R help es - Jun 2018 - Paquete dismo, cálculo coeficiente de variación

Estimados erreros,

Estoy intentando entender como calcula el paquete dismo (
https://cran.r-project.org/web/packages/dismo/index.html) un coeficiente de
variación. Os pongo un ejemplo:
tmin <- c(10,12,14,16,18,20,22,21,19,17,15,12) # temperatura mínima media
mensual de un año
tmax <- tmin + 5 # temperatura máxima media mensual de un año
prec <- c(0,2,10,30,80,160,80,20,40,60,20,0) #precipitación media mensual
de un año
biovars(prec, tmin, tmax) #este comando calcula una serie de variables
relevantes para la distribución de especies.
#El resultado es:
        bio1 bio2     bio3     bio4 bio5 bio6 bio7 bio8     bio9 bio10
bio11
[1,] 18.83333    5 29.41176 384.5501   27   10   17 22.5 13.83333  23.5
13.83333
     bio12 bio13 bio14    *bio15* bio16 bio17 bio18 bio19
[1,]   502   160     0 *109.9637*   320     2   260     2

La que a mi me interesa es bio15 el coeficiente de variación de la
precipitación, pero no me da lo que yo esperaba que me diera:
> (sd(prec)/mean(prec))*100
[1] *112.5923*

¿Hay otra forma de calcular el Coeficiente de variación? Me estoy perdiendo
algo. En el manual del paquete (
https://cran.r-project.org/web/packages/dismo/dismo.pdf), no explica como
calcula el indice de variación ¿Hay alguna forma de rebuscar en dentro de
biovars para saber que está haciendo?

Muchas gracias.


-- 
Jaume Tormo.
https://es.linkedin.com/in/jaumetormo
https://acercad.wordpress.com/

	[[alternative HTML version deleted]]

Hola Jaume:

Si miras el código de biovars() verás que la variable bio15 (el 
coeficiente de variación de la precipitación) la obtiene sumando 
previamente 1 a "prec":

p[, 15] <- apply(prec + 1, 1, cv)


Es decir, en tu caso,

 > cv(prec+1)
[1] 109.9637

Lo que coincide con lo proporcionado por biovars, mientras que

 > cv(prec)
[1] 112.5923

  coincide con tu cálculo manual.

En la página web de WorldClim, donde definieron originalmente esta 
variable no he encontrado una explicación de este sumatorio, pero 
tampoco he buscado mucho...Tal vez en alguno de los artículos en los que 
se describe esta base de datos den razón de este sumatorio.

Saludos,

Marcelino






El 19/06/2018 a las 11:43, Jaume Tormo escribió:
> Estimados erreros,
>
> Estoy intentando entender como calcula el paquete dismo (
> https://cran.r-project.org/web/packages/dismo/index.html) un coeficiente de
> variación. Os pongo un ejemplo:
> tmin <- c(10,12,14,16,18,20,22,21,19,17,15,12) # temperatura mínima
media
> mensual de un año
> tmax <- tmin + 5 # temperatura máxima media mensual de un año
> prec <- c(0,2,10,30,80,160,80,20,40,60,20,0) #precipitación media
mensual
> de un año
> biovars(prec, tmin, tmax) #este comando calcula una serie de variables
> relevantes para la distribución de especies.
> #El resultado es:
>          bio1 bio2     bio3     bio4 bio5 bio6 bio7 bio8     bio9 bio10
> bio11
> [1,] 18.83333    5 29.41176 384.5501   27   10   17 22.5 13.83333  23.5
> 13.83333
>       bio12 bio13 bio14    *bio15* bio16 bio17 bio18 bio19
> [1,]   502   160     0 *109.9637*   320     2   260     2
>
> La que a mi me interesa es bio15 el coeficiente de variación de la
> precipitación, pero no me da lo que yo esperaba que me diera:
>
>> (sd(prec)/mean(prec))*100
> [1] *112.5923*
>
> ¿Hay otra forma de calcular el Coeficiente de variación? Me estoy perdiendo
> algo. En el manual del paquete (
> https://cran.r-project.org/web/packages/dismo/dismo.pdf), no explica como
> calcula el indice de variación ¿Hay alguna forma de rebuscar en dentro de
> biovars para saber que está haciendo?
>
> Muchas gracias.
>
>
-- 
Marcelino de la Cruz Rot
Depto. de Biología y Geología
Física y Química Inorgánica
Universidad Rey Juan Carlos
Móstoles España

Hola,

en la misma definici?n de la funci?n:

# P15. Precipitation Seasonality(Coefficient of Variation) 
# the "1 +" is to avoid strange CVs for areas where mean rainfaill is
< 1)
		p[,15] <- apply(prec+1, 1, cv)

