R help es - Apr 2012 - Fwd: Emplo de uso de knitr

Hola,

reenvío un ejemplo de uso de knitr por si alguien quiere echarle un 
vistazo rápido.

Saludos,

Javier

-----
Hola

Por si es de tu interés te envio un documento del
uso de knitr (tejiendo con R) que, me parece,
supera con creces a Sweave.

Para compilar el documento, que se llama eje.Rnw

debe utilizarse:

Rscript -e "library(knitr); knit2pdf('eje.Rnw')"

Se puede ulizar sin necesidad de ser un experto
en latex y permite generar documentos de trabajo
muy fácilmente.

Espero que os sea de utilidad

____________________________________________________________

José Antonio Palazón Ferrando

Profesor Titular. Departamento de Ecología e Hidrología.

Facultad de Biología. Universidad de Murcia.

Campus Universitario de Espinardo

30100 MURCIA-SPAIN

Telf: +34 868 88 49 80

Fax : +34 868 88 39 63

Email:palazon en um.es

        http://webs.um.es/palazon


------------ próxima parte ------------
A non-text attachment was scrubbed...
Name: eje.pdf
Type: application/file
Size: 254713 bytes
Desc: no disponible
URL:
<https://stat.ethz.ch/pipermail/r-help-es/attachments/20120404/3a416872/attachment-0002.bin>
------------ próxima parte ------------
A non-text attachment was scrubbed...
Name: eje.Rnw
Type: text/x-r-sweave
Size: 4225 bytes
Desc: no disponible
URL:
<https://stat.ethz.ch/pipermail/r-help-es/attachments/20120404/3a416872/attachment-0003.bin>

Hola:

El 04/04/12 19:36, Javier Martinez Lopez escribió:
> Hola,
>
> reenvío un ejemplo de uso de knitr por si alguien quiere echarle un
> vistazo rápido.
Pues si parece muy interesante: no hay que declarar las imágenes ni 
crear dispositivos especiales para ellas, reformatea la salida del 
código para adaptarse al espacio disponible, le pone un fondo de color...

Hasta el momento estaba usando pgfSweave, pero este Knitr es una opción.

Aunque sigo encontrando el problema de trabajar sobre múltiples archivos 
cuando es un proyecto grande en Latex; mi solución actual es crear un 
archivo .RnW donde «voy haciendo los cálculos» y después reutilizar las 
imágenes y tablas en los .tex.

¿Algún paquete para esta problemática en especial? O, ¿como lo 
solucionáis vosotros?
> Saludos,
Gracias por el aporte de Knitr.

Salud y Revolución.

Lobo.

Pd: ¿Como se comporta este Knitr con el español? He experimentado algún 
que otro problema con pgfSweave, por ejemplo las comillas latinas 
(también llamadas españolas, "«»") soy incapaz de sacarlas, me sale un
cuadrado negro.
-- 
Libertad es poder elegir en cualquier momento. Ahora yo elijo GNU/Linux,
para no atar mis manos con las cadenas del soft propietario.
---------
Desde El Ejido, en Almería, usuario registrado Linux #294013
http://www.counter.li.org

Hola,

Para manejar proyectos grandes, creo un script "master" donde llamo a
los scripts .R con código via source(), por ejemplo ficheros con
funciones o con asignación de datos. Por otra parte, tengo varios
ficheros .Rnw (por ejemplo, uno por capítulo), que compilo desde el
mismo fichero "master". Comentando las líneas que ya han dado el
resultado que espero, al ejecutar el código en el script master sólo
compila lo necesario. El documento completo se obtiene con otro
fichero "master" en tex donde se llama como input los tex generados
desde Rnw.
Para el tema de formato, en el fichero "master" en tex utilizo el
paquete listings y doy formato a los environments de Sweave,
controlando toda la presentación (fondo, colores, etc.)

Como interfaz utilizo Eclipse con el plugin StatET, y no utilizo
ningún paquete adicional de R, sólo la función Sweave.

