Estimado Javier, Gracias por tus comentarios. Si, puede ser que me haya expresado en forma incorrecta. Mi idea fue tratar de ser lo mas conciso posible y limitarme al problema estadistico que tengo, por lo cual obvie mucha informacion. La data proviene de un monitoreo que se hace en el Mar Baltico anulamente hace mas de 20 años, debido a que la poblacion a decendido drasticamente en los ultimos años no se puede seguir utilizando el mismo procedimiento el cual se basaba en x numero de replicas por estacion del cual se extraia un valor medio. A lo que me referia con valor medio y intervalo de confianza es por que lo que se busca es tener un valor el cual pueda ser comparable. Si tengo un valor unico es muy dificil compararlo con otras estaciones y sacar conclusions. Llevamos ya un tiempo con este dilema de individuo o poblacion. Adjunto un articulo donde explica un poco mas lo de las malformaciones por si te interesa. Lo de epidemiologia es un paquete de R? Saludos, Matias> From: javier.ruben.marcuzzi en gmail.com > To: jorgeivanvelez en gmail.com; matutetote en hotmail.com > CC: r-help-es en r-project.org > Subject: Re: [R-es] calculo de poder estadistico en glm > Date: Tue, 11 Jun 2013 12:37:33 -0300 > > Estimado Matías Ledesma > > Leí en la lista lo que usted desea realizar, en la misma expresa: > > La idea del estudio es mostrar un valor medio con un intervalo de confianza > por estación de la frecuencia de malformaciones por individuo. > > Creo que se expreso en forma incorrecta, yo no se cuál es su estudio, yo no > soy estadístico, soy veterinario, pero lo que usted expresa en su idea, > aunque en términos computacionales (la computadora calcula cualquier cosa) > pueda calcularse en términos biológicos es sin importancia. Me refiero > específicamente a malformaciones por individuo, hay animales que pueden > tener más de una malformación (creo que se refiere a congénito), pero son > muchos más los que solo tienen una patología del desarrollo, y más aún los > que carecen de estas. > > Puede ser que la referencias de R sobre epidemiología aporten algo a lo que > usted necesita, trabajar por poblaciones y no por individuo. Tenga en cuenta > que en el caso de haber más de una patología, puede ser que estén > relacionadas desde la patología o no, si bien usted habla de malformaciones > en embriones, ¿en que estado embrionario y clasificación?, porque puede ser > que utilicen el término malformación como clasificación y no como congénito > (patológico), aunque este desarrollo embrionario es congénito porque se > desarrolla luego de la fecundación, y en esos casos sería oportuno definir > correctamente en términos médicos referidos a la etapa embrionaria antes de > procesar en R y tener que regresar para corregir algo. > > Usted nombra que hay varios factores, por ejemplo si hay contaminación tenga > en cuenta la idiosincrasia, es decir, no todos tienen porqué responder de la > misma manera, usted dice por individuo, yo preferiría que piense en > poblaciones y en ese caso R podría aportar a la ciencia, aunque sería bueno > estudiar por individuo pero es "complicado". > > > Javier Marcuzzi > > > -----Original Message----- > From: Jorge I Velez > Sent: Tuesday, June 11, 2013 11:08 AM > To: Matias Ledesma > Cc: R-help-es > Subject: Re: [R-es] calculo de poder estadistico en glm > > Estimado Matias, > > Reenvio a la lista. Es tarde aqui y hay que descansar. Quizas alguien en > otra parte del mundo pueda darte una mano. En unas horas te envio mi > opinion. > > Saludos, > Jorge.- > > > 2013/6/11 Matias Ledesma <> > > > Hola Jorge, > > > > Muchas gracias por las referencias, ya consegui el libro asi que me voy > > aponer a leerlo aver si encuentro una solucion. > > > > La data que estoy analizando es parte de un programa de monitoreo anual > > donde se ve los efectos de la contaminacion marina mediante la utilizacion > > de un crustaceo como bioindicador. > > > > La variable a analizar es la malformacion de embryones en este individuo y > > las variables independientes son año, estacion, cantidad total de > > embryones > > por individuo y estadio en que se encuentra el embryon. > > > > Hay gran variabilidad en la data debido a que las malformaciones dependen > > de muchos factores, ademas el numero de individuos por estacion varia > > mucho > > al igual que el numero de embryones. Por esta razon se