Un saludo,
Jorge

On Martes, 19 de Junio de 2018 13:07:27 Marcelino de la Cruz Rot
escribi?:
> Hola Jaume:
> 
> Si miras el c?digo de biovars() ver?s que la variable bio15 (el
> coeficiente de variaci?n de la precipitaci?n) la obtiene sumando
> previamente 1 a "prec":
> 
> p[, 15] <- apply(prec + 1, 1, cv)
> 
> 
> Es decir, en tu caso,
> 
>  > cv(prec+1)
> 
> [1] 109.9637
> 
> Lo que coincide con lo proporcionado por biovars, mientras que
> 
>  > cv(prec)
> 
> [1] 112.5923
> 
>   coincide con tu c?lculo manual.
> 
> En la p?gina web de WorldClim, donde definieron originalmente esta
> variable no he encontrado una explicaci?n de este sumatorio, pero
> tampoco he buscado mucho...Tal vez en alguno de los art?culos en los que
> se describe esta base de datos den raz?n de este sumatorio.
> 
> Saludos,
> 
> Marcelino
> 
> El 19/06/2018 a las 11:43, Jaume Tormo escribi?:
> > Estimados erreros,
> > 
> > Estoy intentando entender como calcula el paquete dismo (
> > https://cran.r-project.org/web/packages/dismo/index.html) un
coeficiente
> > de
> > variaci?n. Os pongo un ejemplo:
> > tmin <- c(10,12,14,16,18,20,22,21,19,17,15,12) # temperatura m?nima
media
> > mensual de un a?o
> > tmax <- tmin + 5 # temperatura m?xima media mensual de un a?o
> > prec <- c(0,2,10,30,80,160,80,20,40,60,20,0) #precipitaci?n media
mensual
> > de un a?o
> > biovars(prec, tmin, tmax) #este comando calcula una serie de variables
> > relevantes para la distribuci?n de especies.
> > 
> > #El resultado es:
> >          bio1 bio2     bio3     bio4 bio5 bio6 bio7 bio8     bio9
bio10
> > 
> > bio11
> > [1,] 18.83333    5 29.41176 384.5501   27   10   17 22.5 13.83333 
23.5
> > 13.83333
> > 
> >       bio12 bio13 bio14    *bio15* bio16 bio17 bio18 bio19
> > 
> > [1,]   502   160     0 *109.9637*   320     2   260     2
> > 
> > La que a mi me interesa es bio15 el coeficiente de variaci?n de la
> > 
> > precipitaci?n, pero no me da lo que yo esperaba que me diera:
> >> (sd(prec)/mean(prec))*100
> > 
> > [1] *112.5923*
> > 
> > ?Hay otra forma de calcular el Coeficiente de variaci?n? Me estoy
> > perdiendo
> > algo. En el manual del paquete (
> > https://cran.r-project.org/web/packages/dismo/dismo.pdf), no explica
como
> > calcula el indice de variaci?n ?Hay alguna forma de rebuscar en dentro
de
> > biovars para saber que est? haciendo?
> > 
> > Muchas gracias.
-- 
--
Jorge Virto Moreno
Dpt. Economia Aplicada III
Facultad de Econom?a y Empresa UPV-EHU
Avda. Lehendakari Agirre, 83
48015 Bilbao
Spain
Tel: 94 601 3851
Fax: 94 601 3754

         eman ta zabal zazu
           _            _
         |   \___       |___\-\_
         |    ___]      __  |   |
         |   [_    __  [_ |_|   |
         |__  _]  [_ |___]     /
             | [_    |   ______/
             |___ \__|  |
                 |      |
                 |______|
       Universidad del Pa?s Vasco
     Euskal Herriko Unibertsitatea
	[[alternative HTML version deleted]]

View(funcion), tambien vale para ver variables.

El mar., 19 jun. 2018 15:34, Marcelino de la Cruz Rot <
marcelino.delacruz en urjc.es> escribió:
> Hola Jaume:
>
> Si miras el código de biovars() verás que la variable bio15 (el
> coeficiente de variación de la precipitación) la obtiene sumando
> previamente 1 a "prec":
>
> p[, 15] <- apply(prec + 1, 1, cv)
>
>
> Es decir, en tu caso,
>
>  > cv(prec+1)
> [1] 109.9637
>
> Lo que coincide con lo proporcionado por biovars, mientras que
>
>  > cv(prec)
> [1] 112.5923
>
>   coincide con tu cálculo manual.
>
> En la página web de WorldClim, donde definieron originalmente esta
> variable no he encontrado una explicación de este sumatorio, pero
> tampoco he buscado mucho...Tal vez en alguno de los artículos en los que
> se describe esta base de datos den razón de este sumatorio.
>
> Saludos,
>
> Marcelino
>
>
>
>
>
>
> El 19/06/2018 a las 11:43, Jaume Tormo escribió:
> > Estimados erreros,
> >
> > Estoy intentando entender como calcula el paquete dismo (
> > https://cran.r-project.org/web/packages/dismo/index.html) un
> coeficiente de
> > variación. Os pongo un ejemplo:
> > tmin <- c(10,12,14,16,18,20,22,21,19,17,15,12) # temperatura mínima
media
> > mensual de un año
> > tmax <- tmin + 5 # temperatura máxima media mensual de un año
> > prec <- c(0,2,10,30,80,160,80,20,40,60,20,0) #precipitación media
mensual
> > de un año
> > biovars(prec, tmin, tmax) #este comando calcula una serie de variables
> > relevantes para la distribución de especies.
> > #El resultado es:
> >          bio1 bio2     bio3     bio4 bio5 bio6 bio7 bio8     bio9
bio10
> > bio11
> > [1,] 18.83333    5 29.41176 384.5501   27   10   17 22.5 13.83333 
23.5
> > 13.83333
> >       bio12 bio13 bio14    *bio15* bio16 bio17 bio18 bio19
> > [1,]   502   160     0 *109.9637*   320     2   260     2
> >
> > La que a mi me interesa es bio15 el coeficiente de variación de la
> > precipitación, pero no me da lo que yo esperaba que me diera:
> >
> >> (sd(prec)/mean(prec))*100
> > [1] *112.5923*
> >
> > ¿Hay otra forma de calcular el Coeficiente de variación? Me estoy
> perdiendo
> > algo. En el manual del paquete (
> > https://cran.r-project.org/web/packages/dismo/dismo.pdf), no explica
> como
> > calcula el indice de variación ¿Hay alguna forma de rebuscar en dentro
de
> > biovars para saber que está haciendo?
> >
> > Muchas gracias.
> >
> >
>
> --
> Marcelino de la Cruz Rot
> Depto. de Biología y Geología
> Física y Química Inorgánica
> Universidad Rey Juan Carlos
> Móstoles España
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