Espero que sirva, un saludo,
Emilio

El día 5 de abril de 2012 01:40, Rubén Gómez Antolí
<lobo en mucharuina.com> escribió:
> Hola:
>
> El 04/04/12 19:36, Javier Martinez Lopez escribió:
>
>> Hola,
>>
>> reenvío un ejemplo de uso de knitr por si alguien quiere echarle un
>> vistazo rápido.
>
>
> Pues si parece muy interesante: no hay que declarar las imágenes ni crear
> dispositivos especiales para ellas, reformatea la salida del código para
> adaptarse al espacio disponible, le pone un fondo de color...
>
> Hasta el momento estaba usando pgfSweave, pero este Knitr es una opción.
>
> Aunque sigo encontrando el problema de trabajar sobre múltiples archivos
> cuando es un proyecto grande en Latex; mi solución actual es crear un
> archivo .RnW donde «voy haciendo los cálculos» y después reutilizar las
> imágenes y tablas en los .tex.
>
> ¿Algún paquete para esta problemática en especial? O, ¿como lo solucionáis
> vosotros?
>
>> Saludos,
>
>
> Gracias por el aporte de Knitr.
>
> Salud y Revolución.
>
> Lobo.
>
> Pd: ¿Como se comporta este Knitr con el español? He experimentado algún que
> otro problema con pgfSweave, por ejemplo las comillas latinas (también
> llamadas españolas, "«»") soy incapaz de sacarlas, me sale un
cuadrado
> negro.
> --
> Libertad es poder elegir en cualquier momento. Ahora yo elijo GNU/Linux,
> para no atar mis manos con las cadenas del soft propietario.
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> Desde El Ejido, en Almería, usuario registrado Linux #294013
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> _______________________________________________
> R-help-es mailing list
> R-help-es en r-project.org
> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es


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Emilio L. Cano
+34 665 676 225
Department of Statistics and Operations Research
Universidad Rey Juan Carlos

Hola:

El 05/04/12 10:36, Emilio López escribió:
> Hola,
>
> Para manejar proyectos grandes, creo un script "master" donde
llamo a
> los scripts .R con código via source(), por ejemplo ficheros con
> funciones o con asignación de datos. Por otra parte, tengo varios
> ficheros .Rnw (por ejemplo, uno por capítulo), que compilo desde el
> mismo fichero "master". Comentando las líneas que ya han dado el
> resultado que espero, al ejecutar el código en el script master sólo
> compila lo necesario. El documento completo se obtiene con otro
> fichero "master" en tex donde se llama como input los tex
generados
> desde Rnw.
¿Y como resuelves que Latex no «interprete» las cabeceras completas de 
los .tex generados? (Me refiero a que la salida de un fichero .Rnw te 
genera un documento Latex completo, con sus preámbulos y su \begin y 
\end{document})

¿Hay alguna opción de Sweave que yo me he saltado? Porque por mi cabeza 
han pasado opciones como utilizar python, perl o sed para «eliminar» 
esas partes en los archivos Tex generados, y, la verdad sea dicha, no me 
parece una opción muy lógica.

Yo estoy llegando a los Makefile pero hay que salvar ese escollo.
> Para el tema de formato, en el fichero "master" en tex utilizo el
> paquete listings y doy formato a los environments de Sweave,
> controlando toda la presentación (fondo, colores, etc.)
Entonces, si no lo he entendido mal, utilizas las opción echo=T dentro 
de un «chunk» de Sweave y, a su vez, dentro de un entorno listings para 
controlar el formato, ¿podrías poner algún ejemplo de eso? Suena 
interesante.

Y otra pregunta, la tenía pendiente desde hace algún tiempo, si utilizas 
el guión bajo («_») en los nombres de chunk de Sweave, o en alguna 
variable, y, a la vez, la opción de echo=T, Latex se hace un lío. He 
intentado algún truco que vi por ahí, como redefinir el uso de «_», pero 
nada, ¿te ha pasado alguna vez esto? ¿Como lo has podido resolver?
> Como interfaz utilizo Eclipse con el plugin StatET, y no utilizo
> ningún paquete adicional de R, sólo la función Sweave.
Kile + la consola en la parte de abajo.