utiliza la > > frequencia. La idea del estudio es mostrar un valor medio con un intervalo > > de confinza por estacion de la frequencia de malformaciones por individo. > > > > El tamaño de efecto que busco es de 80 % con una siginficancia de 5% > > > > En cuanto a lo del model, estoy entre dos opciones. La razon por la cual > > pensee en un modelo negativo binomial es por que la data tiene gran > > varianza (overdispers), la otra solucion que me han recomendado es > > transformrar (boxcox) la variable dependiente y luego aplicar glm con una > > funcion normal y link= log. > > > > Mi pregunta hacerca de la funcion offset era si para este caso en el cual > > la variable independiente es una fraccion es valido. En mixed > > effects models and extension in R (pag. 240) hay un caso similar en el que > > se utilizan el numero de ind por volumen ( > > L0<-glm(ind~offset(LVol)+fStation,family=poisson,data=Lice). Pero no estoy > > seguro de que sea lo mismo dado que lo mio es una freq? > > > > Saludos, > > Matias > > > > > > > > ------------------------------ > > From: jorgeivanvelez en gmail.com > > Date: Tue, 11 Jun 2013 18:40:03 +1000 > > Subject: Re: [R-es] calculo de poder estadistico en glm > > To: matutetote en hotmail.com > > CC: r-help-es en r-project.org > > > > > > Hola Matias, > > > > Que tipo de GLM estas usando? Cuantas variables explicativas? Que tamaño > > de efecto te interesa detectar? > > > > Una forma de realizar el analisis de potencia es via simulacion. Dale una > > mirada a > > http://r.789695.n4.nabble.com/a-priori-power-analysis-for-glm-family-poisson-td4659163.htmly > > en especial a la referencia que alli aparece. El paquete asypow tambien > > puede servirte. > > > > En cuanto a tu 2a pregunta, en mi opinion, lo que necesitas es un modelo > > logistico, no un modelo binomial negativo. En > > http://ww2.coastal.edu/kingw/statistics/R-tutorials/logistic.html hay un > > ejemplo parecido a lo que planteas. > > > > Saludos, > > Jorge.- > > > > > > 2013/6/11 Matias Ledesma <matutetote en hotmail.com> > > > > Hola, > > > > Estoy tratando de calcular el poder estadistico de un GLM en R, programas > > estadisticos como SPSS lo puede calcular pero no eh encotrado nada sobre > > R. > > Alguien tiene alguna idea o sabe de literatura donde pueda encontrar > > ayuda? > > > > Luego tengo otra pregunta mas bien teorica sobre la funcion offset > > utilizada en negative poisson, por lo que eh entendido esta funcion > > posibilita trabajar con fracciones a pesar de que la distribucion poisson > > solo sea para enteros positivos. Mi duda es si esto es realmente asi, lo > > que eh leido a sido en internet. Eh buscado en libros como Zuur 2007 y > > Hilbe 2007 sin encontrar nada. > > > > modelA1F<-glm.nb(Tot.dameggs~STATN+YEAR+offset(log(FECUND))) > > > > freq=(Tot.dameggs/FECUND) > > > > Tot.dameggs= cantidad de huevos dañados por individuo > > FECUND=cantidad total de huevos por individuo > > STATN= estacion > > YEAR= año > > > > Muchas gracias, > > Matias > > > > > > > > > > [[alternative HTML version deleted]] > > > > > > _______________________________________________ > > R-help-es mailing list > > R-help-es en r-project.org > > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es > > > > > > > > [[alternative HTML version deleted]] > > > > > > > > _______________________________________________ > R-help-es mailing list > R-help-es en r-project.org > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es >------------ próxima parte ------------ Se ha borrado un adjunto en formato HTML... 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From: matutetote@hotmail.com To: javier.ruben.marcuzzi@gmail.com CC: r-help-es@r-project.org Subject: RE: [R-es] calculo de poder estadistico en glm Date: Wed, 12 Jun 2013 07:24:13 +0000 Estimado Javier, Gracias por tus comentarios. Si, puede ser que me haya expresado en forma incorrecta. Mi idea fue tratar de ser lo mas conciso posible y limitarme al problema estadistico que tengo, por lo cual obvie mucha informacion. La data proviene de un monitoreo que se hace en el Mar Baltico anulamente hace mas de 20 años, debido a que la poblacion a decendido drasticamente en los ultimos años no se puede seguir utilizando el mismo procedimiento el cual se basaba en x numero de replicas por estacion del cual se extraia un valor medio. A lo que me referia con valor