R help es - Sep 2016 - igraph V a partir de E y subgrafos

Estimados

Tengo un problema. Con igraph creo una red a partir de un data.frame, las dos
primeras columnas son V y las restantes E. Hay un trabajo anterior, yo me
pregunté ¿Qué pasaría si las cosas hablaran entre ellas?, entonces hay un cruce
de información de todos contra todos y elimino los nulos y duplicados. Al ver
los listados E, V tienen la información. Hasta ahí estaría todo bien (me
interesa puntos o cosas que aporten información, no la información).

Ahora donde comienzan las complicaciones, conociendo una palabra (cosa) que está
en E, quiero tener los V que la contienen. Ej, la relación A?B dentro de sus
cosas tienen ?casa?, yo quiero un grafo con todos los V que tengan ?casa?.

Tengo tres alternativas:

Buscar a partir del índice que tiene la palabra ?Casa?
idx <- match("Casa", V(datos.network)$name)
res <- E(datos.network) [ from(idx) ] 

Pero esta forma no me gusta, porque idx 160 (resultado real) al ser reemplazado
en from(idx) por from(160) da un resultado errado. Str(res) me resulta un poco
?feo?.

La siguiente forma me es mucho más agradable a la vista
> a <- E(datos.network)[[inc(?Casa?)]]
Los veo como un data.frame, correcto, varias columnas, una por cada categoría de
E y su palabra correspondiente. Pero plot(a) no grafica una red. No lo es.
> b <- subgraph.edges(datos.network,
E(datos.network)[[inc('Casa')]])
Lo mismo, pero ahora es una red, lo grafico y me doy cuenta que faltan cosas,
detecta el V que tiene el E, pero no toma ningún E de ese V que no coincida la
palabra, en otra forma, A?B en la columna habitad tienen ?Casa? y en la columna
transporte tienen ?Bicicleta?, bueno, no aparece nada de la información de esta
última. Me interesa por ejemplo para colocar un color según el
transporte.
> c <- induced.subgraph(datos.network,
E(datos.network)[[inc('Casa')]])
Error in .Call("R_igraph_induced_subgraph", graph, vids - 1, impl,
PACKAGE = "igraph") :
  At iterators.c:759 : Cannot create iterator, invalid vertex id, Invalid vertex
id
La última forma que se me ocurrió me da un error que comparto.

Lo siguiente 
jj <-datos.network - E(datos.network)[E(datos.network)$habitad
!="Casa"]
Funciona correcto, pero al graficarlo crea una cantidad muy grande de puntos con
unos pocos señalados (exagerando, como si en una galaxia marco el sistema
solar). Todos los V quedan en el gráfico con un valor de 0 creo, se ven, no
quiero que estén presentes, por eso si a todos les resto todos los que no son
solo me quedan los que son, pero en el gráfico aparecen todos los puntos, solo
marcados los que son.

No es nada reproducible y posiblemente poco entendible, pero ¿alguien puede
aportar un comentario a mi desorden?

Desde ya, muchas gracias.

Javier Rubén Marcuzzi


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Estimados

Encontré una solución, que no comprendo pero arregla uno de los problemas.

En la preparación de datos tengo varias partes, al final realizo un cbind y
luego un merge, esto da error, pero si realizo merge y luego cbind, no hay error
(no se ?pierde eso que comenté en el correo anterior?).

Luego igraph crea el grafo y el sub grafo que al graficar es correcto.

Ahora, porqué esa diferencia, no tengo la menor idea.

Solo queda el problema de
> c <- induced.subgraph(datos.network,
E(datos.network)[[inc('Casa')]])
Error in .Call("R_igraph_induced_subgraph", graph, vids - 1, impl,
PACKAGE = "igraph") :
  At iterators.c:759 : Cannot create iterator, invalid vertex id, Invalid vertex
id
 
Pero hay un avance, por lo menos regreso a la lógica de los libros, aunque me
desconcierta el porqué esa diferencia al preparar el data.frame que luego es
leído por igraph. En varios años con R y muchísimos errores, es lo primero que
me sorprende sin entender nada.

Javier Rubén Marcuzzi

De: javier.ruben.marcuzzi en gmail.com
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Estimado Javier,

Me alegra que hayas avanzado con tu error.

Te respondo a esto último.
La función induced.subgraph() espera como segundo parámetro una lista de 
los IDs de los vértices, mientras que tú le estás pasando una lista de 
'edges'.

Prueba lo siguiente:

c <- induced.subgraph(datos.network, which(V(datos.network)$name ==
'Casa'))

Si entendí bien todo, debería funcionar.

Un saludo,

*Luisfo Chiroque*
/PhD Student | PhD Candidate
IMDEA Networks Institute/
http://fourier.networks.imdea.org/people/~luis_nunez/ 
<http://fourier.networks.imdea.org/people/%7Eluis_nunez/>

On 09/05/2016 07:08 PM, javier.ruben.marcuzzi en gmail.com
wrote:
> Estimados
>
> Encontré una solución, que no comprendo pero arregla uno de los problemas.
>
> En la preparación de datos tengo varias partes, al final realizo un cbind y
luego un merge, esto da error, pero si realizo merge y luego cbind, no hay error
(no se ?pierde eso que comenté en el correo anterior?).
>
> Luego igraph crea el grafo y el sub grafo que al graficar es correcto.
>
> Ahora, porqué esa diferencia, no tengo la menor idea.
>
> Solo queda el problema de
>
>> c <- induced.subgraph(datos.network,
E(datos.network)[[inc('Casa')]])
> Error in .Call("R_igraph_induced_subgraph", graph, vids - 1,
impl, PACKAGE = "igraph") :
>    At iterators.c:759 : Cannot create iterator, invalid vertex id, Invalid
vertex id
>   
> Pero hay un avance, por lo menos regreso a la lógica de los libros, aunque
me desconcierta el porqué esa diferencia al preparar el data.frame que luego es
leído por igraph. En varios años con R y muchísimos errores, es lo primero que
me sorprende sin entender nada.
>
> Javier Rubén Marcuzzi
>
> De: javier.ruben.marcuzzi en gmail.com
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