En Ex-Tex han hablado estos días sobre Texlipse, ¿hay mejora en el 
rendimiento al utilizar estos entornos?
> Espero que sirva, un saludo,
> Emilio
Por supuesto que sirve, no lo dudes.

Salud y Revolución.

Lobo.
-- 
Libertad es poder elegir en cualquier momento. Ahora yo elijo GNU/Linux,
para no atar mis manos con las cadenas del soft propietario.
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Desde El Ejido, en Almería, usuario registrado Linux #294013
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Hola Lobo,

Te contesto rápido a la primera pregunta: el fichero .Rnw no es
necesario que lleve el preámbulo. Por ejemplo, un fichero section1.Rnw
con texto LaTeX y chunks (sin \begin{document}\end{document}), al
pasarle Sweave genera el fichero section1.tex, únicamente con el
código LaTeX necesario. Luego en el "master.tex", se inserta como
\input{section1} dentro del environment document, donde corresponda.

Escribiré una entrada de blog con un ejemplo un día de estos.

Saludos,
Emilio L. Cano

El día 5 de abril de 2012 11:33, Rubén Gómez Antolí
<lobo en mucharuina.com> escribió:
> Hola:
>
> El 05/04/12 10:36, Emilio López escribió:
>>
>> Hola,
>>
>> Para manejar proyectos grandes, creo un script "master" donde
llamo a
>> los scripts .R con código via source(), por ejemplo ficheros con
>> funciones o con asignación de datos. Por otra parte, tengo varios
>> ficheros .Rnw (por ejemplo, uno por capítulo), que compilo desde el
>> mismo fichero "master". Comentando las líneas que ya han dado
el
>> resultado que espero, al ejecutar el código en el script master sólo
>> compila lo necesario. El documento completo se obtiene con otro
>> fichero "master" en tex donde se llama como input los tex
generados
>> desde Rnw.
>
>
> ¿Y como resuelves que Latex no «interprete» las cabeceras completas de los
> .tex generados? (Me refiero a que la salida de un fichero .Rnw te genera un
> documento Latex completo, con sus preámbulos y su \begin y \end{document})
>
> ¿Hay alguna opción de Sweave que yo me he saltado? Porque por mi cabeza han
> pasado opciones como utilizar python, perl o sed para «eliminar» esas
partes
> en los archivos Tex generados, y, la verdad sea dicha, no me parece una
> opción muy lógica.
>
> Yo estoy llegando a los Makefile pero hay que salvar ese escollo.
>
>> Para el tema de formato, en el fichero "master" en tex
utilizo el
>> paquete listings y doy formato a los environments de Sweave,
>> controlando toda la presentación (fondo, colores, etc.)
>
>
> Entonces, si no lo he entendido mal, utilizas las opción echo=T dentro de
un
> «chunk» de Sweave y, a su vez, dentro de un entorno listings para controlar
> el formato, ¿podrías poner algún ejemplo de eso? Suena interesante.
>
> Y otra pregunta, la tenía pendiente desde hace algún tiempo, si utilizas el
> guión bajo («_») en los nombres de chunk de Sweave, o en alguna variable,
y,
> a la vez, la opción de echo=T, Latex se hace un lío. He intentado algún
> truco que vi por ahí, como redefinir el uso de «_», pero nada, ¿te ha
pasado
> alguna vez esto? ¿Como lo has podido resolver?
>
>> Como interfaz utilizo Eclipse con el plugin StatET, y no utilizo
>> ningún paquete adicional de R, sólo la función Sweave.
>
>
> Kile + la consola en la parte de abajo.
>
> En Ex-Tex han hablado estos días sobre Texlipse, ¿hay mejora en el
> rendimiento al utilizar estos entornos?
>
>> Espero que sirva, un saludo,
>> Emilio
>
>
> Por supuesto que sirve, no lo dudes.
>
> Salud y Revolución.
>
> Lobo.
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> Libertad es poder elegir en cualquier momento. Ahora yo elijo GNU/Linux,
> para no atar mis manos con las cadenas del soft propietario.
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Emilio L. Cano
+34 665 676 225
Department of Statistics and Operations Research
Universidad Rey Juan Carlos