medio y intervalo de confianza es por que lo que se busca es tener un valor el cual pueda ser comparable. Si tengo un valor unico es muy dificil compararlo con otras estaciones y sacar conclusions. Llevamos ya un tiempo con este dilema de individuo o poblacion. Adjunto un articulo donde explica un poco mas lo de las malformaciones por si te interesa. http://www.ices.dk/sites/pub/Publication Reports/Techniques in Marine Environmental Sciences (TIMES)/times41/TIMES41.pdf Lo de epidemiologia es un paquete de R? Saludos, Matias> From: javier.ruben.marcuzzi@gmail.com > To: jorgeivanvelez@gmail.com; matutetote@hotmail.com > CC: r-help-es@r-project.org > Subject: Re: [R-es] calculo de poder estadistico en glm > Date: Tue, 11 Jun 2013 12:37:33 -0300 > > Estimado Matías Ledesma > > Leí en la lista lo que usted desea realizar, en la misma expresa: > > La idea del estudio es mostrar un valor medio con un intervalo de confianza > por estación de la frecuencia de malformaciones por individuo. > > Creo que se expreso en forma incorrecta, yo no se cuál es su estudio, yo no > soy estadístico, soy veterinario, pero lo que usted expresa en su idea, > aunque en términos computacionales (la computadora calcula cualquier cosa) > pueda calcularse en términos biológicos es sin importancia. Me refiero > específicamente a malformaciones por individuo, hay animales que pueden > tener más de una malformación (creo que se refiere a congénito), pero son > muchos más los que solo tienen una patología del desarrollo, y más aún los > que carecen de estas. > > Puede ser que la referencias de R sobre epidemiología aporten algo a lo que > usted necesita, trabajar por poblaciones y no por individuo. Tenga en cuenta > que en el caso de haber más de una patología, puede ser que estén > relacionadas desde la patología o no, si bien usted habla de malformaciones > en embriones, ¿en que estado embrionario y clasificación?, porque puede ser > que utilicen el término malformación como clasificación y no como congénito > (patológico), aunque este desarrollo embrionario es congénito porque se > desarrolla luego de la fecundación, y en esos casos sería oportuno definir > correctamente en términos médicos referidos a la etapa embrionaria antes de > procesar en R y tener que regresar para corregir algo. > > Usted nombra que hay varios factores, por ejemplo si hay contaminación tenga > en cuenta la idiosincrasia, es decir, no todos tienen porqué responder de la > misma manera, usted dice por individuo, yo preferiría que piense en > poblaciones y en ese caso R podría aportar a la ciencia, aunque sería bueno > estudiar por individuo pero es "complicado". > > > Javier Marcuzzi > > > -----Original Message----- > From: Jorge I Velez > Sent: Tuesday, June 11, 2013 11:08 AM > To: Matias Ledesma > Cc: R-help-es > Subject: Re: [R-es] calculo de poder estadistico en glm > > Estimado Matias, > > Reenvio a la lista. Es tarde aqui y hay que descansar. Quizas alguien en > otra parte del mundo pueda darte una mano. En unas horas te envio mi > opinion. > > Saludos, > Jorge.- > > > 2013/6/11 Matias Ledesma <> > > > Hola Jorge, > > > > Muchas gracias por las referencias, ya consegui el libro asi que me voy > > aponer a leerlo aver si encuentro una solucion. > > > > La data que estoy analizando es parte de un programa de monitoreo anual > > donde se ve los efectos de la contaminacion marina mediante la utilizacion > > de un crustaceo como bioindicador. > > > > La variable a analizar es la malformacion de embryones en este individuo y > > las variables independientes son año, estacion, cantidad total de > > embryones > > por individuo y estadio en que se encuentra el embryon. > > > > Hay gran variabilidad en la data debido a que las malformaciones dependen > > de muchos factores, ademas el numero de individuos por estacion varia > > mucho > > al igual que el numero de embryones. Por esta razon se utiliza la > > frequencia. La idea del estudio es mostrar un valor medio con un intervalo > > de confinza por estacion de la frequencia de malformaciones por individo. > > > > El tamaño de efecto que busco es de 80 % con una siginficancia de 5% > > > > En cuanto a lo del model, estoy entre dos opciones. La razon por la cual > > pensee en un modelo negativo binomial es por que la data tiene gran > > varianza (overdispers), la otra solucion que me han recomendado es > > transformrar (boxcox) la variable dependiente y luego aplicar glm con una > > funcion normal y link= log. > > > > Mi pregunta hacerca de la funcion offset era si para este caso en el cual > > la variable independiente es una fraccion es valido. En mixed > > effects models and extension in R (pag. 240) hay un caso similar en el que > > se utilizan el numero de ind por volumen ( > > L0<-glm(ind~offset(LVol)+fStation,family=poisson,data=Lice). Pero no estoy > > seguro de que sea lo mismo dado que lo mio es una freq? > > > > Saludos, > > Matias > > > > > > > > ------------------------------ > > From: jorgeivanvelez@gmail.com > > Date: Tue, 11 Jun 2013 18:40:03 +1000 > > Subject: Re: [R-es] calculo de poder estadistico en glm > > To: matutetote@hotmail.com > > CC: r-help-es@r-project.org > > > > > > Hola Matias, > > > > Que tipo de GLM estas usando? Cuantas variables explicativas? Que tamaño > > de efecto te interesa detectar? > > > > Una forma de realizar el analisis de potencia es via simulacion. Dale una > > mirada a > > http://r.789695.n4.nabble.com/a-priori-power-analysis-for-glm-family-poisson-td4659163.htmly > > en especial a la referencia que alli aparece. El paquete asypow tambien > > puede servirte. > > > > En cuanto a tu 2a pregunta, en mi opinion, lo que necesitas es un modelo > > logistico, no un modelo binomial negativo. En > > http://ww2.coastal.edu/kingw/statistics/R-tutorials/logistic.html hay un > > ejemplo parecido a lo que planteas. > > > > Saludos, > > Jorge.- > > > > > > 2013/6/11 Matias Ledesma <matutetote@hotmail.com> > > > > Hola, > > > > Estoy tratando de calcular el poder estadistico de un GLM en R, programas > > estadisticos como SPSS lo puede calcular pero no eh encotrado nada sobre > > R. > > Alguien tiene alguna idea o sabe de literatura donde pueda encontrar > > ayuda? > > > > Luego tengo otra pregunta mas bien teorica sobre la funcion offset > > utilizada en negative poisson, por lo que eh entendido esta funcion > > posibilita trabajar con fracciones a pesar de que la distribucion poisson > > solo sea para enteros positivos. Mi duda es si esto es realmente asi, lo > > que eh leido a sido en internet. Eh buscado en libros como Zuur 2007 y > > Hilbe 2007 sin encontrar nada. > > > > modelA1F<-glm.nb(Tot.dameggs~STATN+YEAR+offset(log(FECUND))) > > > > freq=(Tot.dameggs/FECUND) > > > > Tot.dameggs= cantidad de huevos dañados por individuo > > FECUND=cantidad total de huevos por individuo > > STATN= estacion > > YEAR= año > > > > Muchas gracias, > > Matias > > > > > > > > > > [[alternative HTML version deleted]] > > > > > > _______________________________________________ > > R-help-es mailing list > > R-help-es@r-project.org > > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es > > > > > > > > [[alternative HTML version deleted]] > > > > > > > > _______________________________________________ > R-help-es mailing list > R-help-es@r-project.org > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es >[[alternative HTML version deleted]]
Hola,
Si, lo eh pensado pero no eh tenido tiempo de ondar y tengo que profundisar en
la biologia y en el procediminto del monitoreo. Dado que todos los años se
muestera la misma estacion talvez habria que utilizar un glmm en vez de glm...
En realidad lo que estoy aplicando es el modelo de Hurdle, pero haciendolo en
dos partes separadas ya que primero analizo la possiblidad que hay de encontrar
hembras con malformaciones ( o sea que tienen uno o mas embryones malformados) y
luego analizo la frecuencia en esas hembras por separado. Primero aplico un
modelo binomial y luego un truncado con familia poisson negativa ya que hay gran
dispersion.
Gracias por el enlace, lo voy a vichar ahora.
Saludos,
Matias
Date: Wed, 12 Jun 2013 12:19:00 +0200
From: canadasreche@gmail.com
To: matutetote@hotmail.com
Subject: Re: [R-es] calculo de poder estadistico en glm
Hola.
¿Has pensado en la alternativa de utilizar modelos mixtos?
Hace poco hice un curso de modelos mixtos con R y quizá se pueda
aplicar esa perspectiva a tu caso.
Te pongo enlace
http://luiscayuela.blogspot.com.es/2012/07/material-cursos-de-r-para-modelos.html
En el menú de la derecha viene un documento 5.Modelos lineales
mixtos, dónde el profesor explica los modelos mixtos.
Al final de los apuntes, vienen enlaces a wikis dónde se resuelven
algunos casos de estudio.
Espero que te ayude.
