No se bien si hacer la pregunta aca, pero en la lista de correo de bioconductor he tenido algunos problemas para hacer la consulta. Por un error actualice R de la version 15.0.3 a la 3.0.2, y ahora no me corren las librerias de bioconductor. Al intentar usar alguna me aparece el mensaje : Your Bioconductor is out-of-date, upgrade to version 2.13 by following instructions at http://bioconductor.org/install. Pero cuando sigo las instrucciones de esa pagina, al tratar de actualizar recibo el mismo mensaje. Alguien sabe como reparar este problema ?? Saludos y muchas gracias, Eric.
Hola Eric, Cual es tu sessionInfo()? Gracias, Jorge.- Sent from my phone. Please excuse my brevity and misspelling.> On Oct 23, 2013, at 6:59 AM, neo <ericconchamunoz en gmail.com> wrote: > > No se bien si hacer la pregunta aca, pero en la lista de correo de > bioconductor he tenido algunos problemas para hacer la consulta. > > Por un error actualice R de la version 15.0.3 a la 3.0.2, y ahora no me > corren las librerias de bioconductor. Al intentar usar alguna me aparece > el mensaje : > > Your Bioconductor is out-of-date, upgrade to version 2.13 by following > instructions at http://bioconductor.org/install. > > Pero cuando sigo las instrucciones de esa pagina, al tratar de > actualizar recibo el mismo mensaje. > > Alguien sabe como reparar este problema ?? > > Saludos y muchas gracias, > > Eric. > > _______________________________________________ > R-help-es mailing list > R-help-es en r-project.org > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
Estimado Eric
Seguramente como usted nombre en esta lista, están las intrucciónes
descriptas, pero por las dudas en esa documentación que usted nombra hay
una parte que copio y pego, ¿esos comandos andan o dan problemas al
actualizar?
Update Installed /Bioconductor/ Packages
Bioconductor packages, especially those in the development branch, are
updated fairly regularly. To identify packages requiring update, start a
new session of R and enter
|source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite() ## R version 3.0 or later
|
Use the argument |ask=FALSE| to update old packages without being
prompted. For older versions of |R|, use the command |biocLite(NULL)|.
Read the help page for |?biocLite| for additional details.
Recompiling installed /Bioconductor/ packages
Rarely, underlying changes in the operating system require ALL installed
packages to be recompiled for source (C or Fortran) compatibility. One
way to address this might be to start a new R session and enter
|source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
pkgs <- rownames(installed.packages())
biocLite(pkgs)
|
As this will reinstall all currently installed packages, it likely
involves a significant amount of network bandwidth and compilation time.
All packages are implicitly updated, and the cumulative effect might
introduce wrinkles that disrupt your work flow.
[ Back to top <http://master.bioconductor.org/install/#top> ]
Troubleshoot Package Installations
Use the commands
|library(BiocInstaller)
biocValid() ## R version 3.0 or later
|
to flag packages that are either out-of-date or too new for your version
of Bioconductor. The output suggests ways to solve identified problems,
and the help page |?biocValid| lists arguments influencing the behavior
of the function.
Javier
El 23/10/2013 10:08 a.m., Jorge I Velez escribió:> Hola Eric,
> Cual es tu sessionInfo()?
> Gracias,
> Jorge.-
>
> Sent from my phone. Please excuse my brevity and misspelling.
>
>> On Oct 23, 2013, at 6:59 AM, neo <ericconchamunoz@gmail.com>
wrote:
>>
>> No se bien si hacer la pregunta aca, pero en la lista de correo de
>> bioconductor he tenido algunos problemas para hacer la consulta.
>>
>> Por un error actualice R de la version 15.0.3 a la 3.0.2, y ahora no me
>> corren las librerias de bioconductor. Al intentar usar alguna me
aparece
>> el mensaje :
>>
>> Your Bioconductor is out-of-date, upgrade to version 2.13 by following
>> instructions at http://bioconductor.org/install.
>>
>> Pero cuando sigo las instrucciones de esa pagina, al tratar de
>> actualizar recibo el mismo mensaje.
>>
>> Alguien sabe como reparar este problema ??
>>
>> Saludos y muchas gracias,
>>
>> Eric.
>>
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>> R-help-es mailing list
>> R-help-es@r-project.org
>> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
> _______________________________________________
> R-help-es mailing list
> R-help-es@r-project.org
> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
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my sessioninfo R version 3.0.2 (2013-09-25) Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit) locale: [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8 LC_NUMERIC=C [3] LC_TIME=en_US.UTF-8 LC_COLLATE=en_US.UTF-8 [5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8 LC_MESSAGES=en_US.UTF-8 [7] LC_PAPER=en_US.UTF-8 LC_NAME=C [9] LC_ADDRESS=C LC_TELEPHONE=C [11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C attached base packages: [1] stats graphics grDevices utils datasets methods base On 10/23/2013 10:08 AM, Jorge I Velez wrote:> Hola Eric, > Cual es tu sessionInfo()? > Gracias, > Jorge.- > > Sent from my phone. Please excuse my brevity and misspelling. > >> On Oct 23, 2013, at 6:59 AM, neo <ericconchamunoz en gmail.com> wrote: >> >> No se bien si hacer la pregunta aca, pero en la lista de correo de >> bioconductor he tenido algunos problemas para hacer la consulta. >> >> Por un error actualice R de la version 15.0.3 a la 3.0.2, y ahora no me >> corren las librerias de bioconductor. Al intentar usar alguna me aparece >> el mensaje : >> >> Your Bioconductor is out-of-date, upgrade to version 2.13 by following >> instructions at http://bioconductor.org/install. >> >> Pero cuando sigo las instrucciones de esa pagina, al tratar de >> actualizar recibo el mismo mensaje. >> >> Alguien sabe como reparar este problema ?? >> >> Saludos y muchas gracias, >> >> Eric. >> >> _______________________________________________ >> R-help-es mailing list >> R-help-es en r-project.org >> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es >