Saludos:

El 05/04/12 13:54, Emilio López escribió:
> Hola Lobo,
>
> Te contesto rápido a la primera pregunta: el fichero .Rnw no es
> necesario que lleve el preámbulo. Por ejemplo, un fichero section1.Rnw
> con texto LaTeX y chunks (sin \begin{document}\end{document}), al
> pasarle Sweave genera el fichero section1.tex, únicamente con el
> código LaTeX necesario.
¿? Con cara de tonto me quedo, oiga.

La de documentación que habré leído y en ningún sitio ponía que se 
pudiera utilizar así. Y tampoco se me ocurrió nunca probarlo.

Este «chivatazo» vale su peso en oro, al menos para mi.
> Luego en el "master.tex", se inserta como
> \input{section1} dentro del environment document, donde corresponda.
Si, es si lo utilizaba así.
> Escribiré una entrada de blog con un ejemplo un día de estos.
Estaré esperándola, avísanos.
>
> Saludos,
> Emilio L. Cano
Gracias.

Salud y Revolución.

Lobo.
-- 
Libertad es poder elegir en cualquier momento. Ahora yo elijo GNU/Linux,
para no atar mis manos con las cadenas del soft propietario.
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Desde El Ejido, en Almería, usuario registrado Linux #294013
http://www.counter.li.org

Hola.

Añado que usando algunos paquetes como xtable, puedes generar sólo tablas
con resultados que insertas en el documento principal con \input. Puedes
ver una presentación que hice en las III Jornadas de R en
http://www.grserrano.es/wp/2011/12/automatizacion-de-informes-con-r-sweave-y-latex/y
descargarte los archivos de ejemplo.

Un saludo
Gregorio R. Serrano

El 9 de abril de 2012 21:47, Rubén Gómez Antolí
<lobo@mucharuina.com>escribió:
> Saludos:
>
> El 05/04/12 13:54, Emilio López escribió:
>
>> Hola Lobo,
>>
>> Te contesto rápido a la primera pregunta: el fichero .Rnw no es
>> necesario que lleve el preámbulo. Por ejemplo, un fichero section1.Rnw
>> con texto LaTeX y chunks (sin \begin{document}\end{document}**), al
>> pasarle Sweave genera el fichero section1.tex, únicamente con el
>> código LaTeX necesario.
>>
>
> ¿? Con cara de tonto me quedo, oiga.
>
> La de documentación que habré leído y en ningún sitio ponía que se pudiera
> utilizar así. Y tampoco se me ocurrió nunca probarlo.
>
> Este «chivatazo» vale su peso en oro, al menos para mi.
>
>  Luego en el "master.tex", se inserta como
>> \input{section1} dentro del environment document, donde corresponda.
>>
>
> Si, es si lo utilizaba así.
>
>  Escribiré una entrada de blog con un ejemplo un día de estos.
>>
>
> Estaré esperándola, avísanos.
>
>
>> Saludos,
>> Emilio L. Cano
>>
>
> Gracias.
>
> Salud y Revolución.
>
> Lobo.
> --
> Libertad es poder elegir en cualquier momento. Ahora yo elijo GNU/Linux,
> para no atar mis manos con las cadenas del soft propietario.
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> Desde El Ejido, en Almería, usuario registrado Linux #294013
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Dr. Gregorio R. Serrano
Dpto. Economía Cuantitativa (UCM)
Voz:+34 91394 2361
Twitter: @grserrano_
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