Saludos
El 12/06/13 11:41, Matias Ledesma
escribió:
From: matutetote@hotmail.com
To: javier.ruben.marcuzzi@gmail.com
CC: r-help-es@r-project.org
Subject: RE: [R-es] calculo de poder estadistico en glm
Date: Wed, 12 Jun 2013 07:24:13 +0000
Estimado Javier,
Gracias por tus comentarios.
Si, puede ser que me haya expresado en forma incorrecta. Mi idea fue tratar de
ser lo mas conciso posible y limitarme al problema estadistico que tengo, por lo
cual obvie mucha informacion.
La data proviene de un monitoreo que se hace en el Mar Baltico anulamente hace
mas de 20 a�os, debido a que la poblacion a decendido drasticamente en los
ultimos a�os no se puede seguir utilizando el mismo procedimiento el cual se
basaba en x numero de replicas por estacion del cual se extraia un valor medio.
A lo que me referia con valor medio y intervalo de confianza es por que lo que
se busca es tener un valor el cual pueda ser comparable. Si tengo un valor unico
es muy dificil compararlo con otras estaciones y sacar conclusions.
Llevamos ya un tiempo con este dilema de individuo o poblacion.
Adjunto un articulo donde explica un poco mas lo de las malformaciones por si te
interesa. http://www.ices.dk/sites/pub/Publication Reports/Techniques in Marine
Environmental Sciences (TIMES)/times41/TIMES41.pdf
Lo de epidemiologia es un paquete de R?
Saludos,
Matias
From: javier.ruben.marcuzzi@gmail.com
To: jorgeivanvelez@gmail.com; matutetote@hotmail.com
CC: r-help-es@r-project.org
Subject: Re: [R-es] calculo de poder estadistico en glm
Date: Tue, 11 Jun 2013 12:37:33 -0300
Estimado Mat�as Ledesma
Le� en la lista lo que usted desea realizar, en la misma expresa:
La idea del estudio es mostrar un valor medio con un intervalo de confianza
por estaci�n de la frecuencia de malformaciones por individuo.
Creo que se expreso en forma incorrecta, yo no se cu�l es su estudio, yo no
soy estad�stico, soy veterinario, pero lo que usted expresa en su idea,
aunque en t�rminos computacionales (la computadora calcula cualquier cosa)
pueda calcularse en t�rminos biol�gicos es sin importancia. Me refiero
espec�ficamente a malformaciones por individuo, hay animales que pueden
tener m�s de una malformaci�n (creo que se refiere a cong�nito), pero son
muchos m�s los que solo tienen una patolog�a del desarrollo, y m�s a�n los
que carecen de estas.
Puede ser que la referencias de R sobre epidemiolog�a aporten algo a lo que
usted necesita, trabajar por poblaciones y no por individuo. Tenga en cuenta
que en el caso de haber m�s de una patolog�a, puede ser que est�n
relacionadas desde la patolog�a o no, si bien usted habla de malformaciones
en embriones, �en que estado embrionario y clasificaci�n?, porque puede ser
que utilicen el t�rmino malformaci�n como clasificaci�n y no como cong�nito
(patol�gico), aunque este desarrollo embrionario es cong�nito porque se
desarrolla luego de la fecundaci�n, y en esos casos ser�a oportuno definir
correctamente en t�rminos m�dicos referidos a la etapa embrionaria antes de
procesar en R y tener que regresar para corregir algo.
Usted nombra que hay varios factores, por ejemplo si hay contaminaci�n tenga
en cuenta la idiosincrasia, es decir, no todos tienen porqu� responder de la
misma manera, usted dice por individuo, yo preferir�a que piense en
poblaciones y en ese caso R podr�a aportar a la ciencia, aunque ser�a bueno
estudiar por individuo pero es "complicado".
Javier Marcuzzi
-----Original Message-----
From: Jorge I Velez
Sent: Tuesday, June 11, 2013 11:08 AM
To: Matias Ledesma
Cc: R-help-es
Subject: Re: [R-es] calculo de poder estadistico en glm
Estimado Matias,
Reenvio a la lista. Es tarde aqui y hay que descansar. Quizas alguien en
otra parte del mundo pueda darte una mano. En unas horas te envio mi
opinion.
Saludos,
Jorge.-
2013/6/11 Matias Ledesma <>
Hola Jorge,
Muchas gracias por las referencias, ya consegui el libro asi que me voy
aponer a leerlo aver si encuentro una solucion.
La data que estoy analizando es parte de un programa de monitoreo anual
donde se ve los efectos de la contaminacion marina mediante la utilizacion
de un crustaceo como bioindicador.
