R help es - Jan 2022 - Espcificar analisis de medidas repetidas en lme()

Hola,

Estoy tratando de especificar un modelo de medidas repetidas que es como
sigue:
- 4 sitios de estudio. (A-D)
- Dentro de cada sitio hay 5 puntos donde se mide la variable X
- Repetimos las medidas en el tiempo. Los lugares y puntos son los mismos
en cada visita.

Tenemos las siguientes variables:
id - identificador del punto de medida
sitio - Los cuatro lugares donde se mide sitio1, sitio2, ... sitio4
visita - La visitas que se hacen para medir. visita1, visita2,... visitaN
x - variable medida

Lo voy a analizar con lme pero no estoy seguro de cómo especificar esto en
la fórmula. Yo creo que es así:

lme(x~sitio, random = ~ 1|id/visita, data = datos)

Porque entiendo que hay que decir id/visita para que R entienda que a lo
largo de las visitas los id son el mismo punto de medida.
Pero no estoy seguro de si debe ser al revés ~1|visita/id

¿Que opinais?¿Voy por buen camino?

Muchas gracias.

-- 
Jaume Tormo.
https://flipboard.com/@jaumetormo/hallazgos-interesantes-bj8opmboy
https://acercad.wordpress.com/

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Hola, ¿qué tal?

Yo uso lmer habitualmente (y no lme) y me pierdo un poco con la sintaxis.
Pero vamos, casi seguro que lme no espera que "visita" figure en el
modelo.

Tampoco está claro si quieres que los sitios sean efectos fijos o
aleatorios. Casi me inclino más por lo segundo, pero no sé cuál es el
contexto exacto. De todos modos, tienes un ejemplo similar al tuyo tratado
con lmer aqui <http://www.alexanderdemos.org/Mixed5.html> (sección *3
Level
Random intercepts model*).

Un saludo,

Carlos J. Gil Bellosta
http://www.datanalytics.com
.

El mar, 11 ene 2022 a las 14:24, Jaume Tormo (<jautorbla en gmail.com>)
escribió:
> Hola,
>
> Estoy tratando de especificar un modelo de medidas repetidas que es como
> sigue:
> - 4 sitios de estudio. (A-D)
> - Dentro de cada sitio hay 5 puntos donde se mide la variable X
> - Repetimos las medidas en el tiempo. Los lugares y puntos son los mismos
> en cada visita.
>
> Tenemos las siguientes variables:
> id - identificador del punto de medida
> sitio - Los cuatro lugares donde se mide sitio1, sitio2, ... sitio4
> visita - La visitas que se hacen para medir. visita1, visita2,... visitaN
> x - variable medida
>
> Lo voy a analizar con lme pero no estoy seguro de cómo especificar esto en
> la fórmula. Yo creo que es así:
>
> lme(x~sitio, random = ~ 1|id/visita, data = datos)
>
> Porque entiendo que hay que decir id/visita para que R entienda que a lo
> largo de las visitas los id son el mismo punto de medida.
> Pero no estoy seguro de si debe ser al revés ~1|visita/id
>
> ¿Que opinais?¿Voy por buen camino?
>
> Muchas gracias.
>
> --
> Jaume Tormo.
> https://flipboard.com/@jaumetormo/hallazgos-interesantes-bj8opmboy
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> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
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Hola Jaume:

En teoría en cada fila (cada observación)  de la tabla de datos tienes 
los valores adecuados de "id" y "visita", por lo que R
"entiende" de
sobra la estructura individual-temporal de las observaciones.

Yo pondría:

lme(x ~ sitio + visita, random = ~ 1|id, data = datos)


o

lme(x ~ sitio + visita, random = ~ 1 + sitio + visita |id, data = datos)
  

o

lme(x ~ sitio * visita, random = ~ 1|id, data = datos)


etc, dependiendo de los efectos fijos y aleatorios que quieras testar.


