Víctor Rodríguez Galiano
2011-Feb-22 19:23 UTC
[R-es] validar clasificador con un test independiente
Hola a todos,
Estoy utilizando la libreria e1071 para clasificar unos datos con svm. y me da
el siguiente error:
Error en table(pred, true.y) : all arguments must have the same length
Os adjunto unos txt con los datos de entrenamiento y de test por si quereis
echarles un vistazo. El código que uso es el siguiente:
library(e1071)
library(class)
memory.limit(size=4000)
#leyendo el archivo con el test
test<-read.table("test.txt", header=TRUE)
#convirtiendo a valores categoricos
test$classes<-as.factor(test$classes)
# leyendo los datos de entrenamiento
calibrate<-read.table("calibration.txt", header=TRUE)
calibrate$calibration<-as.factor(calibrate$calibration)
# calibracion del modelo svm
calibrate.rf<-tune.svm(calibration~B14+B15+B16+B17+B18+B19+B24+B25+B26,
data=calibrate, validation.x = test, type = "C-classification",
cachesize =4000, kernel="polynomial", degree=1, gamma = seq(0.05, 0.1,
by=0.05), cost = seq(0.1, 0.2, by=0.1), tunecontrol = tune.control(sampling =
"fix", fix = 1, best.model = TRUE, performances = FALSE))
Muchas gracias y saludos
Víctor.
[[alternative HTML version deleted]]
Jorge Ivan Velez
2011-Feb-22 19:25 UTC
[R-es] validar clasificador con un test independiente
Hola Victor, El archivo txt no paso el filtro. Podrias enviarlo via dropbox, por ejemplo? Gracias, Jorge 2011/2/22 Víctor Rodríguez Galiano <>> > Hola a todos, > > Estoy utilizando la libreria e1071 para clasificar unos datos con svm. y me > da el siguiente error: > > Error en table(pred, true.y) : all arguments must have the same length > > > Os adjunto unos txt con los datos de entrenamiento y de test por si quereis > echarles un vistazo. El código que uso es el siguiente: > > library(e1071) > library(class) > memory.limit(size=4000) > > #leyendo el archivo con el test > test<-read.table("test.txt", header=TRUE) > #convirtiendo a valores categoricos > test$classes<-as.factor(test$classes) > # leyendo los datos de entrenamiento > calibrate<-read.table("calibration.txt", header=TRUE) > calibrate$calibration<-as.factor(calibrate$calibration) > # calibracion del modelo svm > calibrate.rf<-tune.svm(calibration~B14+B15+B16+B17+B18+B19+B24+B25+B26, > data=calibrate, validation.x = test, type = "C-classification", cachesize > =4000, kernel="polynomial", degree=1, gamma = seq(0.05, 0.1, by=0.05), cost > = seq(0.1, 0.2, by=0.1), tunecontrol = tune.control(sampling = "fix", fix > 1, best.model = TRUE, performances = FALSE)) > > > Muchas gracias y saludos > > Víctor. > > [[alternative HTML version deleted]] > > > _______________________________________________ > R-help-es mailing list > R-help-es@r-project.org > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es > >[[alternative HTML version deleted]]
Hola, En principio no he visto que sea realmente un problema de carga de los ficheros que enviaste. El problema aparece claramente en la función tune.svm(). Y hace un tiempo, una persona tuvo un problema parecido, reportado en el R-Help, pero a lo que no se le dio solución. Te sugeriría que enviaras un mensaje directamente al autor de la función/librería. Saludos, Carlos Ortega www.qualityexcellence.es www.datanalytics.com/blog 2011/2/22 Jorge Ivan Velez <jorgeivanvelez@gmail.com>> Hola Victor, > > El archivo txt no paso el filtro. Podrias enviarlo via dropbox, por > ejemplo? > > > Gracias, > Jorge > > > 2011/2/22 Víctor Rodríguez Galiano <> > > > > > Hola a todos, > > > > Estoy utilizando la libreria e1071 para clasificar unos datos con svm. y > me > > da el siguiente error: > > > > Error en table(pred, true.y) : all arguments must have the same length > > > > > > Os adjunto unos txt con los datos de entrenamiento y de test por si > quereis > > echarles un vistazo. El código que uso es el siguiente: > > > > library(e1071) > > library(class) > > memory.limit(size=4000) > > > > #leyendo el archivo con