La variable a analizar es la malformacion de embryones en este individuo y
las variables independientes son a�o, estacion, cantidad total de
embryones
por individuo y estadio en que se encuentra el embryon.
Hay gran variabilidad en la data debido a que las malformaciones dependen
de muchos factores, ademas el numero de individuos por estacion varia
mucho
al igual que el numero de embryones. Por esta razon se utiliza la
frequencia. La idea del estudio es mostrar un valor medio con un intervalo
de confinza por estacion de la frequencia de malformaciones por individo.
El tama�o de efecto que busco es de 80 % con una siginficancia de 5%
En cuanto a lo del model, estoy entre dos opciones. La razon por la cual
pensee en un modelo negativo binomial es por que la data tiene gran
varianza (overdispers), la otra solucion que me han recomendado es
transformrar (boxcox) la variable dependiente y luego aplicar glm con una
funcion normal y link= log.
Mi pregunta hacerca de la funcion offset era si para este caso en el cual
la variable independiente es una fraccion es valido. En mixed
effects models and extension in R (pag. 240) hay un caso similar en el que
se utilizan el numero de ind por volumen (
L0<-glm(ind~offset(LVol)+fStation,family=poisson,data=Lice). Pero no estoy
seguro de que sea lo mismo dado que lo mio es una freq?
Saludos,
Matias
------------------------------
From: jorgeivanvelez@gmail.com
Date: Tue, 11 Jun 2013 18:40:03 +1000
Subject: Re: [R-es] calculo de poder estadistico en glm
To: matutetote@hotmail.com
CC: r-help-es@r-project.org
Hola Matias,
Que tipo de GLM estas usando? Cuantas variables explicativas? Que tama�o
de efecto te interesa detectar?
Una forma de realizar el analisis de potencia es via simulacion. Dale una
mirada a
http://r.789695.n4.nabble.com/a-priori-power-analysis-for-glm-family-poisson-td4659163.htmly
en especial a la referencia que alli aparece. El paquete asypow tambien
puede servirte.
En cuanto a tu 2a pregunta, en mi opinion, lo que necesitas es un modelo
logistico, no un modelo binomial negativo. En
http://ww2.coastal.edu/kingw/statistics/R-tutorials/logistic.html hay un
ejemplo parecido a lo que planteas.
Saludos,
Jorge.-
2013/6/11 Matias Ledesma <matutetote@hotmail.com>
Hola,
Estoy tratando de calcular el poder estadistico de un GLM en R, programas
estadisticos como SPSS lo puede calcular pero no eh encotrado nada sobre
R.
Alguien tiene alguna idea o sabe de literatura donde pueda encontrar
ayuda?
Luego tengo otra pregunta mas bien teorica sobre la funcion offset
utilizada en negative poisson, por lo que eh entendido esta funcion
posibilita trabajar con fracciones a pesar de que la distribucion poisson
solo sea para enteros positivos. Mi duda es si esto es realmente asi, lo
que eh leido a sido en internet. Eh buscado en libros como Zuur 2007 y
Hilbe 2007 sin encontrar nada.
modelA1F<-glm.nb(Tot.dameggs~STATN+YEAR+offset(log(FECUND)))
freq=(Tot.dameggs/FECUND)
Tot.dameggs= cantidad de huevos da�ados por individuo
FECUND=cantidad total de huevos por individuo
STATN= estacion
YEAR= a�o
Muchas gracias,
Matias
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Estimado Matías Epidemiología, no es un paquete, me refería a la parte de medicina, que por suerte en R hay herramientas que nos facilitan algunas de estas cuestiones. En http://cran.r-project.org/doc/contrib/Epicalc_Book.pdf hay un libro gratuito de R y epidemiología, aunque hay otros paquetes que tienen algunas cosas que pueden ser mejores, aunque muchas veces eso es a gusto personal o de acuerdo a lo buscado, es un buen libro para hojear y sacar ideas que puedan extrapolarse para su estudio. Voy a leer lo que usted envió, me resulta un artículo interesante, en mi caso, el mar queda a unos 700 km en línea recta desde mi casa, y el Báltico a miles de km, entenderá mi ignorancia al respecto, pero de esto salen algunas preguntas que son muy básicas, casi de ignorante, en primer lugar para tener embriones hacen falta adultos, ¿hay registros de estos?¿donde están?