Buenas tardes, pido disculpas si mi consulta es demasiado elemental, pero actualmente encuentro una gran barrera para continuar mi trabajo si no lo solvento. Soy usuaria principiante de R, estoy trabajando con una base de datos climática <https://digital.csic.es/handle/10261/104742>que se encuentra en formato netcdf4 y necesito transformarla a la versión 3 con el fin de visualizarlo en un SIG. Para ello sé de la existencia de una orden en el paquete NetCDF4 que me lo permitiría pero el problema viene a la hora de instalar los paquetes. *1º-* instalo el paquete 'ncdf' desde Rstudio -> Tools/Install Packages/Repository/ncdf ? *2º.* Instalado este paquete, procedo a instalar el paquete ncdf4: http://cirrus.ucsd.edu/~pierce/ncdf/ En mi caso el archivo para MS Windows (64-bit R version 3.1.0) Y este es el mensaje que aparece:> install.packages("C:/Users/MRN/Downloads/ncdf4_1.12.tar.gz", repos NULL, type = "source")Installing package into ?C:/Users/MRN/Documents/R/win-library/3.1? (as ?lib? is unspecified) * installing *source* package 'ncdf4' ... ** package 'ncdf4' successfully unpacked and MD5 sums checked ********************************************** WARNING: this package has a configure script It probably needs manual configuration ********************************************** ** libs Aviso: comando ejecutado 'make -f "Makevars.win" -f "C:/PROGRA~1/R/R-31~1.3/etc/x64/Makeconf" -f "C:/PROGRA~1/R/R-31~1.3/share/make/winshlib.mk" SHLIB="ncdf4.dll" WIN=64 TCLBIN=64 OBJECTS="ncdf.o ncdf2.o ncdf3.o src_ncdf4.o"' tiene estatus 127 ERROR: compilation failed for package 'ncdf4' * removing 'C:/Users/MRN/Documents/R/win-library/3.1/ncdf4' * restoring previous 'C:/Users/MRN/Documents/R/win-library/3.1/ncdf4' Warning in install.packages : running command '"C:/PROGRA~1/R/R-31~1.3/bin/x64/R" CMD INSTALL -l "C:\Users\MRN\Documents\R\win-library\3.1" "C:/Users/MRN/Downloads/ncdf4_1.12.tar.gz"' had status 1 Warning in install.packages : installation of package ?C:/Users/MRN/Downloads/ncdf4_1.12.tar.gz? had non-zero exit status>Además de ello, cuando ejecuto el comando de la librería de 'ncdf' que nada tiene que ver con el paquete ncdf4, para abrir un .nc de versión 3, me sale lo siguiente: Error in R_nc_open: NetCDF: Unknown file format Error in open.ncdf("SPEI_01.nc") He consultado múltiples páginas del CRAN, y foros pero no consigo entender la solución. Muchas gracias de antemano y disculpen mi inexperiencia con la programación. *SessionInfo:* R version 3.1.3 (2015-03-09) Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit) Running under: Windows 8 x64 (build 9200) -- *Marina Peña Gallardo* ------------ próxima parte ------------ Se ha borrado un adjunto en formato HTML... URL: <https://stat.ethz.ch/pipermail/r-help-es/attachments/20150324/003cea4d/attachment-0001.html> ------------ próxima parte ------------ A non-text attachment was scrubbed... Name: 1.jpg Type: image/jpeg Size: 64336 bytes Desc: no disponible URL: <https://stat.ethz.ch/pipermail/r-help-es/attachments/20150324/003cea4d/attachment-0001.jpg>
Hola Marina, Al instalar el paquete "tar.gz" que te has bajado te está dando un "compilation error": ... ERROR: compilation failed for package 'ncdf4' .... Por tanto el paquete/librería auxiliar que necesita Windows no está activo. La forma de solucionar esto, es mirar qué le hace falta a ese paquete tar.gz para que pueda funcionar sobre Windows. A lo mejor te hace falta un compilador auxiliar o vaya que te bajes una versión ".exe" que sí que la puedas instalar en Windows. Creo que mejor que buscar por el error concreto, mejor busca "¿cómo instalar Ncdf4 sobre Windows?. Saludos, Carlos Ortega www.qualityexcellence.es El 24 de marzo de 2015, 13:55, Marina Peña Gallardo < marinapgallardo en gmail.com> escribió:> Buenas tardes, > > pido disculpas si mi consulta es demasiado elemental, pero actualmente > encuentro una gran barrera para continuar mi trabajo si no lo solvento. > > Soy usuaria principiante de R, estoy trabajando con una base de datos > climática <https://digital.csic.es/handle/10261/104742>que se encuentra > en formato netcdf4 y necesito transformarla a la versión 3 con el fin de > visualizarlo en un SIG. Para ello sé de la existencia de una orden en el > paquete NetCDF4 que me lo permitiría pero el problema viene a la hora de > instalar los paquetes. > > *1º-* instalo el paquete 'ncdf' desde Rstudio -> Tools/Install > Packages/Repository/ncdf > > ? > > *2º.