Hola a todos,
Estoy trabajando con la función heatmap.2() de la libreria ggplots. A
continuación encontrarán un ejemplo de la estructura de mis datos y el
código para generar el gráfico que me gustaría modificar:
# Datos
set.seed(123)
x <- matrix(rnorm(8*30), ncol = 8)
rownames(x) <- paste(''GM10A'',1:30,sep="")
colnames(x) <- paste(''Muestra_'',1:8,sep="")
# Mapa
require(gplots)
heatmap.2(x, key=TRUE, symkey=TRUE, keysize = 0.9, colrev(heat.colors(30)),
density.info="none", trace="none",
cexCol=1, cexRow=.7, xlab=''Muestra'')
Cómo podrán ver, en la parte superior izquierda hay un recuadro con los
textos "Color Key" y "Value". Alguien sabe cómo eliminarlos?
Muchas gracias por su ayuda,
Jorge Ivan Velez
PS: No necesariamente el heatmap debe realizarse con la función mencionada
anteriormente. Si conocen otras funciones / librerías que permitan realizar
el mismo tipo de gráfico, agradecería que pudieran informarme.
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Mensaje citado por Jorge Ivan Velez <jorgeivanvelez en gmail.com>:> Hola a todos, > > Estoy trabajando con la función heatmap.2() de la libreria ggplots. A > continuación encontrarán un ejemplo de la estructura de mis datos y el > código para generar el gráfico que me gustaría modificar: > > # Datos > set.seed(123) > x <- matrix(rnorm(8*30), ncol = 8) > rownames(x) <- paste('GM10A',1:30,sep="") > colnames(x) <- paste('Muestra_',1:8,sep="") > > # Mapa > require(gplots) > heatmap.2(x, key=TRUE, symkey=TRUE, keysize = 0.9, col> rev(heat.colors(30)), > density.info="none", trace="none", > cexCol=1, cexRow=.7, xlab='Muestra') > > Cómo podrán ver, en la parte superior izquierda hay un recuadro con los > textos "Color Key" y "Value". Alguien sabe cómo eliminarlos?Hay que utilizar el argumento key=FALSE. Pablo
Buenas tardes Pablo, Gracias por la sugerencia, pero desafortunadamente no funciona. Cuando se utiliza key=FALSE desaparecen el texto que quiero elimiar y también los colores y su significado dentro del gráfico. Lo que me gustaría es eliminar *solo* el texto, conservando el resto de la información que hay en el cuadro de la parte superior izquierda. Gracias de nuevo, Jorge 2009/5/16 <PabloEmilio.Verde@uni-duesseldorf.de>> Mensaje citado por Jorge Ivan Velez <jorgeivanvelez@gmail.com>: > > > Hola a todos, > > > > Estoy trabajando con la función heatmap.2() de la libreria ggplots. A > > continuación encontrarán un ejemplo de la estructura de mis datos y el > > código para generar el gráfico que me gustaría modificar: > > > > # Datos > > set.seed(123) > > x <- matrix(rnorm(8*30), ncol = 8) > > rownames(x) <- paste(''GM10A'',1:30,sep="") > > colnames(x) <- paste(''Muestra_'',1:8,sep="") > > > > # Mapa > > require(gplots) > > heatmap.2(x, key=TRUE, symkey=TRUE, keysize = 0.9, col> > rev(heat.colors(30)), > > density.info="none", trace="none", > > cexCol=1, cexRow=.7, xlab=''Muestra'') > > > > Cómo podrán ver, en la parte superior izquierda hay un recuadro con los > > textos "Color Key" y "Value". Alguien sabe cómo eliminarlos? > > > Hay que utilizar el argumento key=FALSE. > > Pablo > > > ---------------------------------------------------------------- > This message was sent using IMP, the Internet Messaging Program. > >[[alternative HTML version deleted]]
Hola Jorge,
No veo que lo puedas hacer mediante el uso de algun argumento. Pero una
posibiliad al vuelo, es la siguiente:
Defini tu propia version de la funcion, e.g., heatmap.x, y comenta las
siguientes lineas de heatmap.2:
# else mtext(side = 1, "Value", line = 2)
# title("Color Key\nand Density Plot")
# else title("Color Key")
Esto si hace lo que vos queres.