¿pesca?. Mi segunda pregunta es, por ejemplo en el patio de mi casa hay una parra y siempre vienen palomas y hacen su nido en dos o tres lugares que se repiten todos los años, por lo cual el encontrar huevos está espacialmente relacionado al nido de arriba, ¿hay algún tipo de ubicación reproductiva? Mi pregunta es porque, si interpretamos los embriones con estadios embrionarios a lo largo del tiempo, la ubicación geográfica de estos ¿tiene alguna relación con la toma de muestra o es totalmente al azar?. Mi tercer pregunta es ¿ustedes toman una muestra, luego de un tiempo otra, pero los individuos de la primera son descartados?, porque si es así entiendo que es por población porque no tienen un seguimiento por individuo. En este caso creo que el enfoque de epidemiología puede aportar ideas a su trabajo en R. De pronto entendiendo los estados embrionarios como recuentos de embriones en cada uno a diferentes tiempos y situaciones, viene a mi mente los ejemplos de R con datos del titanic y los sobrevivientes de acuerdo a la edad, sexo, estado social. Le deseo éxitos. Javier Marcuzzi From: Matias Ledesma Sent: Wednesday, June 12, 2013 4:24 AM To: Marcuzzi, Javier Rubén Cc: R Subject: RE: [R-es] calculo de poder estadistico en glm Estimado Javier, Gracias por tus comentarios. Si, puede ser que me haya expresado en forma incorrecta. Mi idea fue tratar de ser lo mas conciso posible y limitarme al problema estadistico que tengo, por lo cual obvie mucha informacion. La data proviene de un monitoreo que se hace en el Mar Baltico anulamente hace mas de 20 años, debido a que la poblacion a decendido drasticamente en los ultimos años no se puede seguir utilizando el mismo procedimiento el cual se basaba en x numero de replicas por estacion del cual se extraia un valor medio. A lo que me referia con valor medio y intervalo de confianza es por que lo que se busca es tener un valor el cual pueda ser comparable. Si tengo un valor unico es muy dificil compararlo con otras estaciones y sacar conclusions. Llevamos ya un tiempo con este dilema de individuo o poblacion. Adjunto un articulo donde explica un poco mas lo de las malformaciones por si te interesa. Lo de epidemiologia es un paquete de R? Saludos, Matias> From: javier.ruben.marcuzzi@gmail.com > To: jorgeivanvelez@gmail.com; matutetote@hotmail.com > CC: r-help-es@r-project.org > Subject: Re: [R-es] calculo de poder estadistico en glm > Date: Tue, 11 Jun 2013 12:37:33 -0300 > > Estimado Matías Ledesma > > Leí en la lista lo que usted desea realizar, en la misma expresa: > > La idea del estudio es mostrar un valor medio con un intervalo de confianza > por estación de la frecuencia de malformaciones por individuo. > > Creo que se expreso en forma incorrecta, yo no se cuál es su estudio, yo no > soy estadístico, soy veterinario, pero lo que usted expresa en su idea, > aunque en términos computacionales (la computadora calcula cualquier cosa) > pueda calcularse en términos biológicos es sin importancia. Me refiero > específicamente a malformaciones por individuo, hay animales que pueden > tener más de una malformación (creo que se refiere a congénito), pero son > muchos más los que solo tienen una patología del desarrollo, y más aún los > que carecen de estas. > > Puede ser que la referencias de R sobre epidemiología aporten algo a lo que > usted necesita, trabajar por poblaciones y no por individuo. Tenga en cuenta > que en el caso de haber más de una patología, puede ser que estén > relacionadas desde la patología o no, si bien usted habla de malformaciones > en embriones, ¿en que estado embrionario y clasificación?, porque puede ser > que utilicen el término malformación como clasificación y no como congénito > (patológico), aunque este desarrollo embrionario es congénito porque se > desarrolla luego de la fecundación, y en esos casos sería oportuno definir > correctamente en términos médicos referidos a la etapa embrionaria antes de > procesar en R y tener que regresar para corregir algo. > > Usted nombra que hay varios factores, por ejemplo si hay contaminación tenga > en cuenta la idiosincrasia, es decir, no todos tienen porqué responder de la > misma manera, usted dice por individuo, yo preferiría que piense en > poblaciones y en ese caso R podría aportar a la ciencia, aunque sería bueno > estudiar por individuo pero es "complicado". > > > Javier Marcuzzi > > > -----Original Message----- > From: Jorge I Velez > Sent: Tuesday, June 11, 2013 11:08 AM > To: Matias Ledesma > Cc: R-help-es > Subject: Re: [R-es] calculo de poder estadistico en glm > > Estimado Matias, > > Reenvio a la lista. Es tarde aqui y hay que descansar. Quizas alguien en > otra parte del mundo pueda darte una mano. En unas horas te envio mi > opinion. > > Saludos, > Jorge.