R help es - May 2020 - Fwd: Re: Fwd: Re: Instalar paquetes no disponibles para la versión actual

Hola a todos:

Las versiones oficiales de R no son versiones beta, sino versiones 
"definitivas" convenientemente testadas. Los paquetes disponibles en
el
servidor de CRAN están testados contra la versión actual de R. 
Mantenerse en una versión anticuada normalmente conduce a la pérdida de 
funcionalidad, errores de dependencias entre versiones de paquetes 
nuevos etc. En R, actualizar a la última versión suele ser una 
recomendación bastante conservadora.

Un saludo

Marcelino

El 03/05/2020 a las 7:25, Rafael Bidegain escribió:
> hola a todos.
> contesto entre líneas
>
> El vie., 1 may. 2020 a las 15:52, Marcelino de la Cruz Rot (<
> marcelino.delacruz en urjc.es>) escribió:
>
>> La versión 3.5 es algo antigua (1 año). Yo instalaría la 4.0-0, y la
>> última versión de RStudio y probaría.
>>
> es una recomendación *muy* arriesgada, R 4.0 se liberó solo hace unos días.
> (24 de abril de 2020)
> la lista de cambios es enorme, hay correciones implementaciones nuevas y
> algunas cosas deprecadas y otras directamente fueron retiradas del sistema
> si estás empezando de cero y no compartís codigo con otros usuarios es
> posible una instalación limpia de R. 4.0 si ese no es el caso lo mejor es
> quedarse con la actual stable mas probada y darle tiempo a la R 4.0 a que
> madure.
>
> pueden ver las cosas nuevas, deprecadas y dadas de baja acá:
> https://stat.ethz.ch/pipermail/r-announce/2020/000653.html
>
-- 
Marcelino de la Cruz Rot
Depto. de Biología y Geología
Física y Química Inorgánica
Universidad Rey Juan Carlos
Móstoles España

Me vas a permitir Marcelino que te contradiga en parte.

En R hay a fecha de hoy 15575 paquetes. Hace unos tres años unos 10 000. 
El crecimiento durante años fue exponencial; tengo la sensación no 
contrastada de que ya no es así, y supongo que en parte es por la 
abundancia con la que encuentro paquetes abandonados como los que señala 
Manuel Mendoza.

Y no, a todos los autores no les da tiempo a contrastarlos a toque de 
corneta cuando sale la versión de cada año. De he hecho he vivido algún 
año con la transición hasta septiembre bastante complicada con algunos 
paquetes que sacaban versión tras versión hasta tenerla afinada. Incluso 
aunque la versión estable aumenta en una décima cada año en abril desde 
2013 (3.0, 3.1, ...) a lo largo del año aparecen ajuste con versión decimal.

En años anteriores he vivido algunos meses conflictivos sin encontrar 
modo de que los paquetes de RCommander, que se supone que forman parte 
del "núcleo duro", estuviesen todos disponibles para Linux.

Es cierto que hay un "núcleo duro" de paquetes bajo la supervisión de
la
"R Foundation for Statistical Computing", pero ya te digo que en
algunas
publicaciones (odio el anglicismo liberaciones que no se corresponde con 
su significado en español, publicar es hacer público y eso es 
exactamente una "release") ni siquiera esos paquetes se han comportado
como un conjunto homogéneo en sus dependencias. El tema de las 
dependencias R tendría que trabajarselo mucho más.

Y en concreto, pasar de la versión 3.6.x a la 4, ... todavía recuerdo la 
pesadilla que me supuso llegar a la compatibilidad de todos los paquetes 
con los que trabajo en 2013 cuando se publicó la versión 3.

Yo me quedaré como mínimo hasta septiembre en la 3.6 En agosto haré 
alguna (prueba como todos los años, con resultado dispar) y ya veremos.

Saludos.

El 3/5/20 a las 13:11, Marcelino de la Cruz Rot
escribió:
> Hola a todos:
>
> Las versiones oficiales de R no son versiones beta, sino versiones 
> "definitivas" convenientemente testadas. Los paquetes disponibles
en
> el servidor de CRAN están testados contra la versión actual de R. 
> Mantenerse en una versión anticuada normalmente conduce a la pérdida 
> de funcionalidad, errores de dependencias entre versiones de paquetes 
> nuevos etc. En R, actualizar a la última versión suele ser una 
> recomendación bastante conservadora.
>
> Un saludo
>
> Marcelino
>
> El 03/05/2020 a las 7:25, Rafael Bidegain escribió:
>> hola a todos.
>> contesto entre líneas
>>
>> El vie., 1 may. 2020 a las 15:52, Marcelino de la Cruz Rot (<
>> marcelino.delacruz en urjc.es>) escribió:
>>
>>> La versión 3.5 es algo antigua (1 año). Yo instalaría la 4.0-0, y
la
>>> última versión de RStudio y probaría.
>>>
>> es una recomendación *muy* arriesgada, R 4.0 se liberó solo hace unos 
>> días.
>> (24 de abril de 2020)
>> la lista de cambios es enorme, hay correciones implementaciones nuevas
y
>> algunas cosas deprecadas y otras directamente fueron retiradas del 
>> sistema
>> si estás empezando de cero y no compartís codigo con otros usuarios es
>> posible una instalación limpia de R. 4.0 si ese no es el caso lo 
>> mejor es
>> quedarse con la actual stable mas probada y darle tiempo a la R 4.0 a 
>> que
>> madure.
>>
>> pueden ver las cosas nuevas, deprecadas y dadas de baja acá:
>> https://stat.ethz.ch/pipermail/r-announce/2020/000653.html
>>
>

