Javier Marcuzzi
2022-Jan-11 19:02 UTC
[R-es] Espcificar analisis de medidas repetidas en lme()
Estimado Jaume Tormo Tal como comenta Carlos Bellosta, hay algo entre lme, lmer, lme4, todo es muy semejante pero para ciertas cosas uno es más potente o flexible que el otro. Justo ahora no estoy al alcance para enviar la cita de un libro donde está un ejemplo sobre lo que usted pregunta. Reién mire en internet y encontré esto, no es justo pero compara alternativas. 6 Paquete nlme | Modelos Mixtos con R (fhernanb.github.io) <https://fhernanb.github.io/libro_modelos_mixtos/pac-nlme.html> Creo que el libro que tiene lo que usted necesita es The Nlme Package: Linear and Nonlinear Mixed Effects Models, si no recuerdo mal, el ejemplo es de unos autos o fábrica de autos, los motores, y el tiempo según los trabajadores, cada vez lo complican más, digamos que desde un lugar realizan la complejidad desde lo simple y sumando paso a paso. Lo interesante es cómo agregando parámetros, o reescribiendo a partir de lo mismo, avanzan cada vez más. Mire en GLMM FAQ (bbolker.github.io) <https://bbolker.github.io/mixedmodels-misc/glmmFAQ.html#additive-and-generalized-additive-mixed-models> la definición de los modelos. Pero debe estar por ahí el ejemplo de car motors R time, y cómo lo van complicando. Javier Rubén Marcuzzi El mar, 11 ene 2022 a las 10:24, Jaume Tormo (<jautorbla en gmail.com>) escribió:> Hola, > > Estoy tratando de especificar un modelo de medidas repetidas que es como > sigue: > - 4 sitios de estudio. (A-D) > - Dentro de cada sitio hay 5 puntos donde se mide la variable X > - Repetimos las medidas en el tiempo. Los lugares y puntos son los mismos > en cada visita. > > Tenemos las siguientes variables: > id - identificador del punto de medida > sitio - Los cuatro lugares donde se mide sitio1, sitio2, ... sitio4 > visita - La visitas que se hacen para medir. visita1, visita2,... visitaN > x - variable medida > > Lo voy a analizar con lme pero no estoy seguro de cómo especificar esto en > la fórmula. Yo creo que es así: > > lme(x~sitio, random = ~ 1|id/visita, data = datos) > > Porque entiendo que hay que decir id/visita para que R entienda que a lo > largo de las visitas los id son el mismo punto de medida. > Pero no estoy seguro de si debe ser al revés ~1|visita/id > > ¿Que opinais?¿Voy por buen camino? > > Muchas gracias. > > -- > Jaume Tormo. > https://flipboard.com/@jaumetormo/hallazgos-interesantes-bj8opmboy > https://acercad.wordpress.com/ > > [[alternative HTML version deleted]] > > _______________________________________________ > R-help-es mailing list > R-help-es en r-project.org > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es >[[alternative HTML version deleted]]
Jaume Tormo
2022-Jan-12 10:37 UTC
[R-es] Espcificar analisis de medidas repetidas en lme()
Muchas gracias los tres. Al final me voy a quedar con lme(x ~ sitio + visita, random = ~ visita|id, data = datos) En la parte fija le digo a R que es importante tener en cuenta tanto visita como sitio, pero no especifico * por que no espero que haya una interacción, el efecto sitio será parecido en todas las visitas. En la parte aleatoria aviso a R de que los puntos de medida son los mismos a lo largo de las visitas. Recopilo Algunos enlaces que me han sido útiles incluyendo los vuestros: - https://m-clark.github.io/docs/mixedModels/anovamixed.html#mixed_model - Apartado 2.4. de https://www.researchgate.net/profile/Hensley-Mariathas-3/post/How_should_I_construct_my_multilevel_model_in_R/attachment/59d646d579197b80779a1cb9/AS%3A459836811943936%401486645047128/download/Appendix-Mixed-Models.pdf - Apartado 3 de https://www.crumplab.com/psyc7709_2019/book/docs/a-tutorial-for-using-the-lme-function-from-the-nlme-package-.html Gracias de nuevo, Jaume. El mar, 11 ene 2022 a las 20:02, Javier Marcuzzi (< javier.ruben.marcuzzi en gmail.com>) escribió:> Estimado Jaume Tormo > > Tal como comenta Carlos Bellosta, hay algo entre lme, lmer, lme4, todo es > muy semejante pero para ciertas cosas uno es más potente o flexible que el > otro. > Justo ahora no estoy al alcance para enviar la cita de un libro donde está > un ejemplo sobre lo que usted pregunta. Reién mire en internet y encontré > esto, no es justo pero compara alternativas. > > 6 Paquete nlme | Modelos Mixtos con R (fhernanb.github.io) > <https://fhernanb.github.io/libro_modelos_mixtos/pac-nlme.html> > > Creo que el libro que tiene lo que usted necesita es The Nlme Package: > Linear and Nonlinear Mixed Effects Models, si no recuerdo mal, el ejemplo > es de unos autos o fábrica de autos, los motores, y el tiempo según los > trabajadores, cada vez lo complican más, digamos que desde un lugar > realizan la complejidad desde lo simple y sumando paso a paso. Lo > interesante es cómo agregando parámetros, o reescribiendo a partir de > lo mismo, avanzan cada vez más. > > Mire en GLMM FAQ (bbolker.github.io) > <https://bbolker.github.io/mixedmodels-misc/glmmFAQ.html#additive-and-generalized-additive-mixed-models> la > definición de los modelos. > > Pero debe estar por ahí el ejemplo de car motors R time, y cómo lo van > complicando. > > Javier Rubén Marcuzzi > > El mar, 11 ene 2022 a las 10:24, Jaume Tormo (<jautorbla en gmail.com>) > escribió: > >> Hola, >> >> Estoy tratando de especificar un modelo de medidas repetidas que es como >> sigue: >> - 4 sitios de estudio. (A-D) >> - Dentro de cada sitio hay 5 puntos donde se mide la variable X >> - Repetimos las medidas en el tiempo. Los lugares y puntos son los mismos >> en cada visita. >> >> Tenemos las siguientes variables: >> id - identificador del punto de medida >> sitio - Los cuatro lugares donde se mide sitio1, sitio2, ... sitio4 >> visita - La visitas que se hacen para medir. visita1, visita2,... visitaN >> x - variable medida >> >> Lo voy a analizar con lme pero no estoy seguro de cómo especificar esto en >> la fórmula. Yo creo que es así: >> >> lme(x~sitio, random = ~ 1|id/visita, data = datos) >> >> Porque entiendo que hay que decir id/visita para que R entienda que a lo >> largo de las visitas los id son el mismo punto de medida. >> Pero no estoy seguro de si debe ser al revés ~1|visita/id >> >> ¿Que opinais?¿Voy por buen camino? >> >> Muchas gracias. >> >> -- >> Jaume Tormo. >> https://flipboard.com/@jaumetormo/hallazgos-interesantes-bj8opmboy >> https://acercad.wordpress.com/ >> >> [[alternative HTML version deleted]] >> >> _______________________________________________ >> R-help-es mailing list >> R-help-es en r-project.org >> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es >> >-- Jaume Tormo. https://flipboard.com/@jaumetormo/hallazgos-interesantes-bj8opmboy https://acercad.wordpress.com/ [[alternative HTML version deleted]]