Un saludo,

Marcelino


El 11/01/2022 a las 14:23, Jaume Tormo escribió:
> Hola,
>
> Estoy tratando de especificar un modelo de medidas repetidas que es como
> sigue:
> - 4 sitios de estudio. (A-D)
> - Dentro de cada sitio hay 5 puntos donde se mide la variable X
> - Repetimos las medidas en el tiempo. Los lugares y puntos son los mismos
> en cada visita.
>
> Tenemos las siguientes variables:
> id - identificador del punto de medida
> sitio - Los cuatro lugares donde se mide sitio1, sitio2, ... sitio4
> visita - La visitas que se hacen para medir. visita1, visita2,... visitaN
> x - variable medida
>
> Lo voy a analizar con lme pero no estoy seguro de cómo especificar esto en
> la fórmula. Yo creo que es así:
>
> lme(x~sitio, random = ~ 1|id/visita, data = datos)
>
> Porque entiendo que hay que decir id/visita para que R entienda que a lo
> largo de las visitas los id son el mismo punto de medida.
> Pero no estoy seguro de si debe ser al revés ~1|visita/id
>
> ¿Que opinais?¿Voy por buen camino?
>
> Muchas gracias.
>
-- 
Marcelino de la Cruz Rot
Depto. de Biología y Geología
Física y Química Inorgánica
Universidad Rey Juan Carlos
Móstoles España

Estimado Jaume Tormo

Tal como comenta Carlos Bellosta, hay algo entre lme, lmer, lme4, todo es
muy semejante pero para ciertas cosas uno es más potente o flexible que el
otro.
Justo ahora no estoy al alcance para enviar la cita de un libro donde está
un ejemplo sobre lo que usted pregunta. Reién mire en internet y encontré
esto, no es justo pero compara alternativas.

6 Paquete nlme | Modelos Mixtos con R (fhernanb.github.io)
<https://fhernanb.github.io/libro_modelos_mixtos/pac-nlme.html>

Creo que el libro que tiene lo que usted necesita es The Nlme Package:
Linear and Nonlinear Mixed Effects Models, si no recuerdo mal, el ejemplo
es de unos autos o fábrica de autos, los motores, y el tiempo según los
trabajadores, cada vez lo complican más, digamos que desde un lugar
realizan la complejidad desde lo simple y sumando paso a paso. Lo
interesante es cómo agregando parámetros, o reescribiendo a partir de
lo mismo, avanzan cada vez más.

Mire en GLMM FAQ (bbolker.github.io)
<https://bbolker.github.io/mixedmodels-misc/glmmFAQ.html#additive-and-generalized-additive-mixed-models>
la
definición de los modelos.

Pero debe estar por ahí el ejemplo de car motors R time, y cómo lo van
complicando.

Javier Rubén Marcuzzi

El mar, 11 ene 2022 a las 10:24, Jaume Tormo (<jautorbla en gmail.com>)
escribió:
> Hola,
>
> Estoy tratando de especificar un modelo de medidas repetidas que es como
> sigue:
> - 4 sitios de estudio. (A-D)
> - Dentro de cada sitio hay 5 puntos donde se mide la variable X
> - Repetimos las medidas en el tiempo. Los lugares y puntos son los mismos
> en cada visita.
>
> Tenemos las siguientes variables:
> id - identificador del punto de medida
> sitio - Los cuatro lugares donde se mide sitio1, sitio2, ... sitio4
> visita - La visitas que se hacen para medir. visita1, visita2,... visitaN
> x - variable medida
>
> Lo voy a analizar con lme pero no estoy seguro de cómo especificar esto en
> la fórmula. Yo creo que es así:
>
> lme(x~sitio, random = ~ 1|id/visita, data = datos)
>
> Porque entiendo que hay que decir id/visita para que R entienda que a lo
> largo de las visitas los id son el mismo punto de medida.
> Pero no estoy seguro de si debe ser al revés ~1|visita/id
>
> ¿Que opinais?¿Voy por buen camino?
>
> Muchas gracias.
>
> --
> Jaume Tormo.
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