R help es - May 2009 - Cómo descargar librerías automáticamente?

Buenas tardes para todos,
Me gustaría automatizar la descarga de librerias cuando ejecuto una función
que estoy por terminar. Supongamos que la función se llama foo y require las
librerias A y B. Una manera fácil de cargar las librerias dentro de foo es:

foo <- function(argumentos){
            require(A)
            require(B)
           # hacer transformaciones, cálculos y gráficos aquí
               }

Por supuesto, require() hace su trabajo si y solo si A y B han sido
descargadas previamente. Si no es así, el usuario tendría que descargarlas
(lo cual NO me gustaría) via los métodos ya conocidos.

Lo que quisiera hacer, dentro de foo (y agradezco de antemano cualquier
sugerencia), es chequear si una libreria en particular ya ha sido
descargada. Si esto no lo ha sido, entonces que R la descargue
automáticamente y la cargue en el espacio de trabajo para luego ejecutar el
resto de las cosas dentro de foo. Con ello quiero "ahorrarle" el
proceso de
búsqueda y descarga al usuario.

En lenguaje R sería algo como:

   if(  A está instalada  ) require(A)   else   "descargarla
automáticamente"

El problema es que no sé cómo preguntar si "A está instalada". El
resto es
"fácil" de hacer.

Estoy trabajando con R 2.9.0 Pactched en Windows XP.

Muchas gracias por su ayuda,

Jorge Ivan Velez

	[[alternative HTML version deleted]]

Hola, ¿qué tal?

Lo que puedes hacer es utilizar "installed.packages" para obtener una
lista de los paquetes instalados. 

Si el que necesitas no es uno de ellos, usa "install.packages".

De todos modos, ése es un procedimiento "primitivo" y sin garantía
universal de éxito. Por ejemplo, en Linux, deberías poder ser
administrador para que R te dejase instalar un paquete (vale, lo sé,
esto sólo es cierto al 50%). No sé cuál es la situación en ese otro
sistema operativo que usa tanta gente...

La manera más robusta de lograr tu objetivo es crear paquetes con las
funciones que vayas a utilizar. Puedes entonces establecer las
dependencias de tus paquetes de antemano, de manera que éstos se
instalen recursivamente.

Crear paquetes puede, al principio, parecer un proceso pesado pero uno
se acaba acostumbrando (yo, en dos semanas, he creado cuatro) y, además,
adquiere, aunque sea a las malas, el sano hábito de documentar el
código.

Un saludo,

Carlos J. Gil Bellosta
http://www.datanalytics.com



On Thu, 2009-05-21 at 16:03 -0400, Jorge Ivan Velez
wrote:
> Buenas tardes para todos,
> Me gustara automatizar la descarga de librerias cuando ejecuto una funcin
> que estoy por terminar. Supongamos que la funcin se llama foo y require las
> librerias A y B. Una manera fcil de cargar las librerias dentro de foo es:
> 
> foo <- function(argumentos){
>             require(A)
>             require(B)
>            # hacer transformaciones, clculos y grficos aqu
>                }
> 
> Por supuesto, require() hace su trabajo si y solo si A y B han sido
> descargadas previamente. Si no es as, el usuario tendra que descargarlas
> (lo cual NO me gustara) via los mtodos ya conocidos.
> 
> Lo que quisiera hacer, dentro de foo (y agradezco de antemano cualquier
> sugerencia), es chequear si una libreria en particular ya ha sido
> descargada. Si esto no lo ha sido, entonces que R la descargue
> automticamente y la cargue en el espacio de trabajo para luego ejecutar el
> resto de las cosas dentro de foo. Con ello quiero "ahorrarle" el
proceso de
> bsqueda y descarga al usuario.
> 
> En lenguaje R sera algo como:
> 
>    if(  A est instalada  ) require(A)   else   "descargarla
> automticamente"
> 
> El problema es que no s cmo preguntar si "A est instalada". El
resto es
> "fcil" de hacer.
> 
> Estoy trabajando con R 2.9.0 Pactched en Windows XP.
> 
> Muchas gracias por su ayuda,
> 
> Jorge Ivan Velez
> 
> 	[[alternative HTML version deleted]]
> 
> _______________________________________________
> R-help-es mailing list
> R-help-es en r-project.org
> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es

