R help es - Jul 2013 - Using RasterBricks

Dear listers,

I am trying to create a RasterLayer of the values of a rasterbrick object.
The rasterbrick object has, for example, 100cells

library(raster)
r <- raster(ncol=10, nrow=10)
r[]=1:ncell(r)
s <- brick(r,r,r)
s <- s * 1:3


Each cell of the rasterfinal will have the AREA UNDER CURVE  formed by the
values in each cell of the three original rasters.
For example:
s[4] has the values: 4,8,12

y<-s[4];
x<-0:2;

You can see the AUC in this graph:
plot(x,y, type='l')

And calculate it using the function trapz (package:pracma)
library(pracma)
trapz(x,y)

#################################################################################
My idea was to use 'stackApply':
FINAL<-stackApply(s,1,myFUN)

with:
myFUN=function(y)
{
x<-1:length(y)
trapz(x,y)

}

It doesn´t work. What I am doing wrong??

Many thanks,

	[[alternative HTML version deleted]]

Hola Jorge,
> My idea was to use 'stackApply':
Para esto que necesitas es más sencillo usar calc. Si quieres usar
stackApply, debes indicar rep(1, 3) como índices en lugar de sólo 1.

Así, la función será (los ... son necesarios en stackApply):

myFUN <- function(y, ...) {
    x <- seq_along(y)
    trapz(x, y)
}

Y aplicada con calc:

FINAL <- calc(s, myFUN)

o con stackApply:

FINAL <- stackApply(s, rep(1, 3), myFUN)


Saludos.

Oscar.

-- 
Oscar Perpiñán Lamigueiro
Grupo de Sistemas Fotovoltaicos (IES-UPM)
Dpto. Ingeniería Eléctrica (EUITI-UPM)
URL: http://procomun.wordpress.com
Twitter: @oscarperpinan

Hola Oscar,
enormes gracias por la ayuda! Cualquiera de las dos formas me funciona
perfectamente

Desconocía el tema de poner "..." en myFUN.
Saludos



El 17 de julio de 2013 16:28, Oscar Perpiñán Lamigueiro <
oscar.perpinan@gmail.com> escribió:
> Hola Jorge,
>
> > My idea was to use 'stackApply':
>
> Para esto que necesitas es más sencillo usar calc. Si quieres usar
> stackApply, debes indicar rep(1, 3) como índices en lugar de sólo 1.
>
> Así, la función será (los ... son necesarios en stackApply):
>
> myFUN <- function(y, ...) {
>     x <- seq_along(y)
>     trapz(x, y)
> }
>
> Y aplicada con calc:
>
> FINAL <- calc(s, myFUN)
>
> o con stackApply:
>
> FINAL <- stackApply(s, rep(1, 3), myFUN)
>
>
> Saludos.
>
> Oscar.
>
> --
> Oscar Perpiñán Lamigueiro
> Grupo de Sistemas Fotovoltaicos (IES-UPM)
> Dpto. Ingeniería Eléctrica (EUITI-UPM)
> URL: http://procomun.wordpress.com
> Twitter: @oscarperpinan
>
	[[alternative HTML version deleted]]