuur 2007 y > Hilbe 2007 sin encontrar nada. > > modelA1F<-glm.nb(Tot.dameggs~STATN+YEAR+offset(log(FECUND))) > > freq=(Tot.dameggs/FECUND) > > Tot.dameggs= cantidad de huevos dañados por individuo > FECUND=cantidad total de huevos por individuo > STATN= estacion > YEAR= año > > Muchas gracias, > Matias > > > > > [[alternative HTML version deleted]] &...

...sted habla de malformaciones > en embriones, ¿en que estado embrionario y clasificación?, porque puede ser > que utilicen el término malformación como clasificación y no como congénito > (patológico), aunque este desarrollo embrionario es congénito porque se > desarrolla luego de la fecundación, y en esos casos sería oportuno definir > correctamente en términos médicos referidos a la etapa embrionaria antes de > procesar en R y tener que regresar para corregir algo. > > Usted nombra que hay varios factores, por ejemplo si hay contaminación tenga > en cuenta la idio...

e1 <- function(x,b,t){ d<-(x)*(b^t) plot(d) } e1(2, 2,seq(from=0, to=6, by=1)) Is there a way to do this with a change in time. I would like to use differential equations. I am trying to model a population with an initial value, fecundity per time step, and a death rate. The above simply shows an exponential growth rate. I would like to model species response like the famous exponential growth rate leveling off at a carrying capacity with all of the three input variables being on a slider from TeachingDemos package population#...

...ogía o no, si bien usted habla de malformaciones en embriones, ¿en que estado embrionario y clasificación?, porque puede ser que utilicen el término malformación como clasificación y no como congénito (patológico), aunque este desarrollo embrionario es congénito porque se desarrolla luego de la fecundación, y en esos casos sería oportuno definir correctamente en términos médicos referidos a la etapa embrionaria antes de procesar en R y tener que regresar para corregir algo. Usted nombra que hay varios factores, por ejemplo si hay contaminación tenga en cuenta la idiosincrasia, es decir, no t...

...sted habla de malformaciones > en embriones, ¿en que estado embrionario y clasificación?, porque puede ser > que utilicen el término malformación como clasificación y no como congénito > (patológico), aunque este desarrollo embrionario es congénito porque se > desarrolla luego de la fecundación, y en esos casos sería oportuno definir > correctamente en términos médicos referidos a la etapa embrionaria antes de > procesar en R y tener que regresar para corregir algo. > > Usted nombra que hay varios factores, por ejemplo si hay contaminación tenga > en cuenta la idio...

...og�a o no, si bien usted habla de malformaciones en embriones, �en que estado embrionario y clasificaci�n?, porque puede ser que utilicen el t�rmino malformaci�n como clasificaci�n y no como cong�nito (patol�gico), aunque este desarrollo embrionario es cong�nito porque se desarrolla luego de la fecundaci�n, y en esos casos ser�a oportuno definir correctamente en t�rminos m�dicos referidos a la etapa embrionaria antes de procesar en R y tener que regresar para corregir algo. Usted nombra que hay varios factores, por ejemplo si hay contaminaci�n tenga en cuenta la idiosincrasia, es decir, no t...

...sted habla de malformaciones > en embriones, ¿en que estado embrionario y clasificación?, porque puede ser > que utilicen el término malformación como clasificación y no como congénito > (patológico), aunque este desarrollo embrionario es congénito porque se > desarrolla luego de la fecundación, y en esos casos sería oportuno definir > correctamente en términos médicos referidos a la etapa embrionaria antes de > procesar en R y tener que regresar para corregir algo. > > Usted nombra que hay varios factores, por ejemplo si hay contaminación tenga > en cuenta la idio...

Hi, I'm programming in R and below is a summary of a generalized linear model: ************************************************** *** Call: glm(formula = offspring ~ degdays, family = quasi(link = "log", variance = "mu"), data = fecundity) Deviance Residuals: Min 1Q Median 3Q Max -0.76674 -0.29117 -0.09664 0.15668 1.00800 Coefficients: Estimate Std. Error t value Pr(>|t|) (Intercept) -1.131351 0.030480 -37.12 <2e-16 *** degdays -0.008803 0.000299 -29.44 <2e-16 *** --- Signif. codes: 0 '***' 0.001 '**' 0...

...rbeta(1,a,b) #survival is sampled from beta distribution defined by a and b B[2,1]<-s B[3,2]<-s #position of matrix where to substitute survival values B[4,3]<-s B[5,4]<-s B[6,5]<-s B[7,6]<-s B[8,7]<-s B[9,8]<-s B[9,9]<-s B[1,5]<-s*B[1,5] #positions where to substitute fecundity values B[1,6]<-s*B[1,6] B[1,7]<-s*B[1,7] B[1,8]<-s*B[1,8] B[1,9]<-s*B[1,9] eigs.B<-eigen(B) #eigs.B #obtain $values(growth rate) and $vectors(stable stage dist) dom.pos<-which.max(eigs.B[["values"]]) #extract the dominant eigen value L1<-Re(eigs.B[["values&quo...

Hey, So I have a scatter plot and I am trying to plot a curve to fit the data based on a Holling Type III functional response. My function is this: nll2<-function(a,b) { conefun<-(a*DBH^2)/(b^2+DBH^2) nlls2<-dnbinom(x=cones ,size=DBH, mu=conefun,log=TRUE) -sum(nlls) } and my plot is this: plot (DBH,cones) DBH is on the x-axis and cones is on the y-axis. How do I get the curve

...you missed them, here are some articles related to R from the month of June: The FDA goes on the record that it's OK to use R for drug trials: http://bit.ly/M0OoqA A review of talks at the useR! 2012 conference: http://bit.ly/M0Oq1O Using the negative binomial distribution to convert monthly fecundity into the chances of having a baby in a given time period: http://bit.ly/M0Oq1P Some benchmarks and a video demonstration of big-data Tweedie models with Revolution R Enterprise: http://bit.ly/M0Oqii Why Orbitz's R-based models present more expensive hotels to Mac users: http://bit.ly/M0Oq1...

Dear Ben, you answerd to Nancy Shackelford about Clarks 2Dt function. Since the thread ended just after your reply, I would like to ask, if you have an idea how to use this function in R I defined it the following way: function(x , p, u) { (p/(pi*u))*(1+(x^2/u))^(p+1) } and would like to fit this one to my obeservational data (count) [,1] [,2] [1,] 15 12 [2,] 45 13 [3,]

...owth function gxy<-function(x,y) { sigmax2<-p.vec[7]; sigmax<-sqrt(sigmax2); mux<-p.vec[5]+p.vec[6]*x; fac1<-sqrt(2*pi)*sigmax; fac2<-((y-mux)^2)/(2*sigmax2); return(exp(-fac2)/fac1); } #survival-growth function pxy<-function(x,y) { return(sx(x)*(1-fx(x))*gxy(x,y)) } #fecundity function fxy<-function(x,y) { nkids<-p.est*exp(p.vec[8]+p.vec[9]*x); kidsize.mean<- p.vec[10]; kidsize.var<- p.vec[11]; fac1<-sqrt(2*pi)*sqrt(kidsize.var); fac2<-((y-kidsize.mean)^2)/(2*kidsize.var); f<-fx(x)*nkids*exp(-fac2)/fac1; return(f); } # Part (III) #######...