Pablo
----- Original Message -----
From: Jorge Ivan Velez
To: PabloEmilio.Verde@uni-duesseldorf.de
Cc: R-help-es
Sent: Sunday, May 17, 2009 12:25 AM
Subject: Re: [R-es] Modificando heatmaps
Buenas tardes Pablo,
Gracias por la sugerencia, pero desafortunadamente no funciona. Cuando se
utiliza key=FALSE desaparecen el texto que quiero elimiar y también los colores
y su significado dentro del gráfico.
Lo que me gustaría es eliminar *solo* el texto, conservando el resto de la
información que hay en el cuadro de la parte superior izquierda.
Gracias de nuevo,
Jorge
2009/5/16 <PabloEmilio.Verde@uni-duesseldorf.de>
Mensaje citado por Jorge Ivan Velez <jorgeivanvelez@gmail.com>:
> Hola a todos,
>
> Estoy trabajando con la función heatmap.2() de la libreria ggplots. A
> continuación encontrarán un ejemplo de la estructura de mis datos y el
> código para generar el gráfico que me gustaría modificar:
>
> # Datos
> set.seed(123)
> x <- matrix(rnorm(8*30), ncol = 8)
> rownames(x) <-
paste(''GM10A'',1:30,sep="")
> colnames(x) <-
paste(''Muestra_'',1:8,sep="")
>
> # Mapa
> require(gplots)
> heatmap.2(x, key=TRUE, symkey=TRUE, keysize = 0.9, col >
rev(heat.colors(30)),
> density.info="none", trace="none",
> cexCol=1, cexRow=.7, xlab=''Muestra'')
>
> Cómo podrán ver, en la parte superior izquierda hay un recuadro con los
> textos "Color Key" y "Value". Alguien sabe cómo
eliminarlos?
Hay que utilizar el argumento key=FALSE.
Pablo
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This message was sent using IMP, the Internet Messaging Program.
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Buenos dias Pablo y Olivier, Muchas gracias por sus sugerencias. Definir una nueva función, e.g. heatmap.X, eliminando las lineas apropiadas, es una solución bastante simple. Saludos, Jorge Ivan Velez>> > Hola a todos, >> > >> > Estoy trabajando con la función heatmap.2() de la libreria ggplots. A >> > continuación encontrarán un ejemplo de la estructura de mis datos y el >> > código para generar el gráfico que me gustaría modificar: >> > >> > # Datos >> > set.seed(123) >> > x <- matrix(rnorm(8*30), ncol = 8) >> > rownames(x) <- paste(''GM10A'',1:30,sep="") >> > colnames(x) <- paste(''Muestra_'',1:8,sep="") >> > >> > # Mapa >> > require(gplots) >> > heatmap.2(x, key=TRUE, symkey=TRUE, keysize = 0.9, col>> > rev(heat.colors(30)), >> > density.info="none", trace="none", >> > cexCol=1, cexRow=.7, xlab=''Muestra'') >> > >> > Cómo podrán ver, en la parte superior izquierda hay un recuadro con los >> > textos "Color Key" y "Value". Alguien sabe cómo eliminarlos? >> >> >>[[alternative HTML version deleted]]
un detalle: al definir heatmap.3 <- edit(heatmap.2) se pierde los comentarios en el codigo de heatmap.2. Es mejor copiar de codigo fuente directamente. kjetil 2009/5/18 Jorge Ivan Velez <jorgeivanvelez@gmail.com>> Buenos dias Pablo y Olivier, > Muchas gracias por sus sugerencias. Definir una nueva función, e.g. > heatmap.X, eliminando las lineas apropiadas, es una solución bastante > simple. > > Saludos, > > Jorge Ivan Velez > > > >> > Hola a todos, > >> > > >> > Estoy trabajando con la función heatmap.2() de la libreria ggplots. A > >> > continuación encontrarán un ejemplo de la estructura de mis datos y el > >> > código para generar el gráfico que me gustaría modificar: > >> > > >> > # Datos > >> > set.seed(123) > >> > x <- matrix(rnorm(8*30), ncol = 8) > >> > rownames(x) <- paste(''GM10A'',1:30,sep="") > >> > colnames(x) <- paste(''Muestra_'',1:8,sep="") > >> > > >> > # Mapa > >> > require(gplots) > >> > heatmap.2(x, key=TRUE, symkey=TRUE, keysize = 0.9, col> >> > rev(heat.colors(30)), > >> > density.info="none", trace="none", > >> > cexCol=1, cexRow=.7, xlab=''Muestra'') > >> > > >> > Cómo podrán ver, en la parte superior izquierda hay un recuadro con > los > >> > textos "Color Key" y "Value". Alguien sabe cómo eliminarlos? > >> > >> > >> > > [[alternative HTML version deleted]] > > > _______________________________________________ > R-help-es mailing list > R-help-es@r-project.org > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es > >-- "Mathematics is not the rigid and rigidity-producing schema that the layman thinks it is; rather, in it we find ourselves at that meeting point of constraint and freedom that is the very essence of human nature." - Hermann Weyl [[alternative HTML version deleted]]
Muchas gracias por la sugerencia Kjetil.
Efectivamente ya he experimentado lo que mencionas con otras funciones, asi
que el procedimiento que segui fue:
1. Cargar la libreria gplot
2. Escribir heatmap.2 en la consola de R
3. Copiar el código en un archivo de texto y eliminar las lineas que generan
los textos que no quiero en el gráfico
4. Usar source(''minuevafuncion.txt'')
5. Usar minuevafuncion(misdatos,...) para generar el gráfico
De nuevo, gracias a Pablo y Olivier por su ayuda.
Jorge Ivan Velez
al definir heatmap.3 <- edit(heatmap.2)> se pierde los comentarios en el codigo de heatmap.2.
>
> Es mejor copiar de codigo fuente directamente.
>
> kjetil
>
> 2009/5/18 Jorge Ivan Velez <jorgeivanvelez@gmail.com>
>
>> Buenos dias Pablo y Olivier,
>> Muchas gracias por sus sugerencias. Definir una nueva función, e.g.
>> heatmap.X, eliminando las lineas apropiadas, es una solución bastante
>> simple.
>>
>> Saludos,
>>
>> Jorge Ivan Velez
>>
>>
>> >> > Hola a todos,
>> >> >
>> >> > Estoy trabajando con la función heatmap.2() de la
libreria ggplots. A
>> >> > continuación encontrarán un ejemplo de la estructura de
mis datos y
>> el
>> >> > código para generar el gráfico que me gustaría modificar:
>> >> >
>> >> > # Datos
>> >> > set.seed(123)
>> >> > x <- matrix(rnorm(8*30), ncol = 8)
>> >> > rownames(x) <-
paste(''GM10A'',1:30,sep="")
>> >> > colnames(x) <-
paste(''Muestra_'',1:8,sep="")
>> >> >
>> >> > # Mapa
>> >> > require(gplots)
>> >> > heatmap.2(x, key=TRUE, symkey=TRUE, keysize = 0.9,
col>> >> > rev(heat.colors(30)),
>> >> > density.info="none",
trace="none",
>> >> > cexCol=1, cexRow=.7,
xlab=''Muestra'')
>> >> >
>> >> > Cómo podrán ver, en la parte superior izquierda hay un
recuadro con
>> los
>> >> > textos "Color Key" y "Value". Alguien
sabe cómo eliminarlos?
>> >>
>> >>
>> >>
>>
>> [[alternative HTML version deleted]]
>>
>>
>> _______________________________________________
>> R-help-es mailing list
>> R-help-es@r-project.org
>> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
>>
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> --
> "Mathematics is not the rigid and rigidity-producing schema that the
layman
> thinks it is; rather, in it we find ourselves at that meeting point of
> constraint and freedom that is the very essence of human nature."
> - Hermann Weyl
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