Alberto Carmona Bayonas
2019-Jul-07 09:10 UTC
[R-es] error estándar en un modelo AFT, a mano, en R
Hola, me gustaría aprender a obtener el error estándar de una predicción de supervivencia de un modelo AFT (pe., la probabilidad de supervivencia a un año), por el método delta. Esto se hace de forma trivial con la función survest del paquete rms, pero a mí me gustaría saber reproducirlo a mano. Sin embargo, cuando he tratado de calcular el método delta a mano obtengo una cifra equivocada. ¿Alguien puede ayudarme? Para tratar de reproducir la estimación, incluyo un código de ejemplo: library(survival) library(rms) data(lung) head(lung) ddist <- datadist(lung) options(datadist='ddist') lung$SurvObj <- with(lung, Surv(time, status == 2)) fit <- psm(SurvObj ~ rcs(age,3)+sex+ph.karno, dist="lognormal", x=T , y=T , data=lung) newdata <- expand.grid(age=70, sex=1, ph.karno=60) # sur<-survest(fit,newdata,times = 365) sur # obtengo un SE de 0.16. # tras ello intento reproducirlo a mano xb<-surlinear.predictors survival365<?1?pnorm((log(365)?xb)/fitscale) pdf <- (dnorm((log(365)-xb)/fitscale))/(365?fitscale) x <- c(70,70,70,1,60) # son cinco términos por las splines se <- pdf %% t(x)%%vcov(fit) %% x %% pdf %>% sqrt se # obtengo 0.059, aproximadamente la mitad ¿Alguien sabe qué está mal? -- Alberto Carmona Bayonas Servicio de Hematología y Oncología Médica Hospital Universitario Morales Meseguer Avda. Marqués de los Vélez, s/n. 30001-Murcia Teléfono: 968-360900// 968-360969 (secretaría) Fax: 968-360969 Murcia. Spain. La información y los archivos adjuntos en esta transmisión puede contener información confidencial o información privilegiada y es para uso exclusivo del destinatario destinados / s /. Si usted no es el destinatario, se le notifica que cualquier divulgación, copia, distribución, o dependencia de los contenidos de esta transmisión está estrictamente prohibida. Por favor, notifique al remitente y destruir este mensaje. E-mail comunicaciones no se puede garantizar que sea seguro o libre de errores, ya que la información puede ser interceptada, corrompido, modificado, perdido, destruido, llegar tarde o incompleta, o contener virus. No aceptamos la responsabilidad por cualquiera de esas cuestiones o de sus consecuencias. Se han tomado todas las precauciones razonables para asegurarse de que cualquier archivo adjunto a la dirección de e-mail ha sido escaneado en busca de virus. Sin embargo, no podemos aceptar la responsabilidad por cualquier daño sufrido como resultado de los virus de software y asesorará que el desempeño de su propio virus escanea antes de abrir cualquier archivo adjunto. [[alternative HTML version deleted]]