R help es - Oct 2016 - pasar argumentos de consola a un script de R que contiene source

Hola.

Tengo un script con la siguiente estructura.

#!/usr/bin/env Rscript
args = commandArgs(trailingOnly=TRUE)

source("carga-datos.R")

source("modelo.R")


y quiero llamar a mi script desde consola con

Rscript --vanilla miscript.R datos1.csv

De forma que se guarde como argumento el nombre del fichero que quiero 
cargar y se pase a al script carga-datos.R. El problema es que aunque si 
guarda datos1.csv en el objeto args , parece que "carga-datos.R" no lo
ve, no sé si es que no está en el global environment. ¿Alguna idea de 
cómo resolverlo? Gracias.


Un saludo.

José Luis Cañadas

Hola José Luis,

Mira esto:

http://stackoverflow.com/questions/22412620/define-global-variable-using-function-argument-in-r
http://stackoverflow.com/questions/1236620/global-variables-in-r

Gracias,
Carlos Ortega
www.qualityexcellence.es


El 29 de octubre de 2016, 19:09, Jose Luis Cañadas Reche <
canadasreche en gmail.com> escribió:
> Hola.
>
> Tengo un script con la siguiente estructura.
>
> #!/usr/bin/env Rscript
> args = commandArgs(trailingOnly=TRUE)
>
> source("carga-datos.R")
>
> source("modelo.R")
>
>
> y quiero llamar a mi script desde consola con
>
> Rscript --vanilla miscript.R datos1.csv
>
> De forma que se guarde como argumento el nombre del fichero que quiero
> cargar y se pase a al script carga-datos.R. El problema es que aunque si
> guarda datos1.csv en el objeto args , parece que "carga-datos.R"
no lo ve,
> no sé si es que no está en el global environment. ¿Alguna idea de cómo
> resolverlo? Gracias.
>
>
> Un saludo.
>
> José Luis Cañadas
>
> _______________________________________________
> R-help-es mailing list
> R-help-es en r-project.org
> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
>


-- 
Saludos,
Carlos Ortega
www.qualityexcellence.es

	[[alternative HTML version deleted]]

Hola, ¿qué tal?

Cuando ejecutas miscript.R, el nombre del fichero de datos,
"datos1.csv"
está en args[1].

Posiblemente, "carga-datos.R" espere el nombre del fichero en una
variable
tal como mi.fichero. En tal caso tendrías que asignar

mi.fichero <- args[1]

antes de los _sources_.

Un saludo,

Carlos J. Gil Bellosta
http://www.datanaytics.com


El 29 de octubre de 2016, 19:09, Jose Luis Cañadas Reche <
canadasreche en gmail.com> escribió:
> Hola.
>
> Tengo un script con la siguiente estructura.
>
> #!/usr/bin/env Rscript
> args = commandArgs(trailingOnly=TRUE)
>
> source("carga-datos.R")
>
> source("modelo.R")
>
>
> y quiero llamar a mi script desde consola con
>
> Rscript --vanilla miscript.R datos1.csv
>
> De forma que se guarde como argumento el nombre del fichero que quiero
> cargar y se pase a al script carga-datos.R. El problema es que aunque si
> guarda datos1.csv en el objeto args , parece que "carga-datos.R"
no lo ve,
> no sé si es que no está en el global environment. ¿Alguna idea de cómo
> resolverlo? Gracias.
>
>
> Un saludo.
>
> José Luis Cañadas
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	[[alternative HTML version deleted]]

Gracias a los dos.

En realidad no hacía falta asignar al global environment ni hacer 
mi.fichero <- args[1]. El problema es que no me había dado cuenta que en 
el "carga-datos.R" había un rm(list=ls()) escondido antes de leer el 
fichero, culpa mía.:-

Un saludo.



El 29/10/16 a las 20:35, Carlos J. Gil Bellosta
escribió:
> Hola, ¿qué tal?
>
> Cuando ejecutas miscript.R, el nombre del fichero de datos, 
> "datos1.csv" está en args[1].
>
> Posiblemente, "carga-datos.R" espere el nombre del fichero en una
> variable tal como mi.fichero. En tal caso tendrías que asignar
>
> mi.fichero <- args[1]
>
> antes de los _sources_.
>
> Un saludo,
>
> Carlos J. Gil Bellosta
> http://www.datanaytics.com
>
>
> El 29 de octubre de 2016, 19:09, Jose Luis Cañadas Reche 
> <canadasreche en gmail.com <mailto:canadasreche en gmail.com>>
escribió:
>
>     Hola.
>
>     Tengo un script con la siguiente estructura.
>
>     #!/usr/bin/env Rscript
>     args = commandArgs(trailingOnly=TRUE)
>
>     source("carga-datos.R")
>
>     source("modelo.R")
>
>
>     y quiero llamar a mi script desde consola con
>
>     Rscript --vanilla miscript.R datos1.csv
>
>     De forma que se guarde como argumento el nombre del fichero que
>     quiero cargar y se pase a al script carga-datos.R. El problema es
>     que aunque si guarda datos1.csv en el objeto args , parece que
>     "carga-datos.R" no lo ve, no sé si es que no está en el
global
>     environment. ¿Alguna idea de cómo resolverlo? Gracias.
>
>
>     Un saludo.
>
>     José Luis Cañadas
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