- > > > 2013/6/11 Matias Ledesma <> > > > Hola Jorge, > > > > Muchas gracias por las referencias, ya consegui el libro asi que me voy > > aponer a leerlo aver si encuentro una solucion. > > > > La data que estoy analizando es parte de un programa de monitoreo anual > > donde se ve los efectos de la contaminacion marina mediante la utilizacion > > de un crustaceo como bioindicador. > > > > La variable a analizar es la malformacion de embryones en este individuo y > > las variables independientes son año, estacion, cantidad total de > > embryones > > por individuo y estadio en que se encuentra el embryon. > > > > Hay gran variabilidad en la data debido a que las malformaciones dependen > > de muchos factores, ademas el numero de individuos por estacion varia > > mucho > > al igual que el numero de embryones. Por esta razon se utiliza la > > frequencia. La idea del estudio es mostrar un valor medio con un intervalo > > de confinza por estacion de la frequencia de malformaciones por individo. > > > > El tamaño de efecto que busco es de 80 % con una siginficancia de 5% > > > > En cuanto a lo del model, estoy entre dos opciones. La razon por la cual > > pensee en un modelo negativo binomial es por que la data tiene gran > > varianza (overdispers), la otra solucion que me han recomendado es > > transformrar (boxcox) la variable dependiente y luego aplicar glm con una > > funcion normal y link= log. > > > > Mi pregunta hacerca de la funcion offset era si para este caso en el cual > > la variable independiente es una fraccion es valido. En mixed > > effects models and extension in R (pag. 240) hay un caso similar en el que > > se utilizan el numero de ind por volumen ( > > L0<-glm(ind~offset(LVol)+fStation,family=poisson,data=Lice). Pero no estoy > > seguro de que sea lo mismo dado que lo mio es una freq? > > > > Saludos, > > Matias > > > > > > > > ------------------------------ > > From: jorgeivanvelez@gmail.com > > Date: Tue, 11 Jun 2013 18:40:03 +1000 > > Subject: Re: [R-es] calculo de poder estadistico en glm > > To: matutetote@hotmail.com > > CC: r-help-es@r-project.org > > > > > > Hola Matias, > > > > Que tipo de GLM estas usando? Cuantas variables explicativas? Que tamaño > > de efecto te interesa detectar? > > > > Una forma de realizar el analisis de potencia es via simulacion. Dale una > > mirada a > > http://r.789695.n4.nabble.com/a-priori-power-analysis-for-glm-family-poisson-td4659163.htmly > > en especial a la referencia que alli aparece. El paquete asypow tambien > > puede servirte. > > > > En cuanto a tu 2a pregunta, en mi opinion, lo que necesitas es un modelo > > logistico, no un modelo binomial negativo. En > > http://ww2.coastal.edu/kingw/statistics/R-tutorials/logistic.html hay un > > ejemplo parecido a lo que planteas. > > > > Saludos, > > Jorge.- > > > > > > 2013/6/11 Matias Ledesma <matutetote@hotmail.com> > > > > Hola, > > > > Estoy tratando de calcular el poder estadistico de un GLM en R, programas > > estadisticos como SPSS lo puede calcular pero no eh encotrado nada sobre > > R. > > Alguien tiene alguna idea o sabe de literatura donde pueda encontrar > > ayuda? > > > > Luego tengo otra pregunta mas bien teorica sobre la funcion offset > > utilizada en negative poisson, por lo que eh entendido esta funcion > > posibilita trabajar con fracciones a pesar de que la distribucion poisson > > solo sea para enteros positivos. Mi duda es si esto es realmente asi, lo > > que eh leido a sido en internet. Eh buscado en libros como Zuur 2007 y > > Hilbe 2007 sin encontrar nada. > > > > modelA1F<-glm.nb(Tot.dameggs~STATN+YEAR+offset(log(FECUND))) > > > > freq=(Tot.dameggs/FECUND) > > > > Tot.dameggs= cantidad de huevos dañados por individuo > > FECUND=cantidad total de huevos por individuo > > STATN= estacion > > YEAR= año > > > > Muchas gracias, > > Matias > > > > > > > > > > [[alternative HTML version deleted]] > > > > > > _______________________________________________ > > R-help-es mailing list > > R-help-es@r-project.org > > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es > > > > > > > > [[alternative HTML version deleted]] > > > > > > > > _______________________________________________ > R-help-es mailing list > R-help-es@r-project.org > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es >[[alternative HTML version deleted]]