* Instalado este paquete, procedo a instalar el paquete ncdf4: > > http://cirrus.ucsd.edu/~pierce/ncdf/ > > En mi caso el archivo para MS Windows (64-bit R version 3.1.0) > > Y este es el mensaje que aparece: > > > install.packages("C:/Users/MRN/Downloads/ncdf4_1.12.tar.gz", repos > NULL, type = "source") > Installing package into ?C:/Users/MRN/Documents/R/win-library/3.1? > (as ?lib? is unspecified) > * installing *source* package 'ncdf4' ... > ** package 'ncdf4' successfully unpacked and MD5 sums checked > > ********************************************** > WARNING: this package has a configure script > It probably needs manual configuration > ********************************************** > > > ** libs > Aviso: comando ejecutado 'make -f "Makevars.win" -f > "C:/PROGRA~1/R/R-31~1.3/etc/x64/Makeconf" -f > "C:/PROGRA~1/R/R-31~1.3/share/make/winshlib.mk" SHLIB="ncdf4.dll" WIN=64 > TCLBIN=64 OBJECTS="ncdf.o ncdf2.o ncdf3.o src_ncdf4.o"' tiene estatus 127 > ERROR: compilation failed for package 'ncdf4' > * removing 'C:/Users/MRN/Documents/R/win-library/3.1/ncdf4' > * restoring previous 'C:/Users/MRN/Documents/R/win-library/3.1/ncdf4' > Warning in install.packages : > running command '"C:/PROGRA~1/R/R-31~1.3/bin/x64/R" CMD INSTALL -l > "C:\Users\MRN\Documents\R\win-library\3.1" > "C:/Users/MRN/Downloads/ncdf4_1.12.tar.gz"' had status 1 > Warning in install.packages : > installation of package ?C:/Users/MRN/Downloads/ncdf4_1.12.tar.gz? had > non-zero exit status > > > > Además de ello, cuando ejecuto el comando de la librería de 'ncdf' que > nada tiene que ver con el paquete ncdf4, para abrir un .nc de versión 3, me > sale lo siguiente: > > Error in R_nc_open: NetCDF: Unknown file format > > Error in open.ncdf("SPEI_01.nc") > > > He consultado múltiples páginas del CRAN, y foros pero no consigo entender > la solución. > > > > Muchas gracias de antemano y disculpen mi inexperiencia con la > programación. > > > *SessionInfo:* > > R version 3.1.3 (2015-03-09) > > Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit) > > Running under: Windows 8 x64 (build 9200) > -- > *Marina Peña Gallardo* > > _______________________________________________ > R-help-es mailing list > R-help-es en r-project.org > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es > >-- Saludos, Carlos Ortega www.qualityexcellence.es [[alternative HTML version deleted]]
?Hola. Y este es el mensaje que aparece:> > > install.packages("C:/Users/MRN/Downloads/ > ?? > ncdf4_1.12.tar.gz", repos = NULL, type = "source") > >No tengo acceso a windows, pero puedo mirar que has descargado un paquete de nombre "ncdf4_1.12.tar.gz". He mirado la página de donde lo has tomado y (salvo que me esté equivocando) veo que para la versión de windows que comentas está un archivo de nombre "ncdf4_1.12.zip". Por favor descarga ese paquete (.zip) y luego instalas con 'install packages ?from local zip files' desde el menú (hablo de la siempre confiable R GUI, ;) ). Espero que funcione. Salud. -- «No soy aquellas sombras tutelares que honré con versos que no olvida el tiempo.» JL Borges [[alternative HTML version deleted]]
Buenas tardes, gracias a ambos por su ayuda, conseguí con éxito finalmente instalar ambos paquetes y abrir el netcdf de versión 4 desde RStudio. Mi consulta al siguiente paso, después de buscar sobre el tema es, como creo que no es posible realizar la transformación de netCDF-4 a netCDF-3, ¿es posible guardar con raster ese archivo .nc que pude abrir en R y ya llevarlo al SIG? Para ello he cargado el paquete/librería 'raster' en Rstudio. Otra idea que se me había ocurrido, pero que desconozco cómo realizar en R es, crear un nuevo netcdf con el comando 'nc_create' diciendo que copie todas las variables del archivo netcdf en cuestión que está en versión 4 y en esta opción del comando establecerle que el nuevo netcdf quede en versión 3: *force_v4 : *If TRUE, then the created output file will always be in netcdf-4 format (which supports more features, but cannot be read by version 3 of the netcdf library). If FALSE, then the file is created in netcdf version 3 format UNLESS the user has requested features that require version 4. Deafult is FALSE. Nuevamente les agradezco la ayuda y consideración hacia los muy elementales conocimientos de R que tengo por el momento. Un cordial saludo. ? [[alternative HTML version deleted]]