el test > > test<-read.table("test.txt", header=TRUE) > > #convirtiendo a valores categoricos > > test$classes<-as.factor(test$classes) > > # leyendo los datos de entrenamiento > > calibrate<-read.table("calibration.txt", header=TRUE) > > calibrate$calibration<-as.factor(calibrate$calibration) > > # calibracion del modelo svm > > > calibrate.rf<-tune.svm(calibration~B14+B15+B16+B17+B18+B19+B24+B25+B26, > > data=calibrate, validation.x = test, type = "C-classification", cachesize > > =4000, kernel="polynomial", degree=1, gamma = seq(0.05, 0.1, by=0.05), > cost > > = seq(0.1, 0.2, by=0.1), tunecontrol = tune.control(sampling = "fix", fix > > > 1, best.model = TRUE, performances = FALSE)) > > > > > > Muchas gracias y saludos > > > > Víctor. > > > > [[alternative HTML version deleted]] > > > > > > _______________________________________________ > > R-help-es mailing list > > R-help-es@r-project.org > > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es > > > > > > [[alternative HTML version deleted]] > > > _______________________________________________ > R-help-es mailing list > R-help-es@r-project.org > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es > >[[alternative HTML version deleted]]
Víctor Rodríguez Galiano
2011-Feb-23 09:30 UTC
[R-es] validar clasificador con un test independiente
Muchas gracias Carlos. Sí, claramente el error esta cuando se utiliza la funcin tune.svm con el test independiente. Si se hace con validacion cruzada no se produce el error. Escribiré al autor para ver si hay suerte. Date: Wed, 23 Feb 2011 10:27:26 +0100 Subject: Re: [R-es] validar clasificador con un test independiente From: coforfe@gmail.com To: jorgeivanvelez@gmail.com CC: luxorvrg@hotmail.com; r-help-es@r-project.org Hola, En principio no he visto que sea realmente un problema de carga de los ficheros que enviaste. El problema aparece claramente en la función tune.svm(). Y hace un tiempo, una persona tuvo un problema parecido, reportado en el R-Help, pero a lo que no se le dio solución. Te sugeriría que enviaras un mensaje directamente al autor de la función/librería. Saludos, Carlos Ortega www.qualityexcellence.es www.datanalytics.com/blog 2011/2/22 Jorge Ivan Velez <jorgeivanvelez@gmail.com> Hola Victor, El archivo txt no paso el filtro. Podrias enviarlo via dropbox, por ejemplo? Gracias, Jorge 2011/2/22 Víctor Rodríguez Galiano <>> > Hola a todos, > > Estoy utilizando la libreria e1071 para clasificar unos datos con svm. y me > da el siguiente error: > > Error en table(pred, true.y) : all arguments must have the same length > > > Os adjunto unos txt con los datos de entrenamiento y de test por si quereis > echarles un vistazo. El código que uso es el siguiente: > > library(e1071) > library(class) > memory.limit(size=4000) > > #leyendo el archivo con el test > test<-read.table("test.txt", header=TRUE) > #convirtiendo a valores categoricos > test$classes<-as.factor(test$classes) > # leyendo los datos de entrenamiento > calibrate<-read.table("calibration.txt", header=TRUE) > calibrate$calibration<-as.factor(calibrate$calibration) > # calibracion del modelo svm > calibrate.rf<-tune.svm(calibration~B14+B15+B16+B17+B18+B19+B24+B25+B26, > data=calibrate, validation.x = test, type = "C-classification", cachesize > =4000, kernel="polynomial", degree=1, gamma = seq(0.05, 0.1, by=0.05), cost > = seq(0.1, 0.2, by=0.1), tunecontrol = tune.control(sampling = "fix", fix > 1, best.model = TRUE, performances = FALSE)) > > > Muchas gracias y saludos > > Víctor. > > [[alternative HTML version deleted]] > > > _______________________________________________ > R-help-es mailing list > R-help-es@r-project.org > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es > >[[alternative HTML version deleted]] _______________________________________________ R-help-es mailing list R-help-es@r-project.org https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es [[alternative HTML version deleted]]