R help es - May 2020 - Convex hulls para NMDS o PCoA

Buenos días/tardes.
Me encuentro analizando datos de abundancias de especies por muestras en un
estudio paleontológico. He realizdo un análisis de agrupamiento con
hclust() con distancia de Bray-Curtis, previo transformación de los datos.
He realizado también un PCoA con la misma matriz de distancia, con el
comando cmdscale(). A su vez, con los ejes del PCoA calculé un nMDS con
metaMDS(). Les comparto dos consultas:
- ¿Cómo puedo agregar los convex hulls de los clusters a los gráficos de
ordenamiento, tanto PCoA como nMDS? Idealmente cada uno de un color
diferente. De manera similar, es mi intención agregar convex hulls de
variables discretas como tipo de estrato, que es el mismo caso de los
clusters. En cualquier caso, cuento con un vector con cada variable con la
que quiero graficar los convex hulls.
- Hice nMDS con los ejes resultantes del PCoA con el fin de
"aprovechar" la
varianza contenida en los ejes 3 a n-1 del PCoA. ¿Es para ustedes una
estrategia adecuada?
Saludos,
Fernando.

-- 

*Dr. Fernando M. Archuby*
CONICET-UNLP
Teléfono Personal: +54-221-15-6129667.
farchuby en gmail.com
paleobiologia en gmail.com

	[[alternative HTML version deleted]]

Hola,

No estoy del todo seguro si los gráficos que incluye puede contemplar lo
que pides, pero probaría el paquete "factoextra".
Puedes ver sus posibilidades aquí:

http://www.sthda.com/english/wiki/factoextra-r-package-easy-multivariate-data-analyses-and-elegant-visualization

Gracias,
Carlos Ortega
www.qualityexcellence.es

El dom., 3 may. 2020 a las 15:05, Fernando Archuby (<farchuby en
gmail.com>)
escribió:
> Buenos días/tardes.
> Me encuentro analizando datos de abundancias de especies por muestras en un
> estudio paleontológico. He realizdo un análisis de agrupamiento con
> hclust() con distancia de Bray-Curtis, previo transformación de los datos.
> He realizado también un PCoA con la misma matriz de distancia, con el
> comando cmdscale(). A su vez, con los ejes del PCoA calculé un nMDS con
> metaMDS(). Les comparto dos consultas:
> - ¿Cómo puedo agregar los convex hulls de los clusters a los gráficos de
> ordenamiento, tanto PCoA como nMDS? Idealmente cada uno de un color
> diferente. De manera similar, es mi intención agregar convex hulls de
> variables discretas como tipo de estrato, que es el mismo caso de los
> clusters. En cualquier caso, cuento con un vector con cada variable con la
> que quiero graficar los convex hulls.
> - Hice nMDS con los ejes resultantes del PCoA con el fin de
"aprovechar" la
> varianza contenida en los ejes 3 a n-1 del PCoA. ¿Es para ustedes una
> estrategia adecuada?
> Saludos,
> Fernando.
>
> --
>
> *Dr. Fernando M. Archuby*
> CONICET-UNLP
> Teléfono Personal: +54-221-15-6129667.
> farchuby en gmail.com
> paleobiologia en gmail.com
>
>         [[alternative HTML version deleted]]
>
> _______________________________________________
> R-help-es mailing list
> R-help-es en r-project.org
> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
>

-- 
Saludos,
Carlos Ortega
www.qualityexcellence.es

	[[alternative HTML version deleted]]