Hola José:

Te lo permito, por supuesto ;-)

Hablaba desde mi experiencia, lógicamente. De todas formas, la 
conformidad de los paquetes, incluidas las dependencias, al menos para 
los 15575 paquetes alojados en CRAN, se testan a diario. En el último 
test, por ejemplo, veo esto:


 > library(rvest)
 > paquetes <- 
read_html("https://cran.r-project.org/web/checks/check_summary_by_package.html#summary_by_package")
 > paqs <- paquetes %>% html_node("table") %>%
html_table()

 > table(paqs[["r-releaseLinuxx86_64"]])

         ERROR ERROR*   NOTE  NOTE*     OK    OK*   WARN
    411     34      1   2464     11  12953     66     21


Es decir, sólo 35 paquetes con error del total de paquetes contribuidos.
Por supuesto, esto no significa nada si los paquetes que usas están 
entre esos 35 con error o se distribuyen mediante otros repositorios no 
oficiales y tienes problemas para instalarlos en la versión actual. Pero 
no olvidemos que incluso los paquetes archivados (incluyendo los 
antiguos orphaned), pueden con frecuencia (mi experiencia también) 
instalarse con pequeñas manipulaciones para adaptarlos a los 
requerimientos de la versión actual de R...

Un saludo,

Marcelino




El 03/05/2020 a las 16:31, José Trujillo Carmona
escribió:
> Me vas a permitir Marcelino que te contradiga en parte.
>
> En R hay a fecha de hoy 15575 paquetes. Hace unos tres años unos 10 
> 000. El crecimiento durante años fue exponencial; tengo la sensación 
> no contrastada de que ya no es así, y supongo que en parte es por la 
> abundancia con la que encuentro paquetes abandonados como los que 
> señala Manuel Mendoza.
>
> Y no, a todos los autores no les da tiempo a contrastarlos a toque de 
> corneta cuando sale la versión de cada año. De he hecho he vivido 
> algún año con la transición hasta septiembre bastante complicada con 
> algunos paquetes que sacaban versión tras versión hasta tenerla 
> afinada. Incluso aunque la versión estable aumenta en una décima cada 
> año en abril desde 2013 (3.0, 3.1, ...) a lo largo del año aparecen 
> ajuste con versión decimal.
>
> En años anteriores he vivido algunos meses conflictivos sin encontrar 
> modo de que los paquetes de RCommander, que se supone que forman parte 
> del "núcleo duro", estuviesen todos disponibles para Linux.
>
> Es cierto que hay un "núcleo duro" de paquetes bajo la
supervisión de
> la "R Foundation for Statistical Computing", pero ya te digo que
en
> algunas publicaciones (odio el anglicismo liberaciones que no se 
> corresponde con su significado en español, publicar es hacer público y 
> eso es exactamente una "release") ni siquiera esos paquetes se
han
> comportado como un conjunto homogéneo en sus dependencias. El tema de 
> las dependencias R tendría que trabajarselo mucho más.
>
> Y en concreto, pasar de la versión 3.6.x a la 4, ... todavía recuerdo 
> la pesadilla que me supuso llegar a la compatibilidad de todos los 
> paquetes con los que trabajo en 2013 cuando se publicó la versión 3.
>
> Yo me quedaré como mínimo hasta septiembre en la 3.6 En agosto haré 
> alguna (prueba como todos los años, con resultado dispar) y ya veremos.
>
> Saludos.
>
> El 3/5/20 a las 13:11, Marcelino de la Cruz Rot escribió:
>> Hola a todos:
>>
>> Las versiones oficiales de R no son versiones beta, sino versiones 
>> "definitivas" convenientemente testadas. Los paquetes
disponibles en
>> el servidor de CRAN están testados contra la versión actual de R. 
>> Mantenerse en una versión anticuada normalmente conduce a la pérdida 
>> de funcionalidad, errores de dependencias entre versiones de paquetes 
>> nuevos etc. En R, actualizar a la última versión suele ser una 
>> recomendación bastante conservadora.
>>
>> Un saludo
>>
>> Marcelino
>>
>> El 03/05/2020 a las 7:25, Rafael Bidegain escribió:
>>> hola a todos.
>>> contesto entre líneas
>>>
>>> El vie., 1 may. 2020 a las 15:52, Marcelino de la Cruz Rot (<
>>> marcelino.delacruz en urjc.es>) escribió:
>>>
>>>> La versión 3.5 es algo antigua (1 año). Yo instalaría la 4.0-0,
y la
>>>> última versión de RStudio y probaría.
>>>>
>>> es una recomendación *muy* arriesgada, R 4.0 se liberó solo hace 
>>> unos días.
>>> (24 de abril de 2020)
>>> la lista de cambios es enorme, hay correciones implementaciones 
>>> nuevas y
>>> algunas cosas deprecadas y otras directamente fueron retiradas del 
>>> sistema
>>> si estás empezando de cero y no compartís codigo con otros usuarios
es
>>> posible una instalación limpia de R. 4.0 si ese no es el caso lo 
>>> mejor es
>>> quedarse con la actual stable mas probada y darle tiempo a la R 4.0
>>> a que
>>> madure.
>>>
>>> pueden ver las cosas nuevas, deprecadas y dadas de baja acá:
>>> https://stat.ethz.ch/pipermail/r-announce/2020/000653.html
>>>
>>
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> R-help-es mailing list
> R-help-es en r-project.org
> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
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Marcelino de la Cruz Rot
Depto. de Biología y Geología
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