Muchas gracias a Manuel Muñoz Márquez (Proyecto R UCA), Luis Mariano Esteban
(Universidad de Zaragoza) y Carlos J. Gil Bellosta (Data Analytics) por sus
valiosos comentarios.

Tomando como base el script al que Manuel me refirió (ver [1]), esta es la
solución que implementé:

# Función para descargar automáticamente las librerias que se
# requiren pero NO están instaladas. Por defecto (argumento url) se
# buscan en los repositorios del CRAN pero podría ser Omegahat

getPkg <-
function(pkg, url = "http://cran.r-project.org")
     {
     to.do <- setdiff(pkg, installed.packages()[,1])
     for(package in to.do) invisible(install.packages(package, repos = url))
     }

Por supuesto, otras sugerencias y/o comentarios acerca de cómo mejorarlo,
SON bienvenidos  :)

# Ejemplo:  chequeando la libreria fBasics
options(warn=-1, width=100)  # Para eliminar los warnings
getPkg(''fBasics'')
require(fBasics, quietly = TRUE)

Una vez descargada, podemos intentarlo de nuevo y no se obtiene resultado
alguno (como era de esperarse):

getPkg(''fBasics'')  # no pasa nada :)


Ahora, si se requieren mas de dos librerias (del mismo repositorio),
entonces el argumento de getPkg debe ser un vector que contiene el nombre de
las librerias necesarias. Por ejemplo si se requiren las librerias RODBC,
AMORE y multtest, entonces:

# Vector de librerias
pkgs <-
c(''RODBC'',''AMORE'',''multtest'')
getPkg(pkgs)


Gracias de nuevo,

Jorge Ivan Velez

[1] http://knuth.uca.es/repos/R-contribuciones/r-uca/r-uca-w/install.R


>
>
>
> On Thu, 2009-05-21 at 16:03 -0400, Jorge Ivan Velez wrote:
> > Buenas tardes para todos,
> > Me gustara automatizar la descarga de librerias cuando ejecuto una
funcin
> > que estoy por terminar. Supongamos que la funcin se llama foo y
require
> las
> > librerias A y B. Una manera fcil de cargar las librerias dentro de foo
> es:
> >
> > foo <- function(argumentos){
> >             require(A)
> >             require(B)
> >            # hacer transformaciones, clculos y grficos aqu
> >                }
> >
> > Por supuesto, require() hace su trabajo si y solo si A y B han sido
> > descargadas previamente. Si no es as, el usuario tendra que
descargarlas
> > (lo cual NO me gustara) via los mtodos ya conocidos.
> >
> > Lo que quisiera hacer, dentro de foo (y agradezco de antemano
cualquier
> > sugerencia), es chequear si una libreria en particular ya ha sido
> > descargada. Si esto no lo ha sido, entonces que R la descargue
> > automticamente y la cargue en el espacio de trabajo para luego
ejecutar
> el
> > resto de las cosas dentro de foo. Con ello quiero
"ahorrarle" el proceso
> de
> > bsqueda y descarga al usuario.
> >
> > En lenguaje R sera algo como:
> >
> >    if(  A est instalada  ) require(A)   else   "descargarla
> > automticamente"
> >
> > El problema es que no s cmo preguntar si "A est instalada".
El resto es
> > "fcil" de hacer.
> >
> > Estoy trabajando con R 2.9.0 Pactched en Windows XP.
> >
> > Muchas gracias por su ayuda,
> >
> > Jorge Ivan Velez
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> >       [[alternative HTML version deleted]]
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